CUB домені - CUB domain

CUB домені
Идентификаторлар
ТаңбаCUB
PfamPF00431
InterProIPR000859
PROSITEPDOC00758
SCOP21см / Ауқымы / SUPFAM
CDDCD00041

CUB домені эволюциялық жолмен сақталған болып табылады белоктық домен.

CUB домені (C1r / C1s, Uegf, Bmp1 комплементі үшін) - бұл тек жасушадан тыс және плазмалық қабықпен байланысқан ақуыздарда кездесетін шамамен 110 қалдықтың құрылымдық мотиві, олардың көпшілігі дамумен реттеледі.[1][2] Бұл белоктар комплементті активтендіру, дамудың паттерні, тіндерді қалпына келтіру, аксонға басшылық ету және ангиогенез, жасуша сигнализациясы, ұрықтандыру, гемостаз, қабыну, нейротрансмиссия, рецепторлардың көмегімен дамыған эндоцитоз және ісікті басу сияқты әртүрлі функцияларға қатысады.[3] Құрамында CUB бар белоктар MEROA пептидаза M12A (астацин) және S1A (химотрипсин) отбасыларына жататын пептидазалар.

Мысалдар

CUB домені бар ақуыздарға мыналар жатады:

  • Сүтқоректілердің комплимент жүйесінің классикалық жолының бірінші компоненті, кальцийге тәуелді С1 комплексін құрайтын C1s / C1r субкомпоненттері.
  • Cricetidae sp. (Hamster) кальций қатысуымен I және IV типті коллаген мен фибронектинді ыдырататын серин протеазы Касп.
  • Ra-реактивті фактордың (RARF) сүтқоректілердің комплементті белсендіретін компоненті, комплементтің С4 компонентін бөлетін протеаза.
  • Омыртқалы жануарлар энтеропептидаза (EC 3.4.21.9 ), трипсиногенді белсендіретін ішек щеткасы шекарасының II типті мембрана ақуызы.
  • Омыртқалы сүйектің морфогенді ақуызы 1 (БМП-1 ), шеміршек пен сүйек түзілуін тудыратын және металлоэндопептидаза белсенділігін білдіретін ақуыз.
  • BP10 және SpAN теңіз кірпілерінің бластула ақуыздары.
  • C. elegans гипотетикалық ақуыздар F42A10.8 және R151.5.
  • Нейропилин (A5 антигені), белгілі бір нейрондық тізбектерді қалыптастыру кезінде жұмыс істейтін кальцийге тәуелді емес жасушалық адгезия молекуласы.
  • Фибропеллиндер I және III бастап Strongylocentrotus purpuratus (Күлгін теңіз кірпісі).
  • Сүтқоректілердің гиалуронатпен байланысатын ақуызы TSG-6 (немесе PS4), сарысу және өсу факторы индукцияланған ақуыз.
  • Сүтқоректілердің спермадезиндері.
  • Xenopus laevis эмбриональды ақуыз УВС.2, ол дорсоантериалды даму кезінде көрінеді.

Жоғарыда аталған ақуыздардың кейбіреулері каталитикалық доменнен тұрады және кальций байланыстыратын бірнеше CUB домендерімен бірге EGF домендері.

Спермадезин CUB домендер тобының бөлімшесі болып табылады және сүтқоректілердің негізгі компонентін құрайды тұқымдық сұйықтық. Спермадезезиндер - 110-133 аминқышқыл полипептидтері.[4] Спермадезиндердің байланыс белсенділігі, мысалы. гепаринмен және көмірсулармен байланысуы, олардың ооциттер бетінде кездесетін гликопротеидтердегі сперматозоидтардың көмірсулар топтарына қосылуына ықпал ететін маңызды рөл атқарады.[5] Шошқалардан, бұқалардан және айғырлардан алынған спермадезиндер аминқышқылдарының бірізділігінде 40-98% ұқсастығын көрсетеді және олардың барлығы цистеиннің іргелес қалдықтары арасында дисульфидтік байланысқа ие. Шошқа спермадезинінің полипептидтері бір-бірімен тығыз байланысты бес генмен кодталады. Ірі қара спермадезин гендердің едәуір төмен санына сүйенеді, олардың екеуі ғана сиырдың тұқымдық сұйықтығында осы ақуыздың экспрессиясымен байланысты. Спермадезиндердің артық генетикалық кодталуы шимпанзелерде, иттерде және адамдарда байқалды.[6] Егеуқұйрықтар мен тышқандардың ДНҚ-сындағы спермадезин гендерімен корреляцияланған аймақ кез-келген спермадезин кодынан құралған. Спермадезиндердің экспрессиясы мен генетикалық кодталуындағы бұл ауытқулар гендердің эволюциялық түзетулерінен, мутациялар мен генетикалық материалдардың жойылуынан туындайды.

Кейбір CUB домендері олигомеризацияға және / немесе субстраттар мен байланыстырушы серіктестерді тануға қатысады. Мысалы, комплемент протеазаларында CUB домендері димеризацияны және мақсатты ақуыздардың коллаген тәрізді аймақтарымен байланысуды жүзеге асырады (мысалы, C1r / C1s үшін C1q). CUB домендерінің құрылымы а бар бета-сэндвичтен тұрады желе орама. CUB домендерінің барлығында дерлік екі дисульфидті көпір құрайтын төрт консервіленген цистеин бар (C1-C2, C3-C4). C1 және Map19 домендерінің CUB1 кальциймен байланысатын учаскелері бар.[7]

Осы доменді қамтитын ақуыздарды кодтайтын адам гендеріне мыналар жатады:

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Борк П, Бекман Г (мамыр 1993). «CUB домені. Дамушы реттелетін ақуыздардағы кең таралған модуль». Молекулалық биология журналы. 231 (2): 539–45. дои:10.1006 / jmbi.1993.1305. PMID  8510165.
  2. ^ Bork P (сәуір 1991). «Комплемент компоненттері C1r / C1s, сүйек морфогенді ақуыз 1 және Xenopus laevis дамыған реттелетін ақуыз УВС.2» жалпы қайталануларымен бөліседі «. FEBS хаттары. 282 (1): 9–12. дои:10.1016/0014-5793(91)80433-4. PMID  2026272. S2CID  33375087.
  3. ^ Перри SE, Робинсон П, Мелчер А, Квирке П, Бюринг Х.Ж., Кук Г.П., Блэр Г.Е. (наурыз 2007). «Колоректальды ісік жасушаларында протеин 1 (CDCP1) гені бар CUB доменінің көрінісі». FEBS хаттары. 581 (6): 1137–42. дои:10.1016 / j.febslet.2007.02.025. PMID  17335815. S2CID  30701692.
  4. ^ Romero A, Varela PF, Sanz L, Töpfer-Petersen E, Calvete JJ (наурыз 1996). «Қабанның тұқымдық плазмалық спермадезинінің кристалдануы және алдын-ала рентген-дифракциялық анализі, екі CUB домендерінің гетеродимері PSP-I / PSP-II». FEBS хаттары. 382 (1–2): 15–7. дои:10.1016/0014-5793(96)00133-0. PMID  8612739. S2CID  37515421.
  5. ^ Töpfer-Petersen E, Romero A, Varela PF, Ekhlasi-Hundrieser M, Dostàlovà Z, Sanz L, Calvete JJ (1998). «Спермадезиндер: жаңа ақуызды отбасы. Фактілер, гипотезалар және перспективалар». Андрология. 30 (4–5): 217–24. дои:10.1111 / j.1439-0272.1998.tb01163.x. PMID  9739418. S2CID  24941844.
  6. ^ Haase B, Schlötterer C, Hundrieser ME, Kuiper H, Distl O, Töpfer-Petersen E, Leeb T., Спермадезин гендер тұқымдасының эволюциясы, ген. (2005) 352, P-20-29
  7. ^ Blanc G, Font B, Eichenberger D, Moreau C, Ricard-Blum S, Hulmes DJ, Moali C (маусым 2007). «CUB домендерінің ортақ қатпарды бөлу кезінде белгілі бір функцияларды орындай алатындығы туралы түсініктер: CUB1 доменінің консервіленген және ерекше ерекшеліктері проколлаген С-протеиназа күшейткіш-1 белсенділігінің молекулалық негізіне ықпал етеді». Биологиялық химия журналы. 282 (23): 16924–33. дои:10.1074 / jbc.M701610200. PMID  17446170.
Бұл мақалада көпшілікке арналған мәтін енгізілген Pfam және InterPro: IPR000858