Пептидті деформаилаза - Peptide deformylase

Жылы энзимология, а пептидті деформаилаза (EC 3.5.1.88 ) болып табылады фермент бұл катализдейді The химиялық реакция

формил-L-метионил пептиді + H₂O ${displaystyleсегіз қасық}$ форматат + метионил пептид

Осылайша, екі субстраттар осы фермент болып табылады формил-L-метионил пептид және H₂O, ал оның екеуі өнімдер болып табылады қалыптастыру және метионил пептид.

Бұл фермент тұқымдасына жатады гидролазалар, пептидтік байланыстардан басқа көміртегі-азотты байланыстарға әсер ететіндер, атап айтқанда сызықтық амидтерде. The жүйелік атауы осы ферменттер класына жатады формил-L-метионил пептид амидогидролаза.

Құрылымдық зерттеулер

2007 жылдың аяғында 34 құрылымдар осы ферменттер класы үшін шешілді PDB қосылу кодтары 1IX1, 1LM4, 1LM6, 1LME, 1LQW, 1 сұраныс, 1LRU, 1LRY, 1N5N, 1Q1Y, 1S17, 1SV2, 1SZZ, 1V3Y, 1VEV, 1VEY, 1VEZ, 1WS0, 1WS1, 1XEM, 1XEN, 1ХЕО, 1Y6H, 1ZXZ, 1ZY0, 1ZY1, 2AI7, 2AI8, 2AI9, 2AIA, 2AIE, 2EW5, 2EW6, және 2EW7.

Әдебиеттер тізімі

• Adams JM (1968). «Формил тобын жаңа туындайтын ақуыздан шығару туралы». Дж.Мол. Биол. 33 (3): 571–89. дои:10.1016/0022-2836(68)90307-0. PMID  4973445.
• Mazel D, Pochet S, Marliere P (1994). «Полипептидті деформаилазаның генетикалық сипаттамасы, эубактериялы трансляцияның ерекше ферменті». EMBO J. 13 (4): 914–23. дои:10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06335.x. PMC  394892. PMID  8112305.
• Чан М.К., Гонг В, Раджагопалан П.Т., Хао Б, Цай CM, Пей Д (1997). «Escherichia coli пептидтік деформаилазаның кристалдық құрылымы». Биохимия. 36 (45): 13904–9. дои:10.1021 / bi9711543. PMID  9374869.
• Беккер А, Шлихтинг I, Кабш В., Шульц С, Вагнер АФ (1998). «Пептидті деформаилазаның құрылымы және субстрат байланыстыратын жерді анықтау». Дж.Биол. Хим. 273 (19): 11413–6. дои:10.1074 / jbc.273.19.11413. PMID  9565550.
• Беккер А, Шлихтинг I, Кабш В., Гроче Д, Шульц С, Вагнер АФ (1998). «Темір орталығы, субстратты тану және пептидті деформаилазаның механизмі». Нат. Құрылым. Биол. 5 (12): 1053–8. дои:10.1038/4162. PMID  9846875. S2CID  40528211.
• Раджагопалан ПТ, Ю ХК, Пей Д (1997). «Пептидтік деформаилаза: жаңа ядролық темір ақуыз түрі». Дж. Хим. Soc. 119 (50): 12418–12419. дои:10.1021 / ja9734096.
• Groche D, Becker A, Schlichting I, Kabsch W, Schultz S, Wagner AF (1998). «Функционалды құзыретті ішек таяқшасы пептидтік деформаилаза формаларын оқшаулау және кристалдау белсенді учаскеде темір немесе никель бар». Биохимия. Биофиз. Res. Коммун. 246 (2): 342–6. дои:10.1006 / bbrc.1998.8616. PMID  9610360.
• Раджагопалан ПТ, Гримме С, Пей Д (2000). «Кобальттың (II) алмастырылған пептидті деформаилазаның сипаттамасы: металл ионының қызметі және Glu-133 каталитикалық қалдықтары». Биохимия. 39 (4): 779–90. дои:10.1021 / bi9919899. PMID  10651644.
• Ху YJ, Вэй Y, Чжоу Y, Раджагопалан ПТ, Пей Д (1999). «Комбинаторлық пептидтер кітапханасын скрининг арқылы пептидтік деформаилазаның субстрат ерекшелігін анықтау». Биохимия. 38 (2): 643–50. дои:10.1021 / bi9820412. PMID  9888804.
• Ragusa S, Mouchet P, Lazennec C, Dive V, Meinnel T (1999). «Пептидті деформаилазаның субстрат тануы және селективтілігі Метцинциндермен және термолизинмен ұқсастықтары мен айырмашылықтары». Дж.Мол. Биол. 289 (5): 1445–57. дои:10.1006 / jmbi.1999.2832. PMID  10373378.
• Giglione C, Pierre M, Meinnel T (2000). «Пептидтік деформаилаза жаңа буынға арналған, кең спектрлі микробқа қарсы агент ретінде». Мол. Микробиол. 36 (6): 1197–205. дои:10.1046 / j.1365-2958.2000.01908.x. PMID  10931273. S2CID  23289620.
• Pei D (2001). «Пептидтік деформаилаза: жаңа антибиотиктерге арналған мақсат?». Дамып келе жатқан терапиялық мақсаттар. 5 (1): 23–40. дои:10.1517/14728222.5.1.23. PMID  15992166. S2CID  11385977.