SNAP47 - SNAP47

Сондай-ақ оқыңыз: Синаптосома
SNAP47
Идентификаторлар
Бүркеншік аттарSNAP47, C1orf142, HEL170, SNAP-47, SVAP1, ESFI5812, HEL-S-290, синаптосома байланысқан протеин 47kDa, синаптосома ілеспе протеин 47, сипатталмаған LOC100130093
Сыртқы жеке куәліктерMGI: 1915076 HomoloGene: 14206 Ген-карталар: SNAP47
Ортологтар
ТүрлерАдамТышқан
Энтрез

116841

67826

Ансамбль

ENSG00000143740

ENSMUSG00000009894

UniProt

Q5SQN1

Q8R570

RefSeq (mRNA)

жоқ

NM_144521
NM_001356452
NM_001356454

RefSeq (ақуыз)

NP_653104
NP_001343381
NP_001343383

Орналасқан жері (UCSC)жоқХр 11: 59.41 - 59.45 Мб
PubMed іздеу[2][3]
Уикидеректер
Адамды қарау / өңдеуТінтуірді қарау / өңдеу

Синаптосомамен байланысқан ақуыз, 47 кДал (SNAP47) адам ақуыз SNAP47 кодталған ген.[4][5][6] Бұл геннің басқа бүркеншік аттары SVAP1, HEL170, ESFI5812 және HEL-S-290. SNAP47 - бұл синаптозома ақуызы, ол көптеген аурулар кезінде, соның ішінде ақуыздың кодталуымен байланысты кіші жасушалы емес өкпе рагы және шизофрения. SNAP47 - SNAP ақуыздар тобының мүшесі. SNAP ақуыздар t-тұзақ құрамына кіретін белоктар SNARE күрделі. SNARE кешені көпіршік пен қабықты біріктіретін тығыз кешен құру арқылы көпіршіктердің бірігуін жүргізеді[7]. Бұл ақуыз барлық жерде аталық безде, аналық безде және көптеген тіндерде экспрессия тудырады[8]

Джин

Ген 1q42.13-те орналасқан, яғни 1-хромосомада хромосоманың ұзын қолында, 42-аймақ, 13-аймақ., Барлығы 13 экзон және 12 интрон бар. Бұл ген 52693 негізгі жұпты қамтиды. Ол плюс тізбегінде кодталған. Бұл геннің координаттары 227728518-227781231 құрайды. Генді хромосомада ZNF678 гені және PRSS38 гені қаптайды, ал JMJD4 минус тізбегінің дәл сол жерінде орналасқан.[8]

Ақуыз

SNAP47 кең таралған изоформасы - ұзындығы 419 амин қышқылдары.[8] SNAP47 ақуызы - синаптозомамен байланысқан ақуыз. Оның молекулалық салмағы 47167 М екені анықталды.[8] SNARE күрделі (еритін N-этилмалеимидке сезімтал факторлардың қосылу ақуызының рецепторы) синтаксин ақуыздары, VAMP ақуыздары және SNAP ақуыздары кіреді. SNARE ақуыздары көбінесе көпіршіктердің бірігуі - экзоцитоз немесе нейротрансмиттердің бөлінуімен байланысты екені белгілі.[9]

Олар сондай-ақ байланысты болды БЛОК-1 (биогенез туралы лизосома - байланысты органоидтар кешені-1). Гиппокампалы BLOC-1 жетіспейтін нейрондар ұсынады нейрит өсу ақаулары, олар SNARE ассоциациясымен қабылданғанда, BLOC-1 кодтайтын гендердің мүмкін нұсқаларына әкеледі - DTNBP1 - in Шизофрения модельдер.

I-Tasser ұсынған C1orf142 моделі. Кескін кемпірқосақта N-ден C-ге дейін боялған.

Екінші құрылым

SNAP47 қайталама құрылымында бета парағымен және кездейсоқ катушкалармен араласқан бірнеше ұзын альфа спиралдары бар.[10]. Альфа-спираль шамамен 120-150 амин қышқылына және 350-415 аминқышқылдарына орналастырылған. SNARE ақуыздары мембраналары бар төрт спиральды жинақы кешен құрайды деп саналады.[11]. Табылған екі альфа-спираль осы байқауға сәйкес келеді.[10]

Үшіншілік құрылым

I-TASSER құрастырылды, содан кейін мүмкін болатын SNAP47 үшінші ретін реттеді 5VOX, ашытқы V-ATPase, және Ufd2 убивитин ұқсас домен Рад23.[12]. TM баллдары сәйкесінше 0,917 және 0,584 құрады.

Гендердің экспрессиясын реттеу

Ген деңгейін реттеу

Промоутер

SNAP47 транскрипцияның әртүрлі нұсқаларын жасайтын 4 промоутерлік аймақты қамтиды. Бұларды Genomatix-те Eldorado қолданып анықтады. Промоутер B транскрипт-2 нұсқасын күшейтеді - GXT_27753855.[13]

SNAP47 промоутерлері
ПромоутерАты-жөніБастауСоңыҰзындығы (bp)Транскрипт
AGXP_67283722277271682277282071040GXT_27753854
BGXP_235582277275182277287461229GXT_2743329, GXT_2743651, GXT_27753855, GXT_27753856, GXT_27753857, GXT_27753859, GXT_27753858, GXT_24484547, GXT_22776811, GXT_24484548
CGXP_235012277338172277354921676GXT_2753839, GXT_27753860, GXT_27753861, GXT_2807628, GXT_27753862, GXT_27753863, GXT_27753864, GXT_23529849, GXT_26185912
Д.GXP_67283732277346952277357341040GXT_27753865
EGXP_31831672277351732277362171045GXT_26215912, GXT_24484549
FGXP_60214332277466892277481931505GXT_27136253, GXT_27136254

Транскрипция факторлары

SNAP47 промоторына қосылатын болжанған транскрипция факторлары - SP1, TATAB және CARF. SP1 немесе ынталандырушы ақуыз 1 матрицалық ұқсастығын 1,0-ге теңестірді және барлық жерде кездесетін мырыш саусақ транскрипциясы коэффициенті болып табылады және минус тізбегінде орналасқан. TATAB - 0,945 матрицасы ұқсас TATA байланыстыратын ақуыз факторы. CARF - бұл матрицаның 0,928 ұқсастығы бар кальций реакциясы элементі. SNAP25 азаяды2+ GABAargic синапстарындағы жауаптылық.

Өрнек үлгісі

RNAseq деректері дисплейде SNAP47 жоғары деңгейде көрсетілуі керек бүйрек үсті безі, ұрықтың миы, ересек ми және жүрек[8]. Бүйрек үсті безі, гормон продюсер, бір килобазаға шаққанда 8 рет оқылды (RPKM). Өкпенің транскрипциясы салыстырмалы түрде төмен, транскрипциясы 17 апталық ұрықтан басқа. 17 апталық ұрықтың өкпесінің транскрипциясы 2 RPKM жоғары. Ұрық бауырында, трахеяда, ұйқы безінде және сүйек кемігінде транскрипция жылдамдығы төмен (2 RPKM төмен). Ұяшықта SNAP47 локализацияланады цитоплазма, эндоплазмалық тор (ER), және Везикулярлы-құбырлы кластер (ERGIC)[14].

Ақуыздың көптігі адамдардағы барлық белоктармен салыстырғанда орташа болып табылады[15]. Алайда, мРНҚ-да бұл микроарайда байқалатын орташа мөлшерден жоғары болады. MRNA 75-тен жоғары немесе одан жоғарымың тексерілген тіндердің көп бөлігі үшін микроаррядтағы процентиль[16]. Бұл экспрессияның үлкен жылдамдығы туралы айтуы мүмкін, бірақ ақуыз оның қызметі үшін тез жұмсалады.

Ақуыз деңгейінің реттелуі

Трансұлттық модификация

SNAP47 аудармадан кейінгі бірнеше мүмкін модификацияға ие болды. Жоғары сақталған фосфорлану учаскелер Y15, S129, S262 және S284-де болжанған - нақты киназдары жоқ. Ақуыз Киназа С бірнеше сигнал беру каскадтарында, оның ішінде кальцийдің бөлінуіне әсер етеді. Олардың сәйкесінше S82, S223 және S231-де 0,830, 0,747 және 0,812 баллдары болды.[17]

Пальмитоиляция тораптар SNARE кешенін тіректерге бекіту кезінде маңызды цитозоликалық мембраналардың жағы. Көптеген SNAP ақуыздары жоқ болғандықтан транс мембраналық домендер, бұл бекітудің кең таралған тәсілі. Палит қышқылы ковалентті цистеин қалдықтарына жабысады. SNAP47 ақуызының басында Cys6 және Cys12 кезінде екі пальмитоиляция алаңы болжанған.

Пропептидтердің бөліну орны R417-де болжанған[18] ал S2-де ацетилдену болжанған болатын.

Гомология және эволюция

Ортологтар

2020 жылғы маусымдағы жағдай бойынша SNAP47 310-да сақталады ортологтар. Қызыл жегі, қасқыр / ит, 74,2% сәйкестілікке ие. M. mulatta, маймыл, Homo sapiens протеинінің транскриптімен сәйкестендірілді және 67,1% бірдей аминқышқылдары табылды[19]. П.Маринус, теңіз шырағы, 36,1% сәйкестілік сәйкестілігінде табылған ең алыс ортолог. Ол эукайоттарда сақталды, бірақ бактериялар мен архейлерде емес. Алынған ортологтардың таңдалған тізімі төменде көрсетілген.[8]

SNAP 47 Ортологтар
Түр / түрЖалпы атыТапсырысДивергенция күні (MYA)Қосылу нөміріДәйекті. ұзындығы (а.а.)Дәйекті. жеке басын куәландыратын (%)Дәйекті. ұқсастық (%)
Homo sapiensАдамПриматтар0NP_001310859.1419100100
Canis lupusҚасқырТерапсид29XP_022282898.141574.285.9
Rattus norvegicusҚоңыр егеуқұйрықРоденция90NP_955421.141973.385.7
Бұлшықет бұлшықетіТышқанРоденция90NP_001343381.167.181.1
Globicephala melasҰзын жүзді китЦетацея96XP_030700680.142078.889.3
Pteropus vampyrusҮлкен ұшатын түлкіChiroptera96XP_011370249.141776.888.3
Loxodonta africanaПілПробосидея105XP_010599029.142077.988.8
Echinops telfairiКірпіАфросорицида105XP_004696933.142074.087.4
Gallus gallusТауықГаллиформалар312XP_418505.441959.879.4
Python bivittatusБирма питоныЖыландар312XP_007439072.142257.376.2
Nestor notabilisКеаPsittaciformes312XP_010008684.137252.870.9
Xenopus tropicalisБатыс тырнақ бақаАнура352XP_031759647.141248.969.7
Latimeria chalumnaeБатыс Үнді мұхит коэлакантыцелакант413XP_014340899.141853.974.2
Lepisosteus oculatusНақты гарЛеписостеформалар435XP_015209714.142553.472.6
Oryzias melastigmaҮнді медакаBeloniformes435XP_024129479.142250.668.9
Дентицепс клупеоидтарымайшабақClupeiformes435XP_028833542.142351.572.1
Данио рериоЗебрбишЦипринформалар435NP_001038902.141948.970.2
Cyprinus carpioТұқы балықтарыЦипринформалар435XP_018975338.141948.170.5
Sinocyclocheilus grahamiАлтын сызықЦипринформалар435XP_016139191.133239.858.6
Amblyraja radiataТікенді конькиRajiformes473XP_032876175.142149.568.7
Petromyzon marinusТеңіз лампасыPetromyzontiforme615XP_032802064.141636.154.4

Паралогтар

SNAP47-де 3 белгілі параллельдер - SNAP23, SNAP25, 29-тармақ. Тізбектегі ұқсастық пен сәйкестілік үшеуі үшін 30% -дан төмен. Бұл әр түрлі SNAP ақуыздары арасындағы төмен қатынасты ұсынады. SNAP23 және SNAP25 55% -ке сәйкес болды, демек, осы екі параллель арасындағы байланыс жоғары. Егер SNAP29 қабілетсіз болса, SNAP47 көпіршікті синтездеу функциясын өз мойнына алуы мүмкін деген кейбір дәлелдер бар, бірақ бұл тиімді немесе сәтті болмас еді.[20]

SNAP47-мен салыстырғанда параллельді ақуыз құрылымының бірізділігі
ПаралогтарҚосылу нөміріДәйекті. Жеке басын куәландыратын (%)Дәйекті. Ұқсастық (%)Олқылықтар
SNAP29NP_004773.115.726.648.5
SNAP23NP_003816.214.424.151.4
SNAP25NP_001309831.111.020.165.0

Функция / биохимия

SNAP25 SNARE белсенділігінің мысалы, Ca-ның нейротрансмиттерімен бөлінуіне әкеледі2+.

SNAP23 және SNAP25 паралогтары t-SNARE ақуыздары болып табылады, яғни ол прессинаптикалық плазмалық мембранада (мақсатқа) біріктірілген[21]. Бұл белоктар мембранаға жабысатын синтаксин ақуызымен байланысады. SNAP29 дегенмен, плазмалық мембраналармен емес, весикулалар мембраналарымен синтаксинмен байланысады. Сондай-ақ, SNAP29 цитоплазмаға көп мөлшерде жабысатын мембрана екені анықталды.[21]

Өзара әрекеттесетін белоктар

Көптеген өзара әрекеттесетін белоктар көпіршікпен байланысқан ақуыздарға жатады.[22] SNAP47 ақуызымен әрекеттесетін кейбір маңызды ақуыздар көпіршікпен байланысты мембраналық ақуыз (VAMP) және синтаксин (Stx), екеуі де SNARE кешенінде қолданылады[14]. Мүмкін болатын өзара әрекеттесу ретінде VAMP және Stx үшін әр түрлі паралогтар табылды. Олар анти-тегті қолдану арқылы эксперименталды түрде сыналды коиммунопреципитация. VAMP4 және Stx-1A өзара әрекеттеседі кальций тәуелді экзоцитоз. Голгин subfamily 2 мүше ақуыз (GOLGA2) - бұл көпіршікті жеңілдететін ақуыз көпіршіктердің бірігуі бірге Гольджи аппараты. GOLGA2 және SNAP47 арасындағы өзара әрекеттесуді анықтау үшін микроаррай, сондай-ақ олжаны біріктіру әдісі қолданылды. LINC (Nucleoskeleton және cytoskeleton) линктерінің құрамдас бөлігі KASH5 SNAP47-мен өзара әрекеттесетіні анықталған ақуыз екі гибридті жыртқыштарды біріктіру тәсілі.

Клиникалық маңызы

Өзара әрекеттесетін екі вирус - реплика және PVR ақуыздары, олар репликаза полипротеин 1аб және Полиовирустық рецептор сәйкесінше. Полипротеин 1ab ақуызының репликациясы адамның Sars коронавирусында болады. Реп вирустық РНҚ-ның транскрипциясы мен репликациясына қатысады[23]. Балама атауы - ORF1ab полипротеині. Оның құрамында полипротеинді бөлшектейтін протеиназалар бар. Протеиназа белсенділігі үшін оңтайлы рН 7,0 құрайды. Pp1ab 15 түрлі тізбектерде жіктелетіні белгілі (олармен шектелмейді) хост трансляциясының ингибиторы nsp1, 3С тәрізді протеиназа және геликаза. SNAP47-мен өзара әрекеттесуінде көп нәрсе белгілі емес.

Полиовирус рецепторы ісік жасушаларының инвазиясы мен миграциясы кезінде жасушалардың қозғалғыштығында рөл атқарады. PVR CD96 және CD226-мен байланысады - Табиғи өлтіргіш жасуша рецепторлар. Бұл PVR-дің NK жасушаларына ауысуына және табиғи өлтіруші жасушалардың фратрицидіне әкелуі мүмкін, бұл метастаздау мүмкіндігін арттырады. Өкпеде бұл ақуыздың көп экспрессиясы болмаса да, C1orf142-нің алып жасушалық өкпе карциномасының жасушалық жолында экспрессия жылдамдығы жоғары екендігі анықталды, олардың метастатикалық әлеуеті жоғары.[24] 95D клеткалық сызығы (жоғары метастатикалық потенциал) 95С-пен бірге зерттелді (өкпенің қатерлі ісігі кезіндегі SNAP47 ақуызы мен метастазасы арасында мүмкін байланыс бар).

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000009894 - Ансамбль, Мамыр 2017
  2. ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  3. ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  4. ^ «SAPS <Реттілік статистикасы . www.ebi.ac.uk. Алынған 2020-07-28.
  5. ^ «SNAP47 - синаптосомамен байланысты ақуыз 47 - Homo sapiens (адам) - SNAP47 гені және ақуызы». www.uniprot.org. UniProt. Алынған 2020-08-01.
  6. ^ «SNAP47 синаптосомасымен байланысқан ақуыз 47 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ ұлттық медицина кітапханасы. Алынған 2020-08-01.
  7. ^ Ризо, Хосеп; Südhof, Thomas C. (тамыз 2002). «Торлар мен Мунк18 синаптикалық көпіршіктердің бірігуінде». Табиғи шолулар. Неврология. 3 (8): 641–653. дои:10.1038 / nrn898. ISSN  1471-003X. PMID  12154365. S2CID  13351502.
  8. ^ а б c г. e f «SNAP47 синаптосомасымен байланысқан ақуыз 47 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-06-10.
  9. ^ «SNAP47 Гені - Ген-карталар | SNP47 Протеин | SNP47 Антидене». www.genecards.org. Алынған 2020-06-18.
  10. ^ а б «Биоинформатикаға арналған нұсқаулық». toolkit.tuebingen.mpg.de. Алынған 2020-07-31.
  11. ^ Холт, Мэттью; Варокеа, Фредерике; Видерхольд, Катрин; Такамори, Шигео; Урлауб, Хеннинг; Фасшауэр, Дирк; Джен, Рейнхард (2006-06-23). «SNAP-47 сәйкестендіру, Qbc-SNARE романының әрдайым көрініс табуы». Биологиялық химия журналы. 281 (25): 17076–17083. дои:10.1074 / jbc.M513838200. ISSN  0021-9258. PMID  16621800. S2CID  33998436.
  12. ^ «I-TASSER нәтижелері». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Алынған 2020-08-01.
  13. ^ Genomatix Software Suite (шілде 2020). «ElDorado». Геноматикс.
  14. ^ а б Кустер, Аурелия; Нола, Себастиан; Дингли, Флорент; Вакка, Барбара; Гаучи, христиан; Боджуан, Жан-Клод; Нуньес, Марсела; Монсион, Томас; Лью, Дамарис; Formstecher, Этьен; Галли, Тьерри (2015-11-20). «Q-еритін N-этилмалеимидке сезімтал фактордың тіркеме ақуыз рецепторы (Q-SNARE) SNAP-47 весикуламен байланысты таңдалған мембраналық ақуыздардың (VAMPs) айналымын реттейді». Биологиялық химия журналы. 290 (47): 28056–28069. дои:10.1074 / jbc.M115.666362. ISSN  0021-9258. PMC  4653666. PMID  26359495.
  15. ^ «PAXdb: ақуыздың көптігі туралы мәліметтер базасы». pax-db.org. Алынған 2020-07-29.
  16. ^ «GDS3113 / 194925». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-07-29.
  17. ^ «NetPhos 3.1 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2020-07-29.
  18. ^ «ProP 1.0 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2020-07-29.
  19. ^ «EMBOSS инесі <Бірізділікті туралау . www.ebi.ac.uk. Алынған 2020-06-18.
  20. ^ «SNAP29 ген - GeneCards | SNP29 ақуыз | SNP29 антидене». www.genecards.org. Алынған 2020-07-29.
  21. ^ а б Рамакришнан, Нелият А .; Дрешер, Мариан Дж .; Дрешер, Деннис Г. (мамыр 2012). «Нейрондық және сенсорлық жасушалардағы SNARE кешені». Молекулалық және жасушалық нейрология. 50 (1): 58–69. дои:10.1016 / j.mcn.2012.03.009. ISSN  1044-7431. PMC  3570063. PMID  22498053.
  22. ^ «IntAct молекулалық өзара әрекеттесуі». www.ebi.ac.uk.
  23. ^ «P0C6X7 - полипротеин 1ab репликациясы». UniProt.
  24. ^ Күн, Вэньцзин; Гуо, Чанлонг; Мэн, Сяньнин; Ю, Ян; Джин, Ян; Тонг, Дандан; Дженг, Цзиншу; Хуанг, Ци; Ци, джипинг; Лю, Ан; Гуань, Ронгвэй (2012-04-01). «PAI-RBP1, C1orf142 және COTL1-нің әр түрлі ісік метастатикалық потенциалы бар кіші жасушалы емес өкпенің қатерлі ісік жасушаларының дифференциалды өрнегі». Тергеу медицинасы журналы. 60 (4): 689–694. дои:10.2310 / jim.0b013e31824963b6. ISSN  1081-5589. PMID  22373659. S2CID  45294541.