LSMEM1 - LSMEM1 - Wikipedia

Лейцинге бай бір реттік мембраналық протеин 1 (LSMEM1) Бұл ақуыз бұл адамдарда LSMEM1 кодталған ген.

Джин

Адамдарға арналған LSMEM1 концептуалды аудармасы

Адамдарда LSMEM1 орналасқан хромосома 7q31.1.[1][2] LSMEM1 генді көршілес етеді ҚЕХС1 адамдарда. LSMEM1 бүркеншік атына C7orf53, хромосома 7 ашық оқудың рамкасы 53 және FLJ39575 жатады.[3] Адам мРНҚ ұзындығы 1686 базалық жұп, ал ген 5 құрайды экзондар.[4] Адамның мРНҚ-да а 5 'UTR және а 3 'UTR. 5 'UTR mRNA позициясынан 1-ден 341-ге, ал 3' UTR mRNA-дан 738-ден 1686-ға ауысады.

Ақуыз

Адамдарда кодталатын LSMEM1 ақуызы 131 құрайды аминқышқылдары ұзақ[5] және 14,2-14,5 аралығында болатын молекулалық массасы бар кДал.[6] Оның изоэлектрлік нүкте адамдарда шамамен 5, оны аз қышқыл етеді. LSMEM1 - бұл интегралды мембраналық ақуыз және а трансмембраналық ақуыз Трансмембраналық сегменттен басқа, ол негізінен катушкалардан тұрады және салыстырмалы түрде аз бета жолдары. Оның аты айтып тұрғандай, LSMEM1 тек бір трансмембраналық сегментке ие. Болжалды аудармадан кейінгі модификация адамға LSMEM1 ақуызы жатады гликация[7] және фосфорлану.[8] Болжам жоқ сигнал пептиді адам ақуызына арналған.[9]

Гомология / эволюция

LSMEM1 таңдалған ортологтарына арналған филогенетикалық ағаш
Адамның LSMEM1 эволюциялық жылдамдығы тез дамитын және баяу дамитын ақуызға қарағанда.

Белгілі біреуі жоқ параллельдер адамдарда LSMEM1.[10] Ортологиялық белоктар негізінен сүтқоректілер, құстар, және бауырымен жорғалаушылар. Сондай-ақ, одан да алыс ортологтар бар қосмекенділер және sarcopterygii. LSMEM1 көрінбейді омыртқасыздар, саңырауқұлақтар, немесе прокариоттар. LSMEM1 құрамында консервіленгендер де бар белгісіз функцияның домені DUF4577.[3] LSMEM1-мен кодталған адамның ақуызын тез дамитын белокпен (фибринопептидтер) және белгілі баяу дамып келе жатқан белокпен (цитохром с ), LSMEM1 баяу дамып келе жатқан сияқты.

Өрнек

Адамдарда LSMEM1 қаңқа бұлшықетінде өте жоғары дәрежеде көрінеді.[11] Адамдарда LSMEM1 сонымен қатар жүйке тіндерінде жоғары экспрессияны, жатырда, аталық безде, сүйек кемігінде, жүрек пен ішекте орташа экспрессияны, ал ми мен ұйқы безінде төмен экспрессияны көрсетеді.[12] Сондай-ақ, бұл адамдағы ұрықтың да, ересек өмірінің де көрінісін көрсетеді.

LSMEM1-де 615 базалық жұбы болады деп болжануда промоутер адамдарда оның транскрипциялық басталу орнының ағынында.[13]

Өзара әрекеттесетін ақуыздар

Кейбіреулер транскрипция факторлары адамдарда LSMEM1 промоторымен байланысады деп болжанатындар: SRF, EVI1, SOX, ETS, LTSM және TALE транскрипциясы факторлары.[13] Адамдарда LSMEM1 промоторымен байланысады деп саналатын көптеген транскрипция факторлары жасушалардың дифференциациясы, жасушалар циклі, жасушалардың өсуі және дамуы сияқты биологиялық процестерде белсенділікке ие.

Арқылы анықталған LSMEM1 генімен кодталған адам ақуызымен өзара әрекеттесетін 3 негізгі ақуыз бар екі гибридті скрининг (LSMEM2 және MAL) және қалпына келтірілген күрделі (APP) эксперименттер. Қалпына келтірілген күрделі эксперимент тазартылған ақуыздардың өзара әрекеттесуін анықтайды in vitro. LSMEM1-мен өзара әрекеттесетін 3 ақуыз: МАЛ, APP, және LSMEM2.[14] Осы өзара әрекеттесетін ақуыздардың үшеуі де LSMEM1 сияқты интегралды мембраналық ақуыздар болып табылады.

Клиникалық маңыздылығы

Адамдардағы LSMEM1 экспрессиясының деңгейі айтарлықтай төмендейді септикалық қаңқа бұлшықеті.[15] Адамдар үшін LSMEM1 ақуызында 17 бар SNP миссенстік мутациялар оның кодтау реттілігі шегінде.[16] LSMEM1 ақуызы пациенттердің қан сарысуында басым екендігі көрсетілген Паркинсон ауруы және ол ақуыз ретінде Паркинсон ауруы диагностикалық биомаркерлерімен байланысады антиген.[17]

Пайдаланылған әдебиеттер

  1. ^ Scherer, S. W. (10 сәуір 2003). «Адам хромосомасы 7: ДНҚ тізбегі және биология». Ғылым. 300 (5620): 767–772. Бибкод:2003Sci ... 300..767S. дои:10.1126 / ғылым.1083423. PMC  2882961. PMID  12690205.
  2. ^ «LSMEM1 лейцинге бай бір өткізгішті мембраналық ақуыз 1 [Homo sapiens (адам)]». NCBI. Алынған 22 сәуір 2015.
  3. ^ а б «Ген: LSMEM1». Ансамбль. Алынған 30 сәуір 2015.
  4. ^ «Homo sapiens лейцинге бай бір өткізгішті мембраналық протеин 1 (LSMEM1), транскриптивті нұсқа 1, mRNA». Ұлттық атомдық биотехнология орталығы нуклеотид. Алынған 8 мамыр 2015.
  5. ^ «Хромосома 7 ашық оқудың рамкасы 53 [Homo sapiens]». NCBI. Алынған 22 сәуір 2015.
  6. ^ «Биология жұмыс үстелі». Сан-Диего суперкомпьютер орталығы. Алынған 30 сәуір 2015.
  7. ^ Гупта, Р .; Джунг, Э .; Брунак, С. «Адам ақуыздарындағы N-гликозилдену орындарын болжау». ExPASy. Алынған 30 сәуір 2015.
  8. ^ Блом, Н .; Гаммельтофт, С .; Брунак, С. (желтоқсан 1999). «Эукариоттық ақуыздың фосфорлану орындарының тізбегі мен құрылымына негізделген болжамы». ExPASy. 294: 1351–62. дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390. Алынған 30 сәуір 2015.
  9. ^ Петерсен, ТН; Брунак, С; фон Хейне, Г; Нильсен, Н (29 қыркүйек 2011). «SignalP 4.0: трансмембраналық аймақтардан бөлінетін сигнал пептидтері». Табиғат әдістері. 8 (10): 785–6. дои:10.1038 / nmeth.1701. PMID  21959131.
  10. ^ «Жергілікті туралауды іздеудің негізгі құралы». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. Алынған 30 сәуір 2015.
  11. ^ Лю, Д .; Сартор, М.А .; Надер, Г.А .; Пистилли, Е. Е .; Тантон, Л .; Лилли, С .; Гутманн, Л .; ИглайРегер, Х.Б .; Вишич, П.С .; Хоффман, Э. П .; Гордон, П.М (15 ақпан 2013). «Микроарризді талдау ерлер мен әйелдердің бұлшықет жасының қартаю процесінің жаңа ерекшеліктерін ашады». Геронтология журналдары А сериясы: биологиялық ғылымдар және медицина ғылымдары. 68 (9): 1035–1044. дои:10.1093 / gerona / glt015. PMC  3826860. PMID  23418191.
  12. ^ «EST профилі». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. Алынған 6 мамыр 2015.
  13. ^ а б «ElDorado». Геноматикс. Алынған 5 мамыр 2015.
  14. ^ «LSMEM1». Mentha The Interactome шолғышы. Алынған 1 мамыр 2015.
  15. ^ Фредриксон, Катарина; Тьядер, Инга; Келлер, Перниль; Петрович, Натаса; Ахлман, Бо; Шеле, Камилла; Вернерман, Ян; Тиммонс, Джеймс А .; Роякерлер, Олав; Бозза, Патриция (10 қараша 2008). «Митохондриялық динамиканың және бұлшықет транскриптомының дисрегуляциясы, сепсистен туындаған көптеген органдардың жетіспеушілігінен зардап шегетін ICU пациенттерінде». PLOS ONE. 3 (11): e3686. Бибкод:2008PLoSO ... 3.3686F. дои:10.1371 / journal.pone.0003686. PMC  2579334. PMID  18997871.
  16. ^ «dbSNP қысқа генетикалық вариациялары». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. Алынған 4 мамыр 2015.
  17. ^ Нагеле, Роберт. «Паркинсон ауруын анықтау және диагностикалау бойынша диагностикалық биомаркер профильдері». FPO. Алынған 7 мамыр 2015.