RsaOG - RsaOG - Wikipedia

rsaOG РНҚ
Rsaog құрылымы.pdf
Варнада жасалған, оның псевдокнотын көрсететін RsaOG екінші деңгейлі консенсус.[1] Шекаралар анықталды RACE картаға түсіру жылы Алтын стафилококк N315.[2]
Идентификаторлар
ТаңбаRsaOG
РфамRF01775
Басқа деректер
РНҚ түрісРНҚ
Домен (дер)Стафилококк
PDB құрылымдарPDBe

RsaOG (қысқартылған сөз РНҚ S. aureus Орсай G)[2] Бұл кодталмаған РНҚ табылған патогенді бактериялар Алтын стафилококк N315 үлкен масштабты қолдану есептеу скринингі негізінде филогенетикалық профильдеу.[3] Ол алғаш рет 2005 жылы анықталды, бірақ аталмады.[4] Содан бері RsaOG басқа штамдарында анықталған Алтын стафилококк атымен RsaI,[5] ол басқа мүшелерінде де анықталған Стафилококк түр (сияқты Staphylococcus carnosus ), бірақ басқа бактерияларда жоқ.[2]

RsaOG гені болып табылады сақталған барлық стафилококктар қатарында геномдар, оның екінші құрылым құрамында екі консервіленген жұпталмаған тізбектер қалыптастыру қабілеті бар а псевдокнот.[2] Солтүстік дақ тәжірибелер көрсеткендей, RsaOG бірнеше түрінде көрінеді S. aureus штамдар.[3][5] RsaOG картасын кескіндеу 146 өлшемін көрсетеді нуклеотидтер жылы S. aureus.[5] RsaOG ncRNA бар деп есептеледі трансактивті реттеу функциялары, мүмкін дәл баптау кезінде токсин өндіріс немесе көмек басып кіру.[2]

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Дарти К, Дениз А, Понти Ю (тамыз 2009). «VARNA: интерактивті сурет және РНҚ екінші құрылымын редакциялау». Биоинформатика. 25 (15): 1974–1975. дои:10.1093 / биоинформатика / btp250. PMC  2712331. PMID  19398448. Алынған 2010-07-12.
  2. ^ а б c г. e Marchais A, Bohn C, Bouloc P, Gautheret D (наурыз 2010). «RsaOG, жоғары транскрипциясы бар кодталмаған РНҚ жаңа стафилококктар отбасы». РНҚ Биол. 7 (2): 116–119. дои:10.4161 / rna.7.2.10925. PMID  20200491. Алынған 2010-07-12.
  3. ^ а б Marchais A, Naville M, Bohn C, Bouloc P, Gautheret D (маусым 2009). «Филогенетикалық профильді қолдана отырып, бактериалды геномдағы барлық кодталмаған тізбектердің бір реттік классификациясы». Genome Res. 19 (6): 1084–1092. дои:10.1101 / гр.089714.108. PMC  2694484. PMID  19237465.
  4. ^ Пичон С, Фелден Б (қазан 2005). «Патогендік штамдар арасында ерекше экспрессиямен Staphylococcus aureus геномдық және патогенділік аралдарынан алынған кішігірім РНҚ гендері». Proc. Натл. Акад. Ғылыми. АҚШ. 102 (40): 14249–14254. дои:10.1073 / pnas.0503838102. PMC  1242290. PMID  16183745.
  5. ^ а б c Geissmann T, Chevalier C, Cros MJ және т.б. (Қараша 2009). «Staphylococcus aureus-тен кішкентай кодталмаған РНҚ-ны іздеу кезінде реттелудің сақталған реттілік мотиві анықталды». Нуклеин қышқылдары. 37 (21): 7239–7257. дои:10.1093 / nar / gkp668. PMC  2790875. PMID  19786493. Алынған 2010-07-12.

Сыртқы сілтемелер