TMTC4 - TMTC4
Құрамында 4 болатын трансмембраналық және тетратрикопептидті қайталау Бұл ақуыз адамдарда кодталған TMTC4 ген.[5] Бұл протеин плазмалық мембрана 10 рет, және мекендейді ER люмен және цитозол. TMTC4 ақуызының болжамды құрылымы - бұл бірқатар альфа-спирттер.
Джин
TMTC4 орналасқан 13-хромосома 13q32.3. Генді сол жақта ADP рибосиляция факторы 4 псевдоген 3 (ARF4P3), ал оң жақта рибосомалық ақуыз S26 псевдоген 47 (RPS26P47) қоршайды. TMTC4 4043 а.м. құрайды және барлығы 23 экзон.[5]
мРНҚ
TMTC4-те жетеуі бар изоформасы нұсқалары, ең көп таралған изоформ 1 4043 а.к.[5]
| Isoform | Ұзындығы (bp) |
| 1 | 4043 |
| 2 | 3833 |
| 3 | 3500 |
| 4 | 4217 |
| 5 | 4120 |
| 6 | 4037 |
| 7 | 3827 |
The 5 ’UTR өйткені TMTC4 қысқа және көптеген қысқа изоформаларда осы аударылмаған аймақтың бөліктері кесілген. Салыстырмалы түрде, 3 ’UTR ұзын және жеті изоформада жиі аяқталады.
Ақуыз
Физикалық қасиеттері
The молекулалық салмақ TMTC4 үшін 85,0 кдал құрайды, ал аминқышқылдарының оң, теріс немесе бейтарап кластерлері немесе қалыпты ұзындықтардан асатын зарядтар жоқ. Алысқа қарап тұрғанда ортолог (күлгін теңіз кірпісі) TMTC4 молекулалық салмағы 85,5 кдальды құрайды, бұл жерде ешқандай заряд жүрмейді, оң, теріс немесе бейтарап шоғырлар немесе ерекше аралықтар болмайды. Түрлер бойынша ақуыз құрамының қатты ұқсастықтары бар. The изоэлектрлік нүкте үшін белгісіз функцияның домені (DUF 1736) жалпы ақуызға қарағанда төмен.
| Домен | Аминоқышқылдар | Молекулалық салмақ (кдал) | Изоэлектрлік нүкте |
| Адамның TMTC4 | 760 | 85.0 | 9.135 |
| DUF 1736 | 75 | 8.6 | 4.123 |
| TPR қайталанады | 234 | 26.7 | 9.509 |
Домендер
TMTC4-те он бар трансмембраналық аймақтар, олардың барлығы белоктың бірінші жартысында орналасқан.[6]
TMTC4 қабатталған тетратрикопептид (TPR) ақуыздардың TPR суперфамилиясының бөлігі болып табылатын қайталанатын тізбектер. DUF1736 - бұл ТПР аймағының ағысында. Жеті қалдықтың қайталануы (SRR) ақуыздың соңына қарай орналасқан және оны а деп кодтайды деп ойлайды ширатылған катушка құрылым.[7] TPR отбасының тағы бір мүшесі, PFTA (протеин пренилтрансферазалар альфа суббірліктің қайталануы), ақуыздың TPR аймағында орналасқан және оған қатысады деп есептеледі сигнал беру және везикулярлық трафик реттеу.[8] LSPR коагуляция коэффициенті V, сонымен қатар қайталанатын мотив TPR аймағында орналасқан және орталық реттегіш болып саналады гемостаз.[9]
Екінші құрылым
TMTC4 сериясын алады альфа-спираль құрылымдар, әсіресе TPR аймағында, бірақ ақуыздың жартысының басында орналасқан бета-тізбекті құрылымдардың минималды мөлшері бар.[10]
Аудармадан кейінгі модификация
Болжам бойынша төртеу бар ядролық локализация сигналдары, әрқайсысы ақуызды белгілейді ядролық импорт.[6] Ақуыздың соңында болжанған нәрсе бар ER сақтау белоктың ER-ден шығуына жол бермейтін сигнал. Ақуыздың болжамды үшеуі бар N-гликозилдену сайттар, оның құрылымы мен функциясын әлеуетті өзгертетін және болжамды он бар фосфорлану учаскелері, реттеуші тетік үшін әрбір мүмкін активтендіру сайты.[6]
Өрнек
TMTC4 адамның барлық тіндерінде көрінеді. Ген, алайда, ең жоғары дәрежеде көрсетілген ми және жұлын.[11]
Ақуыздың көп мөлшері TMTC4 үшін қалыптыдан төмен сияқты.
Реттеу
Біреуі мүмкін промоутер TMTC4 геніне арналған, 5 ’UTR орналасқан, бірақ басталмай тұрып кодтау реттілігі.
Функция
Қазіргі уақытта TMTC4 функциясы сипатталмаған.
Өзара әрекеттесетін белоктар
Мүмкін өзара әрекеттесетін ақуыздар NRG1, PEX19, HERC3, TXNDC15 және COL1A1. Мұның бәрі аффиниттік хроматография арқылы анықталды.[12]
| Ақуыздың атауы | Белгілі функция | Орналасқан жері |
| Neuregulin 1 [NRG1] | жасушадан сигналға делдалдық етеді[13] | мембраналық гликопротеин[13] |
| Пероксисомалық биогенез факторы 19 [PEX19] | цитозоликалық шаперон[14] | мембраналық рецепторлық ақуыз[14] |
| E3 Ubiquitin протеинді лигаза 3-тен тұратын ECT және RLD домені [HERC3] | убивитин лигаза тұқымдасының мүшесі[15] | цитозол[15] |
| Құрамында 15 тиоредоксинді домен бар [TXNDC15] | Белгісіз | Белгісіз |
| Коллаген I альфа 1 тізбегі [COL1A1] | үш есе спираль коллаген ақуызы[16] | жасушадан тыс[16] |
Гомология
Ортологтар
Ортолог TMTC4 кеңістігі оның үлкен бөлігін қамтиды эволюциялық уақыт. TMTC4 бар сүтқоректілер, бауырымен жорғалаушылар, қосмекенділер, құстар, балық, және омыртқасыздар. Ол жоқ өсімдіктер, бактериялар, архей, немесе саңырауқұлақтар.[17]
| Реттік нөмір | Түр және түрлер | Жалпы аты | Қабылдау № (ақуыз) | Жеке басын куәландыратын | Дивергенция күні (MYA) |
| 1 | Гетероцефалия | Мылжың егеуқұйрық | EHB03258.1 | 88% | 94 |
| 2 | Rattus norvegicus | Қоңыр егеуқұйрық | NP_001127886.1 | 90% | 94 |
| 3 | Myotis brandtii | Брандттың жарғанаты | EPQ01527.1 | 90% | 94 |
| 4 | Pteropus alecto | Қара ұшатын түлкі | XP_006909447.1 | 93% | 88 |
| 5 | Erinaceus europaeus | Еуропалық кірпі | XP_016040457.1 | 85% | 94 |
| 6 | Sorex araneus | Кәдімгі қытырлақ | XP_004614101.1 | 86% | 94 |
| 7 | Sus scrofa | Жабайы қабан | NP_001239134.1 | 91% | 94 |
| 8 | Вексиллифер липоталары | Байджи | XP_007461591.1 | 90% | 88 |
| 9 | Ailuropoda melanoleuca | Алып панда | XP_019650336.1 | 90% | 94 |
| 10 | Acinonyx jubatus | Гепард | XP_014931490.1 | 93% | 94 |
| 11 | Тайто альба | Сарай үкі | KFV56414.1 | 85% | 320 |
| 12 | Charadrius vociferus | Killdeer | KGL87053.1 | 84% | 320 |
| 13 | Python bivittatus | Бирма питоны | XP_007425712.1 | 81% | 320 |
| 14 | Анолис каролиненсисі | Каролина анолы | XP_008105174.1 | 82% | 320 |
| 15 | Xenopus tropicalis | Батыс тырнақ бақа | NP_001121486.1 | 38% | 353 |
| 16 | Nanorana parkeri | Nanorana parkeri | XP_018432106.1 | 73% | 353 |
| 17 | Callorhinchus milii | Австралиялық елес | XP_007885231.1 | 68% | 465 |
| 18 | Crassostrea gigas | Тынық мұхиты | XP_011422949.1 | 50% | 758 |
| 19 | Strongylocentrotus purpuratus | Күлгін теңіз кірпісі | XP_011670776.1 | 49% | 627 |
Паралогтар
Параллель TMTC4 кеңістігі TMTC гендер тобын қамтиды. Бұл гендер тұқымдасында төрт ген бар: TMTC1, TMTC2, TMTC3 және TMTC4. TMTC1 және TMTC3 шамамен 1200 миллион жыл бұрын TMTC4-тен бөлініп шықты TMTC2 1400 миллион жыл бұрын TMTC4-тен бөлінді. Бұл екі оқиға омыртқасыздар мен өсімдіктер арасында болды.
Пайдаланылған әдебиеттер
- ^ а б c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000125247 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ а б c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000041594 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ а б c «4 құрамында TMTC4 трансмембранасы және тетратрикопептидті қайталау». Entrez Gene.
- ^ а б c «Motif Scan». Швейцария биоинформатика институты. Алынған 2017-05-04.
- ^ Григорян Г, Китинг А.Е. (2008). «Орамалы өзара әрекеттесудің құрылымдық ерекшелігі». Құрылымдық биологиядағы қазіргі пікір. 18 (4): 477–83. дои:10.1016 / j.sbi.2008.04.008. PMC 2567808. PMID 18555680.
- ^ Чжан Х, Гришин Н.В. (тамыз 1999). «Пренилтрансферазалар ақуызының альфа-суббірлігі тетратрикопептидті қайталанатын отбасының мүшесі болып табылады». Ақуыздар туралы ғылым. 8 (8): 1658–67. дои:10.1110 / ps.8.8.1658. PMC 2144414. PMID 10452610.
- ^ «V коагуляция коэффициенті, LSPD (IPR009271)». InterPro. EMBL-EBI. Алынған 2017-04-27.
- ^ «I-TASSER нәтижелері». I-TASSER. Мичиган университеті. Алынған 2017-04-27.
- ^ "2906582". GEO профильдері. NCBI. Алынған 2017-04-27.
- ^ Huttlin EL, Ting L, Bruckner RJ, Gebreab F, Gygi MP, Spp J, және басқалар. (Шілде 2015). «BioPlex желісі: адамның интерактомын жүйелі түрде зерттеу». Ұяшық. 162 (2): 425–40. дои:10.1016 / j.cell.2015.06.043. PMC 4617211. PMID 26186194.
- ^ а б «NRG1 Гені». Ген-карталар. Алынған 2017-04-27.
- ^ а б «PEX19 гені». Ген-карталар. Алынған 2017-04-27.
- ^ а б «HERC3 Гені». Ген-карталар. Алынған 2017-04-27.
- ^ а б «COL1A1 Гені». Ген-карталар. Алынған 2017-04-27.
- ^ «BLAST: Негізгі туралау іздеу құралы». NCBI. Алынған 2017-04-27.
Әрі қарай оқу
- Хартли JL, Temple GF, Brasch MA (қараша 2000). «In vitro сайтқа тән рекомбинацияны қолдану арқылы ДНҚ-ны клондау». Геномды зерттеу. 10 (11): 1788–95. дои:10.1101 / гр.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Кристиан SL, McDonough J, Liu Cy CY, Шейх S, Вламакис V, Баднер Дж.А., Чакраварти А, Гершон ES (мамыр 2002). «Биполярлық бұзылыс пен шизофрениямен байланысты адамның 13q32-q33 хромосомасы бойынша шамамен 15 Мб аймақты жинауды бағалау». Геномика. 79 (5): 635–56. дои:10.1006 / geno.2002.6765. PMID 11991713.
- Rual JF, Hirozane-Kishikawa T, Hao T, Bertin N, Li S, Dricot A, Li N, Rosenberg J, Lamesch P, Vidalain PO, Clingingsmith TR, Hartley JL, Esposito D, Cheo D, Mur T, Simmons B, Sequerra R, Bosak S, Doucette-Stamm L, Le Peuch C, Vandenhaute J, Cusick ME, Albala JS, Hill DE, Vidal M (қазан 2004). «Адамның ORFeome нұсқасы 1.1: кері протеомикаға арналған платформа». Геномды зерттеу. 14 (10B): 2128-35. дои:10.1101 / гр.2973604. PMC 528929. PMID 15489335.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (қазан 2004). «ORFeome-ден биологияға: функционалды геномика құбыры». Геномды зерттеу. 14 (10B): 2136–44. дои:10.1101 / гр.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Tao WA, Wollscheid B, O'Brien R, Eng JK, Li XJ, Bodenmiller B, Watts JD, Hood L, Aebersold R (тамыз 2005). «Дендримерлі конъюгация химиясы және тандемдік масс-спектрометрия көмегімен сандық фосфопротеомдық талдау». Табиғат әдістері. 2 (8): 591–8. дои:10.1038 / nmeth776. PMID 16094384.
- Мехрле А, Розенфелдер Н, Шупп I, дель Валь С, Арлт Д, Ханне Ф, Бехтел С, Симпсон Дж, Хофманн О, Жасыру W, Глаттинг КХ, Хубер В, Пепперкок Р, Поустка А, Виеманн С (қаңтар 2006). «LIFEdb дерекқоры 2006 ж.». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 34 (Деректер базасы мәселесі): D415-8. дои:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.