TEX9 - TEX9

TEX9
Идентификаторлар
Бүркеншік аттарTEX9, тестис 9 білдірді
Сыртқы жеке куәліктерMGI: 1201610 HomoloGene: 32072 Ген-карталар: TEX9
Геннің орналасуы (адам)
15-хромосома (адам)
Хр.15-хромосома (адам)[1]
15-хромосома (адам)
TEX9 үшін геномдық орналасу
TEX9 үшін геномдық орналасу
Топ15q21.3Бастау56,244,009 bp[1]
Соңы56,445,997 bp[1]
Ортологтар
ТүрлерАдамТышқан
Энтрез

374618

21778

Ансамбль

ENSG00000151575

ENSMUSG00000090626

UniProt

Q8N6V9

Q9D845

RefSeq (mRNA)

NM_001286449
NM_198524

NM_009359

RefSeq (ақуыз)

NP_001273378
NP_940926

NP_033385

Орналасқан жері (UCSC)Хр 15: 56.24 - 56.45 МбChr 9: 72.45 - 72.49 Mb
PubMed іздеу[3][4]
Уикидеректер
Адамды қарау / өңдеуТінтуірді қарау / өңдеу

Тестиспен өрнектелген ақуыз 9 Бұл ақуыз адамдарда TEX9 кодталған ген. 391 ұзындықты кодтайтын TEX9 амин қышқылы құрамында екі ширатылған катушка аймақтар.[5] Ген көптеген түрлерде және кодтарда сақталады ортологиялық ақуыздар эвкария, архей, және бір түрі бактериялар.[6] TEX9 функциясы әлі толық түсінілмеген, бірақ оны ұсынған ATP-байланыстырушы мүмкіндіктері.[5]

Джин

Локус

TEX9 15q21.3 орналасқан және 18 бар экзондар.[5] Алайда, кейбір экзондар қабаттасады; сондықтан, тек 13-ті ажыратуға болатын экзондар бар адам геномы.[7] TEX9 орналасқан сезімталдық және 56,365,573 базасынан 56,428,441-ге дейін созылады. TEX9 гендер аймағында орналасқан CD24P2, RFX7, MNS1, және HMGB1P33.[5][8]

Транскрипцияны реттеу

The промоутер TEX9 үшін 15-ші хромосоманың сезімтал тізбегі бойынша 56,364,254-тен 56,365,775-ке дейін созылып, GXP_7531542 болатын 19 тірек транскриптінің көмегімен анықталды.[9] Бірқатар транскрипция факторлары а матрицалық ұқсастық 0,780-ден үлкен немесе теңестіріледі, олар реттеледі деп болжануда транскрипция TEX9 сәйкесінше төменде келтірілген байланыстыратын сайт:

Транскрипция факторыСайтты байланыстыруStrand
Эстрогенге жауап беретін элементтер (ER альфа)ATTGGTCAGGCTGGTCTTG+
Ретиноидты рецептормен байланысты тестиспен байланысты рецепторCCGACCAGAACTTGAGGGT және

TTGTAATTCAAGGTCATAA

- және +
Қатерлі ісік кезінде гиперметилденген 1CTCTGCCCAGCCT және CTTCACCCGTGAT+ және -
Т-қорап TF TBX21, димерлі байланыстыру орныTACTGCTTTTGGTGTCATATCTAAG+
Sine oculis homeobox гомолог 4CTTTTGGTGTCATAT+
Экотропты вирустық интеграция алаңы 1 кодталған коэффициент, амин-терминалды мырыш саусақ доменіAAAACCACAGTATAGAT-
Эстрогенмен байланысты рецепторлық альфаGAATTGTAATTCAAGGTCATAAA және AGTGATTTGCCCAAGG / CCATATA+ және +
Х, 4 реттеуші факторTTAGGTCTTTGATACATT және AGCCATTGGCGCAGCGTCA+ және -
Қалқанша безінің гормонының рецепторы, бетаTCGAGGATTCAAATCCAGAAACT және CTGGTATGTAGTATAGTGCCA- және -
Гомеодомендік ақуыз NKX3.2ACTGTGAAGTGGGCACTAT+
Lentivirus LTR TATA қорапшасыCCATATAACTGGTAAGT+
Cdx-2 сүтқоректілердің каудальды ішегіне байланысты TFGTTCCGGTATATTGACCAT-
GA байланыстыратын ақуыз TF, альфаCTCTCGCGGGAAGATGCGTCG+
Иіс сезу нейронына тән факторACCTTTGAGAGCGCCCTTCTACG-
Бүйрекпен байытылған круппел тәрізді факторGAAGATGGCGGGGCGAAGT+
Адамның тіндік үлгілеріндегі TEX9 экспрессиясы

Өрнек

Өрнегі TEX9 ең жоғары аталық без, содан кейін Қалқанша безі, он екі елі ішек, және бүйрек, дегенмен басқа маталар TEX9 экспрессиясын көрсеткен.[5] TEX9 цитоплазмасында немесе ядросында жасуша ішілік оқшаулау болады деп күтілуде.[10]

мРНҚ

Isoform 1 сипаттамалары

Isoform TEX9-дің 1-інде а 5 'UTR 27 базалық жұптан тұратын аймақ және а 3 'UTR 356 базалық жұптан тұратын аймақ.[11] Транскрипт 1559 негізгі жұптан тұрады.[12]

Қосымша Бастапқы реттілік және нұсқалары (Isoforms)

TEX9 изоформаларына аз таралған изоформалар жатады: 2, X1, X2, X3, X4, X5 және X6.[5]

Ақуыз

Теориялық молекулалық массасы 391 амин қышқылы TEX9 ақуызының 45кДа және теориялық pI 6.[13] Алайда, эксперименталды молекулалық массасы ~ 55кДа екені көрсетілген.[14]

Домендер, мотивтер және Екінші құрылым

Ең айқын домендер TEX9-де 32-59 және 194-351 аминқышқылдары бар екі ширатылған катушкалар аймағы орналасқан.[15] Ақуыз ішіндегі қайталанатын домендерге ALEE (34-37 және 302-305) және EKYK (251-254 және 307-310) жатады.[16] TEX9 тағы басқалары бар глутамат, лизин, және глутамин қалдықтар және одан аз глицин адамның әдеттегі ақуызымен салыстырғанда қалдықтар.[16]

Аудармадан кейінгі модификация

TEX9 көрсетілген болатын фосфорланған тирозин (Y) қалдықтары кезінде 85 және 264, ал а екі жақтылық 159-де лизин (К) қалдықтарындағы сайт.[12] Басқа бірнеше фосфорлану болады деп болжануда, гликация, 0-бета-GlcNAc және СУМО ақуыздың қосылатын жерлері.[17][18][19][20]

Үшінші құрылым

TEX9 изоформасы 1 фосфорлану (қызғылт сары) және барлық жерде (көк) орналасуымен. Құрылым 99% сенімділікке және 98% қамтуға ие.[10]

TEX9-дің екі ширатылған аймағы оның үшінші құрылымын құрайды және оны Phyre2-ден болжанған құрылымды қолданып көруге болады.[10] Құрылымда фосфорланған екі белгілі учаске және бір жерде таралған сайт көрсетілген.

Төрттік құрылым және ақуыздардың өзара әрекеттесуі

TEX9 эксперименталды түрде өзара әрекеттесетіні анықталды ширатылған катушка құрамында 112 (CCDC112), хромосома 20 ашық оқудың жақтауы 112 (C20orf112) және нуклеолярлық ақуыз 4 (NOL4 ).[21] Текстинг TEX9-мен де өзара әрекеттесуді ұсынды хош иіс рецептор, 4-отбасы, С семьясы, 3-мүше, одорантты рецептор (OR4C3 ).[21] Басқа өзара әрекеттесулерге адам гендерінің гендік өнімдері жатады NOL4-2 (белгісіз жерде), GOGA2 (cis-Голги желілік мембрана, шпиндель полюсі цитоскелет, және ER-Golgi аралық бөлім мембрана), және KDM1A (ішінде ядро ).[13] TEX9 арасындағы тағы бір өзара әрекеттесу молекулалық салмағы 11кДа болатын SUMO ақуызымен қосылуды қамтиды.[20] Іске асырылған TEX9 қуаты 55 кДа, ал теориялық қуаты 45 кДа құрайды, бұл өзара әрекеттесудің дәлелі болып табылады.[22]

Гомология және эволюция

Паралогтар

Жоқ параллельдер адамдардағы TEX9.[23]

Ортологтар

TEX9 бар гомологтар 260-тан астам организмдерде, соның ішінде омыртқалылар, омыртқасыздар, архей, және бір түрі бактериялар.[5] TEX9 құрғақ өсімдіктерден басқа организмдердің барлық қабаттарында табылған.[23]

Тұқымдас түрлерЖалпы атыТаксономиялық топДивергенция (MYA)Қосылу нөміріДәйекті. Ұзындығы (аа)Корр. HP-ге идентификатор (%)Корр. Sim. НР-ге (%)
Homo sapiensАдамХоминини0NP_940926.1391100100
Пан панискусБонобоПримат6.65XP_008951441.13919999
Loxodonta africanaАфрика бұтасы / саванна піліСүтқоректілер105XP_010596294.13918390
Apteryx rowiОкарито (қоңыр) кивиҚұс312XP_025916696.14226174
Gekko japonicusГекконға қоңырау шалуЖорғалаушы312XP_015264647.13594963
Xenopus laevisАфрикалық тырнақталған бақаҚосмекенді352XP_018108534.14346076
Astyanax mexicanusМексикалық тетра / соқыр үңгір балықтарыСүйекті балықтар432XP_007244936.23945168
Apostichopus japonicusЖапондық (тікенді) теңіз қиярыЭхинодермата684PIK45906.14044356
Capitella teletaКапителлаАннелида797ELT92672.12573445
Anoplophora glabripennisАзиялық ұзын мүйізді қоңызМоллуска797XP_018561745.12591831
Pocillopora damicornisТүсті қырыққабат (шілтер) маржанКнидария824XP_027039795.13874260
Clonorchis sinensisҚытай бауырының флюкасыПлатилельминттер824RJW72461.19522741
Echinococcus multilocularisЭхинококкПлатилельминттер824CDS43228.12991833
Trichoplax sp. H2ТрихоплаксПлакозоа948RDD37208.14513044
Amphimedon queenslandicaАмфимедонПорифера951.8XP_003384031.23392741
Spizellomyces punctatus DAOM BR117SpizellomycesХитрид (саңырауқұлақтар)1105XP_016611327.13733152
Planoprotostelium fungivorumПланопротостелийАмебозоа (протист)1480PRP73397.13731218
Клебсормидиум нитендеріКлебсормидиумХарофит (жасыл балдырлар)1496GAQ91967.13452945
Hondaea fermentalgianaХондаеаСтраменопилдер (протист)1768GBG25987.13792235
Камерондар ATCC 50062-ге түседіКамоналарАпусозоа (протист)2101XP_013753981.13241323
Chlamydia trachomatisХламидияБактериялар4290CPS19605.1721414
TEX9 мутация жылдамдығы фибриногенмен, бета-глобинмен және цитохроммен салыстырғанда.

TEX9 үшін салыстырмалы өзгеру жылдамдығы салыстырмалы түрде баяу фибриноген және бета-глобин, бірақ баяу емес цитохром с.[24]

Гомологиялық домендер

Адамдар мен басқа организмдер арасында көбірек сақталған TEX9 бірізділігі екі орамалы аймақта кездеседі, мұнда кейбір аминқышқылдары омыртқалыларда, омыртқасыздарда және микроорганизмдерде сақталады. Бактериялық ортолог омыртқасыздарға немесе микроорганизмдерге қарағанда омыртқалыларға көп ұқсайды.

Филогения

TEX9 ортологтарының тамырсыз филогенетикалық ағашы. Тармақ ұзындығы организмдер арасындағы салыстырмалы эволюциялық қашықтықты білдіреді.

TEX9-тің ортологтарының барлығы гендерден басқа бір ортақ атадан алынған Хламидия, бұл адамдардан бактерияға өтті деп саналады.[25]

Клиникалық маңызы

Патология

Ешбір аурудың TEX9-пен тікелей байланысы жоқ екендігі көрсетілмеген, бірақ кейбір корреляциялар табылды эстроген рецепторы құлату және TEX9 өрнегін жоғарылату[26] Сонымен қатар тік ішек рагы TEX9 өрнегі төмендеген ұяшықтар.[27]

Аурулар қауымдастығы

Төмен өрнегі TEX9 өсуін арттыратыны көрсетілген иммунокомпетентті тышқандар, бірақ кірмейді иммунитеті әлсіреген тышқандар.[28] Бұл нәтиже TEX9 а ретінде жұмыс істей алады деген болжам жасады ісік антигені кейбір ісіктерде. TEX9 ақуызының мутациясы белгілі бір қатерлі ісіктерден алынған ісіктердің 1-2% -ында, соның ішінде табылған эндометрия, бас және мойын, колоректальды және қабыршақ өкпе.[29]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000151575 - Ансамбль, Мамыр 2017
  2. ^ а б c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000090626 - Ансамбль, Мамыр 2017
  3. ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  4. ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  5. ^ а б c г. e f ж «TEX9 тестисі 9 білдірді [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-02-08.
  6. ^ «BLAST: Негізгі туралау іздеу құралы». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-02-25.
  7. ^ «Пайдаланушылар тізбегі және Геномик». genome.ucsc.edu. Алынған 2019-02-25.
  8. ^ «Адамның BLAT іздеуі». genome.ucsc.edu. Алынған 2019-04-21.
  9. ^ «Genomatix: Кіру парағы». www.genomatix.de. Алынған 2019-05-05.
  10. ^ а б c «TEX9_____ фира 2-ді c1ciiA_-мен туралау». www.sbg.bio.ic.ac.uk. Алынған 2019-05-05.
  11. ^ «Тізбектегі утилиталар». www.bioline.com. Алынған 2019-05-05.
  12. ^ а б «тестиспен көрсетілген ақуыз 9 изоформ 1 [Homo sapiens] - ақуыз - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-02-08.
  13. ^ а б «TEX9 - тестиспен көрсетілген ақуыз 9 - хомо сапиенс (адам) - TEX9 гені және ақуыз». www.uniprot.org. Алынған 2019-02-08.
  14. ^ «TEX9 - антиденелер - адамның ақуыздық атласы». www.proteinatlas.org. Алынған 2019-05-05.
  15. ^ «COILS сервері». embnet.vital-it.ch. Алынған 2019-04-21.
  16. ^ а б «SAPS <Реттілік статистикасы . www.ebi.ac.uk. Алынған 2019-04-21.
  17. ^ «NetPhos 3.1 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2019-05-05.
  18. ^ «YinOYang 1.2 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2019-05-05.
  19. ^ «NetGlycate 1.0 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2019-05-05.
  20. ^ а б «SUMOplot ™ талдау бағдарламасы |. www.abgent.com. Алынған 2019-05-05.
  21. ^ а б «TEX9 ақуызы (адам) - STRING өзара әрекеттесу желісі». version-10-5.string-db.org. Алынған 2019-02-08.
  22. ^ «SUMO болжамы». Алынған 20 сәуір 2019.
  23. ^ а б «Ақуыз BLAST: ақуыз туралы сұранысты қолданып ақуыздың мәліметтер базасын іздеу. blast.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-04-21.
  24. ^ «TimeTree :: Timescale Life». timetree.org. Алынған 2019-05-05.
  25. ^ «Бактериялар мен адамдар ДНҚ-ны мыңжылдықтармен алмастырды». The Scientist Magazine®. Алынған 2019-05-05.
  26. ^ «GDS4061 / 243198_at». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-04-21.
  27. ^ «GDS4511 / 243198_at». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2019-04-21.
  28. ^ Shuptrine CW, Ajina R, Fertig EJ, Jablonski SA, Kim Lyerly H, Hartman ZC, Weiner LM (желтоқсан 2017). «Тышқандардағы in vivo функционалды геномикалы скрининг әдісі иммунды қабылдамаудың жаңа ісік жасушаларына негізделген реттегіштерін анықтайды». Қатерлі ісік иммунологиясы, иммунотерапия. 66 (12): 1529–1544. дои:10.1007 / s00262-017-2047-2. PMC  5854209. PMID  28770278.
  29. ^ «TEX9 (адам)». www.phosphosite.org. Алынған 2019-02-08.