APAF1 - APAF1

APAF1
Қол жетімді құрылымдар
PDB	Ортологиялық іздеу: PDBe RCSB
PDB идентификатор кодтарының тізімі
	1С15, 1CWW, 1CY5, 1Z6T, 2P1H, 2YGS, 3J2T, 3YGS, 4RHW, 3JBT
Идентификаторлар
Бүркеншік аттар	APAF1, APAF-1, CED4, апоптотикалық пептидазаны белсендіретін фактор 1
Сыртқы жеке куәліктер	OMIM: 602233 MGI: 1306796 HomoloGene: 7626 Ген-карталар: APAF1
Геннің орналасуы (адам)
Хр.	12-хромосома (адам)
Соңы	98,735,433 bp
Геннің орналасуы (тышқан)
Хр.	10-хромосома (тышқан)
Соңы	91,082,770 bp
РНҚ экспрессиясы өрнек
	; ; ; ;
	Қосымша сілтеме өрнегі туралы деректер
Гендік онтология
Молекулалық функция	• жылу шокының ақуыздармен байланысуы; • ADP байланысы; • GO: 0001948 ақуыздармен байланысуы; • бірдей ақуыздармен байланысуы; • ATP байланысы; • нуклеотидті байланыстыру; • апоптотикалық процеске қатысатын цистеин типті эндопептидаза активаторының белсенділігі;
Ұялы компонент	• цитоплазма; • цитозол; • жасушадан тыс экзома; • жасуша ядросы; • апоптосома; • жасушадан тыс аймақ; • секреторлы түйіршік люмені; • фиколинге бай түйіршік люмені; • макромолекулалық кешен;
Биологиялық процесс	• Бета-ынталандырушы өсу факторының өзгеруіне жасушалық жауап; • нейрондық апоптотикалық процесс; • апоптотикалық процесті реттеу; • жасушалардың дифференциациясы; • гипоксияға жауап; • қоректік заттарға жауап; • G1 ДНҚ-ның зақымдануын бақылау нүктесіне жауап беру; • қартаю; • апоптотикалық сигнал беру жолының оң реттелуі; • глиальды жасушалық апоптотикалық процесс; • жүйке жүйесінің дамуы; • көп жасушалы организмнің дамуы; • жүрек бұлшықет жасушаларының апоптотикалық процесі; • меншікті апоптотикалық сигнализация жолы; • эндоплазмалық ретикулум стрессіне жауап беретін ішкі апоптотикалық сигналдық жол; • жүйке түтігінің жабылуы; • мидың дамуы; • апоптотикалық процестің оң реттелуі; • апоптотикалық сигнал беру жолы; • алдыңғы мидың дамуы; • апоптотикалық ДНҚ фрагментациясының реттелуі; • ақуыз гомолигомеризациясы; • апоптотикалық процеске қатысатын цистеин типті эндопептидаза белсенділігін белсендіру; • цитохром с арқылы апоптотикалық процеске қатысатын цистеин типті эндопептидаза белсенділігін белсендіру; • апоптотикалық процесс; • нейтрофилді дегрануляция; • G0-ден G1-ге ауысудың теріс реттілігі; • бүйректің дамуы;
	Дереккөздер:Амиго / QuickGO
Ортологтар
	317
	11783
	ENSG00000120868
	ENSMUSG00000019979
	O14727
	O88879
	NM_001160; NM_013229; NM_181861; NM_181868; NM_181869
	NM_001042558; NM_001282947; NM_009684
	NP_001151; NP_037361; NP_863651; NP_863658; NP_863659
	NP_001036023; NP_001269876; NP_033814
	Уикидеректер
Адамды қарау / өңдеу	Тінтуірді қарау / өңдеу

Апоптотикалық протеазды активтендіретін фактор 1, сондай-ақ APAF1, адамның гомологы болып табылады C. elegans CED-4 гені.^[5]^[6]^[7]

Функция

Бұл ген цитоплазмалық ақуызды кодтайды, ол орталық хабтардың бірін құрайды апоптоз реттеуші желі. Бұл протеин құрамында (N терминалынан) каспаза жалдау домені бар (КАРТА ), ан ATPase домен (NB-ARC), бірнеше қысқа спираль домендер, содан кейін бірнеше көшірмелер WD40 қайталау домен. Міндеттеме бойынша цитохром с және dATP, бұл ақуыз олигомера түзеді апоптосома. Апоптосома байланысады және бөлінеді Прокаспаза-9 ақуыз, оның жетілген, белсендірілген түрін босатады. Бұл реакцияның нақты механизмі әлі күнге дейін талқылануда, бірақ басылым шығарған Гай Сальвесен апоптосома тудыруы мүмкін деп болжайды каспаза-9 димеризация және кейінгі аутокатализ.^[8] Белсендірілген каспаза-9 жасушаны апоптозға айналдыратын келесі каспаза каскадын ынталандырады.

Балама қосу нәтижесінде әртүрлі изоформаларды кодтайтын бірнеше транскрипт нұсқалары пайда болады.^[5]

Құрылым

APAF1 құрамында а CARD домені а Грек кілті алты спиралдан тұратын мотив, Россманның қатпарлы нуклеотидті домендері, қысқа спиральді мотив және қанатты-спиральды домен.^[9]

Өзара әрекеттесу

APAF1 көрсетілген өзара әрекеттесу бірге:

Пайдаланылған әдебиеттер

^ ^а ^б ^c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000120868 - Ансамбль, Мамыр 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000019979 - Ансамбль, Мамыр 2017
^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
^ ^а ^б «Entrez Gene: APAF1 апоптотикалық пептидазаны белсендіретін фактор 1».
^ Zou H, Henzel WJ, Liu X, Lutschg A, Wang X (1997 ж. Тамыз). «Адам ақуызы C. elegans CED-4-ке гомологты, ақпаз-3 цитохромға тәуелді активацияға қатысады». Ұяшық. 90 (3): 405–13. дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80501-2. PMID 9267021. S2CID 18105320.
^ Ким Х, Джунг Ю.К., Квон Ю.К., Парк Ш.Ш. (1999). «Адамның хромосома 12q23 жолағына апоптотикалық протеазды активтендіретін фактор-1 генін тағайындау (APAF1) флуоресцентті in situ будандастыру арқылы». Цитогенетика және жасуша генетикасы. 87 (3–4): 252–3. дои:10.1159/000015436. PMID 10702682. S2CID 10377371.
^ Pop C, Timmer J, Sperandio S, Salvesen GS (сәуір 2006). «Апоптосома каспаза-9-ны димерлеу арқылы белсендіреді». Молекулалық жасуша. 22 (2): 269–75. дои:10.1016 / j.molcel.2006.03.009. PMID 16630894.
^ Riedl SJ, Li W, Chao Y, Schwarzenbacher R, Shi Y (сәуір 2005). «АДФ-пен байланысқан 1 апоптотикалық протеазаны белсендіретін фактордың құрылымы». Табиғат. 434 (7035): 926–33. дои:10.1038 / табиғат03465. PMID 15829969. S2CID 4355459.
^ ^а ^б Cho DH, Hong YM, Lee HJ, Woo HN, Pyo JO, Mak TW, Jung YK (қыркүйек 2004). «Апап-1-өзара әрекеттесетін ақуыздың APIP, ишемиялық / гипоксиялық зақымданудың индукциялық ингибициясы». Биологиялық химия журналы. 279 (38): 39942–50. дои:10.1074 / jbc.M405747200. PMID 15262985.
^ ^а ^б Ху Ю, Бенедикт М.А., Ву Д, Инохара Н, Нуньес Г (сәуір 1998). «Bcl-XL Apaf-1-мен әрекеттеседі және Apaf-1-ге тәуелді каспаза-9 активациясын тежейді». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 95 (8): 4386–91. дои:10.1073 / pnas.95.8.4386. PMC 22498. PMID 9539746.
^ ^а ^б Pan G, O'Rourke K, Dixit VM (наурыз 1998). «Caspase-9, Bcl-XL және Apaf-1 үштік кешен құрайды». Биологиялық химия журналы. 273 (10): 5841–5. дои:10.1074 / jbc.273.10.5841. PMID 9488720.
^ ^а ^б Chu ZL, Pio F, Xie Z, Welsh K, Krajewska M, Krajewski S, Godzik A, Reed JC (наурыз, 2001). «Цитохромды с-тәуелді каспазаның активациясына және апоптозға қатысатын Apaf1 апоптосомасының жаңа күшейткіші». Биологиялық химия журналы. 276 (12): 9239–45. дои:10.1074 / jbc.M006309200. PMID 11113115.
^ Li P, Nijhawan D, Budihardjo I, Srinivasula SM, Ahmad M, Alnemri ES, Wang X (қараша 1997). «Apaf-1 / caspase-9 кешенінің цитохромды с және dATP тәуелді түзілуі апоптотикалық протеаза каскадын бастайды». Ұяшық. 91 (4): 479–89. дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 80434-1. PMID 9390557. S2CID 14321446.
^ Салех А, Сринивасула С.М., Балкир Л, Роббинс П.Д., Алнемри ES (тамыз 2000). «Hsp70 арқылы Apaf-1 апоптосомасының теріс реттелуі». Табиғи жасуша биологиясы. 2 (8): 476–83. дои:10.1038/35019510. PMID 10934467. S2CID 20374981.

Сыртқы сілтемелер

Адам APAF1 геномның орналасуы және APAF1 геннің егжей-тегжейлі беті UCSC Genome Browser.
Сайтында қол жетімді барлық құрылымдық ақпаратқа шолу PDB үшін UniProt: O14727 (1-апоптотикалық протеазаны белсендіретін фактор) PDBe-KB.

Әрі қарай оқу

Smith TF, Gaitatzes C, Saxena K, Neer EJ (мамыр 1999). «WD қайталануы: әртүрлі функцияларға арналған ортақ архитектура». Биохимия ғылымдарының тенденциялары. 24 (5): 181–5. дои:10.1016 / S0968-0004 (99) 01384-5. PMID 10322433.
van Oirschot JT (тамыз 1999). «Вирустың таралуын төмендететін Диваға қарсы вакциналар». Биотехнология журналы. 73 (2–3): 195–205. дои:10.1016 / S0168-1656 (99) 00121-2. PMID 10486928.
Накаджима Д, Оказаки Н, Ямакава Х, Кикуно Р, Охара О, Нагасе Т (маусым 2002). «KIAA гендері үшін экспрессияға дайын cDNA клондарының құрылысы: 330 KIAA cDNA клонын қолмен курациялау». ДНҚ-ны зерттеу. 9 (3): 99–106. CiteSeerX 10.1.1.500.923. дои:10.1093 / dnares / 9.3.99. PMID 12168954.
Campioni M, Santini D, Tonini G, Murace R, Dragonetti E, Spugnini EP, Baldi A (қараша 2005). «Меланома прогрессиясындағы және хеморезистенциядағы апоптоздың негізгі реттеушісі - Apaf-1 рөлі». Эксперименттік дерматология. 14 (11): 811–8. дои:10.1111 / j.1600-0625.2005.00360.x. PMID 16232302. S2CID 45588573.
Zou H, Henzel WJ, Liu X, Lutschg A, Wang X (1997 ж. Тамыз). «Адам ақуызы C. elegans CED-4-ке гомологты, ақпаз-3 цитохромға тәуелді активацияға қатысады». Ұяшық. 90 (3): 405–13. дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80501-2. PMID 9267021. S2CID 18105320.
Li P, Nijhawan D, Budihardjo I, Srinivasula SM, Ahmad M, Alnemri ES, Wang X (қараша 1997). «Apaf-1 / caspase-9 кешенінің цитохромды с және dATP тәуелді түзілуі апоптотикалық протеаза каскадын бастайды». Ұяшық. 91 (4): 479–89. дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80434-1. PMID 9390557. S2CID 14321446.
Ишикава К, Нагасе Т, Накаджима Д, Секи Н, Охира М, Миядзима Н, Танака А, Котани Х, Номура Н, Охара О (қазан 1997). «Адамның анықталмаған гендерінің кодтау тізбегін болжау. VIII. In vitro ірі ақуыздарды кодтайтын мидан 78 жаңа кДНК клоны». ДНҚ-ны зерттеу. 4 (5): 307–13. дои:10.1093 / dnares / 4.5.307. PMID 9455477.
Pan G, O'Rourke K, Dixit VM (наурыз 1998). «Caspase-9, Bcl-XL және Apaf-1 үштік кешен құрайды». Биологиялық химия журналы. 273 (10): 5841–5. дои:10.1074 / jbc.273.10.5841. PMID 9488720.
Ху Ю, Бенедикт М.А., Ву Д, Инохара Н, Нуньес Г (сәуір 1998). «Bcl-XL Apaf-1-мен әрекеттеседі және Apaf-1-ге тәуелді каспаза-9 активациясын тежейді». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 95 (8): 4386–91. дои:10.1073 / pnas.95.8.4386. PMC 22498. PMID 9539746.
Srinivasula SM, Ahmad M, Fernandes-Alnemri T, Alnemri ES (маусым 1998). «Прокаспаза-9-ны Apaf-1-делдалды олигомеризациямен автоактивациялау». Молекулалық жасуша. 1 (7): 949–57. дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80095-7. PMID 9651578.
Cecconi F, Alvarez-Bolado G, Meyer BI, Roth KA, Gruss P (қыркүйек 1998). «Apaf1 (CED-4 гомологы) сүтқоректілердің дамуындағы бағдарламаланған жасуша өлімін реттейді». Ұяшық. 94 (6): 727–37. дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81732-8. PMID 9753320.
Inohara N, Gourley TS, Carrio R, Muñiz M, Merino J, Garcia I, Koseki T, Hu Y, Chen S, Núñez G (желтоқсан 1998). «Diva, Bcl-2 гомологы, ол тікелей Apaf-1-мен байланысады және BH3 тәуелсіз жасуша өлімін тудырады». Биологиялық химия журналы. 273 (49): 32479–86. дои:10.1074 / jbc.273.49.32479. PMID 9829980.
Ху Ю, Дин Л, Спенсер Д.М., Нуньес Г (желтоқсан 1998). «WD-40 қайталанатын аймақ Apaf-1 өзін-өзі бірлестігін және procaspase-9 активациясын реттейді». Биологиялық химия журналы. 273 (50): 33489–94. дои:10.1074 / jbc.273.50.33489. PMID 9837928.
Ән Q, Куанг Ю, Диксит В.М., Винценц С (қаңтар 1999). «Boo, жасуша өлімінің жаңа реттегіші, Apaf-1-мен әрекеттеседі». EMBO журналы. 18 (1): 167–78. дои:10.1093 / emboj / 18.1.167. PMC 1171112. PMID 9878060.
Slee EA, Harte MT, Kluck RM, Wolf BB, Casiano CA, Newmeyer DD, Wang HG, Reed JC, Nicholson DW, Alnemri ES, Green DR, Martin SJ (қаңтар 1999). «Цитохромды с-басталған каскас каскадына тапсырыс беру: каспаздарға-2, -3, -6, -7, -8 және -10 каспазаларына тәуелді түрде иерархиялық активация». Жасуша биологиясының журналы. 144 (2): 281–92. дои:10.1083 / jcb.144.2.281. PMC 2132895. PMID 9922454.
Zou H, Li Y, Liu X, Wang X (сәуір 1999). «APAF-1. цитохром с мультимериялық кешені - бұл прокаспаза-9-ны белсендіретін функционалды апоптосома». Биологиялық химия журналы. 274 (17): 11549–56. дои:10.1074 / jbc.274.17.11549. PMID 10206961.
Салех А, Сринивасула С.М., Ачария С, Фишел Р, Алнемри Э.С. (маусым 1999). «Апаф-1 цитохромы с және dATP-дегі олигомеризация - бұл прокаспаза-9 активациясының алғышарты». Биологиялық химия журналы. 274 (25): 17941–5. дои:10.1074 / jbc.274.25.17941. PMID 10364241.
Qin H, Srinivasula SM, Wu G, Fernandes-Alnemri T, Alnemri ES, Shi Y (маусым 1999). «Пропаспаза-9 апоптотикалық протеазаны активтендіретін 1 фактормен қабылдаудың құрылымдық негізі». Табиғат. 399 (6736): 549–57. дои:10.1038/21124. PMID 10376594. S2CID 4403525.
Drosopoulos NE, Walsh FS, Doherty P (маусым 1999). «Тирозинфосфатаза ақуызының рецептор тәрізді протеинінің еритін нұсқасы Grb2 / MEK1 тәуелді сигнал каскады арқылы нейриттің өсуін ынталандырады». Молекулалық және жасушалық нейрология. 13 (6): 441–9. дои:10.1006 / mcne.1999.0758. PMID 10383829. S2CID 35458154.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000120868 - Ансамбль, Мамыр 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000019979 - Ансамбль, Мамыр 2017

[3] «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.

[4] «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.

[entrez-5] а ^б «Entrez Gene: APAF1 апоптотикалық пептидазаны белсендіретін фактор 1».

[pmid9267021-6] Zou H, Henzel WJ, Liu X, Lutschg A, Wang X (1997 ж. Тамыз). «Адам ақуызы C. elegans CED-4-ке гомологты, ақпаз-3 цитохромға тәуелді активацияға қатысады». Ұяшық. 90 (3): 405–13. дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80501-2. PMID 9267021. S2CID 18105320.

[pmid10702682-7] Ким Х, Джунг Ю.К., Квон Ю.К., Парк Ш.Ш. (1999). «Адамның хромосома 12q23 жолағына апоптотикалық протеазды активтендіретін фактор-1 генін тағайындау (APAF1) флуоресцентті in situ будандастыру арқылы». Цитогенетика және жасуша генетикасы. 87 (3–4): 252–3. дои:10.1159/000015436. PMID 10702682. S2CID 10377371.

[pmid16630894-8] Pop C, Timmer J, Sperandio S, Salvesen GS (сәуір 2006). «Апоптосома каспаза-9-ны димерлеу арқылы белсендіреді». Молекулалық жасуша. 22 (2): 269–75. дои:10.1016 / j.molcel.2006.03.009. PMID 16630894.

[pmid15829969-9] Riedl SJ, Li W, Chao Y, Schwarzenbacher R, Shi Y (сәуір 2005). «АДФ-пен байланысқан 1 апоптотикалық протеазаны белсендіретін фактордың құрылымы». Табиғат. 434 (7035): 926–33. дои:10.1038 / табиғат03465. PMID 15829969. S2CID 4355459.

[pmid15262985-10] а ^б Cho DH, Hong YM, Lee HJ, Woo HN, Pyo JO, Mak TW, Jung YK (қыркүйек 2004). «Апап-1-өзара әрекеттесетін ақуыздың APIP, ишемиялық / гипоксиялық зақымданудың индукциялық ингибициясы». Биологиялық химия журналы. 279 (38): 39942–50. дои:10.1074 / jbc.M405747200. PMID 15262985.

[pmid9539746-11] а ^б Ху Ю, Бенедикт М.А., Ву Д, Инохара Н, Нуньес Г (сәуір 1998). «Bcl-XL Apaf-1-мен әрекеттеседі және Apaf-1-ге тәуелді каспаза-9 активациясын тежейді». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 95 (8): 4386–91. дои:10.1073 / pnas.95.8.4386. PMC 22498. PMID 9539746.

[pmid9488720-12] а ^б Pan G, O'Rourke K, Dixit VM (наурыз 1998). «Caspase-9, Bcl-XL және Apaf-1 үштік кешен құрайды». Биологиялық химия журналы. 273 (10): 5841–5. дои:10.1074 / jbc.273.10.5841. PMID 9488720.

[pmid11113115-13] а ^б Chu ZL, Pio F, Xie Z, Welsh K, Krajewska M, Krajewski S, Godzik A, Reed JC (наурыз, 2001). «Цитохромды с-тәуелді каспазаның активациясына және апоптозға қатысатын Apaf1 апоптосомасының жаңа күшейткіші». Биологиялық химия журналы. 276 (12): 9239–45. дои:10.1074 / jbc.M006309200. PMID 11113115.

[pmid9390557-14] Li P, Nijhawan D, Budihardjo I, Srinivasula SM, Ahmad M, Alnemri ES, Wang X (қараша 1997). «Apaf-1 / caspase-9 кешенінің цитохромды с және dATP тәуелді түзілуі апоптотикалық протеаза каскадын бастайды». Ұяшық. 91 (4): 479–89. дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 80434-1. PMID 9390557. S2CID 14321446.

[pmid10934467-15] Салех А, Сринивасула С.М., Балкир Л, Роббинс П.Д., Алнемри ES (тамыз 2000). «Hsp70 арқылы Apaf-1 апоптосомасының теріс реттелуі». Табиғи жасуша биологиясы. 2 (8): 476–83. дои:10.1038/35019510. PMID 10934467. S2CID 20374981.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]