WD40 қайталау - WD40 repeat

WD домені, G-бета қайталануы
1erj 7bladed beta propeller.png
Туп1-дің C-терминалының WD40 доменінің таспа диаграммасы (транскрипциясы) корепрессор ашытқыда), ол 7 жүзді қабылдайды бета-пропеллер бүктеу Таспа көк түстен (N-терминал ) қызылға дейін (C терминалы ).[1]
Идентификаторлар
ТаңбаWD40
PfamPF00400
Pfam руCL0186
InterProIPR001680
PROSITEPDOC00574
SCOP21gp2 / Ауқымы / SUPFAM
CDDcd00200

The WD40 қайталау (деп те аталады WD немесе бета-трансдуктинді қайталау) қысқа құрылымдық мотив шамамен 40 аминқышқылдары, көбінесе а триптофан -аспарагин қышқылы (W-D) дипептид.[2] Осы қайталанулардың тандемдік көшірмелері әдетте дөңгелек түрін қалыптастыру үшін бір-біріне бүктеледі электромагниттік ақуыздың домені деп аталады WD40 домені.

Құрылым

Құрамында домен бар WD40 ақуыздарының 4-тен 16-ға дейін қайталанатын бірлігі бар, олардың барлығы циркулярланған деп есептеледі бета-пропеллер құрылым (оң жақтағы суретті қараңыз).[3][4] WD40 домені бірнеше қайталаулардан тұрады, олардың басында 20 қалдықтың айнымалы аймағы, одан кейін көп таралған қалдықтар жиынтығы болады. Бұл қайталанулар әдетте төрт параллельге қарсы бета парақты немесе жүзді құрайды. Бұл қалақшалар біріктіріліп, ең көп таралған бұранданы құрайды, ең көп тараған 7 жүзді бета бұранда. Пышақтар бір-бірімен түйіседі, сонда бір қайталанудың соңғы бета тізбегі келесі қайталанудың алғашқы үшеуімен қалыптасады, сондықтан 3D пышақ құрылымын құрайды.

Функция

WD40 қайталанатын ақуыздар - барлығында кездесетін үлкен отбасы эукариоттар бастап әртүрлі функцияларға қатысады сигнал беру және транскрипцияны реттеу дейін жасушалық цикл бақылау, аутофагия және апоптоз.[5] Барлық WD40 қайталанатын ақуыздардың негізгі қызметі қайталанатын қондырғылар қатаң рөл атқаратын көп ақуызды кешенді үйлестіру болып табылады. орман белоктардың өзара әрекеттесуі үшін. Ақуыздардың ерекшелігі олардың қайталануынан тыс кезекпен анықталады. Мұндай кешендердің мысалдары G ақуыздары (бета суббірлік - бұл бета-пропеллер), TAFII транскрипция коэффициенті, және E3 ubiquitin ligase.[3][4]

Мысалдар

Адам геномының алғашқы талдауы бойынша WD40 қайталануы белоктардың сегізінші отбасы болып табылады. Барлығы 277 ақуыздың құрамына кіретіні анықталды.[6] Осы доменді қамтитын ақуыздарды кодтайтын адам гендеріне мыналар жатады:

Адамның WDR гендері және онымен байланысты аурулар
WDR генібасқа гендік атауларNCBI Entrez
Ген идентификаторы
Мутациямен байланысты адам ауруы
WDR1AIP1; NORI-1; HEL-S-529948
WDR2CORO2A; IR10; CLIPINB7464
WDR3DIP2; UTP1210885
WDR4TRM82; TRMT8210785
WDR5SWD3; BIG-3; CFAP8911091
WDR611180
WDR7TRAG; KIAA0541; Rabconnectin 3 бета нұсқасы23335
WDR87349856
WDR9BRWD1; N143; C21орф10754014
WDR10IFT122; CED; SPG; CED1; WDR10p; WDR14055764Сенсенбреннер синдромы
WDR11DR11; HH14; BRWD2; WDR1555717Каллманн синдромы
WDR12YTM155759
WDR13MG2164743
WDR14GNB1L; GY2; FKSG1; WDVCF; DGCRK354584
WDR15WDR11
WDR16CFAP52; WDRPUH146845
WDR17116966
WDR18Ipi357418
WDR19ATD5; CED4; DYF-2; ORF26; Oseg6; PWDMP; SRTD5; IFT144; NPHP1357728Сенсенбреннер синдромы, Джуне синдромы
WDR20DMR91833
WDR21DCAF4; WDR21A26094
WDR22DCAF5; BCRG2; BCRP28816
WDR23DCAF11; GL014; PRO238980344
WDR24JFP7; C16орф2184219
WDR25C14орф6779446
WDR26CDW2; GID7; MIP280232
WDR27253769
WDR28GRWD1; CDW4; ЖЖҚ; RRB183743
WDR29SPAG16; PF2079582
WDR30ATG16L1; IBD10; APG16L; ATG16A; ATG16L55054Крон ауруы
WDR31114987
WDR32DCAF1079269
WDR33NET14; WDC14655339
WDR34DIC5; FAP133; SRTD1189891Джуне синдромы
WDR35CED2; IFTA1; SRTD7; IFT12157539Сенсенбреннер синдромы
WDR36GLC1G; UTP21; TAWDRP; TA-WDRP134430Бастапқы ашық бұрыштық глаукома
WDR3722884
WDR38401551
WDR39CIAO1; ЦРУ19391
WDR40ADCAF12; CT102; TCC52; KIAA189225853
WDR41MSTP04855255
WDR43UTP5; NET1223160
WDR44RPH11; RAB11BP54521
WDR45JM5; NBIA4; NBIA5; WDRX1; WIPI4; WIPI-411152Бета-пропеллер ақуызбен байланысты нейродегенерация (BPAN)
WDR46UTP7; BING4; FP221; C6orf119277
WDR47НЕМИТИН; KIAA089322911
WDR48P80; UAF1; SPG6057599
WDR49151790
WDR50UTP18; CGI-4851096
WDR52CFAP4455779
WDR53348793
WDR5484058
WDR5554853
WDR56IFT80; ATD2; SRTD257560Джуне синдромы
WDR57SNRNP40; SPF38; PRP8BP; HPRP8BP; PRPF8BP9410
WDR58THOC6; BBIS; fSAP3579228
WDR59FP97779726
WDR60SRPS6; SRTD8; FAP16355112Джуне синдромы
WDR61SKI8; REC1480349
WDR62MCPH2; C19орф14284403микроцефалия
WDR63DIC3; NYD-SP29126820
WDR64128025
WDR65CFAP57; VWS2149465Ван дер Вуд синдромы
WDR66CaM-IP4144406
WDR67TBC1D31; Gm8593594
WDR68DCAF7; AN11; HAN11; АҚҚУ-110238
WDR69DAW1; ODA16164781
WDR7055100
WDR71PAAF1; PAAF; Rpn1480227
WDR72AI2A3256764Амелогенезді жетілдіру
WDR73HSPC26484942
WDR7454663
WDR75NET16; UTP1784128
WDR76CDW1479968
WDR77p44; MEP50; ҚОҚМ-50; HKMT1069; Nbla10071; p44 / Mep5079084
WDR78DIC479819
WDR7953; DKCB3; TCAB155135
WDR80ATG16L; ATG16B89849
WDR81CAMRQ2; PPP1R166124997церебральды атаксия, ақыл-ойдың артта қалуы және дисилибриум-2 синдромы
WDR82SWD2; MST107; WDR82A; MSTP107; PRO2730; TMEM113; PRO3404780335
WDR83MORG184292
WDR84PAK1IP1; PIP1; MAK1155003
WDR85DPH7; RRT2; C9orf11292715
WDR86349136
WDR87NYD-SP1183889
WDR88PQWD126248
WDR89MSTP050; C14orf150112840
WDR90C16орф15; C16орф16; C16орф17; C16орф18; C16орф19197335
WDR91HSPC04929062
WDR92MONAD116143
WDR9356964
WDR94AMBRA1; DCAF355626
WDR96CFAP43; C10орф7980217

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ PDB: 1erj​; Sprague ER, Redd MJ, Johnson AD, Wolberger C (маусым 2000). «Ашытқыдағы транскрипцияның корепрессоры Туп1-нің C-терминалының құрылымы». EMBO J. 19 (12): 3016–27. дои:10.1093 / emboj / 19.12.3016. PMC  203344. PMID  10856245.
  2. ^ Neer EJ, Schmidt CJ, Nambudripad R, Smith TF (қыркүйек 1994). «WD-қайталанатын ақуыздардың ежелгі реттеуші-ақуыздық отбасы». Табиғат. 371 (6495): 297–300. Бибкод:1994 ж. 371..297N. дои:10.1038 / 371297a0. PMID  8090199. S2CID  600856.
  3. ^ а б Smith TF, Gaitatzes C, Saxena K, Neer EJ (мамыр 1999). «WD40 қайталануы: әр түрлі функцияларға арналған ортақ архитектура». Трендтер биохимия. Ғылыми. 24 (5): 181–5. дои:10.1016 / S0968-0004 (99) 01384-5. PMID  10322433.
  4. ^ а б Ли Д, Робертс Р (желтоқсан 2001). «WD-қайталанатын ақуыздар: құрылым сипаттамасы, биологиялық функциясы және олардың адам ауруларына қатысуы». Ұяшық. Мол. Life Sci. 58 (14): 2085–97. дои:10.1007 / PL00000838. PMID  11814058. S2CID  20646422.
  5. ^ Stirnimann CU, Petsalaki E, Russell RB, Müller CW (мамыр 2010). «WD40 ақуыздары ұялы желілерді қозғалтады». Трендтер биохимия. Ғылыми. 35 (10): 565–74. дои:10.1016 / j.tibs.2010.04.003. PMID  20451393.
  6. ^ Lander ES, Linton LM, Birren B және т.б. (Ақпан 2001). «Адам геномының алғашқы реттілігі және талдауы» (PDF). Табиғат. 409 (6822): 860–921. дои:10.1038/35057062. PMID  11237011.

Сыртқы сілтемелер

Бұл мақалада көпшілікке арналған мәтін енгізілген Pfam және InterPro: IPR001680