Ксенофилус азоворандары - Xenophilus azovorans

Ксенофилус азоворандары
Ғылыми классификация
Корольдігі:
Бактериялар
Филум:
Протеобактериялар
Сынып:
Бетапротеобактериялар
Тапсырыс:
Burkholderiales
Отбасы:
Комамонадацеялар
Тұқым:
Ксенофилус
Түрлер:
X. азоворандар
Биномдық атау
Ксенофилус азоворандары
Блюмел және т.б. 2001 ж[1]
Штаммды теріңіз
ATCC BAA-794, ATCCBAA-794, CCUG 47268, DSM 13620, KF46F, NCIMB 13707[2]

Ксенофилус азоворандары Бұл бактерия тұқымынан Ксенофилус топырақтан оқшауланған Швейцария.[3][4]

Шолу

Ксенофилус азоворандары Бұл қозғалмалы, Грам теріс, емесспора қалыптастыру таяқша тәрізді бактерия.[5] Таяқшалар түзу немесе кейде сәл иілген және а астында 0,5-1 мкм 1-3 мкм дейін өлшенген жарық микроскопы.[5] Олар жеке немесе жұпта болады.[5] 30 градуста өседі Цельсий қоректік агарда ол пайда болады мөлдір емес, сары түсті колониялар.[5] Кейде бұл колонияларды слимулярлы деп анықтау қиынға соғуы мүмкін жасушадан тыс секрециялар.[5] X. азоворандар жоғары GC мазмұны 69,73 пайызды құрайды, бұл оның түріне тән.[5] Оның айрықша сипаттамасы - Orange II-ді төмендету қабілеті азобояғыштар.[5] Синтетикалық азобояғыштар құрылыс үшін қажет косметика, теріден жасалған бұйымдар, тоқыма бұйымдары, және қағаз өнімдер.[5] Алайда, олар әдеттегідей деградацияға ұшырамайды қалдықтарды өңдеу жүйелер және қоршаған ортаны қорғаушыларды алаңдатады.[5]

Номенклатура

Тұқым Ксенофилус грек сөзінен шыққанксено «бөтен немесе жат мағынаны білдіреді»филия «бұл достыққа немесе сүйіспеншілікке ауысады.[5] Түр атауы азоворандар оның деградациялау қабілетінен туындайды азобояғыштар және латынша «vorare», жеу деген мағынаны білдіреді.[5]

Ашу және оқшаулау

Бұрын Pseudomonas sp. штамм KF46F,[6] Ксенофилус азоворандары алғаш рет Кулла оқшауланған т.б. 1984 жылы топырақтан егу карбоксис-сарғыш II (1- (4'-карбоксифенилазо) -2-нафтол) байытылған[7] жалғыз көміртегі көзі ретінде.[8] Содан кейін, нақтылау үшін таксономия туралы бактериялық штамдар бұрынғы қосылыстарды ыдыратуға қабілетті, деп сипаттады ғалымдар X. азоворандар штамм KF46FТ осы төл мәдениеттен.[8] Бұл штамм KF46F-тің мукоидты емес нұсқасы болып табылады, ол 25 жылдан астам уақыт бойы мұздату арқылы сақталған.[8] Зертханада штамм қоректік заттармен өсе алды бұқаралық ақпарат құралдары, бірақ осындай жағдайда Orange II деградациясын аяқтай алмады.[8] Май қышқылы өндіру Hewlett Packard моделі бойынша талданды газ хроматографы және дайындаған Микробтарды сәйкестендіру жүйесінің хаттамасы. Оқшаулау геномдық ДНҚ Аусубельдің орындауында болды т.б. 1996 ж.[8] 16S рибосомалық РНҚ-ны күшейту және келесі филогенетикалық талдау ARB бағдарламалық жасақтамасы пакет.[8] ARB бағдарламалық жасақтамасы - бұл дәйектілік мәліметтер қорымен жұмыс істеу және деректерді талдау үшін қажетті құралдарды қамтитын және пәнаралық биоинформатика тобын құруға алып келген графикалық пакет.[9] Хромосомадан тыс ДНҚ екі үлкен түрінде плазмидалар арқылы анықталды импульсті-өрісті гель электрофорезі.[5]

Көршілес штамдар

16S рибосомалық РНҚ генінің реттілігі анықталды филогенетикалық ұқсастық 95,0-ден 96,1 пайызға дейін.[5] Бұл туыстар: Гидрогена, Ацидорора, Комамоналар, және Ксилофилус.[5] Ксенофилус азоворандары бірегейлігіне қарай осы басқа тұқымдастардан ажыратуға болады май қышқылы құрамы.[5] A филогенетикалық ағаш көмегімен салынған максималды-парсимониялық әдіс, және жақын филиалдар төменде келтірілген.[5]

Acidovorax anthurii

Acidovorax anthurii, сонымен қатар, отбасы мүшесі Комамонадацея, себептері бактериялық жапырақ дақтары зауытта антурий.[10]

Comamonas testosteroni

Comamonas testosteroni сирек кездеседі адамның қоздырғышы өткірмен байланысты аппендицит.[11] Бұл өте төмен екені белгілі вируленттілік және өте сирек ауру тудырады. Ұқсас X. азоворандар, ол бұрын ішінде жіктелген болатын Псевдомонас топ.[11]

Гидрогенофага флавасы

Балшықтан және топырақтан оқшауланған КСРО, Гидрогенофага флавасы Бұл Грам теріс факультативті автотрофты сутегі бактериялары.[12]

Xenophilus aerolatus

Xenophilus aerolatus, 5516S-2T штаммының белгіленуі грам-теріс, қозғалмалы, таяқша аэроб.[13] Оның колониялары дөңгелек және пигментті сары түсті, шеттері бүтін (тегіс).[13] Ол алғаш рет 2005 жылдың 16 мамырында қаланың сыртқы аймағында ауадан оқшауланған болатын Сувон, Корея Су-Джин Ким. Оңтайлы өсу жағдайлары Цельсий бойынша 25-тен 35 градусқа дейін болады, а NaCl концентрациясы 0-2 пайыз, ал рН 5,0-ден 9,0-ге дейін.[13] Бұл оксидаза және каталаза оң. X. аэролатус бар GC мазмұны 69 пайызды құрайды, бұл оның түрі үшін қалыпты жағдай.[13] Оның аты айтып тұрғандай, X. аэролатус алдымен Кореяның Сувон ауасынан оқшауланған.[13] Белгілі болмаса да патогенді, Xenophilus aerolatus асқынуы ретінде тіркелген перитонеальді диализ.[14]

Физиология

X. азоворандар болып табылады Грам теріс ені 0, 5 - 1 мкм және ұзындығы 1 - 3 мкм жасушалары бар бактериялар.[15] Организм KF46F штамы ретінде белгіліТ және өсірілді қоректік агар үш күн бойы 30 градус Цельсийде.[15] Өсіру үшін көміртегі мен энергия көзі карбокси-апельсин II болды.[15] А. Басшылығымен жарық микроскопы, организм дөңгелек, сары пигментті колонияларды тудыратыны анықталды.[15] Кейін өсіру, X. азоворандар болуға бел буды аэробты, қозғалмалы және емесспора қалыптастыру.[15] X. азоворандар оңтайлы 30 градус Цельсий температурасында өседі.[15] Сондай-ақ, KF46F штаммын атап өткен жөнТ сияқты әр түрлі бұқаралық ақпарат құралдарында өсе алады қоректік сорпа (30 градус Цельсий) және Лурия-Буртани, бірақ, әдетте, осы ортада өскен кезде карбокси-апельсин II деградациясы мүмкін емес.[15] KF46F штаммыТ басым полярдан тұрады липидтер сияқты фосфатидилетаноламин, дифосфатидилглицерин, фосфатидилглицерин, және белгісіз аминофосфолипидке ие.[15]

Геномика

Толық геномы X. азоворандар DSM 13620Т DOE дәйектілігі келтірілген Бірлескен геномдық институт (JGI) басты тергеушімен бірге Никос Кирпидес.[16] Геномның көмегімен реттілік жасалды Тұтас геномдық тізбек.[16] Нақтырақ айтқанда, әдістерге жатады Илюмина, Illumina HiSeq 2000, және Illumina HiSeq 2500 реттілік.[16] Бактерияларда 6349 ген және 6280 бар белокты кодтайтын гендер.[16] Сондай-ақ 69 бар РНҚ гендері оның геномында[16]

16-рибосомалық РНҚ гені X. азоворандар KF46FТ көмегімен күшейтілді полимеразды тізбекті реакция (ПТР) және реті келтірілген.[15] Геннің дәйектілігі 1484 базалық жұптан тұрады.[15] Зерттеушілер орындады импульстік өрістің гель электрофорезі, ұқсас әдіс Бартон сипаттаған т.б.,[17] және штамның екі болатынын анықтады плазмидалар өлшемдері 100 және 350 кб.[15] Пер жоғары өнімді сұйық хроматография (HPLC) Месбах пен Уитмен сипаттаған әдістер,[18] GC мазмұны туралы X. азоворандар KF46FТ шамамен 70 пайыз деп анықталды.[15]

Метаболизм

X. азоворандар Бұл химиорганогетеротроф жүзеге асырады тотығу фосфорлануы және терминал ретінде оттегін пайдаланады электрон акцепторы.[16] Ағзада алдын-ала болжанған ген бар нитраттың азаюы.[16] Майор хинон оқшауланған болды убихинон Q-8.[15] Бұл оқшаулау Б.Дж. Тиндалл сипаттаған HPLC әдістерімен жүзеге асырылды.[19][15]

Блумель жүргізген зерттеулерге негізделген т.б.,[5] организмге әр түрлі көміртегі көздері мен қанттың өсуі тән болды ашыту.[15] Сипаттау әдістері Кампферден алынды т.б. [20][15] Организм бірқатар қолдануға қабілетті аминқышқылдары, қанттар, және карбон қышқылдары көміртегі және энергия көзі ретінде.[15] Кейбір мысалдарға утилизация кіреді D-фруктоза және D-Маннитол.[15] Көрсетілген жолдарға негізделген KEGG, 10,51 пайыз X.azovoran's геном - бұл ықпал ететін гендер аминқышқылдарының алмасуы.[16] Қаншалықты көмірсу алмасуы түсініледі, организмде де толық бар TCA циклі және гликолиз жол KEGG.[16] Ағза гендерінің шамамен 6,79 пайызы үлес қосады Ксенобиотикалық биоыдырау және метаболизм.[16] Нақтырақ айтсақ, ағзада болжанған гендер бар аминобензоат және бензоат деградация.[16]

Организмде оң нәтиже береді оксидаза және каталаза, бірақ өндіре алмайды уреаза,[15] жақын көршісіне қарағанда Xenophilus aerolatus.[21]

Экология

X. азоворандар ауызша өсірілді микробиота туралы үй иттері.[22] Зерттеушілер бактерияларды 16s салыстырмалы рРНҚ-ның секвенциясын қолдану арқылы анықтады.[22] Нақтырақ айтсақ, өңдеуге болатын аз пайыз X. азоворандар табылды стоматологиялық тақта иттердің.[22]

X. азоворандар а-да табылған компост - оралған биофильтр.[23] Биофильтр өңделді бензол - ластанған ауа.[23] Бактерия микробты қолдану арқылы анықталды халықтың саусақ іздері ПТР көмегімен популяциядағы фрагменттердің келесі тізбектелу әдістері.[23] Фильтрдегі бензол мөлшері артқан сайын, өңделетін бактериялардың мөлшері де артты.[23] Бұл анықталды ұяшық тақталарын санау және рибосомалық интергенді спейсерді талдау (RISA).[23]

Қолданбалар

Аэробты азоредуктазалар аэробты емдеуге айтарлықтай үлес қосады ағынды сулар арқылы боялған азобояғыштар.[24] Азо бояғыштары екендігі анықталды ксенобиотикалық қосылыстар биодеградацияны кейінге қалдыратын сипаттамалары бар.[24] Осы маңызды қолданудың арқасында азоредуктаза гені X. азоворандар штамм KF46FТ қолдану арқылы тазартылды жақындық хроматографиясы әдістері және ПТР көмегімен клондау.[24] Нақтырақ айтқанда, геннің азо бояғыштары бар жоғары белсенділігі анықталды: Апельсин қышқылы 7, 1- (2-пиридилазо) -2-нафтол, Ерітінді апельсині 7, және 88. Қышқыл қызыл.[24] Тазартылмаған ағынды сулар адам популяциясы үшін олардың рөліне байланысты зиянды болуы мүмкін мутагендік белсенділік.[25] Зерттеулер азо бояғышты өңдейтін зауытта жүргізілді, ол үлкен өзен мен а ауыз су тазарту қондырғысы.[25] Азо бояғышты қайта өңдеу зауытының қалдықтарының 3 пайызы өзенге келіп, мыңдаған адамдарды сумен қамтамасыз ететіні анықталды.[25] Бұл өте қауіпті жағдай, өйткені ұсынылған CYP450 ферменттері адамның ішегі азобояғыштарды белсендіру.[25] Соған қарамастан, ішектің қатты зардап шегетіні және зақымданатыны анықталды ДНҚ ішек жасушаларында.[25] Мыслак жүргізген басқа зерттеулер т.б.[26], ұзақ уақыт бойына азо бояуларымен әсер ететін суретшілер дамығанын анықтады қуық қатерлі ісігі.[25] Жалпы алғанда, бұл туралы көбірек зерттеу жүргізу маңызды X. азоворандар ыдырау қабілетіне байланысты азоредукатаза гені химиялық заттар ағынды суларда және көптеген адамдардың дамуына жол бермеу үшін ішек аурулары.[24]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Парте, А.С. «Ксенофилус». LPSN.
  2. ^ «Xenophilus azovorans таксон паспорты - StrainInfo». www.straininfo.net.
  3. ^ «Ксенофилус азоворандары». www.uniprot.org.
  4. ^ «Толығырақ: DSM-13620». www.dsmz.de.
  5. ^ а б c г. e f ж сағ мен j к л м n o б q Блумель, Силке (2001). «Xenophilus azovorans gen. Nov., Sp. Nov., Бұрын қызғылт сары II типті бояғыштарды ыдыратуға қабілетті топырақ бактериясы». Жүйелі және эволюциялық микробиологияның халықаралық журналы. 51 (Pt 5): 1831-1837. дои:10.1099/00207713-51-5-1831. PMID  11594616.
  6. ^ Блюмель, Силке (2002). «Ксенофилус азоворантынан KF46F аэробты азоредуктаза үшін гендік кодтаудың молекулярлық клондау және сипаттамасы». Қолданбалы және қоршаған орта микробиологиясы. 68 (8): 3948–3955. дои:10.1128 / AEM.68.8.3948-3955.2002. PMC  123998. PMID  12147495.
  7. ^ Кулла, Ганс Г.; Клаузенер, Франциска; Мейер, Ульрих; Людеке, Барбара; Лайзингер, Томас (1983-08-01). «Ароматты сульфо топтарының азот бояғыштарының Orange I және Orange II микробтық ыдырауына араласуы». Микробиология мұрағаты. 135 (1): 1–7. дои:10.1007 / BF00419473. ISSN  0302-8933.
  8. ^ а б c г. e f Кулла, Н (1984). «Бұрын бояуды бұзатын бактериялардың тәжірибелік эволюциясы». Микробтық экологияның қазіргі перспективалары: 663–667.
  9. ^ Вольфганг, Людвиг; Strunk, Oliver (2004). «ARB». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 32 (4): 1363–1371. дои:10.1093 / nar / gkh293. PMC  390282. PMID  14985472.
  10. ^ Гардан, Л (2000). «Acidovorax anthurii sp. Nov., Антуриумның бактериялық жапырақ дақтарын тудыратын жаңа фитопатогендік бактерия». Жүйелі және эволюциялық микробиологияның халықаралық журналы. 50: 235–246. дои:10.1099/00207713-50-1-235. PMID  10826809.
  11. ^ а б Байхан, Гүлсім (2013). «Comamonas testosteroni: жедел аппендицитпен байланысты әдеттен тыс бактериялар». Балқан медициналық журналы. 30 (4): 447–448. дои:10.5152 / balkanmedj.2013.9135. PMC  4115943. PMID  25207159.
  12. ^ Уилмс, А .; BUSSE, J .; ГОР, М .; ПОТ, Б .; ФАЛСЕН, Е .; ДжАНЦЕН, Е .; ХОСТЕ, Б .; ГИЛЛИС, М .; КЕРСТЕРС, К. (1989). «Гидрогенофага, сутегі-тотықтырғыш бактериялардың жаңа түрі, оның құрамына флава гидрогенофагасы кіреді. (Бұрынғы Pseudomonas flava), Hydrogenophaga palleronii (бұрын Pseudomonas palleronii), Hydrogenophaga pseudoflava (бұрынғы Pseudomonas pseudoflava and» Pseudomonas and «Pseudomonas pseudoflava and» Pseudomas and Бұрын Pseudomonas taeniospiralis) «. Жүйелі және эволюциялық микробиологияның халықаралық журналы. 39 (3): 319–333. дои:10.1099/00207713-39-3-319.
  13. ^ а б c г. e Ким, Су-Джин (2010). «Xenophilus aerolatus sp. Nov., Ауадан оқшауланған». Жүйелі және эволюциялық микробиологияның халықаралық журналы. 60 (2): 237–330. дои:10.1099 / ijs.0.013185-0. PMID  19651735.
  14. ^ Цампалиерос, Анна; Гуден, Марша (2011). «Алты жасар балада перитонеальді диализге күтім жасау кезінде Xenophilus aerolatus перитонит» (PDF). Перитонеальді диализдегі жетістіктер. 27: 45–47.
  15. ^ а б c г. e f ж сағ мен j к л м n o б q р с Blümel, S; Busse, H J; Штольц, А; Kämpfer, P (2001). «Xenophilus azovorans gen. Nov., Sp. Nov., Қызғылт сары типтегі азо-бояғыштарды ыдыратуға қабілетті топырақ бактериясы». Жүйелі және эволюциялық микробиологияның халықаралық журналы. 51 (5): 1831–1837. дои:10.1099/00207713-51-5-1831. PMID  11594616.
  16. ^ а б c г. e f ж сағ мен j к Марковиц, В.М .; Чен, I.-M. А .; Паланиаппан, К .; Чу, К .; Сзето, Э .; Гречкин, Ю .; Ратнер, А .; Джейкоб, Б .; Хуанг, Дж. (2012-01-01). «IMG: интеграцияланған микробтық геномдар базасы және салыстырмалы талдау жүйесі». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (D1): D115 – D122. дои:10.1093 / nar / gkr1044. ISSN  0305-1048. PMC  3245086. PMID  22194640.
  17. ^ Бартон, Б.М .; Хардинг, Г. П .; Zuccarelli, A. J. (1995-04-10). «Ірі плазмидаларды анықтау мен өлшемдерінің жалпы әдісі». Аналитикалық биохимия. 226 (2): 235–240. дои:10.1006 / abio.1995.1220. ISSN  0003-2697. PMID  7793624.
  18. ^ Месбах М .; Whitman, W. B. (1989-10-06). «ДНҚ-ның молекулалық пайызын гуанинмен + цитозинмен анықтау үшін өнімділігі жоғары сұйық хроматография әдісімен күрделі қоспалардағы дезоксигуанозин / тимидин қатынастарын өлшеу». Хроматография журналы. 479 (2): 297–306. дои:10.1016 / s0021-9673 (01) 83344-6. PMID  2509507.
  19. ^ Tindall, BJ (1990-01-01). «Halobacterium lacusprofundi липидтік құрамы». FEMS микробиология хаттары. 66 (1–3): 199–202. дои:10.1111 / j.1574-6968.1990.tb03996.x. ISSN  0378-1097.
  20. ^ Кэмпфер, Петр; Штеоф, Мартин; Дотт, Вольфганг (1991-12-01). «Гетеротрофты су мен топырақ бактерияларын сандық идентификациялауды қамтитын мазутпен ластанған учаскенің микробиологиялық сипаттамасы». Микробтық экология. 21 (1): 227–251. дои:10.1007 / bf02539156. ISSN  0095-3628. PMID  24194213.
  21. ^ Ким, Су-Джин; Ким, И-Сеул; Вин, Хан-Ен; Анандхэм, Рангасами; Но, Хён-Джун; Квон, Жақында-Во (2010). «Xenophilus aerolatus sp. Nov., Ауадан оқшауланған». Жүйелі және эволюциялық микробиологияның халықаралық журналы. 60 (2): 327–330. дои:10.1099 / ijs.0.013185-0. PMID  19651735.
  22. ^ а б c Эллиотт, Дэвид Р .; Уилсон, Майкл; Бакли, Кэтрин М. Ф .; Спратт, Дэвид А. (2005-11-01). «Үй иттерінің өсірілетін ауызша микробиотасы». Клиникалық микробиология журналы. 43 (11): 5470–5476. дои:10.1128 / jcm.43.11.5470-5476.2005. ISSN  0095-1137. PMC  1287777. PMID  16272472.
  23. ^ а б c г. e Борин, Сара; Марзорати, Массимо; Брусетти, Лоренцо; Зилли, Марио; Шериф, Ханене; Хасен, Абденнасур; Конверти, Аттилио; Сорлини, Клаудия; Дафончио, Даниэль (2006-03-01). «Бензолмен ластанған ауаны емдейтін компостпен қапталған биофильтрдегі микробтық сабақтастық». Био деградация. 17 (2): 79–89. дои:10.1007 / s10532-005-7565-5. ISSN  0923-9820. PMID  16502043.
  24. ^ а б c г. e Блюмель, Жібек; Накмусс, Ханс-Йоахим; Штольц, Андреас (2002-08-01). «Ксенофилус азоворантынан KF46F аэробты азоредуктаза үшін гендік кодтаудың молекулярлық клондау және сипаттамасы». Қолданбалы және қоршаған орта микробиологиясы. 68 (8): 3948–3955. дои:10.1128 / AEM.68.8.3948-3955.2002. ISSN  0099-2240. PMC  123998. PMID  12147495.
  25. ^ а б c г. e f Альвес Де Лима, Родриго Отавио; Базо, Ана Паула; Сальвадори, Дейзи Мария Фаверо; Рех, Селия Мария; Де Пальма Оливейра, Даниель; Де Арагао Умбузейро, Жизела (2007-01-10). «Ауыз су көзіне әсер ететін азо-бояғышты өңдейтін тоқыма фабрикасының мутагендік және канцерогендік потенциалы». Мутациялық зерттеулер / генетикалық токсикология және қоршаған орта мутагенезі. 626 (1–2): 53–60. дои:10.1016 / j.mrgentox.2006.08.002. ISSN  1383-5718. PMID  17027325.
  26. ^ Мыслак, З.В .; Болт, Х. М .; Брокманн, В. (1991). «Бояғыштардағы зәр шығару қуығының ісіктері: жағдайды бақылау». Американдық өндірістік медицина журналы. 19 (6): 705–713. дои:10.1002 / ajim.4700190604. ISSN  0271-3586. PMID  1882850.

Сыртқы сілтемелер