CBX5 (ген) - CBX5 (gene)

CBX5
Protein CBX5 PDB 3FDT.png
Қол жетімді құрылымдар
PDBОртологиялық іздеу: PDBe RCSB
Идентификаторлар
Бүркеншік аттарCBX5, HEL25, HP1, HP1A, хромобокс 5
Сыртқы жеке куәліктерOMIM: 604478 MGI: 109372 HomoloGene: 7257 Ген-карталар: CBX5
Геннің орналасуы (адам)
12-хромосома (адам)
Хр.12-хромосома (адам)[1]
12-хромосома (адам)
Genomic location for CBX5
Genomic location for CBX5
Топ12q13.13Бастау54,230,942 bp[1]
Соңы54,280,133 bp[1]
РНҚ экспрессиясы өрнек
PBB GE CBX5 209715 at fs.png
Қосымша сілтеме өрнегі туралы деректер
Ортологтар
ТүрлерАдамТышқан
Энтрез
Ансамбль
UniProt
RefSeq (mRNA)

NM_012117
NM_001127321
NM_001127322

NM_001076789
NM_001110216
NM_007626
NM_001358950

RefSeq (ақуыз)

NP_001120793
NP_001120794
NP_036249

NP_001070257
NP_001103686
NP_031652
NP_001345879

Орналасқан жері (UCSC)Chr 12: 54.23 - 54.28 MbХр 15: 103.19 - 103.24 Мб
PubMed іздеу[3][4]
Уикидеректер
Адамды қарау / өңдеуТінтуірді қарау / өңдеу

Хромобокс ақуызының гомологы 5 Бұл ақуыз адамдарда кодталған CBX5 ген.[5][6] Бұл өте сақталған, гистонсыз ақуыз бөлігі гетерохроматиндер тұқымдасы. Ақуыздың өзі көбінесе HP1α деп аталады (адамдарда).[дәйексөз қажет ] Гетерохроматин протеин-1 (HP1) метилирленген лизиндердің қалдықтарына әсер ететін N-терминалды доменге ие, эпигенетикалық репрессияға әкеледі.[7] Бұл ақуыздың C-терминалында хромдық көлеңке-домені (CSD) бар гомодимерлеу, сондай-ақ хроматинмен байланысты әртүрлі, гистон емес ақуыздармен әрекеттеседі.[8]

Құрылым

HP1α - ұзындығы 6 экзоннан тұратын 191 амин қышқылы.[7][8] Жоғарыда айтылғандай, бұл ақуыз екі доменді қамтиды, олар N-терминалды хромодомен (CD) және C-терминалды хромошеңдік домен (CSD). CD 9 гистонмен метилирленген лизин қалдықтары арқылы 9-позицияда байланысады (H3K9), ал C-терминалы CSD гомодимерленеді және басқа хроматинмен байланысты, гистонға жатпайтын ақуыздармен әрекеттеседі.[8] Бұл екі доменді біріктіру - бұл топсалы аймақ.[9]

Хромодомин

Аударылғаннан кейін хромодомен үш β-парақтан және бір α-спиралдан тұратын шар тәрізді конформацияны алады. Парақтар карбоксидтік терминал сегментінде спиральға қарсы салынған.[9] Парақтардағы зарядтар теріс, сондықтан оның ДНҚ-ға ДНҚ-мен байланысатын мотив ретінде байланысуын қиындатады. Оның орнына HP1α гистондармен ақуыздың өзара әрекеттесу мотиві ретінде байланысады.[8] Метилденген H3K9-мен CD-ге ерекше байланыс «гидрофобты қорап» деп аталатын үш гидрофобты бүйірлік тізбектің көмегімен жүзеге асырылады. HP1-дегі басқа учаскелер көршілес гистондардан шыққан H3 құйрықтарымен әрекеттеседі, бұл гистондардың икемді N-терминал құйрығына құрылым береді. Көршілес H3 гистондары құйрықтарды трансляциядан кейінгі модификациялау арқылы HP1 байланысына әсер етуі мүмкін.[9]

Chromoshadow домені

CSD CD-ге ұқсас. Ол үш г-парақты қамтитын глобулалық конформацияға ие, бірақ CD-дегіден гөрі екі α-спиральға ие.[9] CSD оңай гомодимерленеді in vitro Нәтижесінде белгілі бір консенсус дәйектілігі бар HP1 байланысқан ақуыздарды орналастыруға болатын ойық пайда болады: PxVxL, мұндағы P - пролин, V - валин, L - лейцин және х - кез-келген аминқышқылы.[8]

Қимыл механизмі

HP1α, ең алдымен, CD мен метил H3K9 белгісінің өзара әсерлесуіне тәуелді гендердің тыныштандырғышы ретінде жұмыс істейді.[10] CD ішіндегі гидрофобты қорап метилирленген лизин қалдықтары үшін тиісті ортаны қамтамасыз етеді. Гендердің тынышталуының нақты механизмі белгісіз болғанымен, эксперименттік мәліметтер гетерохроматин аймағында және одан биологиялық макромолекулалардың жылдам алмасуын қорытындылады. Бұл HP1 гетерохроматинді ұстайтын желім ретінде әрекет етпейтіндігін көрсетеді, бірақ гендердің репрессиясына әкелетін жабық кешен немесе геннің активациясы бар ашық, эвхроматин құрылымын құру үшін өзара әрекеттесетін бәсекелес молекулалар бар. HP1 концентрациясы хромосоманың метилденген H3K9 қалдықтары орналасқан аймақтарында жоғары және статикалық болып, хромосомаға оның жабық, гендік репрессияланған гетерохроматин құрылымын береді.[9] Сондай-ақ, H3 лизині неғұрлым метилденген болса, соғұрлым HP1-тің оған деген жақындығы жоғары болатындығы көрсетілген. Яғни триметилденген лизиннің қалдықтары HP1-пен диметилденген қалдықтарға қарағанда тығыз байланысады, олар монометилденген қалдықтарға қарағанда жақсы байланысады.

Локализация факторы қазіргі уақытта белгісіз.[9]

Эволюциялық консервация

HP1α - жоғары эволюциялық консервіленген ақуыз, мұндай а Шизосахаромицес помбы, ашытқы түрі, адамға дейін.[9] N-терминалды хромодомен мен C-терминалды хромосфералық домен топса аймағына қарағанда әлдеқайда көп сақталған (шамамен 50-70% аминқышқылдарының ұқсастығы) көрінеді (шамамен 25-30% ұқсастық) Дрозофила HP1 гомологы).[9]

Өзара әрекеттесу

CBX5 (ген) көрсетілген өзара әрекеттесу бірге:

Сондай-ақ қараңыз

Пайдаланылған әдебиеттер

  1. ^ а б c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000094916 - Ансамбль, Мамыр 2017
  2. ^ а б c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000009575 - Ансамбль, Мамыр 2017
  3. ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  4. ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  5. ^ Ye Q, Worman HJ (маусым 1996). «Ядролық қабықшаның интегралды ақуызы мен Drosophila HP1-ге гомологты адамның хромодомендік ақуыздарының өзара әрекеттесуі». Биологиялық химия журналы. 271 (25): 14653–6. дои:10.1074 / jbc.271.25.14653. PMID  8663349. S2CID  23643628.
  6. ^ «Entrez Gene: CBX5 хромобокс гомологы 5 (HP1 альфа гомологы, дрозофила)».
  7. ^ а б «OMIM Entry- * 604478 - CHROMOBOX HOMOLOG 5; CBX5». omim.org. Алынған 2015-11-02.
  8. ^ а б c г. e Lomberk G, Wallrath L, Urrutia R (2006). «Гетерохроматин ақуызы 1 отбасы». Геном Биол. 7 (7): 228. дои:10.1186 / gb-2006-7-7-228. PMC  1779566. PMID  17224041.
  9. ^ а б c г. e f ж сағ Хирагами, К (15 тамыз 2005). «Гетерохроматин протеині 1: кең таралатын бақылаушы әсер». Жасушалық және молекулалық өмір туралы ғылымдар. 62 (23): 2711–2726. дои:10.1007 / s00018-005-5287-9. PMID  16261261. S2CID  31117054.
  10. ^ «CBX5 хромобокс гомологы 5 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2015-10-16.
  11. ^ а б c Нильсен АЛ, Оулад-Абделгани М, Ортиз Дж.А., Рембуцика Е, Чамбон П, Лоссон Р (сәуір 2001). «Сүтқоректілердің жасушаларында гетерохроматин түзілуі: гистондар мен HP1 ақуыздарының өзара әрекеттесуі». Молекулалық жасуша. 7 (4): 729–39. дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00218-0. PMID  11336697.
  12. ^ а б Риз Б.Е., Бахман К.Е., Бэйлин С.Б., Ронтри MR (мамыр 2003). «Метил-CpG байланыстыратын протеин MBD1 хроматинді жинау коэффициентінің p150 суббірлігімен өзара әрекеттеседі». Молекулалық және жасушалық биология. 23 (9): 3226–36. дои:10.1128 / mcb.23.9.3226-3236.2003. PMC  153189. PMID  12697822.
  13. ^ а б Lechner MS, Begg GE, Speicher DW, Rauscher FJ (қыркүйек 2000). «Гетерохроматин протеинінің генетикасын тыныштандыруға бағытталған молекулярлық детерминанттар: тікелей хромасоялық домен-KAP-1 корепрессорының өзара әрекеттесуі өте маңызды». Молекулалық және жасушалық биология. 20 (17): 6449–65. дои:10.1128 / mcb.20.17.6449-6465.2000. PMC  86120. PMID  10938122.
  14. ^ Lehnertz B, Ueda Y, Derijck AA, Braunschweig U, Perez-Burgos L, Kubicek S, Chen T, Li E, Jenuwein T, Peters AH (шілде 2003). «Сув39h-медиациялы гистон Н3 лизин 9 метилденуі ДНҚ метилденуін перицентрикалық гетерохроматин кезіндегі спутниктің негізгі қайталануларына бағыттайды». Қазіргі биология. 13 (14): 1192–200. дои:10.1016 / s0960-9822 (03) 00432-9. PMID  12867029. S2CID  2320997.
  15. ^ а б c г. Zhang CL, McKinsey TA, Olson EN (қазан 2002). «II дәрежелі гистон деацетилазаларының гетерохроматин ақуызымен ассоциациясы: бұлшықет дифференциациясын басқарудағы гистон метилденуінің әлеуетті рөлі». Молекулалық және жасушалық биология. 22 (20): 7302–12. дои:10.1128 / mcb.22.20.7302-7312.2002. PMC  139799. PMID  12242305.
  16. ^ Song K, Jung Y, Jung D, Lee I (наурыз 2001). «Адам Ku70 гетерохроматин протеині 1алфамен өзара әрекеттеседі». Биологиялық химия журналы. 276 (11): 8321–7. дои:10.1074 / jbc.M008779200. PMID  11112778. S2CID  84712852.
  17. ^ Ye Q, Worman HJ (маусым 1996). «Ядролық қабықшаның интегралды ақуызы мен Drosophila HP1-ге гомологты адамның хромодомендік ақуыздарының өзара әрекеттесуі». Биологиялық химия журналы. 271 (25): 14653–6. дои:10.1074 / jbc.271.25.14653. PMID  8663349. S2CID  23643628.
  18. ^ а б Фуджита Н, Ватанабе С, Ичимура Т, Цурузое С, Шинкай Ю, Тачибана М, Чиба Т, Накао М (маусым 2003). «Метил-CpG байланыстырушы домені 1 (MBD1) ДНҚ метилленуіне негізделген транскрипциялық репрессия үшін Сув39х1-HP1 гетерохроматикалық кешенімен өзара әрекеттеседі». Биологиялық химия журналы. 278 (26): 24132–8. дои:10.1074 / jbc.M302283200. PMID  12711603. S2CID  24340120.
  19. ^ Obuse C, Iwasaki O, Kiyomitsu T, Goshima G, Toyoda Y, Yanagida M (қараша 2004). «Консервіленген Mis12 центромер кешені гетерохроматикалық HP1 және Zwint-1 сыртқы кинетохор ақуызымен байланысты». Табиғи жасуша биологиясы. 6 (11): 1135–41. дои:10.1038 / ncb1187. PMID  15502821. S2CID  39408000.
  20. ^ а б Нильсен АЛ, Санчес С, Ичиноз Н, Сервиньо М, Леруж Т, Шамбон П, Лоссон R (қараша 2002). «BRG1 хроматинді қайта құру факторы мен гетерохроматинмен байланысты HP1alpha протеині арасындағы селективті өзара әрекеттесу». EMBO журналы. 21 (21): 5797–806. дои:10.1093 / emboj / cdf560. PMC  131057. PMID  12411497.
  21. ^ Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Смоляр А, Босак С, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill Hill, Roth FP, Vidal M (қазан 2005). «Адамның протеин-протеинмен өзара әрекеттесу желісінің протеома-масштабты картасына қарай». Табиғат. 437 (7062): 1173–8. дои:10.1038 / табиғат04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
  22. ^ Vassallo MF, Tanese N (сәуір 2002). «HP1-мен адамның TAFII130-мен изоформалық өзара әрекеттесуі». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 99 (9): 5919–24. дои:10.1073 / pnas.092025499. PMC  122877. PMID  11959914.
  23. ^ Cammas F, Oulad-Abdelghani M, Vonesch JL, Huss-Garcia Y, Chambon P, Losson R (қыркүйек 2002). «Жасушалардың дифференциациясы T1F1beta-ны HP1 өзара әрекеттесуі арқылы центромерлі гетерохроматинмен байланыстырады». Cell Science журналы. 115 (Pt 17): 3439-48. PMID  12154074.
  24. ^ Ху X, Дутта П, Цуруми А, Ли Дж, Ванг Дж, Лэнд Н, Ли ВХ (маусым 2013). «Фосфорланбаған STAT5A гетерохроматинді тұрақтандырады және ісіктің өсуін басады». Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (25): 10213–10218. дои:10.1073 / pnas.1221243110. PMC  3690839. PMID  23733954.

Әрі қарай оқу

Сыртқы сілтемелер