Netprimer - Netprimer - Wikipedia

NetPrimer
ӘзірлеушілерPremier Biosoft
Тұрақты шығарылым
ПлатформаJava апплеті[1]
ТүріБиоинформатика
Лицензиякоммерциялық
Веб-сайтhttp://www.premierbiosoft.com/netprimer/

NetPrimer - талдау үшін қолданылатын ақысыз веб-құрал праймерлер жылы қолданылған ПТР ДНҚ тізбегін күшейту үшін.[2] Бағдарламалық жасақтама праймердің еру температурасын болжайды жақын көрші термодинамикалық алгоритм. Балқу температурасын (Tm) дәл болжау ПТР реакциясының жетістігін басқаратын маңызды факторлардың бірі болып табылады.[3]

NetPrimer сонымен қатар термодинамикалық маңыздылықты талдайды қайталама құрылымдар сияқты шаш түйреуіштері, өзін және крест димерлер, жүгіреді және қайталайды.[4] Бұл құрылымдар праймердің тиімділігіне, демек сәттілікке айтарлықтай әсер етеді[түсіндіру қажет ] ПТР реакциясы.

NetPrimer-ді эксперименттік шарттардың берілген жиынтығы үшін ең жақсы праймер жұптарын анықтау үшін пайдалануға болады. Бағдарлама әрбір талданған праймерге рейтинг тағайындайды.[5] Рейтинг термодинамикалық параметрлердің олардың идеалды ұпайларына жақындығына негізделген.

Бастапқы сападан басқа, оның молекулалық массасы және оптикалық белсенділік (екеуі де nmol /A260 & .g / A260) кванттау үшін де ұсынылған. Праймерлер GC% бойынша талданады (құрамында гуанин-цитозин).[6] Бұл маңызды параметр оларды анықтайды күйдіру күш.

Бизнес-модель

Netprimer ақысыз ұсынылғанымен, ол жоқ ақысыз бағдарламалық жасақтама. Пайдаланушылар кіру үшін тіркелуі керек[7] және осылайша Premier Biosoft-тың басқа өнімдерінің жарнамасын алады.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ http://www.premierbiosoft.com/netprimer/netprlaunch/Help/xnetprlaunch.html («Windows үшін 1.4 немесе одан кейінгі Java қосылатын модулін қажет етеді» дегенмен, беттің төмен жағында олар оны Mac OS X жүйесінде сынап көргені көрінеді)
  2. ^ http://www.ebd.csic.es/andy/MolEcolNotes05.pdf
  3. ^ Диффенбах, СШ.; Dveksler, G.S. (2003). ПТР-ға арналған праймер: зертханалық нұсқаулық, екінші басылым (2003 ж.) Мұқаба. Cold Spring Harbor зертханалық баспасы. б. 61. ISBN  9780879696542. Алынған 2015-05-17.
  4. ^ pga.mgh.harvard.edu/primerbank/help.html
  5. ^ http://www.aphis.usda.gov/wildlife_damage/nwrc/publications/08pubs/piaggio081.pdf
  6. ^ http://jcm.asm.org/cgi/reprint/39/11/4119.pdf
  7. ^ http://www.premierbiosoft.com/crm/jsp/com/pbi/crm/clientside/RegisterUser.jsp?FromPage=Register&LoginForFreeTool=true&PID=3

Сыртқы сілтемелер