ДНҚ-мен байланысатын бір тізбекті ақуыз - Single-strand DNA-binding protein
ДНҚ-мен байланысатын бір тізбекті ақуыз (SSB) Бұл ақуыз табылды Ішек таяқшасы (E. coli) бактериялар, сол бір тізбекті аймақтармен байланысады дезоксирибонуклеин қышқылының (ДНҚ ).[1] Бір тізбекті ДНҚ ДНҚ метаболизмінің барлық аспектілері кезінде пайда болады: репликация, рекомбинация және қалпына келтіру. SSB ақуыздары осы бір тізбекті ДНК-ны тұрақтандырумен қатар, барлық осы процестерге қатысатын көптеген ақуыздармен байланысады және олардың қызметін модуляциялайды.
Белсенді E. coli SSB төрт бірдей 19-дан тұрады kDa бөлімшелер. Бір тізбекті ДНҚ-ны тетрамермен байланыстыру әр түрлі «режимдерде» жүруі мүмкін, SSB тұз концентрациясын қоса бірқатар факторларға байланысты ДНҚ негіздерінің әр түрлі санын алады. Мысалы, (SSB)65 тұздың жоғары концентрациясында ДНҚ-ның шамамен 65 нуклеотидтері SSB тетрамерін орап, оның барлық төрт бөлімшелерімен байланысатын байланыстыру режимі қолданылады. in vitro. Тұздың төменгі концентрациясында (SSB)35 байланыстыру режимі, онда шамамен 35 нуклеотид SSB суббірліктерінің тек екеуімен байланысады, түзілуге ұмтылады. Әр түрлі байланыстыру режимдерінің функцияларын түсіндіру үшін қосымша жұмыс қажет in vivo.
Бактериялық SSB
| SSB | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 PriB кристалды құрылымы - ДНҚ-ның примосомалық репликациясы Ішек таяқшасы | |||||||||
| Идентификаторлар | |||||||||
| Таңба | SSB | ||||||||
| Pfam | PF00436 | ||||||||
| Pfam ру | CL0021 | ||||||||
| InterPro | IPR000424 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00602 | ||||||||
| SCOP2 | 1kaw / Ауқымы / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 3.A.7 | ||||||||
| |||||||||
SSB ақуыз домендері жылы бактериялар ДНҚ метаболизмін сақтау функциясында маңызды, нақтырақ айтсақ ДНҚ репликациясы, жөндеу және рекомбинация.[2] Оның құрылымы үш бета-жіптен алты жіпке дейін бета-парақ қалыптастыру ақуыз димері.[3]
Сондай-ақ қараңыз
Әдебиеттер тізімі
- ^ Окли, А.Дж. (2014). «Ядролық магниттік-резонанстық спектроскопиямен анықталған ішек таяқшасының бір тізбекті ДНҚ байланыстыратын ақуызының С-терминалының молекулааралық байланыс режимі». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 42 (4): 2750–7. дои:10.1093 / nar / gkt1238. PMC 3936761. PMID 24288378.
- ^ Meyer RR, Laine PS (желтоқсан 1990). «Ішек таяқшасының бір тізбекті ДНҚ-мен байланысатын ақуызы». Микробиол. Аян. 54 (4): 342–80. дои:10.1128 / MMBR.54.4.342-380.1990. PMC 372786. PMID 2087220.
- ^ Raghunathan S, Ricard CS, Lohman TM, Waksman G (маусым 1997). «2.9-A ажыратымдылықта селенометионил протеинінде көп толқындық рентген дифракциясы арқылы анықталған ішек таяқшалы ДНҚ-байланыстыратын ақуыздың гомо-тетрамерлі байланыстыру аймағының кристалдық құрылымы». Proc. Натл. Акад. Ғылыми. АҚШ. 94 (13): 6652–7. дои:10.1073 / pnas.94.13.6652. PMC 21213. PMID 9192620.
Сыртқы сілтемелер
- Бір тізбекті + ДНҚ + байланыстырушы + ақуыздар АҚШ ұлттық медицина кітапханасында Медициналық тақырып айдарлары (MeSH)
- PFAM ішіндегі SSB