Тізбектелген мұрағат - Sequence Read Archive - Wikipedia

Тізбектелген мұрағат
Database.png
Мазмұны
СипаттамаЖиі қойылатын сұрақтар
BAM деректері
Ағзаларбарлық
Байланыс
Зерттеу орталығыҰлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы
Еуропалық биоинформатика институты
Жапонияның ДНҚ-ның деректер банкі
Кіру
Веб-сайтwww.ncbi.nlm.nih.gov/ sra/
www.ebi.ac.uk/ ena/
із.ddbj.nig.ac.jp/ др/ индекс_e.html

The Тізбектелген мұрағат (SRA, бұрын Қысқа оқу мұрағаты) Бұл биоинформатика дерекқор қоғамдық репозитарийді ұсынады ДНҚ секвенциясы деректер, әсіресе «қысқа оқулар» қалыптастырады өнімділігі жоғары реттілік, олар әдетте 1000-нан аз негізгі жұптар ұзындығы бойынша.[1] Мұрағат Нуклеотидтер тізбегінің халықаралық базасы (INSDC), және NCBI арасындағы ынтымақтастық ретінде іске қосыңыз Еуропалық биоинформатика институты (EBI) және Жапонияның ДНҚ-ның деректер банкі (DDBJ).

Мұрағат Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) 2007 жылы өндірілген мәліметтердің репозиторийін ұсыну мақсатында РНҚ-дәйектілік және ChIP-дәйектілік зерттеулер, соның ішінде ауқымды зерттеулер Адамның микробиомасы жобасы және 1000 геном жобасы.[1][2] Бастапқыда қысқаша оқу мұрағаты деп аталды, бұл атау болашақ тізбектелген технологияларды күтуге байланысты өзгеріп, ұзақ оқылымдар жасай алады.[3]

SRA 2008 жылдан бастап қарқынды дамыды.[4] 2011 жылғы жағдай бойынша SRA реттілігі туралы деректердің көпшілігі өндірілген Иллюмина Геномдық анализатор.[5]

Ретті оқу мұрағатына сақталған мәліметтер көлемі тез өсті. 2010 жылғы қыркүйектегі жағдай бойынша SRA-ның 65% -ы болды адамның геномдық 16% -ы адамға қатысты метагеном тізбегі оқылады.[6] Бұл деректердің көп бөлігі 1000 геном жобасы арқылы сақталған. 2011 жылғы маусымда SRA-дағы мәліметтер көлемінен 100 терабаза ДНҚ-ны жіберді.[2]

Қалаулы деректер форматы SRA-ға жіберілген файлдар үшін BAM форматы, ол тураланған және тураланбаған оқылымдарды сақтауға қабілетті.[6] Ішкі жағынан SRA икемділікті қамтамасыз ету үшін INSDC мүшелерінің үш базасында қолданылатын NCBI SRA Toolkit-ке сүйенеді. деректерді қысу, API сияқты басқа форматтарға қол жеткізу және түрлендіру FAQQ.[5]

NCBI 2011 жылдың ақпанында қаржыландырудың азаюына байланысты NCBI SRA жабу жоспарын жариялады.[2][7] Алайда, EBI және DDBJ SRA-ны қолдайтындықтарын мәлімдеді.[8] 2011 жылдың қазанында NCBI SRA-ны қаржыландыруды жалғастыратынын жариялады.[2]

Мәліметтерді SRA-ға орналастыру қаржыландыру агенттіктерінің көпшілігімен және ашық журналдар. Nature Publishing Group журналдар ДНҚ мен РНҚ тізбектелген деректердің SRA арқылы қол жетімді болуын талап етеді.[9]

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Wheeler, DL; Барретт, Т; Бенсон, DA; Брайант, SH; Canese, K; Четвернин, V; Шіркеу, DM; Дикуччио, М; Эдгар, Р; Федерен, С; Феоло, М; Geer, LY; Хельмберг, В; Капустин, Ю; Ховайко, О; Жер иесі, D; Липман, ди-джей; Мэдден, TL; Маглотт, DR; Миллер, V; Остелл, Дж; Pruitt, KD; Шулер, ГД; Шумуэй, М; Секейра, Е; Шерри, СТ; Сироткин, К; Соуворов, А; Старченко, Г; Татусов, РЛ; Татусова, ТА; Вагнер, Л; Ященко, Е (қаңтар 2008). «Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығының мәліметтер қоры». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 36 (Деректер базасы мәселесі): D13-21. дои:10.1093 / nar / gkm1000. PMC  2238880. PMID  18045790.
  2. ^ а б в г. Галперин, М .; Фернандес-Суарес, X. М. (5 желтоқсан 2011). «2012 жылғы ядролық қышқылдарды зерттейтін мәліметтер базасы және онлайн-молекулалық биология мәліметтер қоры». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (D1): D1-D8. дои:10.1093 / nar / gkr1196. PMC  3245068. PMID  22144685.
  3. ^ Остелл, Джим (2009). «NCBI тізбегін оқу мұрағаты: инфрақұрылымға мүмкіндік беретін негізгі». Bio IT әлемі. Алынған 2013-01-08.
  4. ^ «NCBI SRA шолуы». NCBI. 1 қаңтар 2013. Алынған 2013-01-08.
  5. ^ а б Кодама, Ю .; Шумуэй, М .; Leinonen, R. (2011). «Оқылған архивтің дәйектілігі: дәйектіліктің жарылғыш өсуі». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (D1): D54-D56. дои:10.1093 / nar / gkr854. ISSN  0305-1048. PMC  3245110. PMID  22009675.
  6. ^ а б Leinonen R; Сугавара Н; Shumway M (қаңтар 2011). «Архив оқылған кезек». Нуклеин қышқылдары. 39 (Деректер базасы мәселесі): D19–21. дои:10.1093 / nar / gkq1019. PMC  3013647. PMID  21062823.
  7. ^ ГБ Редакциялық тобы (2011 ж. 22 наурыз). «NCBI SRA-ның жабылуы және геномика деректерін сақтаудың ұзақ мерзімді салдары». Геном биологиясы. 12 (3): 402. дои:10.1186 / gb-2011-12-3-402. PMC  3129670. PMID  21418618.
  8. ^ «DDBJ дәйекті деректерді архивтеуді жалғастырады». www.ddbj.nig.ac.jp. Алынған 2 қыркүйек 2014.
  9. ^ «Деректер мен материалдардың болуы: авторлар мен төрешілер @ npg». www.nature.com. Алынған 2 қыркүйек 2014.

Сыртқы сілтемелер