TranSMART - TranSMART

tranSMART
TranSMART logo.svg
Бастапқы шығарылым2013 жылғы қаңтар; 7 жыл бұрын (2013-01)
Тұрақты шығарылым
16.2 / ақпан 2017; 3 жыл бұрын (2017-02)[1]
Репозиторийgithub.com/ transmart
ЖазылғанGrails
ТүріМәліметтер қоймасы
ЛицензияGPLv3[2]
Веб-сайттрансмартфунды.org

tranSMART болып табылады ашық көзі мәліметтер қоймасы мөлшерін сақтауға арналған клиникалық мәліметтер клиникалық зерттеулерден, сондай-ақ оны бірге сұрастыруға болатын іргелі зерттеулерден алынған мәліметтер аударма зерттеу. Ол сондай-ақ көптеген адамдарда, ұйымдарда қолдануға арналған. Ол әзірледі Джонсон және Джонсон, Recombinant Data Corporation серіктестігімен. Платформа 2012 жылдың қаңтарында шығарылды және оны 2013 жылы басталғаннан бері tranSMART қоры басқарады. 2017 жылдың мамырында tranSMART қоры i2b2 қорымен бірігіп, дәл медицина саласын алға жылжытатын негізгі миссиясы бар ұйым құрды.

TranSMART платформасын көптеген фармацевтикалық компаниялар, коммерциялық емес және пациенттерді қолдау топтары, ғалымдар, үкіметтік ұйымдар мен қызмет көрсетушілер қабылдады және бағалады.[3][4] Bio-IT World салалық конференциясында екі Инновациялық дәрі-дәрмек бастамасы U-BIOPRED жобасы және Майкл Дж. Фокс қоры платформаны қолданғаны үшін үздік тәжірибелер сыйлығымен марапатталды.[5][6]

tranSMART i2b2 клиникалық мәліметтер қоймасының үстіне салынған және i2b2-ді қолданады жұлдыз схемасы клиникалық және төмен өлшемді деректерді модельдеу үшін.[2] Жоғары өлшемді omics деректер арнайы кестелерде сақталады, мұнда мәліметтер типтерінің әрқайсысы (мысалы, гендік экспрессия, SNP немесе метаболомика) нақты деректер құрылымын сақтайды. Екі Oracle және PostgreSQL мәліметтер базасын басқару жүйелері оны сақтау үшін қолдау көрсетіледі.[2]

tranSMART 17.1

Даму жобасы

Зерттеушілер tranSMART-тың алдыңғы нұсқаларында (16.2 нұсқасы және одан бұрын) функционалдық мүмкіндіктердің жоқтығы туралы хабарлады, бұл құралдың мүмкіндіктері мен зерттеу мүмкіндіктерін шектеді. Бұған жауап ретінде tranSMART қоры төрт жетекші фармацевтикалық компанияларды біріктірді - Pfizer, Санофи, Эбви және Рош - 2016 жылдың қазан айында жаңа функционалдылықты үйлесімді түрде дамыту және tranSMART-ты жақсарту бойынша бірлескен жобаға демеушілік көрсетуге көмектесу. Hyve BV tranSMART 17.1 дамыту жобасын орындауға жауапты IT компаниясы болды.

TranSMART 17.1 нұсқасын жетілдіру

Демеушілердің назары үш негізгі функцияны қосу болды:

  1. Терминдік зерттеулер және онтологиялық қолдау.
  2. Бойлық және EHR деректерін сақтауға мүмкіндік беретін уақыттық қатарлар мен үлгілік деректерді модельдеуге қолдау.
  3. Үлкен деректерді сақтау мен талдауға қолдау көрсету үшін tranSMART пен Arvados арасындағы байланысты құру.

Сонымен қатар, жобаның тағы бір мақсаты - болашаққа дайын болу үшін tranSMART арт-сапасының сапасын жақсарту. Даму жобасында іске асырылған, 2017 жылдың басында жүзеге асырылған жақсартулар қазіргі уақытта tranSMART мүмкіндіктеріне және оның сапасына үлкен әсер етті.

17.1 нұсқасының функционалды жақсартулары уақыт серияларын, үлгілерді және зерттеу тұжырымдамаларын қолдауды қамтиды. Іс-әрекетті i2b2 деректер моделімен қайта сәйкестендіру арқылы жүзеге асырылады, оның үстіне tranSMART құрастырылды, ол tranSMART-ті бірегей ететін ерекшеліктермен кеңейтілді: зерттеулерді ұйымдастыру, оқиғаларды клиникалық топтастыруды модельдеу және жоғары өлшемді деректерді қолдау. Техникалық жетілдірулер барлық Core API және REST API қоңырауларына арналған автоматтандырылған тестілеуді және сол қоңыраулардың құжаттамасын және мәліметтер базасының толық схемасын қамтиды.

Интерфейс

TranSMART 17.1 жобасында жасалған жаңа функцияларға, алайда, бар tranSMART қолданушы интерфейсі қолдау көрсетпеді. Сондықтан, Hyve BV жаңа функционалды мүмкіндіктерді қолдана алатын tranSMART 17.1 үшін жаңа, заманауи пайдаланушы интерфейсін жасауға кірісті. 2018 жылдың қазан айында когортты таңдау және іздестіру талдауы үшін tranSMART 17.1 нұсқасында құрылған пайдаланушы интерфейсі - Glowing Bear шығарылды. Бұл пайдаланушы интерфейсін Princess Máxima педиатрлық онкология орталығы, Нидерландының егіз тіркелімі және сияқты жетекші медициналық және ғылыми мекемелер қабылдады. Лейден университетінің медициналық орталығы.

Қиындықтар

17.1 жобасы i2b2 деректер моделімен үйлесімділік мақсаттарына жете алмады және әлі де толық tranSMART интерфейсінің функционалдығы жоқ. 17.1 коды тек сервер жағындағы код болып табылады және Қор оны «әзірлеушінің шығарылымы» ретінде ғана шығарған және толық шығарылым талаптарына ешқашан сәйкес келмеген. TranSMART (v19) жаңа шығарылымы қазір бета-тестілеуде және i2b2-мен сыйысымдылық талаптарына жауап беріп қана қоймай, қосымша аналитикалық жұмыс ағындарымен жақсартылған қолданушы интерфейсіне ие. Бұл шығарылымды Қор қолдайды және i2b2 tranSMART Foundation қолдауымен жалғастыратын код базасының жалғыз тармағы болады.

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ «tranSMART Foundation 16.2 платформасы туралы хабарлайды». transmartfoundation.org. Алынған 2018-01-26.
  2. ^ а б c Canuel V, Rance B, Avillach P, Degoulet P, Burgun A (наурыз 2015). «Клиникалық және омиканың мәліметтерін интеграциялайтын трансляциялық зерттеу алаңдары: жалпыға қол жетімді шешімдерге шолу». Биоинформатика бойынша брифингтер. 16 (2): 280–90. дои:10.1093 / bib / bbu006. PMC  4364065. PMID  24608524.
  3. ^ Rance B, Canuel V, Countouris H, Laurent-Puig P, Burgun A (2016-05-04). «Гетерогенді биомедициналық деректерді қатерлі ісік ауруларын зерттеу үшін біріктіру: CARPEM инфрақұрылымы». Қолданбалы клиникалық информатика. 7 (2): 260–74. дои:10.4338 / ACI-2015-09-RA-0125. PMC  4941838. PMID  27437039.
  4. ^ Christoph J, Knell C, Naschberger E, Stürzl M, Maier C, Prokosch HU, Sedlmayr M (2017). «Трансмарттық зерттеулер мен білім берудің университеттік ауруханасында екі жылдық tranSMART». Денсаулық сақтау технологиялары және информатика саласындағы зерттеулер. 236: 70–79. PMID  28508781.
  5. ^ «2014 жылғы Bio-IT әлемнің үздік тәжірибелері сыйлығының лауреаттары аталды». www.bio-itworld.com. Алынған 2018-02-19.
  6. ^ «2015 Bio-IT әлеміндегі ең жақсы тәжірибе жеңімпаздары анықталды». www.bio-itworld.com. Алынған 2018-02-19.

Әрі қарай оқу