Тетратрикопептид 39С қайталанатын ақуыз - Tetratricopeptide repeat protein 39C

TTC39C
Идентификаторлар
Бүркеншік аттарTTC39C, C18orf17, HsT2697, тетратрикопептидтің қайталанатын домені 39C
Сыртқы жеке куәліктерMGI: 1919997 HomoloGene: 124438 Ген-карталар: TTC39C
Геннің орналасуы (адам)
Хромосома 18 (адам)
Хр.Хромосома 18 (адам)[1]
Хромосома 18 (адам)
TTC39C үшін геномдық орналасу
TTC39C үшін геномдық орналасу
Топ18q11.2Бастау23,992,773 bp[1]
Соңы24,135,610 bp[1]
Ортологтар
ТүрлерАдамТышқан
Энтрез

125488

72747

Ансамбль

ENSG00000168234

ENSMUSG00000024424

UniProt

Q8N584

Q8VE09

RefSeq (mRNA)

NM_001135993
NM_001243425
NM_001292030
NM_153211

NM_028341

RefSeq (ақуыз)

NP_001129465
NP_001230354
NP_001278959
NP_694943

NP_082617

Орналасқан жері (UCSC)Хр 18: 23.99 - 24.14 MbХр 18: 12.6 - 12.74 Мб
PubMed іздеу[3][4]
Уикидеректер
Адамды қарау / өңдеуТінтуірді қарау / өңдеу

Тетратрикопептид 39С қайталанатын ақуыз Бұл ақуыз адамдарда кодталған TTC39C ген. TTC39C үш TTC39 бірі болып табылады.[5] Қазіргі уақытта оның қызметі белгісіз; дегенмен, оның рөл атқаратындығын дәлелдейтін кейбір деректер бар анафаза.[6][7] Ол сонымен қатар салыстырмалы түрде жақсы сипатталған құрылымдық мотивті қамтиды тетратрикопептид қайталау (TPR).

Джин

TTC39C 18-х 11.2-де адамның 18-хромосомасының ұзын қолында орналасқан.[8] Оның ең көп кездесетін бүркеншік аттары - FLJ33761, C18orf17 және HsT2697.[8]

Ақуыз

TTC39C ақуызы 583 құрайды аминқышқылдары ұзаққа созылады және локализацияланған көрінеді цитоплазма болжанған негізінде жасушаның екінші құрылым [9] Оның үшеуі бар изоформалар, оның ең ұзыны транскрипт 1-нұсқа.[8] Оның құрамына үш рет тетратрикопептидті қайталау кіреді белгісіз функцияның домені DUF3808.[5] Ақуыз өнімінің молекулалық салмағы 65,9 кДа, изоэлектрлік нүктесі 6,584 құрайды.[10][11] Бірнеше болжам бар фосфорлану, ацетилдеу, және пальмитоиляция сайттар, олар төмендегі кестеде көрсетілген.[12] Оның барлық болжамды екінші құрылымы толығымен дерлік тұрады спиральдар, және а құрайды үшінші құрылым бұл cut9 ақуызының құрылымына сәйкес келеді деп болжануда ашытқы 100% дәлдікпен және 85% жабумен.[6][13]

ТүріОрналасқан жері[12]Функция[14]Сайттардың сапасы
Фосфорлану
  • Треонин
    • 1, 4 және 9
  • Серин
    • 8, 9, 29, 31, 32, 35 және 39
  • Тирозин
    • 5, 10 және 18
Жасушалық циклды реттеу, апоптоз, жасушалық сигнал беру және т.б.Жоғары
Ацетилдеу
  • Метиониннің N-терминалынан бірден ацетилдену орны болуы мүмкін
Гендердің экспрессиясын реттейдіОрташа
Пальмитоиляция
  • 87 және 497 цистеиндері
Анкерлер Мембранаға дейінгі ақуызОрташа

Гомология

TTC39C ақуызы көп жағдайда 50% -дан асады омыртқалылар, және сақтау деңгейі шамамен 24% -дан төмен омыртқасыздар.[15] Кем дегенде бір ортолог және бірнеше гомологтар ішінде анықталған саңырауқұлақтар.[8] Өсімдіктерден ешқандай ортолог анықталған жоқ.[8] Оның бірнеше ортологтары төмендегі кестеде көрсетілген.

Ғылыми атауыЖалпы атыДивергенцияның орташа болжамды күні (MYA)[16]Ақуыздың ұзындығы (аа ) [15]РНК NCBI кіру нөмірі [15]Протеин NCBI қосылу нөмірі [15]РНҚ сәйкестілігі [15]Ақуыздың сәйкестілігі [15]
Каллитрикс жакусыMarmoset42.6522XM_002807499XP_00280754542.2%99.4%
Анолис каролиненсисіАноле296.0574XM_003219667XP_00321971527.7%81.7%
Gallus gallusТауық296.0576XM_419163XP_41916336.1%88.0%
Xenopus tropicalisБатыс тырнақ бақа371.2570NM_001113821NP_00110729355.20%88.0%
Oreochromis niloticusТилапия400.1578XM_003444269XP_00344431724.0%70.2%
Apis melliferaБал арасы782.7877XM_001120231XP_00112023138.7%24.3%
Saccharomyces cerevisiae Наубайхана ашытқысы1215.8725NM_001179808NP_01294329.7%17.6%

TTC39C екі параллельдер TTC39 отбасынан: TTC39A және TTC39B, олар 1 хромосомада, 1p32.3 және 9 хромосомада, сәйкесінше 9p22.3-те орналасқан. TTC39B басқаруымен байланысты болды HDL холестерині, және жүрек-қан тамырлары ауруларының алдын алуға қатысуы мүмкін [17]

Өрнек

Әр түрлі тіндердегі өрнек

[18]

The промоутер Транскрипцияның 1 нұсқасын басқаратын аймақ бастапқы кодоннан 952 негізден басталады және толығымен кіреді 5 'UTR.[19] Бірнеше мүмкін транскрипция коэффициенті байланыстыратын тораптар El Dorado бағдарламасын қолдана отырып, CCCTC байланыстырушы коэффициенті мен сайтты анықтады CTCF, CCCTC-ді байланыстыратын инсулятор протеині.[19] Бұл транскрипция коэффициенті бірқатар функциялармен, хроматинді ұйымдастырумен байланысты.[20] Жалпы транскрипция факторы болып көрінетін бірнеше сайттар болды TFIIB және екеуі де E2F және E2F транскрипциясы коэффициентін байланыстыратын орындар.[19] E2F транскрипциясы факторлары жасуша циклінің делдалдығына қатысады, бұл анафазадағы TTC39C гипотезалық рөліне әлеуетті сілтеме бола алады.[21] Бірнеше микроаррай адамдарға, иттер мен тышқандарға жүргізілген зерттеулер соның дәлелі болды TTC39C бауырда жоғары дәрежеде көрінеді.[18][22][23] Ол барлық тіндерде салыстырмалы түрде жоғары экспрессия көрсетеді және бүйрек, жұлын және адамның қаңқа бұлшық еттерінің үлгілерін қоспағанда, барлық тіндерде пайыздық дәрежесі 50% жоғары болды.[18]

Функция

Анафаза IF

TTC39C функциясы қазіргі уақытта белгісіз.[8] Алайда оның құрылымдық мотивтерінің бірі - тетратрикопептидтің қайталануы салыстырмалы түрде жақсы сипатталған және ең алдымен белок пен белоктың өзара әрекеттесуінің төрт санатында белсенді екендігі дәлелденді: молекулалармен өзара әрекеттесу шаперондар, басталуына делдалдық етеді анафаза жасушалардың бөлінуі кезінде, транскрипция репрессия және ақуыздарды тасымалдау.[7] Осы төрт функционалды бағыттың ішінде анафазаның басталуына қатысқаны туралы көптеген дәлелдер бар. Белгіленген үш өзара әрекеттесетін ақуыздың екеуі STRING анафазада рөл атқарады.[24] Сонымен, TTC39C реттілігінің 85% -на толық сәйкес келетін құрылымы бар ақуыз ашытқыдағы анафазаға қатысады, Шизосахаромицес помбы.[6] Алайда, анафазадағы TTC39C рөлі қосымша зерттеулер арқылы расталуы керек.

Өзара әрекеттесу

TTC39C өзара әрекеттесу желісі

[24]

Текстинг зерттеулер TTC39C өзара әрекеттесуі мүмкін бірнеше ақуыздарды анықтады.[24] Мыналар ақуыз-ақуыздың өзара әрекеттесуі расталмаған; дегенмен, анықталған екі протеин, AGBL1 және HAUS4, анафазадағы рөлдеріне байланысты үміткерлер болуы мүмкін.[24] Тышқандардағы TTC39C үшін ақуыз-ақуыздың қосымша өзара әрекеттесуі анықталды; дегенмен, TCP39C-мен бірге экспрессиядан басқа ешқандай байланыс жоқ.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б в GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000168234 - Ансамбль, Мамыр 2017
  2. ^ а б в GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000024424 - Ансамбль, Мамыр 2017
  3. ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  4. ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  5. ^ а б NCBI. «TTC39C тетратрикопептидтің 39С қайталанатын домені [Homo sapiens (адам)]». АҚШ ұлттық медицина кітапханасы. Алынған 4 мамыр 2013.
  6. ^ а б в «Фире2». Алынған 18 сәуір 2013.[тұрақты өлі сілтеме ]
  7. ^ а б Blatch GL, Lässle M (қараша 1999). «Тетратрикопептидтің қайталануы: ақуыз бен ақуыздың өзара әрекеттесуінің құрылымдық мотиві». БиоЭсселер. 21 (11): 932–9. дои:10.1002 / (SICI) 1521-1878 (199911) 21:11 <932 :: AID-BIES5> 3.0.CO; 2-N. PMID  10517866.
  8. ^ а б в г. e f Genecards. «TTC39C Гені». Вайцман Ғылым Институты. Алынған 4 мамыр 2013.
  9. ^ Накай мен Хортон. «PSORTII». Алынған 4 мамыр 2013.[тұрақты өлі сілтеме ]
  10. ^ Сан-Диего суперкомпьютерінің биология бойынша жұмыс орны. «SAPS». Алынған 9 мамыр 2013.[тұрақты өлі сілтеме ]
  11. ^ Сан-Диего суперкомпьютерінің биология бойынша жұмыс орны. «PI». Алынған 9 мамыр 2013.[тұрақты өлі сілтеме ]
  12. ^ а б SIB Швейцария биоинформатика институты. «ExPASy». Алынған 9 мамыр 2013.
  13. ^ San Diego Supercomputer-Biology Workbench. «PELE». Алынған 4 мамыр 2013.[тұрақты өлі сілтеме ]
  14. ^ Thermo Scientific. «Трансляциядан кейінгі модификацияға шолу». Thermo Fisher Scientific Inc. Алынған 9 мамыр 2013.
  15. ^ а б в г. e f NCBI. «БЛАСТ». Ұлттық медицина кітапханасы. Алынған 8 мамыр 2013.
  16. ^ Кимар және Хеджер. «Уақыт ағашы». Алынған 11 мамыр 2013.
  17. ^ Kathiresan S, Willer CJ, Peloso GM, Demissie S, Musunuru K, Schadt EE, Kaplan L, Bennett D, Li Y, Tanaka T, Voight BF, Bonnycastle LL, Jackson AU, Crawford G, Surti A, Guiducci C, Burtt NP , Parish S, Clarke R, Zelenika D, Kubalanza KA, Morken MA, Scott LJ, Stringham HM, Galan P, Swift AJ, Kuusisto J, Бергман RN, Sundvall J, Laakso M, Ferrucci L, Scheet P, Sanna S, Uda М, Янг Q, Лунетта KL, Дюпуй Дж, de Bakker PI, O'Donnell CJ, Chambers JC, Kooner JS, Hercberg S, Meneton P, Lakatta EG, Scuteri A, Schlessinger D, Tuomilehto J, Collins FS, Groop L, Altshuler D, Collins R, Lathrop GM, Melander O, Salomaa V, Peltonen L, Orho-Melander M, Ordovas JM, Boehnke M, Abecasis GR, Mohlke KL, Cupples LA (қаңтар 2009). «Полигенді дислипидемияға 30 локустың жалпы нұсқалары ықпал етеді». Нат. Генет. 41 (1): 56–65. дои:10.1038 / нг.291. PMC  2881676. PMID  19060906.
  18. ^ а б в Affymetrix, Inc. «GDS424 / 64649_at / TTC39C». NCBI- GEO профильдері. Алынған 4 мамыр 2013.
  19. ^ а б в «El Dorado-TTC39C». Геноматикс. Алынған 4 мамыр 2013.
  20. ^ Phillips JE, Corces VG (маусым 2009). «CTCF: геном шебері». Ұяшық. 137 (7): 1194–211. дои:10.1016 / j.cell.2009.06.001. PMC  3040116. PMID  19563753.
  21. ^ Zheng N, Fraenkel E, Pabo CO, Pavletich NP (наурыз 1999). «Гетодимериялық жасуша циклінің транскрипция факторы E2F-DP арқылы ДНҚ-ны танудың құрылымдық негіздері». Genes Dev. 13 (6): 666–74. дои:10.1101 / gad.13.6.666. PMC  316551. PMID  10090723.
  22. ^ Affymetrix, Inc. «GDS4164 / CfaAffx.27815.1.S1_s_at / TTC39C». NCBI-GeoProfiles. Алынған 4 мамыр 2013.
  23. ^ EBI. «Ttc39c дифференциалды өрнектің қысқаша мазмұны». Алынған 4 мамыр 2013.
  24. ^ а б в г. «STRING - белок пен белоктың өзара әрекеттесуі белгілі және болжамды». Алынған 2 мамыр 2013.