Ричард Бонно - Richard Bonneau

Ричард Бонно - американдық есептеу биологы және ғалым-зерттеушісі, оның негізгі зерттеулері келесі бағыттар бойынша жүреді: функционалды геномика мәліметтерінен желілерді үйрену, ақуыз және пептиомодиметикалық құрылымды болжау және жобалау және әлеуметтік ғылымдарға мәліметтер ғылымын қолдану. Профессор Нью-Йорк университеті, ол Биология бөлімінде, Деректер орталығында және Математика ғылымдарының куранты институты.

Өмірбаян

Бонно - есептеу биологиясы орталығындағы жүйелік биология тобының жетекшісі Флатирон институты. Қазіргі уақытта ол директор Нью-Йорк Университетінің деректерді зерттеу орталығы.

Ғылыми жұмыс

Бонне құрылымды болжау саласында Розетта коды туралы алғашқы авторлардың бірі болды, ол дәйектілік гомологиясы болмаған кезде ақуыз құрылымын болжау мүмкіндігін көрсеткен алғашқы кодтардың бірі болды.[1][2] IBM-ді қолдану Дүниежүзілік қауымдастық торы тұтас протеомдардың бүктелуін жүзеге асыру үшін оның тобы геном мен протеом аннотациясы проблемасына құрылымды болжауды қолданды.[3][4][5]

Оның тобы геномика деректерін талдау салаларына негізгі үлестерін қосты, олар екі негізгі бағытқа назар аударды: 1. динамика мен топологияны мәліметтерден ашатын желілік қорытынды жасау әдістері және 2. шартты тәуелді реттелетін топтарды әртүрлі геномиканың интеграциялануынан үйренетін әдістер. деректер түрлері.[6]

2013 жылы ол Нью-Йорктегі әріптестерімен бірге бірқатар академиялық пәндерден әдістер қолдану арқылы әлеуметтік медианы қолданудың саяси көзқарас пен қатысуға әсерін зерттеу жобасын бастады. Жоба - Әлеуметтік медиа және саяси қатысу (SMaPP) - саяси қатысуды қалыптастыратын себеп-салдарлық процесстерге қатысты бірқатар сұрақтарды шешу үшін сауалнама мәліметтеріне де, жалпыға қол жетімді әлеуметтік медиа мәліметтеріне де негізделген.

Желілік қорытынды және жүйелік биология

Ол Вестиенн Торссонмен, Дэвид Рейсспен және Нитин Балигамен бірге «Инферелатор» және «cMonkey» атты екі алгоритмді жасады, олар геномның бүкіл моделін үйрену үшін маңызды болды. Галобактериялар реттеуші желі. Балига мен Бонне жасушаның жаңа ортаға реакциясының геномдық транскрипциялық динамикасын болжау үшін өз моделін қолданды (жариялау Ұяшық 2007 жылғы желтоқсанда). Бұл жұмыс кинетикалық / динамикалық параметрлерді, сонымен қатар желінің топологиясын үйренуді қамтитын ұяшықтарды реттейтін желіні деректерге негізделген алғашқы қайта құруды ұсынады.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Renfrew PD, Campbell G, Strauss CEM, Bonneau R (2011) 2010 жылғы Rosetta әзірлеушілерінің кездесуі: макромолекулалық болжау және дизайн қайта шығарылатын басылыммен кездеседі. PLoS ONE 6 (8): e22431
  2. ^ Renfrew PD, Choi EJ, Bonneau R, Kullman B (2012) Розеттаға каноникалық емес амин қышқылдарының қосылуы және есептеу протеин-пептидті интерфейстің дизайнында қолданылуы. БІРІНШІ БӨЛІМ 7 (3): e32637.
  3. ^ Drew K, Winters P, Butterfoss GL, Berstis V, Uplinger K, Armstrong J, Riffle M, Schigighofer E, Bovermann B, Goodlett DR, Davis TN, Shasha D, Malmström L, Bonneau R., Genome Res. 2011 ж. Қараша; 21 (11): 1981-94.
  4. ^ Протеомды бүктеу жобасы: құрылымы мен функциясын протеомалық масштабта болжау (2011) Кевин Дрю, Патрик Уинтерс, ГленнЛ. Баттерфосс, Викторс Берстис, Кит Аплингер, Джонатан Армстронг, Майкл Риффл, Эрик Швайгхофер, Билл Боверманн, Дэвид Р. Гудлетт, Триша Н. Дэвис, Деннис Шаша, Ларс Мальмстром және Ричард Бонно. Геномды зерттеу, 8 тамыз 2011 ж.)
  5. ^ Bonneau, R, Facciotti, MT, Reiss, DJ, Madar A, Baliga, NS және т.б. Еркін тірі жасушадағы физиологияны транскрипциялық бақылаудың болжамды моделі. (2007) ұяшық. Желтоқсан 131: 1354-1365
  6. ^ Мария Сиофани, Авив Мадар, Каролина Галан, Маклин Селларс, Киран Мэйс, Флоренсия Паули, Ашиш Агарвал, Венди Хуанг, Кристофер Н.Паркурст, Майкл Муратет, Ким М.Нюберри, Сара Мидовс, Алекс Гринфилд, И Ян, Прети Джейн, Фрэнсис К. Киригин, Кармен Бирчмайер, Эрвин Ф. Вагнер, Кеннет М. Мерфи, Ричард М. Майерс, Ричард Бонно, Дэн Р. Литтман. Ұяшық, 12 қазан 2012 жыл (151 т., 2-шығарылым, 289-303 б.)

Құрылымды болжау

  • Bonneau, R & Baker, D. (2001). Ab Initio протеинінің құрылымын болжау: прогресс және перспективалар. Анну. Аян Биофиз. Биомол. Құрылым. 30, 173-89.
  • Бонно, Р., Дилан Чивиан, Чарли Е.М. Стросс, Кэрол Рол, Дэвид Бейкер. (2002) De Novo негізгі ақуыз отбасыларына арналған үш өлшемді құрылымды болжау. JMB, 322 (1): 65-78.
  • Bonneau R, Baliga NS, Deutsch EW, Shannon P, Hood L. (2004) Архей Halobacterium sp. Үшін био-контекстегі жүйенің құрылымын жан-жақты болжау. NRC-1. Геном биологиясы. 5 (8): R52-68
  • Майк Боксем, Золтан Малига, Нильс Дж. Клитгорд, На Ли, Ирма Лемменс, Миеко Мана, Лоренцо Де Лихтервельде, Джорам Муль, Диедерик ван де Пеут, Максиме Девос, Николас Симонис, Анне-Лоре Шлайц, Мурат Кокол, Мұхаммед А. Йылдырым , Тонг Хао, Чангю Фан, Ченвэй Лин, Майк Типсворд, Кевин Дрю, Матильде Галлли, Кан Рриссорракрай, Дэвид Дреч-сель, Дэвид Э. Хилл, Ричард Бонно, Кристин К. Гунсалус, Фредерик П. Рот, Фабио Пиано, Ян Таверниер , Сандер ван ден Хевель, Энтони А.Химан, Марк Видал. C. elegans Ерте Эмбриогенезге арналған ақуыздық доменге негізделген интерактомдық желі. (2008) Ұяшық, 134 (3) 534 - 545 бб.
  • Андерсен-Ниссен Е, Смит К.Д., Бонне Р, Стронг РК, Адерем А. Толл тәрізді рецептор 5-те сақталған бет бактерия флагеллинін таниды. (2007) J Exp Med. 19 ақпан; 204 (2): 393-403.

Геномика және жүйелік биология

  • Бонно, Ричард. Биологиялық желілерді оқыту: модульдерден динамикаға дейін. Табиғи химиялық биология 4, 658 - 664 (2008)
  • Bonneau R, Reiss DJ, Shannon P, Hood L, Baliga NS, Thorsson V (2006) Инферелятор: жүйелер-биология мәліметтер жиынтығынан парсимонды реттеуші желілерді үйрену процедурасы. Геном Биол. 7 (5): R36.
  • Дэвид Дж. Рейсс, Нитин С Балига, Бонно Р. (2006) Гетерогенді геномды мәліметтер жиынтығының біріктірілген екі кластерленуі. BMC Биоинформатика. 7 (1): 280.

Сыртқы сілтемелер