YkkC-yxkD көшбасшысы - YkkC-yxkD leader

ykkC-yxkD көшбасшысы
RF00442.jpg
Идентификаторлар
ТаңбаykkC-yxkD
РфамRF00442
Басқа деректер
РНҚ түріCis-reg; рибосвич
Домен (дер)Бактериялар
СОSO: 0000233
PDB құрылымдарPDBe

The ykkC / yxkD көшбасшысы Бұл сақталған РНҚ құрылымы табылды ағынмен ykkC және yxkD гендерінің Bacillus subtilis және басқа бактериялардағы гендер. Бұл отбасының қызметі көптеген жылдар бойы түсініксіз болғанымен, оны қосу үшін жұмыс істеуі мүмкін деген болжам айтылған ағынды сорғылар және қоршаған ортаның зиянды молекулаларына жауап ретінде детоксикация жүйесі.[1] The Thermoanaerobacter tengcongensis жүйелі AE013027 қабаттасады пурин рибосы бұл екеуін ұсынады рибостық қосқыштар TTE0584 кодтары бар жоғары генді реттеу үшін бірге жұмыс істей алады (Q8RC62), мүшесі пермеаз отбасы.

Нельсон және басқалар[2] бұл рибосвичтің сезінетінін және оған жауап беретінін көрсетті гуанидин және ол қайта аталды Гуанидин-I рибосвич. Сонымен қатар, олар бактериялардың гуанидинді эндогендік жолмен өндіруге қабілетті екендігін көрсетті және рибосвич бактериялардың улы қосылысы ретінде гуанидинді модификациялауға немесе сорып алуға қатысатын гендерді басқарады. Рибосвичтің лигандпен байланысқан кристалдық құрылымдары да анықталды.[3][4]

The mini-ykkC РНҚ мотиві бұл болжамды cis-шамамен реттейтін реттеуші элемент гендер реттейтіндерге Гуанидин-I рибосвич (ykkC / yxkD көшбасшысы). Алайда мини-ykkC РНҚ мотиві құрылымы бойынша қарапайым және аз сақталған нуклеотид ykkC-yxkD көшбасшысына қарағанда позициялар.[5] Осыған қарамастан оның екі діңгек құрылымының әрқайсысы бос гуанидинді тікелей байланыстырады. Сондықтан мини-ykkC РНҚ мотиві гуанидинді сезетін РНҚ-ның ерекше класын білдіреді Гуанидин-II рибосвич.[6] Оның кристалдық құрылымы да анықталды.[7]

The ykkC-III РНҚ мотиві[8] нақты кандидат cis- алдыңғы мотивтерге байланысты гендерді реттейтін көрінетін РНҚ. Құрылымы болғанымен ykkC-III РНҚ-лар ykkC / yxkD РНҚ-ға ұқсамайды, екеуі де құрылымның күрделілігіне ие, олар рибосвичтерді ұсынады деген ұсыныс тудырды. The ykkC-III мотивінде қатаң сақталған ACGA реттілігі бар, ол аз сақталған ACGA немесе ACGG тізбегіне ұқсас,ykkC РНҚ, бірақ бұл байқаудың биологиялық қатынасқа қатысы бар-жоғы белгісіз. Биохимиялық валидация бұл мотивтің гуанидинді рибоссвичтердің үшінші класы екенін көрсету үшін ұсынылды Гуанидин-III рибосвич.[9]

Екінші құрылымы ykkC-III РНҚ. Бұл көрсеткіш алдыңғы басылымнан алынған.[8]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Баррик, Джей; Корбино К.А; Winkler WC; Нахви А; Мандал М; Коллинз Дж; Ли М; Рот А; Сударсан N; Джона I; Wickiser JK; Breaker RR (2004). «РНҚ-ның жаңа мотивтері бактериалды-генетикалық бақылаудағы рибосвичтердің кеңейтілген аймағын ұсынады». Proc Natl Acad Sci USA. 101 (17): 6421–6426. дои:10.1073 / pnas.0308014101. PMC  404060. PMID  15096624.
  2. ^ Нельсон, Джеймс В .; Атилхо, Рубен М .; Шерлок, Мэделин Е .; Стокбридж, Рэнди Б .; Breaker, Ronald R. (2017-01-19). «Бактериялардағы бос гуанидин метаболизмі кең таралған рибосвит класы арқылы реттеледі». Молекулалық жасуша. 65 (2): 220–230. дои:10.1016 / j.molcel.2016.11.019. ISSN  1097-4164. PMC  5360189. PMID  27989440.
  3. ^ Баттаглия, Роберт А .; Баға, Ян Р .; Ke, Ailong (сәуір 2017). «Рибосвичтердің ykkC отбасының гуанидинді сезінуінің құрылымдық негізі». РНҚ. 23 (4): 578–585. дои:10.1261 / rna.060186.116. ISSN  1469-9001. PMC  5340920. PMID  28096518.
  4. ^ Рейсс, Каролайн В .; Сионг, Ён; Стробел, Скотт А. (2017-01-03). «Гиганидин-I Рибосвичпен лигандты байланыстырудың құрылымдық негіздері». Құрылым. 25 (1): 195–202. дои:10.1016 / j.str.2016.11.020. ISSN  1878-4186. PMC  5317007. PMID  28017522.
  5. ^ Вайнберг З, Баррик Дж.Е., Яо З және т.б. (2007). «CMfinder салыстырмалы геномика құбырын қолдана отырып бактериялардағы 22 үміткер құрылымдық РНҚ анықтау». Нуклеин қышқылдары. 35 (14): 4809–4819. дои:10.1093 / nar / gkm487. PMC  1950547. PMID  17621584.
  6. ^ Шерлок, Мэделин Е .; Малковский, Сара Н .; Breaker, Ronald R. (2017-01-17). «Бактериялардағы екінші гуанидинді рибосвич класының биохимиялық валидациясы». Биохимия. 56 (2): 352–358. дои:10.1021 / acs.biochem.6b01270. ISSN  1520-4995. PMC  5340285. PMID  28001368.
  7. ^ Хуанг, Лин; Ван, Цзя; Lilley, David M. J. (2017-06-22). «Гуанидин-II Рибосвичтің құрылымы». Жасушалық химиялық биология. 24 (6): 695-702.e2. дои:10.1016 / j.chembiol.2017.05.014. ISSN  2451-9456. PMC  5486947. PMID  28529131.
  8. ^ а б Weinberg Z, Wang JX, Bogue J және т.б. (Наурыз 2010). «Салыстырмалы геномика бактериялардан, археялардан және олардың метагеномаларынан 104 кандидат құрылымдық РНҚ анықтайды». Геном Биол. 11 (3): R31. дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  9. ^ Шерлок, Мэделин Е .; Breaker, Ronald R. (2017-01-17). «Бактериялардағы үшінші гуанидин рибосвич класының биохимиялық валидациясы». Биохимия. 56 (2): 359–363. дои:10.1021 / acs.biochem.6b01271. ISSN  1520-4995. PMC  5315414. PMID  28001372.

Сыртқы сілтемелер