Ақуыздың ішкі жасушалық оқшаулауын болжау құралдарының тізімі - List of Protein subcellular localization prediction tools

Бұл белокты жасушалық оқшаулауды болжау құралдарының тізімі үшін қолданылатын бағдарламалық жасақтаманы, мәліметтер базасын және веб-қызметтерді қамтиды белоктың жасушалық оқшаулауын болжау.

Кейбір құралдар кіреді, олар әдетте құрылымдық қасиеттер арқылы болжам жасау үшін қолданылады сигнал пептиді немесе трансмембраналық тікұшақтар, және бұл құралдар белгілі бір орындардан гөрі осы мүмкіндіктердің болжамдарын шығарады. Бұл байланысты бағдарламалық жасақтама белок құрылымын болжау ішінде пайда болуы мүмкін ақуыз құрылымын болжауға арналған бағдарламалық жасақтаманың тізімдері.

Құралдар

  • Сипаттамалар ішіндегі жазбадан алынған https://bio.tools/ тізілім (CC-BY лицензиясы бойынша қолданылады) сілтеме арқылы көрсетілген
Аты-жөніСипаттамаӘдебиеттер тізіміURL мекен-жайыЖыл
AAIndexLocАқуыздың жасушалық оқшаулануын оның дәйектілігі негізінде болжау үшін аминқышқылдарының индексін қолданатын машинада оқуға негізделген алгоритм. (биоқұралдар енгізу )[1]http://aaindexloc.bii.a-star.edu.sg/2008
APSLAPАпоптозды ақуыздың ішкі жасушалық оқшаулауын болжау[2]2013
AtSubPАрабидопсис талиана протеомына түсініктеме беруге арналған дәл жасушалық оқшаулауды болжау құралы. (биоқұралдар енгізу )[3]http://bioinfo3.noble.org/AtSubP/2010
BaCelLoBaCelLo - эукариоттардағы белоктардың жасушаішілік локализациясының болжаушысы. (биоқұралдар енгізу )[4]http://gpcr.biocomp.unibo.it/bacello/index.htm2006
БАР +BAR + - бұл ақуыздар тізбегінің құрылымдық және функционалды аннотациясына арналған сервер (биоқұралдар енгізу )[5]http://bar.biocomp.unibo.it/bar2.0/2011
БАРBAR 3.0 - бұл UniProt-тің салыстырмалы ауқымды анализіне сүйенетін ақуыздар тізбегіне аннотация жасауға арналған сервер. BAR 3.0 және дәйектіліктің көмегімен сіз мүмкіндігінше түсініктеме бере аласыз: функциясы (гендік онтология), құрылымы (Protein Data Bank), ақуыз домендері (Pfam). Егер сіздің кезектілік құрылымдық / кейбір құрылымдық шаблондармен кластерге түсетін болса, онда біз сіздің 3D модельіңізді тікелей есептеуге мүмкіндік беретін Cluster-HMM (HMM профилі) негізінде шаблонға / шаблондарға туралануды қамтамасыз етеміз. Жүктеуге арналған кластерлік ХММ қол жетімді. (биоқұралдар енгізу )[6][5]https://bar.biocomp.unibo.it/bar3/2017
BASysBASys (бактериалды аннотация жүйесі) - бұл бактериялардың геномдық (хромосомалық және плазмалық) тізбектеріне автоматты түрде аннотация құралы, оның ішінде ген / ақуыз атаулары, ГО функциялары, COG функциялары, мүмкін параллогтар мен ортологтар, молекулалық салмақтар, изоэлектрлік нүктелер, оперон құрылымдары, ішкі жасушалық оқшаулау, сигнал пептидтері, трансмембраналық аймақтар, қайталама құрылымдар, 3-өлшемді құрылымдар, реакциялар және жолдар. (биоқұралдар енгізу )[7]http://basys.ca2005
BOMPБета-баррельді сыртқы мембраналық протеин (BOMP) грам-бактериялардан бір немесе бірнеше жылдам форматталған полипептидтік тізбекті кіріс ретінде қабылдайды және олардың бета-баррельді интегралды сыртқы мембраналық ақуыздар екенін немесе болжанбайтындығын болжайды. (биоқұралдар енгізу )[8]http://www.bioinfo.no/tools/bomp2004
BPROMPTМембраналық протеиндер топологиясының Байессиялық болжамы (BPROMPT) ақуыздар тізбегі үшін мембраналық протеиндерді болжаудың басқа әдістерінің нәтижелерін біріктіру үшін Bayesian Beelef Network-ті қолданады. (биоқұралдар енгізу )[9]http://www.ddg-pharmfac.net/bprompt/BPROMPT/BPROMPT.html2003
Cell-PLocӘр түрлі организмдердегі ақуыздардың ішкі жасушалық локализациясын болжауға арналған веб-серверлер пакеті.[10]2008
СЕЛЛОПрокариоттық және эукариоттық ақуыздарға оқшаулау тағайындау үшін CELLO екі деңгейлі қолдау векторлық машинасын қолданады.[11][12]2006
ClubSub-PClubSub-P - бұл архейлер мен грам теріс бактерияларға арналған кластерлік жасушалық локализацияның (SCL) болжамдарының мәліметтер базасы.[13]2011
CoBaltDBCoBaltDB - бұл көптеген оқшаулау құралдарының нәтижелеріне қол жетімділікті және прокариоттық протеиндік локализацияны болжауға қолдау көрсететін жаңа қуатты платформа.[14]2010
ComiRComiR - комбинаторлық микроРНҚ (miRNA) мақсатты болжау үшін веб-құрал. Адам, тышқан, шыбын немесе құрт геномдарындағы хабарлаушы РНҚ-ны (мРНҚ) ескере отырып, ComiR берілген мРНҚ-ны миРНҚ жиынтығына бағыттай ма деп болжайды. (биоқұралдар енгізу )[15]http://www.benoslab.pitt.edu/comir/2013
өсімдікPALАқуыздың ішкі жасушалық орналасуы туралы мәліметтер жиынтығына қол жеткізуге арналған ақпараттық портал. (биоқұралдар енгізу )[16]http://crop-pal.org/2016
DAS-TM сүзгісіDAS (Dense Alignment Surface) сұраныстар тізбегінің төмен қаттылықты нүктелік учаскелеріне негізделген, олар бұрын алынған, арнайы баллдық матрицаны қолдана отырып, кітапхана тізбектерінің жиынтығына - гомологты емес мембрана ақуыздарына негізделген. Әдіс потенциалды трансмембраналық сегменттердің орналасуын алуға болатын сұраныс үшін жоғары дәлдіктегі гердофобизм профилін ұсынады. DAS-TMfilter алгоритмінің жаңалығы - TM-кітапхана тізбектеріндегі TM сегменттерін болжаудың екінші болжам циклі. (биоқұралдар енгізу )[17]http://mendel.imp.ac.at/sat/DAS/DAS.html2002
DeepLocТерең оқытуды қолдана отырып, эукариоттық ақуыздың субжасушалық локализациясын болжау (биоқұралдар енгізу )[18]http://www.cbs.dtu.dk/services/DeepLoc/2017
DIANA-microT v5.0MiRNA-ға арналған мақсатты болжайтын және болжанған miRNA туралы функционалды ақпарат беретін веб-сервер: әртүрлі онлайн биологиялық ресурстардан гендердің мақсатты өзара әрекеттесуі. Жаңартулар миРНҚ-ны ауруларға библиографиялық талдау және UCSC геномдық шолғышына қосылу арқылы қосуға мүмкіндік береді. Жаңартулар күрделі жұмыс ағындарын қамтиды. (биоқұралдар енгізу )[19][20]http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=MicroT_CDS/index2013
DrugBankDrugBank - бұл дәрі-дәрмектің егжей-тегжейлі деректерін (яғни химиялық) дәрі-дәрмектің толық мақсатты (яғни ақуыз) ақпаратымен біріктіретін бірегей биоинформатика / химинформатика ресурсы. Деректер базасында> 4100 препарат бар, соның ішінде> 800 FDA мақұлданған шағын молекулалар мен биотехникалық препараттар, сонымен қатар> 3200 эксперименттік препараттар. Сонымен қатар,> 14,000 ақуыз немесе дәрі-дәрмектің мақсатты реттілігі осы дәрі-дәрмектермен байланысты. (биоқұралдар енгізу )[21]http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/drugbank/index.html2006
E.Coli индексіE. coli-ге қатысты ақпараттың толық нұсқауы; Echobase үйі: геном аяқталғаннан бері сипатталатын E. coli гендерінің мәліметтер базасы. (биоқұралдар енгізу )[22]http://www.york.ac.uk/res/thomas/2009
ePlantArabidopsis thaliana модельді ағзасынан алынған ауқымды мәліметтер жиынтығын көрнекі түрде бейнелеуге арналған, ашық көзді, дүниежүзілік интернет құралдарының жиынтығы. Оны кез-келген модель организмге қолдануға болады. Қазіргі уақытта 3 модуль бар: гомологиялық қатынастар мен жалғыз нуклеотидтік полиморфизм туралы мәліметтерді қамтитын бірізділікті сақтаушы барлаушы, ақуыз құрылымының моделі зерттеушісі, молекулалық өзара әрекеттесу желісінің зерттеушісі, гендік өнімді субклеткалық локализация зерттеушісі және геннің экспрессиясының үлгісін зерттеуші. (биоқұралдар енгізу )[23]http://bar.utoronto.ca/eplant/2011
ESLpredESLpred - тірек векторлық машиналар көмегімен ақуыздардың ішкі жасушалық локализациясын болжау құралы. Болжамдар дипептид пен амин қышқылының құрамына және физика-химиялық қасиеттеріне негізделген. (биоқұралдар енгізу )[24]http://www.imtech.res.in/raghava/eslpred/2004
Euk-mPLoc 2.0Эукариоттық ақуыздардың бір жасушалы және көп учаскелі субклеткалық локализациясын болжау.[25]2010
ХИТШөп ингредиенттеріне арналған толық және толық өңделген мәліметтер базасы ?? Мақсаттар (HIT). Ақуыздың мақсатты ақпараты бар шөп ингредиенттері мұқият өңделді. Молекулалық мақсатты ақпарат тікелей / жанама түрде активтендірілген / ингибирленетін ақуыздарды, ақуызды байланыстырушылар мен субстраттары немесе өнімдері осы қосылыстар болып табылатын ферменттерді қамтиды. Жоғары / төмен реттелетін гендер жеке ингредиенттердің өңделуіне де кіреді. Сонымен қатар, пайдаланушының сілтемесі үшін эксперименттік жағдай, байқалған биоактивтілік және әр түрлі сілтемелер келтірілген. Деректер базасын кілт сөзімен немесе ұқсастық іздеу арқылы сұрауға болады. TTD, DrugBank, KEGG, PDB, Uniprot, Pfam, NCBI, TCM-ID және басқа дерекқорлармен сілтемелер жасалды. (биоқұралдар енгізу )[26]http://lifecenter.sgst.cn/hit/2011
HMMTOPТрансмембраналық спиральдарды болжау және белоктар топологиясы. (биоқұралдар енгізу )[27][28]http://www.enzim.hu/hmmtop/2001
HSLpredАдам ақуыздарының ішкі жасушалық локализациясын болжауға мүмкіндік береді. Бұл SVM техникасын қолданатын ақуыздардың қалдық құрамының әр түріне негізделген. (биоқұралдар енгізу )[29]http://www.imtech.res.in/raghava/hslpred/2005
idTargetidTarget - ұтымды баллдық функциялары бар және бөлу-жеңу қондыру тәсілі бар шағын химиялық молекулалардың биомолекулалық мақсаттарын анықтауға арналған веб-сервер. PDB ішіндегі ақуыз құрылымдарына қарсы idTarget экрандары. (биоқұралдар енгізу )[30]http://idtarget.rcas.sinica.edu.tw2012
iLoc-CellАдам ақуыздарының көп орналасуы бар жасушалық орналасуын болжаушы. (биоқұралдар енгізу )[31]http://www.jci-bioinfo.cn/iLoc-Hum2012
KnowPredsiteБарлық эукариоттар үшін бір локализацияланған және көп локализацияланған ақуыздардың локализациясының учаскелерін (жерлерін) болжауға арналған білімге негізделген тәсіл.[32]2009
lncRNAdblncRNAdb мәліметтер базасында эукариоттардағы биологиялық функциялары бар немесе олармен байланысқан, кодталмаған РНҚ-лардың (lncRNAs), сондай-ақ реттеуші рөлдерге ие хабарлаушы РНҚ-ның толық тізімі бар. Әрбір жазбада РНҚ туралы анықтамалық ақпарат, оның ішінде дәйектілік, құрылымдық ақпарат, геномдық контекст, экспрессия, ішкі жасушалық локализация, консервация, функционалды дәлелдер және басқа да маңызды ақпарат бар. lncRNAdb-ді РНҚ-да жарияланған аттар мен бүркеншік аттарға, тізбектерге, түрлерге және байланысты протеин кодтайтын гендерге, сондай-ақ аннотациялардағы терминдерге, мысалы, транскрипциялар көрсетілген тіндерге және онымен байланысты ауруларға сұрау салу арқылы іздеуге болады. Сонымен қатар, lncRNAdb түрлі көздерден экспрессия туралы ақпарат алу үшін UCSC Genome шолғышымен және кодталмайтын РНҚ экспрессиялық мәліметтер қорымен (NRED) байланысады. (биоқұралдар енгізу )[33]http://arquivo.pt/wayback/20160516021755/http://www.lncrnadb.org/2011
Loc3DLOC3D - белгілі үш өлшемді (3D) құрылымды эукариоттық белоктар үшін болжамдалған субжасушалық оқшаулаудың мәліметтер базасы және берілген белоктар тізбегі үшін ішкі жасушалық оқшаулауды болжау құралдары бар. (биоқұралдар енгізу )[34][35][36]http://cubic.bioc.columbia.edu/db/LOC3d/2005
ҚОЙЫҢЫЗLOCATE - бұл тышқан ақуыздарының мембраналық ұйымдастырылуы мен жасушаішілік локализациясын сипаттайтын мәліметтерді орналастыратын кураторлық база. (биоқұралдар енгізу )[37]https://web.archive.org/web/20171231015119/http://locate.imb.uq.edu.au/2006
LocDBLocDB - бұл Homo sapiens (HS, адам) және Arabidopsis thaliana (AT, thale cress) құрамындағы белоктардың жасушаішілік оқшаулауына арналған эксперименттік аннотациялары бар қолмен жасалған мәліметтер базасы. Әрбір мәліметтер базасында гендік онтологиядағы (GO) терминологиядағы эксперименталды түрде алынған оқшаулау, локализацияның эксперименттік аннотациясы, заманауи әдістермен оқшаулау болжамдары және егер бар болса, эксперименттік ақпарат түрі бар. LocDB кілт сөзі, ақуыз атауы және жасуша бөлімі, сонымен қатар UniProt, Ensembl және TAIR ресурстарының идентификаторлары бойынша ізделеді. (биоқұралдар енгізу )[38]http://www.rostlab.org/services/locDB/2011
LOCмақсатыLOCtarget - бұл болжау құралы және эукариоттық және прокариоттық белоктардың жасушалық ішкі орналасуын алдын-ала есептелген болжамдар базасы. Болжамдарды жасау үшін бірнеше әдістер қолданылады, соның ішінде SWISS-PROT кілт сөздерін мәтіндік талдау, ядролық локализация сигналдары және нейрондық желілерді пайдалану. (биоқұралдар енгізу )[39]http://www.rostlab.org/services/LOCtarget/2004
LOCtreeИерархиялық іске асыруды қолдана отырып, ұялы сұрыптау механизмін имитациялауға негізделген болжам векторлық машиналар. LOCtree - болжамға негізделген кешенді болжаушы PROSITE /PFAM сонымен қатар қолтаңбалар SwissProt кілт сөздер.[35]2005
LocTree2Өмірдің үш саласында, оның ішінде глобулярлы және мембраналық ақуыздарда локализацияны болжауға арналған негіз (архейлер үшін 3 класс; бактериялар үшін 6 және эукариота үшін 18). Алынған әдіс, LocTree2, ақуыздың фрагменттері үшін де жақсы жұмыс істейді. Мұнда жасушалық сұрыптаудың каскадтық механизміне еліктейтін тірек векторлық машиналардың иерархиялық жүйесі қолданылады. Әдіс тұрақты өнімділіктің жоғары деңгейіне жетеді (эукариота: Q18 = 65%, бактериялар: Q6 = 84%). LocTree2 сонымен қатар мембраналық және мембраналық емес ақуыздарды дәл ажыратады. Біздің ойымызша, бұл жаңа деректерде тексерілген кезде ең жақсы әдістермен салыстырылды (биоқұралдар енгізу )[40]https://rostlab.org/owiki/index.php/Loctree22012
LocTree3Эукариота үшін 18 класта, бактериялар үшін 6 және археялар үшін 3 клеткалардағы белоктың жасушалық оқшаулауын болжау (биоқұралдар енгізу )[40][41]https://rostlab.org/services/loctree3/2014
MARSpredМитохондрия-AARS және цитозол-AARS арасындағы дискриминация үшін болжам әдісі. (биоқұралдар енгізу )[42]http://www.imtech.res.in/raghava/marspred/2012
MDLocТәуелділікке негізделген белоктың жасушалық орналасуын болжаушы. (биоқұралдар енгізу )[43]http://128.4.31.235/2015
MemLociЭукариоттар мембраналарына қосылған немесе енгізілген ақуыздардың жасушалық ішкі орналасуын болжаушы. (биоқұралдар енгізу )[44]https://mu2py.biocomp.unibo.it/memloci2011
MemPypeЭукариоттық мембраналық ақуыздардың топологиясын және субклеткалық локализациясын болжау. (биоқұралдар енгізу )[45]https://mu2py.biocomp.unibo.it/mempype2011
MetaLocGramNГрам теріс протеиннің мета жасушалық локализациясының болжаушысы. MetaLocGramN - бұл алдын-ала болжаудың бірқатар әдістеріне (әр түрлі типтер: сигнал пептиді, бета-баррель, трансмембраналық спиральдар және субклеткалық локализацияны болжаушылар) арналған қақпа. Авторлық эталон бойынша MetaLocGramN басқа SCL болжамдық әдістерімен салыстырғанда жақсы нәтиже көрсетті, өйткені Мэтьюстің орташа корреляция коэффициенті 0,806-ға жетті, бұл болжау мүмкіндігін 12% арттырды (PSORTb3-пен салыстырғанда). MetaLocGramN арқылы іске қосуға болады Сабын.[46]2012
MirZMirZ - бұл миРНҚ-ны бағалауға және талдауға арналған веб-сервер. Ол екі miRNA ресурстарын біріктіреді: smiRNAdb miRNA экспрессия атласы және E1MMo miRNA мақсатты болжау алгоритмі. (биоқұралдар енгізу )[47]http://www.mirz.unibas.ch2009
MitPredВеб-сервер, әсіресе, ашытқылар мен жануарлардағы митохондрияға локализацияланған белоктарды болжау үшін арнайы дайындалған. (биоқұралдар енгізу )[48]http://www.imtech.res.in/raghava/mitpred/2006
MultiLocSVM-ге негізделген кеңейтілген жасушалық орналасудың қозғалтқышы.[49]2006
MycosubБұл веб-сервер оңтайлы трипептидтік композициялар негізінде микобактериялы белоктардың жасушалық ішкі локализациясын болжау үшін қолданылған. (биоқұралдар енгізу )[50]http://lin.uestc.edu.cn/server/Mycosub2015
NetNESЭукариот ақуыздарындағы лейцинге бай ядролық экспорттың сигналдарын (NES) болжау (биоқұралдар енгізу )[51]http://cbs.dtu.dk/services/NetNES/2004
ngLOCngLOC - прокариоттарда да, эукариоттарда да ақуыздардың ішкі жасушалық локализациясын болжайтын n-грамм негізіндегі Байес классификаторы. Болжамдардың жалпы дәлдігі 85,3% -дан 91,4% -ке дейін өзгереді. (биоқұралдар енгізу )[52]http://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html2007
OBCOLБағдарламалық жасуша мультиплорофоралық микроскопия 2D, 3D және 4D микроскопиясынан органеллаларға негізделген колокализация талдауын жасауға арналған. (биоқұралдар енгізу )[53]http://obcol.imb.uq.edu.au/2009
PA-SUBPA-SUB (Proteome Analyst мамандандырылған субжасушалық локализация сервері) белгіленген машиналық оқыту әдістерін қолдана отырып, ақуыздардың ішкі жасушалық локализациясын болжау үшін қолданыла алады. (биоқұралдар енгізу )[54][55]http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/Sub/2004
PharmMapperPharmMapper - бұл берілген кіру молекуласы үшін PharmTargetDB-тен дәрі-дәрмектің ықтимал мақсаттарын анықтайтын веб-сервер. Потенциалды мақсаттар берілген молекуланың мақсатпен өзара әрекеттесуі үшін маңызды белгілердің кеңістіктегі орналасуын болжаудан анықталады. (биоқұралдар енгізу )[56]http://59.78.96.61/pharmmapper2010
PlantLocPlantLoc - бұл маңыздылық мотиві бойынша өсімдік ақуызының субклеткалық локализациясын болжауға арналған веб-сервер. (биоқұралдар енгізу )[57]http://cal.tongji.edu.cn/PlantLoc/2013
PRED-TMBBPRED-TMBB - бұл грам-теріс бактериялардың ақуыздар тізбегін кіріс ретінде қабылдайтын және трансмембраналық тізбектерді және оның сыртқы мембрана бета-баррель ақуызы болу ықтималдығын болжайтын құрал. Пайдаланушыда үш түрлі декодтау әдісі бар. (биоқұралдар енгізу )[58][59]http://bioinformatics.biol.uoa.gr/PRED-TMBB/2004
PredictNLSЯдролық локализация сигналдарын болжау және талдау (биоқұралдар енгізу )[60]https://www.rostlab.org/owiki/index.php/PredictNLS2000
Ақуызды болжауАқуыздың құрылымы мен қызметінің әр түрлі аспектілерін болжау. Пайдаланушы сұранымды серверге тіркеусіз жібере алады. (биоқұралдар енгізу )[61][62][63][64]http://ppopen.informatik.tu-muenchen.de/2014
PREP SuitePREP (өсімдіктер үшін РНҚ-ның болжамды редакторлары) жиынтығы өсімдік органеллаларында редакторлану ақуыздардың түрлерін сақтауды күшейтеді деген принципке негізделген РНҚ-ны редакциялау орындарын болжайды. Митохондриялық гендердің, хлоропласттың гендерінің және пайдаланушы енгізген туралаудың болжаушылары енгізілген. (биоқұралдар енгізу )[65][66]http://prep.unl.edu/2009
ProLoc-GOProLoc-GO - ақуыздың ішкі жасушалық локализациясын болжау үшін гендік онтологияның ақпараттық терминдерін құрастыру арқылы тиімді реттілікке негізделген әдіс. (биоқұралдар енгізу )[67]http://140.113.239.45/prolocgo/2008
ProLocЭволюциялық тірек-векторлық машина (ESVM) негізінде ақуыздың субнуклеарлы локализациясын болжаудың дәл жүйесін жобалау үшін физико-химиялық құрамның (ПКК) үлкен жиынтығынан автоматты түрде таңдалатын классификатор. (биоқұралдар енгізу )[68]http://140.113.239.45/proloc/2007
ПротегенProtegen - қорғаныс антигендерін курациялайтын, сақтайтын және талдайтын веб-мәліметтер базасы және талдау жүйесі. Протеген құрамында антиген туралы негізгі ақпарат және рецензияланған мақалалардан алынған эксперименттік дәлелдер бар. Ол гендер / ақуыз туралы егжей-тегжейлі ақпаратты қамтиды (мысалы, ДНҚ мен ақуыздар тізбегі және COG классификациясы). Ақуыздың салмағы мен pI сияқты антигеннің әр түрлі ерекшеліктері және бактерия белоктарының жасуша ішілік локализациялары алдын-ала есептелген. (биоқұралдар енгізу )[69]http://www.violinet.org/protegen2011
Ақуыз талдаушыProteome Analyst - протеомдағы әр ақуыздың қасиеттерін болжауға арналған өнімділігі жоғары құрал. Пайдаланушы протеомды fasta форматында ұсынады және жүйеде Psi-blast, Psipred және Modeller жұмыс істейді, ақуыздың функциясы мен ішкі жасуша локализациясын болжайды. Proteome Analyst GO молекулалық функциясы сияқты нәрселерді болжау үшін машинада үйренетін классификаторларды қолданады. Пайдаланушы ұсынған оқыту туралы мәліметтер пайдаланушы классификаторларын құру үшін де қолданыла алады. (биоқұралдар енгізу )[55]http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/2004
ProToxProTox - бұл кеміргіштердегі ұсақ молекулалардың ауыз қуысының уыттылығын силиконды болжауға арналған веб-сервер. (биоқұралдар енгізу )[70][71]http://tox.charite.de/tox2018
PSLpredПрокариоттық геномдарға белокты жасушалық оқшаулау әдісі жатады. (биоқұралдар енгізу )[72]http://www.imtech.res.in/raghava/pslpred/2005
PSORTbPSORTb («бактериялық» PSORT үшін) - бұл бактериялардың белоктарын оқшаулаудың дәлдігі жоғары болжау әдісі. PSORTb алғаш рет 2003 жылы қол жетімді болғаннан бері бактериялардың белоктық жасушалық оқшаулауының (SCL) болжаушысы болып қала берді. PSORTb нұсқасы еске түсіруді жақсартты, жоғары протеом - ауқымды болжамды қамту және жаңа нақтыланған оқшаулау ішкі категориялары. Бұл барлық прокариоттарға, соның ішінде архейлер мен атипті қабықшалы / жасушалық қабырға топологиясы бар бактерияларға арналған алғашқы SCL болжаушысы. (биоқұралдар енгізу )[73]http://www.psort.org/psortb/2010
PSORTdbPSORTdb (PSORT отбасының бөлігі) - бұл зертханалық эксперимент (ePSORTdb деректер жиынтығы) және есептеу болжамдары (cPSORTdb деректер жиынтығы) арқылы анықталған ақпараттардан тұратын бактериялар мен археяларға арналған ақуыздың ішкі жасушалық локализациясының мәліметтер базасы. (биоқұралдар енгізу )[74][75]http://db.psort.org2010
psRobotpsRobot - өсімдіктердің кішігірім РНҚ мета-анализіне арналған веб-құрал. psRobot таңдалған геномға пайдаланушының жүктелген тізбегін теңестіретін, олардың болжамды прекурсорларын бөліп шығаратын және прекурсорлардың діңгек-цикл тәрізді екінші ретті құрылымға айнала алатынын болжайтын діңгек циклінің кіші РНҚ болжамын есептейді. psRobot сонымен қатар таңдалған транскрипт кітапханасынан РНҚ-ның кішігірім тізбектерін ұсынатын пайдаланушының мүмкін болатын мақсаттарын болжайтын РНҚ мақсатты болжамын есептейді. (биоқұралдар енгізу )[76]http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/2012
pTARGETpTARGET белгілі бір ақуыздың функционалды домендерінің орналасу заңдылықтары мен тоғыз нақты ішкі жасушалық орналасу орындарынан белоктардағы аминқышқылдық композициялық айырмашылықтар негізінде эукариоттық белоктардың субклеткалық локализациясын болжайды. (биоқұралдар енгізу )[77][78]http://bioinformatics.albany.edu/~ptarget2006
РегФосRegPhos - бұл гендер / белоктармен байланысты фосфорлану желісін зерттеуге арналған мәліметтер базасы. Ішкі жасушалық локализация туралы ақпарат та қамтылған. (биоқұралдар енгізу )[79]http://regphos.mbc.nctu.edu.tw/2011
RepTarRepTar - бұл эволюциялық консервациядан тәуелсіз және тек тұқымдарды жұптастыру орындарымен шектелмейтін RepTar алгоритміне негізделген miRNA мақсатты болжамдарының мәліметтер базасы. (биоқұралдар енгізу )[80]http://reptar.ekmd.huji.ac.il2011
РНАпредаторыRNApredator - бұл бактериялық sRNA нысандарын болжауға арналған веб-сервер. Пайдаланушы геномдардың үлкен таңдауын таңдай алады. Мақсаттың sRNA-ға қол жетімділігі қарастырылады. (биоқұралдар енгізу )[81]http://rna.tbi.univie.ac.at/RNApredator2011
S-PSorterАлдын ала биологиялық құрылымдық ақпаратты қолдану арқылы сурет негізінде ақуыздың ішкі жасушалық орналасуын болжауға арналған жасушалық құрылымға негізделген жаңа классификаторлық құрылыс тәсілі. (биоқұралдар енгізу )[82]https://github.com/shaoweinuaa/S-PSorter2016
SChloroАқуыздың субхлоропластинка локализациясының болжамы. (биоқұралдар енгізу )[83]http://schloro.biocomp.unibo.it2017
SCLAPӨсімдік протеиндерінің субхлоропласт оқшаулауын болжау үшін адаптивті күшейту әдісі.[84]2013
SCLPredN-to-1 жүйке желілері бойынша SCLpred ақуыздың субжасушалық локализациясын болжау.[85]2011
SCLpred-EMSТерең N-to-1 конволюциялық нервтік желілер арқылы эндомембраналық жүйе мен секреторлық жол протеиндерінің ішкі жасушалық оқшаулауын болжау[86]http://distilldeep.ucd.ie/SCLpred2/2020
SecretomePКлассикалық емес (яғни пептидті сигналдық емес) ақуыз секрециясының болжамдары (биоқұралдар енгізу )[87][88]http://cbs.dtu.dk/services/SecretomeP/2005
SemiBiomarkerИтеративті және ұлғаймалы оқыту стратегиясы бойынша модель құруда қатерлі ісік белоктары туралы мәліметтерді қолдана алатын жаңа жартылай бақыланатын хаттама, бұл жасуша ішіндегі орналасу айырмашылығын анықтау дәлдігі мен сезімталдығына әкелуі мүмкін. (биоқұралдар енгізу )[89]http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/SemiBiomarker/2015
SherLocMultiMoc-ті PubMed рефераттарынан алынған мәтіндік ерекшеліктермен біріктіретін SVM негізіндегі болжам.[90]2007
SUBA3Интерактивті іздеу интерфейсі бар Arabidopsis ақуыздары үшін ішкі жасушалық локализация дерекқоры. (биоқұралдар енгізу )[91][92]http://suba3.plantenergy.uwa.edu.au/2014
SubChloАқуыздың субхлоропласт орналасуын оның бірінші кезегінен болжаудың есептеу жүйесі. Ол төрт жасушаның бірінде жасушалық орналасуы хлоропласт болатын ақуызды таба алады: конверт (ол сыртқы мембранадан және ішкі қабықшадан тұрады), тилакоид люмені, строма және тилакоидтық мембрана. (биоқұралдар енгізу )[93]http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/subchlo/2009
SuperPredSuperPred веб-сервері кіретін молекуланың құрылымдық саусақ ізін олардың есірткі мақсатына және әсер ететін жолдарға байланысты дәрілік заттардың мәліметтер базасымен салыстырады. Биологиялық әсерді алдын-ала болжауға болатындықтан, егер құрылымдық ұқсастық жеткілікті болса, веб-сервер жаңа қосылыстардың медициналық көрсеткіштері туралы болжам жасауға және белгілі мақсаттарға жаңа жолдарды табуға мүмкіндік береді. Мұндай ақпарат есірткіні жіктеуде және мақсатты болжауда пайдалы болуы мүмкін. (биоқұралдар енгізу )[94]http://bioinformatics.charite.de/superpred2008
SuperTargetМақсатты өзара әрекеттесуді талдауға арналған веб-ресурс Медициналық көрсеткіштермен, есірткінің жағымсыз әсерлерімен, есірткінің метаболизмімен, жолдарымен және мақсатты белоктар үшін гендік онтология (GO) терминдерімен байланысты дәрі-дәрмектермен байланысты ақпаратты біріктіреді. (биоқұралдар енгізу )[95]http://bioinformatics.charite.de/supertarget/2012
SwissTargetPredictionSwissTargetPrediction - бұл биоактивті шағын молекулаларды мақсатты болжауға арналған веб-сервер. Бұл веб-сайт кішігірім молекуланың мақсаттарын болжауға мүмкіндік береді. 2D және 3D ұқсастық өлшемдерінің тіркесімін қолданып, ол сұраныс молекуласын 5 түрлі организмнің 2000-нан астам мақсатына әсер ететін 280 000 қосылыстардан тұратын кітапханамен салыстырады. (биоқұралдар енгізу )[96][97]http://www.swisstargetprediction.ch2014
T3DBУытты және токсинді-мақсатты мәліметтер қоры (T3DB) - бұл қарапайым немесе барлық жерде кездесетін токсиндер және олардың токсин-мақсаттары туралы толық ақпарат құрастыратын бірегей биоинформатикалық ресурс. Әрбір T3DB жазбасында (ToxCard) химиялық қасиеттер мен дескрипторлар, уыттылық мәндері, ақуыз бен гендер тізбегі (мақсат үшін де, токсиндер үшін де), молекулалық және жасушалық өзара әрекеттесу туралы мәліметтер, токсикологиялық мәліметтер, механикалық ақпарат және сілтемелер туралы 80-ден астам өрістер бар. Бұл ақпарат қолмен шығарылды және көптеген дереккөздерден қолмен тексерілді, оның ішінде басқа электрондық деректер базалары, мемлекеттік құжаттар, оқулықтар мен ғылыми журналдар. T3DB негізгі бағыты тереңдікті қамтамасыз етуге бағытталған. ені ?? егжей-тегжейлі сипаттамаларымен, әсер ету механизмдерімен және токсиндер мен токсиндер туралы ақпаратпен. T3DB-дің ықтимал қосымшаларына клиникалық метаболомика, уытты мақсатты болжау, уыттылықты болжау және токсикологиялық білім жатады. (биоқұралдар енгізу )[98]http://www.t3db.org2010
TALE-NTТранскрипция активаторына ұқсас (TAL) Effector-Nucleotide Targeter 2.0 (TALE-NT) - бұл қажетті мақсаттар үшін TAL эффекторының қайталанатын массивтерін тапсырыспен жобалауға және TAL эффекторының байланыстыру алаңдарын болжауға мүмкіндік беретін веб-құралдар жиынтығы. (биоқұралдар енгізу )[99]https://boglab.plp.iastate.edu/2012
TarFisDockМақсатты балық аулау қондырғысы (TarFisDock) - бұл есірткінің жаңа мақсаттарын табуға тырысып, ықтимал есірткіге арналған мақсатты мәліметтер базасында (PDTD) ақуыз құрылымы бар шағын молекулаларды қондыратын веб-сервер. (биоқұралдар енгізу )[100]http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/2006
TargetRNATargetRNA - бұл бактерия түрлеріндегі кішкентай кодталмаған РНҚ-ның мРНҚ-ны анықтауға арналған құрал. (биоқұралдар енгізу )[101]http://cs.wellesley.edu/~btjaden/TargetRNA2/2008
МақсаттыPN-терминалын болжау сигналдарды сұрыптау.[102]2000
TDR мақсаттарыТропикалық ауруларды зерттеу туралы мәліметтер қоры (DDR): адамның ескерілмеген ауруларына жауап беретін қоздырғыштарға назар аудара отырып, дәрі-дәрмектерді дамытуға арналған молекулалық мақсатты жылдам анықтау мен басымдылығын жеңілдету үшін жасалған және жасалған. Деректер базасы патогендерге тән геномдық ақпараттарды әр түрлі көздерден жиналған гендер үшін функционалды деректермен, соның ішінде әдебиет курациясымен біріктіреді. Ақпаратты қарап шығуға және сұрауға болады. (биоқұралдар енгізу )[103]http://tdrtargets.org/2012
TetraMitoАқуыздардың субтохондриялық орналасуын анықтауға арналған дәйектілікке негізделген болжам. (биоқұралдар енгізу )[104]http://lin.uestc.edu.cn/server/TetraMito2013
TMBETA-NETСыртқы мембраналық ақуыздағы трансмембраналық бета тізбектерін оның аминқышқылдарының дәйектілігін болжайтын құрал. (биоқұралдар енгізу )[105][106]http://psfs.cbrc.jp/tmbeta-net/2005
TMHMMАнықтау үшін трансмембраналық спиральдарды болжау трансмембраналық ақуыздар.[107]2001
TMPredTMpred бағдарламасы мембраналық аймақтарды және олардың бағдарын болжайды. Алгоритм TMbase статистикалық анализіне негізделген, табиғи трансмембраналық ақуыздардың мәліметтер базасы (биоқұралдар енгізу )[108]http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED_form.html1993
TPpred 1.0Пептидтерге бағытталған органеллалар (биоқұралдар енгізу )[109]http://tppred.biocomp.unibo.it/tppred/default/index2013
TPpred 2.0Митохондриялық пептидтік болжау (биоқұралдар енгізу )[110][109]https://tppred3.biocomp.unibo.it2015
TPpred 3.0Органеллаларға бағытталған пептидтерді анықтау және бөлуге болатын жерлерді болжау (биоқұралдар енгізу )[111]http://tppred3.biocomp.unibo.it/tppred32015
TTDТерапевтік мақсатты мәліметтер базасы (ТТД) терапевтік мақсаттар мен тиісті препараттар туралы ақпарат беру үшін жасалған. TTD құрамына табысты, клиникалық сынақтар мен зерттеулердің мақсаттары, мақұлданған клиникалық зерттеулер және олардың негізгі мақсаттарымен байланыстырылған эксперименттік препараттар, есірткінің әсер ету тәсілі бойынша мәліметтерге қол жеткізудің жаңа тәсілдері, байланысты нысандарды немесе дәрі-дәрмектерді рекурсивті іздеу, ұқсастық және дәрілік заттарды іздеу, деректерді толығымен жүктеу және стандартталған мақсатты идентификатор. (биоқұралдар енгізу )[112]http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/2010
UM-PPSМиннесота университетінің жолды болжау жүйесі (UM-PPS) - микробтық катаболикалық реакциялардың ықтимал нысандары болып табылатын органикалық қосылыстардағы функционалды топтарды танитын және биотрансформация ережелері негізінде осы топтардың түрленуін болжайтын веб-құрал. Көп деңгейлі болжамдар жасалады. (биоқұралдар енгізу )[113]http://eawag-bbd.ethz.ch/predict/aboutPPS.html2008
WoLF ПОРТОРЫWoLF PSORT - бұл ақуыздың жасушалық орналасуын болжауға арналған PSORT II бағдарламасын кеңейту. (биоқұралдар енгізу )[114]https://wolfpsort.hgc.jp/2007
YLocYLoc - бұл ішкі жасушалық локализацияны болжауға арналған веб-сервер. Болжамдар түсіндіріліп, болжам жасау үшін қолданылатын биологиялық қасиеттер бөлінеді. Сонымен қатар, сенімділік жеке болжамдардың сенімділігін бағалайды. (биоқұралдар енгізу )[115]http://www.multiloc.org/YLoc2010
Мырыш саусақ құралдарыМырыш саусақ құралдары мырыш саусақ протеинінің мақсатты орындарын таңдауға және оларға бағытталған белоктарды жобалауға арналған бірнеше құралдарды ұсынады. (биоқұралдар енгізу )[116][117][118][119][120][121]http://www.scripps.edu/mb/barbas/zfdesign/zfdesignhome.php2006

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Tantoso E, Li KB (тамыз 2008). «AAIndexLoc: аминқышқылдарының индекстерін қолданатын тізбектің жаңа көрінісі негізінде белоктардың жасушалық оқшаулауын болжау». Аминоқышқылдар. 35 (2): 345–53. дои:10.1007 / s00726-007-0616-ж. PMID  18163182. S2CID  712299.
  2. ^ Saravanan V, Lakshmi PT (желтоқсан 2013). «APSLAP: апоптоз ақуызының субжасушалық локализациясын болжау үшін адаптивті күшейту әдісі». Acta Biotheoretica. 61 (4): 481–97. дои:10.1007 / s10441-013-9197-1. PMID  23982307. S2CID  23858443.
  3. ^ Kaundal R, Saini R, Zhao PX (қыркүйек 2010). «Арабидопсистегі жасушалық оқшаулауды дәл болжау үшін машиналық оқыту мен гомологияға негізделген тәсілдерді біріктіру». Өсімдіктер физиологиясы. 154 (1): 36–54. дои:10.1104 / б.110.156851. PMC  2938157. PMID  20647376.
  4. ^ Pierleoni A, Martelli PL, Fariselli P, Casadio R (шілде 2006). «BaCelLo: теңдестірілген жасушалық оқшаулау болжауышы». Биоинформатика. 22 (14): e408-16. дои:10.1093 / биоинформатика / btl222. PMID  16873501.
  5. ^ а б Piovesan D, Martelli PL, Fariselli P, Zauli A, Rossi I, Casadio R (шілде 2011). «BAR-PLUS: ақуыздар тізбегінің функционалдық және құрылымдық аннотациясына арналған Болон Аннотациялық Ресурс Плюс». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Веб-сервер мәселесі): W197–202. дои:10.1093 / nar / gkr292. PMC  3125743. PMID  21622657.
  6. ^ Profiti G, Martelli PL, Casadio R (шілде 2017). «Болондық аннотация қоры (BAR 3.0): ақуыздың функционалды аннотациясын жақсарту». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 45 (W1): W285-W290. дои:10.1093 / nar / gkx330. PMC  5570247. PMID  28453653.
  7. ^ Van Domselaar GH, Stothard P, Shrivastava S, Cruz JA, Guo A, Dong X, Lu P, Szafron D, Greiner R, Wishart DS (шілде 2005). «BASys: автоматтандырылған бактериялық геномдық аннотацияға арналған веб-сервер». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 33 (Веб-сервер мәселесі): W455–9. дои:10.1093 / nar / gki593. PMC  1160269. PMID  15980511.
  8. ^ Berven FS, Flikka K, Jensen HB, Eidhammer I (шілде 2004). «BOMP: грамтеріс бактериялардың геномында кодталған бета-баррельді сыртқы мембраналық ақуыздарды болжау бағдарламасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 32 (Веб-сервер мәселесі): W394–9. дои:10.1093 / nar / gkh351. PMC  441489. PMID  15215418.
  9. ^ Тейлор PD, Attwood TK, Flower DR (шілде 2003). «BPROMPT: мембраналық протеинді болжауға арналған консенсус сервері». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 31 (13): 3698–700. дои:10.1093 / nar / gkg554. PMC  168961. PMID  12824397.
  10. ^ Chou KC, Shen HB (2008-01-01). «Cell-PLoc: әр түрлі организмдердегі ақуыздардың ішкі жасушалық локализациясын болжауға арналған веб-серверлер пакеті». Табиғат хаттамалары. 3 (2): 153–62. дои:10.1038 / nprot.2007.494. PMID  18274516. S2CID  226104.
  11. ^ Ю CS, Lin CJ, Хван Дж.К. (мамыр 2004). «Н-пептидтік композициялар негізінде тірек векторлық машиналар арқылы грамтеріс бактерияларға арналған белоктардың ішкі жасушалық оқшаулауын болжау». Ақуыздар туралы ғылым. 13 (5): 1402–6. дои:10.1110 / ps.03479604. PMC  2286765. PMID  15096640.
  12. ^ Ю.С., Чен Ю.К., Лу Ч., Хван Дж.К. (тамыз 2006). «Ақуыздың субжасушалық локализациясын болжау». Ақуыздар. 64 (3): 643–51. дои:10.1002 / прот.21018. PMID  16752418.
  13. ^ Paramasivam N, Linke D (2011). «ClubSub-P: Грам-негативті бактериялар мен архейлер үшін кластерге негізделген жасушалық оқшаулау болжамын». Микробиологиядағы шекаралар. 2: 218. дои:10.3389 / fmicb.2011.00218. PMC  3210502. PMID  22073040.
  14. ^ Goudenège D, Avner S, Lucchetti-Miganeh C, Barloy-Hubler F (наурыз 2010). «CoBaltDB: бактериялардың және археальды орфогендердің толық жасушалық оқшаулау дерекқоры және онымен байланысты ресурстар». BMC микробиологиясы. 10: 88. дои:10.1186/1471-2180-10-88. PMC  2850352. PMID  20331850.
  15. ^ Coronnello C, Benos PV (шілде 2013). «ComiR: комбинациялық микроРНҚ мақсатты болжау құралы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 41 (Веб-сервер мәселесі): W159-64. дои:10.1093 / nar / gkt379. PMC  3692082. PMID  23703208.
  16. ^ Hooper CM, Castleden IR, Aryamanesh N, Jacoby RP, Millar AH (қаңтар 2016). «Арпа, бидай, күріш және жүгері ақуыздарының жасушалық орналасуын табу: аннотацияланған дақылдар ақуыздарының компендиумы (зироатPAL)». Өсімдіктер мен жасушалар физиологиясы. 57 (1): e9. дои:10.1093 / pcp / pcv170. PMID  26556651.
  17. ^ Черцё, Миклош; Эйзенхабер, Фрэнк; Эйзенхабер, Биргит; Саймон, Иштван (қыркүйек 2002). «Трансмембраналық протеиндердің жалған оң болжамдарын сүзу туралы». Ақуыздарды жасау, жобалау және таңдау. 15 (9): 745–752. дои:10.1093/protein/15.9.745. ISSN  1741-0134. PMID  12456873.
  18. ^ Almagro Armenteros JJ, Sønderby CK, Sønderby SK, Nielsen H, Winther O (November 2017). "DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning". Биоинформатика. 33 (21): 3387–3395. дои:10.1093/bioinformatics/btx431. PMID  29036616.
  19. ^ Maragkakis M, Reczko M, Simossis VA, Alexiou P, Papadopoulos GL, Dalamagas T, Giannopoulos G, Goumas G, Koukis E, Kourtis K, Vergoulis T, Koziris N, Sellis T, Tsanakas P, Hatzigeorgiou AG (July 2009). "DIANA-microT web server: elucidating microRNA functions through target prediction". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 37 (Web Server issue): W273–6. дои:10.1093/nar/gkp292. PMC  2703977. PMID  19406924.
  20. ^ Paraskevopoulou MD, Georgakilas G, Kostoulas N, Vlachos IS, Vergoulis T, Reczko M, Filippidis C, Dalamagas T, Hatzigeorgiou AG (July 2013). "DIANA-microT web server v5.0: service integration into miRNA functional analysis workflows". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 41 (Web Server issue): W169–73. дои:10.1093/nar/gkt393. PMC  3692048. PMID  23680784.
  21. ^ Wishart DS, Knox C, Guo AC, Shrivastava S, Hassanali M, Stothard P, Chang Z, Woolsey J (January 2006). "DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 34 (Database issue): D668–72. дои:10.1093/nar/gkj067. PMC  1347430. PMID  16381955.
  22. ^ Horler RS, Butcher A, Papangelopoulos N, Ashton PD, Thomas GH (January 2009). "EchoLOCATION: an in silico analysis of the subcellular locations of Escherichia coli proteins and comparison with experimentally derived locations". Биоинформатика. 25 (2): 163–6. дои:10.1093/bioinformatics/btn596. PMID  19015139.
  23. ^ Fucile G, Di Biase D, Nahal H, La G, Khodabandeh S, Chen Y, Easley K, Christendat D, Kelley L, Provart NJ (January 2011). "ePlant and the 3D data display initiative: integrative systems biology on the world wide web". PLOS ONE. 6 (1): e15237. Бибкод:2011PLoSO...615237F. дои:10.1371/journal.pone.0015237. PMC  3018417. PMID  21249219.
  24. ^ Bhasin M, Raghava GP (July 2004). "ESLpred: SVM-based method for subcellular localization of eukaryotic proteins using dipeptide composition and PSI-BLAST". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 32 (Web Server issue): W414–9. дои:10.1093/nar/gkh350. PMC  441488. PMID  15215421.
  25. ^ Chou KC, Shen HB (April 2010). "A new method for predicting the subcellular localization of eukaryotic proteins with both single and multiple sites: Euk-mPLoc 2.0". PLOS ONE. 5 (4): e9931. Бибкод:2010PLoSO...5.9931C. дои:10.1371/journal.pone.0009931. PMC  2848569. PMID  20368981.
  26. ^ Ye H, Ye L, Kang H, Zhang D, Tao L, Tang K, Liu X, Zhu R, Liu Q, Chen YZ, Li Y, Cao Z (January 2011). "HIT: linking herbal active ingredients to targets". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Database issue): D1055–9. дои:10.1093/nar/gkq1165. PMC  3013727. PMID  21097881.
  27. ^ Туснади, Габор Е .; Simon, István (Oct 1998). "Principles governing amino acid composition of integral membrane proteins: application to topology prediction 1 1Edited by J. Thornton". Молекулалық биология журналы. 283 (2): 489–506. дои:10.1006 / jmbi.1998.2107. ISSN  0022-2836. PMID  9769220.
  28. ^ Туснадий, Г. Е .; Simon, I. (2001-09-01). «HMMTOP трансмембраналық топологияны болжау сервері». Биоинформатика. 17 (9): 849–850. дои:10.1093 / биоинформатика / 17.9.849. ISSN  1367-4803. PMID  11590105.
  29. ^ Garg A, Bhasin M, Raghava GP (April 2005). "Support vector machine-based method for subcellular localization of human proteins using amino acid compositions, their order, and similarity search". Биологиялық химия журналы. 280 (15): 14427–32. дои:10.1074/jbc.M411789200. PMID  15647269.
  30. ^ Wang JC, Chu PY, Chen CM, Lin JH (July 2012). "idTarget: a web server for identifying protein targets of small chemical molecules with robust scoring functions and a divide-and-conquer docking approach". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (Web Server issue): W393–9. дои:10.1093/nar/gks496. PMC  3394295. PMID  22649057.
  31. ^ Chou KC, Wu ZC, Xiao X (February 2012). "iLoc-Hum: using the accumulation-label scale to predict subcellular locations of human proteins with both single and multiple sites". Молекулалық биожүйелер. 8 (2): 629–41. дои:10.1039/c1mb05420a. PMID  22134333.
  32. ^ Lin HN, Chen CT, Sung TY, Ho SY, Hsu WL (December 2009). "Protein subcellular localization prediction of eukaryotes using a knowledge-based approach". BMC Биоинформатика. 10 Suppl 15: S8. дои:10.1186/1471-2105-10-S15-S8. PMC  2788359. PMID  19958518.
  33. ^ Amaral PP, Clark MB, Gascoigne DK, Dinger ME, Mattick JS (January 2011). "lncRNAdb: a reference database for long noncoding RNAs". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Database issue): D146–51. дои:10.1093/nar/gkq1138. PMC  3013714. PMID  21112873.
  34. ^ Nair R, Rost B (July 2003). "LOC3D: annotate sub-cellular localization for protein structures". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 31 (13): 3337–40. дои:10.1093/nar/gkg514. PMC  168921. PMID  12824321.
  35. ^ а б Nair R, Rost B (April 2005). "Mimicking cellular sorting improves prediction of subcellular localization". Молекулалық биология журналы. 348 (1): 85–100. дои:10.1016/j.jmb.2005.02.025. PMID  15808855.
  36. ^ Nair R, Rost B (December 2003). "Better prediction of sub-cellular localization by combining evolutionary and structural information". Ақуыздар. 53 (4): 917–30. CiteSeerX  10.1.1.217.389. дои:10.1002/prot.10507. PMID  14635133.
  37. ^ Fink JL, Aturaliya RN, Davis MJ, Zhang F, Hanson K, Teasdale MS, Kai C, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Teasdale RD (January 2006). "LOCATE: a mouse protein subcellular localization database". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 34 (Database issue): D213–7. дои:10.1093/nar/gkj069. PMC  1347432. PMID  16381849.
  38. ^ Rastogi S, Rost B (January 2011). "LocDB: experimental annotations of localization for Homo sapiens and Arabidopsis thaliana". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Database issue): D230–4. дои:10.1093/nar/gkq927. PMC  3013784. PMID  21071420.
  39. ^ Nair R, Rost B (July 2004). "LOCnet and LOCtarget: sub-cellular localization for structural genomics targets". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 32 (Web Server issue): W517–21. дои:10.1093/nar/gkh441. PMC  441579. PMID  15215440.
  40. ^ а б Goldberg T, Hamp T, Rost B (September 2012). "LocTree2 predicts localization for all domains of life". Биоинформатика. 28 (18): i458–i465. дои:10.1093/bioinformatics/bts390. PMC  3436817. PMID  22962467.
  41. ^ Goldberg T, Hecht M, Hamp T, Karl T, Yachdav G, Ahmed N, Altermann U, Angerer P, Ansorge S, Balasz K, Bernhofer M, Betz A, Cizmadija L, Do KT, Gerke J, Greil R, Joerdens V, Hastreiter M, Hembach K, Herzog M, Kalemanov M, Kluge M, Meier A, Nasir H, Neumaier U, Prade V, Reeb J, Sorokoumov A, Troshani I, Vorberg S, Waldraff S, Zierer J, Nielsen H, Rost B (July 2014). "LocTree3 prediction of localization". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 42 (Web Server issue): W350–5. дои:10.1093/nar/gku396. PMC  4086075. PMID  24848019.
  42. ^ Panwar B, Raghava GP (May 2012). "Predicting sub-cellular localization of tRNA synthetases from their primary structures". Аминоқышқылдар. 42 (5): 1703–13. дои:10.1007/s00726-011-0872-8. PMID  21400228. S2CID  2996097.
  43. ^ Simha R, Briesemeister S, Kohlbacher O, Shatkay H (June 2015). "Protein (multi-)location prediction: utilizing interdependencies via a generative model". Биоинформатика. 31 (12): i365–74. дои:10.1093/bioinformatics/btv264. PMC  4765880. PMID  26072505.
  44. ^ Pierleoni A, Martelli PL, Casadio R (May 2011). "MemLoci: predicting subcellular localization of membrane proteins in eukaryotes". Биоинформатика. 27 (9): 1224–30. дои:10.1093/bioinformatics/btr108. PMID  21367869.
  45. ^ Pierleoni A, Indio V, Savojardo C, Fariselli P, Martelli PL, Casadio R (July 2011). "MemPype: a pipeline for the annotation of eukaryotic membrane proteins". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Web Server issue): W375–80. дои:10.1093/nar/gkr282. PMC  3125734. PMID  21543452.
  46. ^ Magnus M, Pawlowski M, Bujnicki JM (December 2012). "MetaLocGramN: A meta-predictor of protein subcellular localization for Gram-negative bacteria". Biochimica et Biofhysica Acta (BBA) - ақуыздар және протеомика. 1824 (12): 1425–33. дои:10.1016/j.bbapap.2012.05.018. PMID  22705560.
  47. ^ Hausser J, Berninger P, Rodak C, Jantscher Y, Wirth S, Zavolan M (July 2009). "MirZ: an integrated microRNA expression atlas and target prediction resource". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 37 (Web Server issue): W266–72. дои:10.1093/nar/gkp412. PMC  2703880. PMID  19468042.
  48. ^ Kumar M, Verma R, Raghava GP (March 2006). "Prediction of mitochondrial proteins using support vector machine and hidden Markov model". Биологиялық химия журналы. 281 (9): 5357–63. дои:10.1074/jbc.M511061200. PMID  16339140.
  49. ^ Höglund A, Dönnes P, Blum T, Adolph HW, Kohlbacher O (May 2006). "MultiLoc: prediction of protein subcellular localization using N-terminal targeting sequences, sequence motifs and amino acid composition". Биоинформатика. 22 (10): 1158–65. дои:10.1093/bioinformatics/btl002. PMID  16428265.
  50. ^ Zhu PP, Li WC, Zhong ZJ, Deng EZ, Ding H, Chen W, Lin H (February 2015). "Predicting the subcellular localization of mycobacterial proteins by incorporating the optimal tripeptides into the general form of pseudo amino acid composition". Молекулалық биожүйелер. 11 (2): 558–63. дои:10.1039/c4mb00645c. PMID  25437899. S2CID  8130819.
  51. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (June 2004). "Analysis and prediction of leucine-rich nuclear export signals". Ақуыздарды жасау, жобалау және таңдау. 17 (6): 527–36. дои:10.1093/protein/gzh062. PMID  15314210.
  52. ^ King, Brian R; Guda, Chittibabu (2007). "ngLOC: an n-gram-based Bayesian method for estimating the subcellular proteomes of eukaryotes". Геном биологиясы. 8 (5): R68. дои:10.1186/gb-2007-8-5-r68. ISSN  1465-6906. PMC  1929137. PMID  17472741.
  53. ^ Woodcroft BJ, Hammond L, Stow JL, Hamilton NA (November 2009). "Automated organelle-based colocalization in whole-cell imaging". Cytometry. А бөлімі. 75 (11): 941–50. дои:10.1002/cyto.a.20786. PMID  19746416. S2CID  25068671.
  54. ^ Lu Z, Szafron D, Greiner R, Lu P, Wishart DS, Poulin B, Anvik J, Macdonell C, Eisner R (March 2004). "Predicting subcellular localization of proteins using machine-learned classifiers". Биоинформатика. 20 (4): 547–56. CiteSeerX  10.1.1.216.1493. дои:10.1093/bioinformatics/btg447. PMID  14990451.
  55. ^ а б Szafron D, Lu P, Greiner R, Wishart DS, Poulin B, Eisner R, Lu Z, Anvik J, Macdonell C, Fyshe A, Meeuwis D (July 2004). "Proteome Analyst: custom predictions with explanations in a web-based tool for high-throughput proteome annotations". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 32 (Web Server issue): W365–71. дои:10.1093/nar/gkh485. PMC  441623. PMID  15215412.
  56. ^ Liu X, Ouyang S, Yu B, Liu Y, Huang K, Gong J, Zheng S, Li Z, Li H, Jiang H (July 2010). "PharmMapper server: a web server for potential drug target identification using pharmacophore mapping approach". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 38 (Web Server issue): W609–14. дои:10.1093/nar/gkq300. PMC  2896160. PMID  20430828.
  57. ^ Tang S, Li T, Cong P, Xiong W, Wang Z, Sun J (July 2013). "PlantLoc: an accurate web server for predicting plant protein subcellular localization by substantiality motif". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 41 (Web Server issue): W441–7. дои:10.1093/nar/gkt428. PMC  3692052. PMID  23729470.
  58. ^ Bagos PG, Liakopoulos TD, Spyropoulos IC, Hamodrakas SJ (July 2004). "PRED-TMBB: a web server for predicting the topology of beta-barrel outer membrane proteins". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 32 (Web Server issue): W400–4. дои:10.1093/nar/gkh417. PMC  441555. PMID  15215419.
  59. ^ Bagos PG, Liakopoulos TD, Spyropoulos IC, Hamodrakas SJ (March 2004). "A Hidden Markov Model method, capable of predicting and discriminating beta-barrel outer membrane proteins". BMC Биоинформатика. 5: 29. дои:10.1186/1471-2105-5-29. PMC  385222. PMID  15070403.
  60. ^ Cokol M, Nair R, Rost B (November 2000). "Finding nuclear localization signals". EMBO есептері. 1 (5): 411–5. дои:10.1093/embo-reports/kvd092. PMC  1083765. PMID  11258480.
  61. ^ Yachdav G, Kloppmann E, Kajan L, Hecht M, Goldberg T, Hamp T, Hönigschmid P, Schafferhans A, Roos M, Bernhofer M, Richter L, Ashkenazy H, Punta M, Schlessinger A, Bromberg Y, Schneider R, Vriend G, Sander C, Ben-Tal N, Rost B (July 2014). "PredictProtein--an open resource for online prediction of protein structural and functional features". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 42 (Web Server issue): W337–43. дои:10.1093/nar/gku366. PMC  4086098. PMID  24799431.
  62. ^ Kaján L, Yachdav G, Vicedo E, Steinegger M, Mirdita M, Angermüller C, Böhm A, Domke S, Ertl J, Mertes C, Reisinger E, Staniewski C, Rost B (2013). "Cloud prediction of protein structure and function with PredictProtein for Debian". BioMed Research International. 2013: 1–6. дои:10.1155/2013/398968. PMC  3732596. PMID  23971032.
  63. ^ Rost B, Liu J (July 2003). «PredictProtein сервері». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 31 (13): 3300–4. дои:10.1093/nar/gkg508. PMC  168915. PMID  12824312.
  64. ^ Rost B, Yachdav G, Liu J (July 2004). «PredictProtein сервері». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 32 (Web Server issue): W321–6. дои:10.1093 / nar / gkh377. PMC  441515. PMID  15215403.
  65. ^ Mower JP (July 2009). "The PREP suite: predictive RNA editors for plant mitochondrial genes, chloroplast genes and user-defined alignments". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 37 (Web Server issue): W253–9. дои:10.1093/nar/gkp337. PMC  2703948. PMID  19433507.
  66. ^ Mower JP (April 2005). "PREP-Mt: predictive RNA editor for plant mitochondrial genes". BMC Биоинформатика. 6: 96. дои:10.1186/1471-2105-6-96. PMC  1087475. PMID  15826309.
  67. ^ Huang WL, Tung CW, Ho SW, Hwang SF, Ho SY (February 2008). "ProLoc-GO: utilizing informative Gene Ontology terms for sequence-based prediction of protein subcellular localization". BMC Биоинформатика. 9: 80. дои:10.1186/1471-2105-9-80. PMC  2262056. PMID  18241343.
  68. ^ Huang WL, Tung CW, Huang HL, Hwang SF, Ho SY (2007). "ProLoc: prediction of protein subnuclear localization using SVM with automatic selection from physicochemical composition features". Bio Systems. 90 (2): 573–81. дои:10.1016/j.biosystems.2007.01.001. PMID  17291684.
  69. ^ Yang B, Sayers S, Xiang Z, He Y (January 2011). "Protegen: a web-based protective antigen database and analysis system". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Database issue): D1073–8. дои:10.1093/nar/gkq944. PMC  3013795. PMID  20959289.
  70. ^ Drwal, Malgorzata N.; Banerjee, Priyanka; Дункель, Матиас; Wettig, Martin R.; Preissner, Robert (2014-05-16). "ProTox: a web server for the in silico prediction of rodent oral toxicity". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 42 (W1): W53–W58. дои:10.1093/nar/gku401. ISSN  1362-4962. PMC  4086068. PMID  24838562.
  71. ^ Banerjee, Priyanka; Eckert, Andreas O; Schrey, Anna K; Preissner, Robert (2018-04-30). "ProTox-II: a webserver for the prediction of toxicity of chemicals". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 46 (W1): W257–W263. дои:10.1093/nar/gky318. ISSN  0305-1048. PMC  6031011. PMID  29718510.
  72. ^ Bhasin M, Garg A, Raghava GP (May 2005). "PSLpred: prediction of subcellular localization of bacterial proteins". Биоинформатика. 21 (10): 2522–4. дои:10.1093/bioinformatics/bti309. PMID  15699023.
  73. ^ Yu NY, Wagner JR, Laird MR, Melli G, Rey S, Lo R, Dao P, Sahinalp SC, Ester M, Foster LJ, Brinkman FS (July 2010). "PSORTb 3.0: improved protein subcellular localization prediction with refined localization subcategories and predictive capabilities for all prokaryotes". Биоинформатика. 26 (13): 1608–15. дои:10.1093/bioinformatics/btq249. PMC  2887053. PMID  20472543.
  74. ^ Yu NY, Laird MR, Spencer C, Brinkman FS (January 2011). "PSORTdb--an expanded, auto-updated, user-friendly protein subcellular localization database for Bacteria and Archaea". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Database issue): D241–4. дои:10.1093/nar/gkq1093. PMC  3013690. PMID  21071402.
  75. ^ Rey S, Acab M, Gardy JL, Laird MR, deFays K, Lambert C, Brinkman FS (January 2005). "PSORTdb: a protein subcellular localization database for bacteria". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 33 (Database issue): D164–8. дои:10.1093/nar/gki027. PMC  539981. PMID  15608169.
  76. ^ Wu HJ, Ma YK, Chen T, Wang M, Wang XJ (July 2012). "PsRobot: a web-based plant small RNA meta-analysis toolbox". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (Web Server issue): W22–8. дои:10.1093/nar/gks554. PMC  3394341. PMID  22693224.
  77. ^ Guda C, Subramaniam S (November 2005). "pTARGET [corrected] a new method for predicting protein subcellular localization in eukaryotes". Биоинформатика. 21 (21): 3963–9. дои:10.1093/bioinformatics/bti650. PMID  16144808.
  78. ^ Guda C (July 2006). "pTARGET: a web server for predicting protein subcellular localization". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 34 (Web Server issue): W210–3. дои:10.1093/nar/gkl093. PMC  1538910. PMID  16844995.
  79. ^ Lee TY, Bo-Kai Hsu J, Chang WC, Huang HD (January 2011). "RegPhos: a system to explore the protein kinase-substrate phosphorylation network in humans". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Database issue): D777–87. дои:10.1093/nar/gkq970. PMC  3013804. PMID  21037261.
  80. ^ Elefant N, Berger A, Shein H, Hofree M, Margalit H, Altuvia Y (January 2011). "RepTar: a database of predicted cellular targets of host and viral miRNAs". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Database issue): D188–94. дои:10.1093/nar/gkq1233. PMC  3013742. PMID  21149264.
  81. ^ Eggenhofer F, Tafer H, Stadler PF, Hofacker IL (July 2011). "RNApredator: fast accessibility-based prediction of sRNA targets". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Web Server issue): W149–54. дои:10.1093/nar/gkr467. PMC  3125805. PMID  21672960.
  82. ^ Shao W, Liu M, Zhang D (January 2016). "Human cell structure-driven model construction for predicting protein subcellular location from biological images". Биоинформатика. 32 (1): 114–21. дои:10.1093/bioinformatics/btv521. PMID  26363175.
  83. ^ Savojardo C, Martelli PL, Fariselli P, Casadio R (February 2017). "SChloro: directing Viridiplantae proteins to six chloroplastic sub-compartments". Биоинформатика. 33 (3): 347–353. дои:10.1093/bioinformatics/btw656. PMC  5408801. PMID  28172591.
  84. ^ Saravanan V, Lakshmi PT (February 2013). "SCLAP: an adaptive boosting method for predicting subchloroplast localization of plant proteins". OMICS. 17 (2): 106–15. дои:10.1089/omi.2012.0070. PMID  23289782.
  85. ^ Mooney C, Wang YH, Pollastri G (October 2011). "SCLpred: protein subcellular localization prediction by N-to-1 neural networks". Биоинформатика. 27 (20): 2812–9. дои:10.1093/bioinformatics/btr494. PMID  21873639.
  86. ^ Kaleel, M; Чжэн, У; Чен, Дж; Feng, X; Simpson, JC; Pollastri, G; Mooney, C (6 March 2020). "SCLpred-EMS: subcellular localization prediction of endomembrane system and secretory pathway proteins by Deep N-to-1 Convolutional Neural Networks". Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 36 (11): 3343–3349. дои:10.1093/bioinformatics/btaa156. PMID  32142105.
  87. ^ Bendtsen JD, Jensen LJ, Blom N, Von Heijne G, Brunak S (April 2004). "Feature-based prediction of non-classical and leaderless protein secretion". Ақуыздарды жасау, жобалау және таңдау. 17 (4): 349–56. дои:10.1093/protein/gzh037. PMID  15115854.
  88. ^ Bendtsen JD, Kiemer L, Fausbøll A, Brunak S (October 2005). "Non-classical protein secretion in bacteria". BMC микробиологиясы. 5: 58. дои:10.1186/1471-2180-5-58. PMC  1266369. PMID  16212653.
  89. ^ Xu YY, Yang F, Zhang Y, Shen HB (April 2015). "Bioimaging-based detection of mislocalized proteins in human cancers by semi-supervised learning". Биоинформатика. 31 (7): 1111–9. дои:10.1093/bioinformatics/btu772. PMC  4382902. PMID  25414362.
  90. ^ Shatkay H, Höglund A, Brady S, Blum T, Dönnes P, Kohlbacher O (June 2007). "SherLoc: high-accuracy prediction of protein subcellular localization by integrating text and protein sequence data". Биоинформатика. 23 (11): 1410–7. дои:10.1093/bioinformatics/btm115. PMID  17392328.
  91. ^ Tanz SK, Castleden I, Hooper CM, Vacher M, Small I, Millar HA (January 2013). "SUBA3: a database for integrating experimentation and prediction to define the SUBcellular location of proteins in Arabidopsis". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 41 (Database issue): D1185–91. дои:10.1093/nar/gks1151. PMC  3531127. PMID  23180787.
  92. ^ Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (December 2014). "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome". Биоинформатика. 30 (23): 3356–64. дои:10.1093/bioinformatics/btu550. PMID  25150248.
  93. ^ Du P, Cao S, Li Y (November 2009). "SubChlo: predicting protein subchloroplast locations with pseudo-amino acid composition and the evidence-theoretic K-nearest neighbor (ET-KNN) algorithm". Теориялық биология журналы. 261 (2): 330–5. дои:10.1016/j.jtbi.2009.08.004. PMID  19679138.
  94. ^ Dunkel M, Günther S, Ahmed J, Wittig B, Preissner R (July 2008). "SuperPred: drug classification and target prediction". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 36 (Web Server issue): W55–9. дои:10.1093/nar/gkn307. PMC  2447784. PMID  18499712.
  95. ^ Hecker N, Ahmed J, von Eichborn J, Dunkel M, Macha K, Eckert A, Gilson MK, Bourne PE, Preissner R (January 2012). "SuperTarget goes quantitative: update on drug-target interactions". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (Database issue): D1113–7. дои:10.1093/nar/gkr912. PMC  3245174. PMID  22067455.
  96. ^ Gfeller, David; Michielin, Olivier; Zoete, Vincent (2013-09-17). "Shaping the interaction landscape of bioactive molecules". Биоинформатика. 29 (23): 3073–3079. дои:10.1093/bioinformatics/btt540. ISSN  1460-2059. PMID  24048355.
  97. ^ Gfeller, David; Гросдидье, Орелиен; Wirth, Matthias; Daina, Antoine; Michielin, Olivier; Zoete, Vincent (2014-05-03). "SwissTargetPrediction: a web server for target prediction of bioactive small molecules". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 42 (W1): W32–W38. дои:10.1093/nar/gku293. ISSN  1362-4962. PMC  4086140. PMID  24792161.
  98. ^ Lim E, Pon A, Djoumbou Y, Knox C, Shrivastava S, Guo AC, Neveu V, Wishart DS (January 2010). "T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 38 (Database issue): D781–6. дои:10.1093/nar/gkp934. PMC  2808899. PMID  19897546.
  99. ^ Doyle EL, Booher NJ, Standage DS, Voytas DF, Brendel VP, Vandyk JK, Bogdanove AJ (July 2012). "TAL Effector-Nucleotide Targeter (TALE-NT) 2.0: tools for TAL effector design and target prediction". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (Web Server issue): W117–22. дои:10.1093/nar/gks608. PMC  3394250. PMID  22693217.
  100. ^ Li H, Gao Z, Kang L, Zhang H, Yang K, Yu K, Luo X, Zhu W, Chen K, Shen J, Wang X, Jiang H (July 2006). "TarFisDock: a web server for identifying drug targets with docking approach". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 34 (Web Server issue): W219–24. дои:10.1093/nar/gkl114. PMC  1538869. PMID  16844997.
  101. ^ Tjaden B (July 2008). "TargetRNA: a tool for predicting targets of small RNA action in bacteria". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 36 (Web Server issue): W109–13. дои:10.1093/nar/gkn264. PMC  2447797. PMID  18477632.
  102. ^ Emanuelsson O, Nielsen H, Brunak S, Von Heijne G (Шілде 2000). "Predicting subcellular localization of proteins based on their N-terminal amino acid sequence". Молекулалық биология журналы. 300 (4): 1005–16. дои:10.1006/jmbi.2000.3903. PMID  10891285.
  103. ^ Magariños MP, Carmona SJ, Crowther GJ, Ralph SA, Roos DS, Shanmugam D, Van Voorhis WC, Agüero F (January 2012). "TDR Targets: a chemogenomics resource for neglected diseases". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (Database issue): D1118–27. дои:10.1093/nar/gkr1053. PMC  3245062. PMID  22116064.
  104. ^ Lin H, Chen W, Yuan LF, Li ZQ, Ding H (June 2013). "Using over-represented tetrapeptides to predict protein submitochondria locations". Acta Biotheoretica. 61 (2): 259–68. дои:10.1007/s10441-013-9181-9. PMID  23475502. S2CID  30809970.
  105. ^ Gromiha MM, Ahmad S, Suwa M (April 2004). "Neural network-based prediction of transmembrane beta-strand segments in outer membrane proteins". Есептік химия журналы. 25 (5): 762–7. дои:10.1002/jcc.10386. PMID  14978719.
  106. ^ Gromiha MM, Ahmad S, Suwa M (July 2005). "TMBETA-NET: discrimination and prediction of membrane spanning beta-strands in outer membrane proteins". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 33 (Web Server issue): W164–7. дои:10.1093/nar/gki367. PMC  1160128. PMID  15980447.
  107. ^ Крог, Андерс; Ларссон, Бьорн; von Heijne, Gunnar; Sonnhammer, Erik L.L (Jan 2001). "Predicting transmembrane protein topology with a hidden markov model: application to complete genomes". Молекулалық биология журналы. 305 (3): 567–580. дои:10.1006 / jmbi.2000.4315. ISSN  0022-2836. PMID  11152613.
  108. ^ Hofmann, K; Stoffel, W (1993). "TMbase—A database of membrane spanning proteins segments" (PDF). Biol Chem Hoppe-Seyler. 374: 166.
  109. ^ а б Indio V, Martelli PL, Savojardo C, Fariselli P, Casadio R (April 2013). "The prediction of organelle-targeting peptides in eukaryotic proteins with Grammatical-Restrained Hidden Conditional Random Fields". Биоинформатика. 29 (8): 981–8. дои:10.1093/bioinformatics/btt089. PMID  23428638.
  110. ^ Savojardo C, Martelli PL, Fariselli P, Casadio R (October 2015). "TPpred3 detects and discriminates mitochondrial and chloroplastic targeting peptides in eukaryotic proteins". Биоинформатика. 31 (20): 3269–75. дои:10.1093/bioinformatics/btv367. PMID  26079349.
  111. ^ Savojardo C, Martelli PL, Fariselli P, Casadio R (October 2015). "TPpred3 detects and discriminates mitochondrial and chloroplastic targeting peptides in eukaryotic proteins". Биоинформатика. 31 (20): 3269–75. дои:10.1093/bioinformatics/btv367. PMID  26079349.
  112. ^ Zhu F, Han B, Kumar P, Liu X, Ma X, Wei X, Huang L, Guo Y, Han L, Zheng C, Chen Y (January 2010). "Update of TTD: Therapeutic Target Database". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 38 (Database issue): D787–91. дои:10.1093/nar/gkp1014. PMC  2808971. PMID  19933260.
  113. ^ Ellis LB, Gao J, Fenner K, Wackett LP (July 2008). "The University of Minnesota pathway prediction system: predicting metabolic logic". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 36 (Web Server issue): W427–32. дои:10.1093/nar/gkn315. PMC  2447765. PMID  18524801.
  114. ^ Horton P, Park KJ, Obayashi T, Fujita N, Harada H, Adams-Collier CJ, Nakai K (July 2007). «WoLF PSORT: ақуыздың локализациясының болжаушысы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 35 (Веб-сервер мәселесі): W585–7. дои:10.1093 / nar / gkm259. PMC  1933216. PMID  17517783.
  115. ^ Briesemeister S, Rahnenführer J, Kohlbacher O (July 2010). "YLoc--an interpretable web server for predicting subcellular localization". Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 38 (Web Server issue): W497–502. дои:10.1093/nar/gkq477. PMC  2896088. PMID  20507917.
  116. ^ Blancafort P, Magnenat L, Barbas CF (March 2003). "Scanning the human genome with combinatorial transcription factor libraries". Табиғи биотехнология. 21 (3): 269–74. дои:10.1038/nbt794. PMID  12592412. S2CID  9761535.
  117. ^ Dreier B, Fuller RP, Segal DJ, Lund CV, Blancafort P, Huber A, Koksch B, Barbas CF (October 2005). «5'-CNN-3 'отбасыларының ДНҚ тізбегін тану үшін мырыш саусақ домендерін жасау және оларды жасанды транскрипция факторларын құруда қолдану». Биологиялық химия журналы. 280 (42): 35588–97. дои:10.1074 / jbc.M506654200. PMID  16107335.
  118. ^ Dreier B, Segal DJ, Barbas CF (November 2000). "Insights into the molecular recognition of the 5'-GNN-3' family of DNA sequences by zinc finger domains". Молекулалық биология журналы. 303 (4): 489–502. дои:10.1006/jmbi.2000.4133. PMID  11054286. S2CID  11263372.
  119. ^ Mandell JG, Barbas CF (шілде 2006). «Мырыш саусақ құралдары: транскрипция факторлары мен нуклеазалар үшін арнайы ДНҚ-байланыстырушы домендер». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 34 (Веб-сервер мәселесі): W516–23. дои:10.1093 / nar / gkl209. PMC  1538883. PMID  16845061.
  120. ^ Dreier B, Beerli RR, Segal DJ, Flippin JD, Barbas CF (тамыз 2001). «5'-ANN-3 'ДНҚ тізбегін тану үшін мырыш саусақ домендерін жасау және оларды жасанды транскрипция факторларын құруда қолдану». Биологиялық химия журналы. 276 (31): 29466–78. дои:10.1074 / jbc.M102604200. PMID  11340073.
  121. ^ Segal DJ, Dreier B, Beerli RR, Barbas CF (наурыз 1999). «Гендердің экспрессиясын қалау бойынша басқаруға қарай: 5'-GNN-3 'ДНҚ мақсатты кезек-кезегінің әрқайсысын танитын мырыш саусақ домендерін таңдау және жобалау». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 96 (6): 2758–63. Бибкод:1999 PNAS ... 96.2758S. дои:10.1073 / pnas.96.6.2758. PMC  15842. PMID  10077584.