Молекулалық модельдеу құралы - Molecular Modelling Toolkit

ММТК
Түпнұсқа автор (лар)Конрад Хинсен
Бастапқы шығарылым4 қаңтар 2000 ж; 20 жыл бұрын (2000-01-04)
Тұрақты шығарылым
2.7.4 / 28 сәуір 2011 ж; 9 жыл бұрын (2011-04-28)
ЖазылғанPython, C
Операциялық жүйеКросс-платформа
ТүріБиоинформатика
Веб-сайтдирак.cnrs-orleans.fr/ MMTK/

The Молекулалық модельдеу құралы (ММТК) болып табылады ашық көзі бағдарламалық жасақтама пакеті Python, жалпы міндеттерді орындайды молекулалық модельдеу.[1]

Молекулалық модельдеу құралы - биомолекулалық модельдеуге көп көңіл бөліп, жалпы молекулалық модельдеу әдістерін жүзеге асыратын кітапхана. Ол биомолекулалар үшін жиі қолданылатын монолитті имитациялық бағдарламалармен байланысты шектеулерді жеңу үшін заманауи бағдарламалық жасақтама техникасын қолданады (объектіге бағытталған дизайн, жоғары деңгейдегі тіл). Оның негізгі артықшылықтары: (1) кітапхананың модульдік дизайны есебінен кеңейту және басқа кітапханалармен үйлесімділік, (2) кітапхананы енгізу үшін, сондай-ақ қолданбалы сценарийлер үшін бір деңгейлі жалпы мақсаттағы бағдарламалау тілі (Python), (3) ) барлық деректер файлдары үшін құжатталған және машинадан тәуелсіз форматтарды және (4) басқа имитациялық және визуализация бағдарламаларының интерфейстерін пайдалану.

— Конрад Хинсен, Молекулалық модельдеу құралы: молекулалық модельдеуге жаңа тәсіл, [1]

2011 жылғы 28 сәуірдегі жағдай бойынша, MMTK шамамен 18000 жолдық Python кодынан, 12000 жолдан тұратын қолмен жазылған C кодынан және кейбір машинада жасалған C кодынан тұрады.

Ерекшеліктер

  • белоктар мен нуклеин қышқылдарын арнайы қолдайтын молекулалық жүйелердің құрылысы
  • шексіз жүйелер немесе мерзімді шекаралық жағдайлар (орторомбалық элементар жасушалар)
  • координаталар бойынша жалпы геометриялық амалдар
  • қатты денеге сәйкес келеді
  • сыртқы PDB және VRML қарау құралдары арқылы визуалдау; динамикалық траектория мен қалыпты режимдердің анимациясы
  • электростатикалық өзара әрекеттесудің бірнеше нұсқалары бар AMBER 94 күш өрісі
  • ақуыздардағы жылдам режимді есептеу үшін деформация күшінің өрісі
  • энергияны азайту (ең төмен түсу және конъюгаттық градиент)
  • молекулалық динамика (қосымша термостат, баростат және арақашықтық шектеулері бар)
  • қалыпты режимді талдау
  • траекториялық операциялар
  • нүктелік заряд сәйкес келеді
  • молекулалық беттік есептеулер
  • басқа бағдарламалардың интерфейстері

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Хинсен К (2000). «Молекулалық модельдеу құралы: молекулалық модельдеуге жаңа көзқарас». Дж. Компут. Хим. 21 (2): 79–85. дои:10.1002 / (SICI) 1096-987X (20000130) 21: 2 <79 :: AID-JCC1> 3.0.CO; 2-B.

Сыртқы сілтемелер