Көрші-тор - Neighbor-net

Көршілер торының мысалы филогенетикалық желі жасаған Бөлімдер ағашы v4.6.

NeighborNet[1] салу алгоритмі болып табылады филогенетикалық желілер ол еркін негізделеді көрші қосылу алгоритм. Көршінің қосылуы сияқты әдіс а қашықтық матрицасы кіріс ретінде және агломератталған кластерлермен жұмыс істейді. Алайда, NeighborNet алгоритмі қабаттасатын және а түзбейтін кластерлер жиынтығына әкелуі мүмкін иерархия, және филогенетикалық желінің а деп аталатын түрін қолдана отырып ұсынылған графикке бөлінеді. Егер қашықтық матрицасы Калмансон комбинаторлық шарттары содан кейін Neighbor-net сәйкес шеңберлік тапсырысты қайтарады.[2][3] Әдіс жүзеге асырылады SplitsTree және R / Фангорн[4][5] пакеттер.

Neighbour-net қолдану мысалдарын вирусологиядан табуға болады,[6] бау-бақша,[7] динозаврлардың генетикасы,[8] салыстырмалы лингвистика және археология.[9]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Брайант Д, Мултон V (ақпан 2004). «Көрші-тор: филогенетикалық желілерді құрудың агломеративті әдісі». Молекулалық биология және эволюция. 21 (2): 255–65. дои:10.1093 / molbev / msh018. PMID  14660700.
  2. ^ Брайант Д, Мултон V, Спиллнер А (маусым 2007). «Көршілес-тор алгоритмінің дәйектілігі». Молекулалық биология алгоритмдері. 2: 8. дои:10.1186/1748-7188-2-8. PMC  1948893. PMID  17597551.
  3. ^ Леви Д, Пачтер Л (тамыз 2011). «Көрші-тор алгоритмі». Қолданбалы математиканың жетістіктері. 47 (2): 240–58. дои:10.1016 / j.aam.2010.09.002.
  4. ^ Schliep KP (ақпан 2011). «фангорн: филогенетикалық анализ». Биоинформатика. 27 (4): 592–3. дои:10.1093 / биоинформатика / btq706. PMC  3035803. PMID  21169378.
  5. ^ Schliep K, Potts AA, Morrison DA, Grimm GW (2017). «Филогенетикалық ағаштар мен тораптардың тоғысуы». Экология және эволюция әдістері. 8 (10): 1212–1220. дои:10.1111 / 2041-210X.12760.
  6. ^ Шмидт-Чанасит Дж, Биалонски А, Хейнеманн П, Ульрих Р.Г., Гюнтер С, Рабенау Х.Ф., Доерр HW (наурыз 2009). «Германияда 1 типті қарапайым герпес вирусына 10 жылдық молекулалық зерттеу А және В генотиптерінің тұрақты және жоғары таралуын көрсетеді». Клиникалық вирусология журналы. 44 (3): 235–7. дои:10.1016 / j.jcv.2008.12.016. PMID  19186100.
  7. ^ Килиан Б, Озкан Х, Деуш О, Эффген С, Брандолини А, Коль Дж және т.б. (Қаңтар 2007). «Тәуелсіз бидай геномының В және G шығу тегі Aegilops аталық гаплотиптерінен асып түседі». Молекулалық биология және эволюция. 24 (1): 217–27. дои:10.1093 / molbev / msl151. PMID  17053048.
  8. ^ Бакли М, Уокер А, Хо Сью, Ян Я, Смит С, Эштон П, және т.б. (Қаңтар 2008). Массодонт пен тираннозавр рексінен алынған ақуыздар тізбегіне «түсініктеме»"". Ғылым. 319 (5859): 33, автордың жауабы 33. Бибкод:2008Sci ... 319 ... 33B. дои:10.1126 / ғылым.1147046. PMC  2694913. PMID  18174420.
  9. ^ Шеннан С (200). Мәдени эволюциядағы заңдылық және процесс. Калифорния университетінің баспасы.