SOSUI - SOSUI

SOSUI бөлігін болжайтын ақысыз онлайн-құрал болып табылады екінші құрылым туралы белоктар берілгеннен аминқышқылдарының бірізділігі (AAS). Негізгі мақсат - қарастырылып отырған ақуыздың еритін немесе а екенін анықтау трансмембраналық ақуыз.

Тарих

SOSUI's алгоритм 1996 жылы Токио университетінде жасалған. Атау «деген мағынаны білдіредігидрофобты «, оның молекулалық» клиенттеріне «тұспалдау.

SOSUI қалай жұмыс істейді

Ең алдымен, SOSUI іздейді α спиралдары белгілі болуын ескере отырып, болжау салыстырмалы түрде оңай спиральді потенциалдар берілген аминқышқылдарының бірізділігі (AAS). SOSUI өзінің болжауында AAS-тің 4 сипаттамасын қолданады: еритін ақуыздардағы α спиральдары мен трансмембраналық ақуыздардағы α спиралдары арасындағы айырмашылықты ажырату өте қиын міндет болып табылады.

  1. "гидропатия индексі «(Kyte und Doolittle 1982)
  2. салмағы бар болуы амфифилді аминқышқылдары (AA) және олардың локализациясы: «амфифилділік индексі»
  3. AA заряды
  4. AAS ұзындығы

Толығымен бір сипаттамаға сүйенетін Kyte und Doolittle-дің «гидропатия индексімен» салыстырғанда маңызды жақсару «амфифилдік индексі» деп аталады. Ол амфифилді қалдықтары бар әрбір АА-ға молекулалық құрылымнан алынған белгілі бір мән беру арқылы есептеледі. SOSUI-дің амфифилділік критерийлеріне сай болу үшін полярлы, гидрофильді қалдықтарды тікелей байланыстыруға болмайды бета-көміртегі; кем дегенде біреу болуы керек аполярлы аралас көміртек (сондықтан тек лизин, аргинин, гистидин, глутамин қышқылы, глутамин, триптофан және тирозин). SOSUI α спиральдарының ұштарында амфифилді АА жинақталуын іздейді, бұл трансмембраналық α спиральдарына тән болып көрінеді (ол жасайды) трансмембраналар ампифилді АА-ны липидті-су шекарасына орналастыру арқылы осы α спиральдары үшін энергетикалық тұрғыдан жақсы орналасады және сол арқылы ақуыздың дұрыс оқшаулануына жауап береді). АА төлемі де ескеріледі; ұзындығы биологиялық болғандықтан маңызды липидті мембраналар мембраналық протеиндердің ұзындығын анықтайтын белгілі бір қалыңдыққа ие, SOSUI әзірлеушілері жариялаған зерттеуге сәйкес құрылымы белгілі ақуыздардың таңдалған тобының 99% -ын сәтті саралап берді. [1]. Алайда, белгілі 122 ақуыздың AAS-да бірнеше болжам құралдары орындалған тағы бір зерттеу SOSUI-дің α спиральдарының саны туралы тек 60% жағдайда дұрыс екенін мәлімдеді [2]. Бірақ трансмембраналық домендердің саны әрдайым дәл болмаса да, еритін және трансмембраналық ақуыздардың дифференциациясы жиі жұмыс істейді, өйткені ақуыздың ондай доменнің бар-жоғын білу қажет. Әрине, трансмембраналық α спиралдары жоқ мембрана ақуыздары (мысалы. пориндер ) немесе олар а ковалентті байланыс SOSUI таба алмайды.

Нәтижелер

Нәтижелер беті алдымен жалпы ақпаратты көрсетеді (ұзындығы, орташа гидрофобтылығы). Егер қарастырылып отырған ақуыз трансмембраналық ақуыз болса, трансмембраналық домендердің саны және олардың локализациясы атап өтіледі. Гидрофобты бөліктердің түрлі-түсті акценті бар «гидропатия-профиль»; потенциалды трансмембраналық домендердің бұрандалы дөңгелектерінің диаграммалары да көрсетілген. Соңғы сурет трансмембраналық ақуыздың орналасуының схемалық шолуын көрсетеді.

Дереккөздер

  1. Хирокава, Бун-Чиенг, Митаку, SOSUI: Мембраналық ақуыздардың классификациясы және екінші құрылымын болжау, Биоинформатика Т.14 S.378-379 (1998) [3] ^
  2. Масами Икеда, Масафуми Арай, Тосио Шимидзу, Трансмембраналық топологияны болжау әдістерін эксперименттік сипатталған топология деректерін қолдану арқылы бағалау, Геном информатикасы 11: 426-427 (2000) [4] ^

Сыртқы сілтемелер