StarBase (мәліметтер базасы) - StarBase (database)

StarBase
Database.png
Мазмұны
СипаттамамикроРНҚ -мРНҚ Argonaute CLIP-Seq және Degradome-Seq деректерінің өзара әрекеттесу карталары.
Байланыс
Зерттеу орталығыСунь Ят-сен университеті
ЗертханаБілім министрлігінің гендік инженерияның негізгі зертханасы
АвторларЦзян-Хуа Ян
Бастапқы дәйексөзЯнг және басқалар. (2011)[1]
Шығару күні2010
Кіру
Веб-сайтhttp://starbase.sysu.edu.cn/

StarBase декодтауға арналған мәліметтер базасы болып табылады miRNA -мРНҚ, miRNA-lncRNA, miRNA -sncRNA, miRNA-цирРНҚ, miRNA-псевдоген, ақуыз-lncRNA, ақуыз-ncRNA, белок-mRNA өзара әрекеттесуі және ceRNA желілері бастап CLIP-дәйектілік (ХИТ-КЛИП, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) және деградациялық реттілік деректер.[1][2] starBase nRRNAs (miRNAs, lncRNAs, pseudogenes) және miRNA мен ақуызды кодтайтын гендердің қызметін болжау үшін miRFunction және ceRNAFunction веб-құралдарын ұсынады. ceRNA реттеуші желілері.

starBase сонымен қатар Pan-Cancer талдау платформасын шешуге мүмкіндік берді Қатерлі ісік ауруын талдау LncRNAs, miRNAs, ceRNAs және РНҚ-мен байланысатын ақуыздардың (RBP) желілері 14 қатерлі ісік түрі (> 6000 сынама) бастап Қатерлі ісік геномының атласы (TCGA) Деректер порталы.

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Ян, Цзянь-Хуа; Ли Джун-Хао; Шао Пенг; Чжоу Хуй; Чен Юэ-Цинь; Qu Liang-Hu (қаңтар 2011). «starBase: Argonaute CLIP-Seq және Degradome-Seq мәліметтерінен microRNA-mRNA өзара әрекеттесу карталарын зерттеуге арналған мәліметтер базасы». Нуклеин қышқылдары. Англия. 39 (Деректер базасы мәселесі): D202-9. дои:10.1093 / nar / gkq1056. PMC  3013664. PMID  21037263.
  2. ^ Li, JH; Лю, С; Чжоу, Н; Qu, LH; Янг, Дж. (2013 жылғы 1 желтоқсан). «starBase v2.0: CLIP-Seq ауқымды деректерінен miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA және белок-РНҚ өзара әрекеттесу желілерін декодтау». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 42 (1): D92-7. дои:10.1093 / nar / gkt1248. PMC  3964941. PMID  24297251.

Сыртқы сілтемелер