Sirius визуализация бағдарламасы - Sirius visualization software

Сириус
ӘзірлеушілерСан-Диего суперкомпьютер орталығы
Тұрақты шығарылым
1.2 / 2008 жылғы 18 қараша; 12 жыл бұрын (2008-11-18)
Операциялық жүйеКросс-платформа: Windows, Linux, macOS
ТүріМолекулалық модельдеу
ЛицензияМеншіктік ақысыз академиялық, коммерциялық емес
Веб-сайтсириус.sdsc.edu

Сириус Бұл молекулалық модельдеу және талдау жүйесі Сан-Диего суперкомпьютер орталығы. Sirius пайдаланушының кішігірім дисплейінен асатын кеңейтілген талаптарын қолдауға арналған молекулалар және белоктар. Sirius жоғары сапалы интерактивті қолдайды 3D графика, құрылымды құру, көрсету ақуыз немесе ДНҚ бастапқы тізбектер, қашықтағы деректер көздеріне қол жеткізу және визуалдау молекулалық динамика траектория. Оны қолдануға болады ғылыми визуализация және талдау, және химия және биология нұсқаулық.

Басты ерекшеліктер

Sirius функциялар жиынтығымен әртүрлі қосымшаларды қолдайды, соның ішінде:

  • Фрагменттер кітапханасын қолдану арқылы химиялық құрылымдарды құру және редакциялау
  • Ақуыздың құрылымы және реттілікті туралау
  • Командалық жол интерпретаторы және сценарийлер қолданыстағы мүмкіндіктерге толық сәйкес келеді РасМол сценарийлер
  • Толық қолдау молекулалық динамика траекторияны визуалдау
  • Жарылыс тікелей іздеу Ақуыздар туралы мәліметтер банкі және Uniprot мәліметтер базасы
  • Қалғанын мұздату кезінде жүктелген деректердің бөліктерін жылжыту мүмкіндігі
  • Интерактивті есептеу сутектік байланыс, стерикалық қақтығыстар, Рамачандран учаскелері
  • Барлық негізгі құрылым мен дәйектілік форматтарын қолдау
  • Жинақталған POV-Ray фотореалистикалық бейнелер жасау үшін
  • Жеке визуалдау компоненттері бойынша интеграцияланған таңдау және бояу

Сириус молекулалық графикалық кодқа және молекулалық биология құралдар жиынтығының бір бөлігі ретінде жасалған мәліметтер құрылымына негізделген.[1]

RasMol-мен үйлесімді сценарий

Сириуста құрылымның сыртқы түрі мен бағдарларын жылдам басқаруға болатын командалық жол интерпретаторы бар. Пәрмендер жиынтығы кейіннен жасалған РасМол, сондықтан ол қолданыстағы сценарийлермен толық үйлеседі. Сириуста енгізілген командалар бір уақытта жүктелген бірнеше құрылымдарды басқаруға қолдау көрсетеді және икемді таңдау мүмкіндігін береді.

Стандартты RasMol сценарийлерін импорттауға және Сириуста басқаруға болады, олар кодталған молекулалық көріністердің жоғары сапалы көріністерін жасайды. RasMol-да сол Сириустен өзгеше болатын координаттар жүйесі қолданылғандықтан, ішкі түрлендіру RasMol сценарийлері импортталған кезде жүзеге асырылады, осылайша кез-келген бағдар өзгерістері дұрыс көрсетіледі. Қолмен енгізілген кез-келген командалар Sirius координаттар жүйесі бойынша орындалады.[2]

Сириус бірнеше алдын-ала анықталған атом-қалдық жиынтықтары мен түс схемаларын қолдайды, командалық панель интерфейсін қолданып сценарийлерді редакциялауға мүмкіндік береді, ал логикалық операторлар мен жақшаларды таңдаудың күрделі командаларын жасауға болады.

Молекулалық динамика траекториясын визуалдау

Сириуста визуалды компоненттің толық ерекшелігі бар молекулалық динамика (MD) бар. Ол шығыс файлдарды оқи алады AMBER және ХАРММ имитациялар, соның ішінде қысылған және AMBER файлдары. RMSD траектория бойындағы өзгертулерді пайдаланушы анықтаған атом жиынтықтары арқылы есептеуге және интерактивті жаңартылған графикте көрсетуге болады. Жадқа деген қажеттілікті азайту үшін буферлік режимде үлкен көпфайлды модельдеу жүктелуі мүмкін. Егер модельдеу өзгертулерді қамтыса ақуыз бүктелгенде, Сириусты бақылауға және қайта есептеуді орнатуға болады екінші құрылым нақты уақыт режиміндегі ерекшеліктер, бұл құрылымның өзгеруін бақылаудың ыңғайлы әдісін ұсынады. Толық траектория немесе таңдалған кадрларды экспорттауға болады QuickTime бейне немесе жиынтығы POV-Ray кейінірек жоғары сапалы фильмге айналдыруға болатын сахналық суреттер.

Кіру және жүктеу

Sirius жоба веб-сайтынан академиялық және коммерциялық емес ұйымдармен байланысқан адамдарға еркін таратылады.[3] Жергілікті жұмыс үстелі қосымшаларын орнатушылар қол жетімді Windows, Linux, және macOS. Жүктеулерді ұсынудан басқа, жоба сайтында Sirius бар анықтама жүйесі, оқулықтар және скриншоттар.

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

Сыртқы сілтемелер