Джулиан Гоу (ғалым) - Julian Gough (scientist)

Джулиан Гоф
Туған
Джулиан Джон Турстан Гоф[1]

1974 ж. Қыркүйек (46 жас)[2]
БілімПерсе мектебі
Алма матер
БелгіліSuperfamily дерекқоры
Ғылыми мансап
Өрістер
Мекемелер
ДиссертацияЖасырын Марков модельдері және оларды белок құрылымы аясында геномдық анализге қолдану  (2001)
Докторантура кеңесшісіКир Чотия[5][6]
Веб-сайтwww2.mrc-lmb.камера.ac.uk/ топ жетекшілері/ a-to-g/ julian-gough/

Джулиан Джон Турстан Гоф (1974 ж.т.)[2] топ жетекшісі Молекулалық биология зертханасы (LMB) Медициналық зерттеулер кеңесі (MRC).[3][7][8] Ол бұрын болған[қашан? ] профессоры Биоинформатика кезінде Бристоль университеті.[9]

Білім

Гоу білім алған Персе мектебі[10] жылы Кембридж және Бристоль университеті ол қай жерде марапатталды бірлескен үздік диплом математика және Физика 1998 ж.[9][10] Ол PhD докторантурасын аяқтады Молекулалық биология зертханасы (LMB) жетекшілік етеді Кир Чотия қосулы геномды талдау және ақуыз құрылымы аспиранты ретінде Сидни Суссекс колледжі, Кембридж, 2001 жылы бітірді.[6]

Мансап және зерттеу

PhD докторантурасынан кейін Гоф аяқтады докторантурадан кейінгі зерттеу LMB-де және Стэнфорд университеті, бірге Майкл Левитт. Кейіннен ол ғалым болды RIKEN тағайындалғанға дейін Токиода факультет мүшесі кезінде Бристоль университеті, онда ол 2007 жылдан бері жұмыс істейді.[10] Ол сондай-ақ а қонаққа келген ғалым кезінде Пастер институты Парижде және ан Доцент кезінде Токио медициналық және стоматологиялық университеті.[9]

Гоудың қызығушылықтары биоинформатика, есептеу биологиясы, молекулалық биология, геномика[3] құруға алып келді Superfamily дерекқоры[11][12] туралы Марковтың жасырын модельдері (HMMs) белгілі құрылымдағы барлық ақуыздарды ұсынады. Оның зерттеулері жетекші басылымдарда жарияланған рецензияланған ғылыми журналдар оның ішінде Табиғат,[13][14] Ғылым,[15][16] Ұяшық,[17] Нуклеин қышқылдарын зерттеу,[18][19][20][21][22] PNAS,[23][24] The Биохимиялық журнал,[25] The Молекулалық биология журналы,[26][27][28] Геномды зерттеу,[29] Биоинформатика,[30] PLOS генетикасы,[31]Табиғат генетикасы[32] және Бактериология журналы.[33]

Гоудың зерттеулері қаржыландырылды Биотехнология және биологиялық ғылымдарды зерттеу кеңесі (BBSRC), Инженерлік және физикалық ғылымдарды зерттеу кеңесі (EPSRC), Табиғи ортаны зерттеу кеңесі (NERC),[34] The Еуропа Одағы (ЕО) Жетінші ғылыми-зерттеу шеңберлік бағдарламасы (FP7), Жапонияның ғылымды насихаттау қоғамы (JSPS) және Корольдік қоғам Лондон.[9]

Оның бұрынғы докторанттары мен постдоктарына Ральф Петика,[5][35][36] Оуэн Рэкхем,[5][37] Хашем Шихаб,[38][39][40][41] Мэтт Оатс,[42][43] және Димитриос Вавулис.[41][42]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ «Университет кітапханасының тезистер каталогы: Джулиан Джон Турстан Гоф». Кембридж университеті. Архивтелген түпнұсқа 16 наурыз 2015 ж.
  2. ^ а б c г. «Джулиан GOUGH». Лондон: Компаниялар үйі, Ұлыбритания үкіметі. Архивтелген түпнұсқа 2016 жылғы 18 шілдеде.
  3. ^ а б c Джулиан Гоф индекстелген басылымдар Google Scholar Мұны Wikidata-да өңде
  4. ^ «Генетрейнер (генетикалық бағыттағы фитнес) ірі технология сыйлығына үміткер». Бристоль университеті. 3 маусым 2013. мұрағатталған түпнұсқа 11 қараша 2014 ж.
  5. ^ а б c Джулиан Гоф кезінде Математика шежіресі жобасы
  6. ^ а б Гоу, Джулиан (2001). Марковтың жасырын модельдері және оларды ақуыз құрылымы аясында геномдық анализге қолдану (PDF) (PhD диссертация). Кембридж университеті. OCLC  879396947. EThOS  599547. Архивтелген түпнұсқа (PDF) 11 наурыз 2015 ж.
  7. ^ Джулиан Гоф кезінде DBLP Библиография сервері Мұны Wikidata-да өңде
  8. ^ Джулиан Гоудың жарияланымдары индекстелген Скопус библиографиялық мәліметтер базасы. (жазылу қажет)
  9. ^ а б c г. «Есептеуіш геномика тобы: профессор Джулиан Гоу». Бристоль университеті. Архивтелген түпнұсқа 11 наурыз 2015 ж.
  10. ^ а б c «Джулиан Гофтың профилі». LinkedIn. Архивтелген түпнұсқа 2015 жылғы 15 сәуірде.
  11. ^ Гоф, Дж.; Чотия, С. (2002). «SUPERFAMILY: белгілі құрылымдағы барлық ақуыздарды ұсынатын HMMs. SCOP реттік іздестіру, туралау және геномды тағайындау». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 30 (1): 268–272. дои:10.1093 / нар / 30.1.268. PMC  99153. PMID  11752312.
  12. ^ Де Лима Морайс, Д.А .; Азу, Х .; Рэкхем, О Дж. Л .; Уилсон, Д .; Пехика, Р .; Чотия, С.; Gough, J. (2010). «SUPERFAMILY 1.75, оның ішінде доменге бағытталған гендік онтология әдісі». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Деректер базасы мәселесі): D427 – D434. дои:10.1093 / nar / gkq1130. PMC  3013712. PMID  21062816.
  13. ^ FANTOM консорциумы және RIKEN PMI және CLST (DGT); Форрест, А.Р .; Каваджи, Н; Рехли, М; Билли, Дж. К .; Де Хун, Дж .; Хаберле, V; Лассман, Т; Кулаковский, И.В .; Лизио, М; Итох, М; Андерссон, Р; Мунгалл, Дж .; Meehan, TF .; Шмейер, С; Бертин, Н; Йоргенсен, М; Димонт, Е; Арнер, Е; Шмидл, С; Шефер, U; Медведева, Ю.А .; Плеси, С; Витезич, М; Северин, Дж; Semple, C; Ишизу, У; Жас, Р.С .; Франческатто, М; т.б. (2014). «Промотор деңгейіндегі сүтқоректілердің экспрессиялық атласы». Табиғат. 507 (7493): 462–70. дои:10.1038 / табиғат13182. PMC  4529748. PMID  24670764.
  14. ^ Оказаки, Ю .; Фуруно, М .; Касукава, Т .; Адачи, Дж .; Боно, Х .; Кондо, С .; Никайдо, Мен .; Осато, Н .; Сайто, Р .; Сузуки, Х .; Яманака, I .; Кийосава, Х .; Яги, К .; Томару, Ю .; Хасегава, Ю .; Ногами, А .; Шенбах, С .; Гобобори, Т.; Балдарелли, Р .; Хилл, Д. П .; Булт, С .; Хьюм, Д. А .; Квакенбуш, Дж.; Шримл, Л.М .; Канапин, А .; Мацуда, Х .; Баталов, С .; Бейсель, Қ .; Блейк, Дж. А .; т.б. (2002). «60770 толық ұзындықты кДНҚ-ның функционалды аннотациясына негізделген тінтуірдің транскриптомын талдау». Табиғат. 420 (6915): 563–573. дои:10.1038 / табиғат01266. PMID  12466851.
  15. ^ Чотия, С; Хью, Дж; Фогель, С; Тейхманн, С.А. (2003). «Ақуыз репертуарының эволюциясы». Ғылым. 300 (5626): 1701–3. дои:10.1126 / ғылым.1085371. PMID  12805536.
  16. ^ Карнинчи, П; Касукава, Т; Катаяма, С; Хью, Дж; Фрит, М .; Maeda, N; Ояма, Р; Раваси, Т; Ленхард, Б; Уэллс, С; Кодзиус, Р; Шимокава, К; Бажич, В.Б .; Бреннер, С.; Баталов, С; Форрест, А.Р .; Заволан, М; Дэвис, Дж .; Уилминг, Л.Г .; Айдинис, V; Аллен, Дж. Э .; Амбеси-Импиомбато, А; Апвейлер, Р; Атуралия, Р.Н .; Бейли, Т.Л .; Бансал, М; Бакстер, Л; Бейсель, Қ .; Берсано, Т; т.б. (2005). «Сүтқоректілер геномының транскрипциялық ландшафтысы». Ғылым. 309 (5740): 1559–63. дои:10.1126 / ғылым.1112014. PMID  16141072.
  17. ^ Раваси, Т; Сузуки, Н; Cannistraci, C. V .; Катаяма, С; Бажич, В.Б .; Тан, К; Акалин, А; Шмейер, С; Канамори-Катаяма, М; Бертин, Н; Карнинчи, П; Дауб, С .; Форрест, А.Р .; Хью, Дж; Гриммонд, С; Хан, Дж. Х .; Хашимото, Т; Жасыру, В; Хофманн, О; Камбуров, А; Каур, М; Каваджи, Н; Кубосаки, А; Лассман, Т; Ван Нимвеген, Е; Макферсон, К.Р .; Огава, С; Радованович, А; Шварц, А; Teasdale, R. D .; Тегнер, Дж; Ленхард, Б; Teichmann, SA; Аракава, Т; Ниномия, N; Мураками, К; Тагами, М; Фукуда, С; Имамура, К; Кай, С; Ишихара, Р; Китазуме, У; Кавай, Дж; Хьюм, DA; Идекер, Т; Хаяшизаки, Y (2010). «Тышқан мен адамдағы комбинаториялық транскрипциялық реттеу атласы». Ұяшық. 140 (5): 744–52. дои:10.1016 / j.cell.2010.01.044. PMC  2836267. PMID  20211142. ашық қол жетімділік
  18. ^ Льюис, Т .; Силлитое, мен; Андреева, А; Блунделл, Т.Л .; Бучан, Д .; Чотия, С; Коззетто, Д; Дана, Дж. М .; Филиппис, мен; Хью, Дж; Джонс, Д. Т .; Келли, Л.А .; Клейвегт, Дж. Дж.; Minneci, F; Mistry, Дж; Мурзин, А.Г .; Очоа-Монтаньо, Б; Оейтс, М. Е .; Пунта, М; Рэкхем, О. Дж .; Стахлэк, Дж; Штернберг, М. Дж.; Веланкар, С; Оренго, С (2015). «Genome3D: пайдаланушыларға олардың реттілігін түсінуге көмектесетін құрылымды пайдалану». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 43 (Деректер базасы мәселесі): D382-6. дои:10.1093 / nar / gku973. PMC  4384030. PMID  25348407.
  19. ^ Митчелл, А; Чанг, Х. Й .; Даугерти, Л; Фрейзер, М; Hunter, S; Лопес, Р; МакАнулла, С; Макменамин, С; Нука, Г; Пессит, S; Санградор-Вегас, А; Шереметев, М; Рато, С; Йонг, С .; Бэтмен, А; Пунта, М; Аттвуд, Т.; Сигрист, Дж .; Redaschi, N; Ривуар, С; Ксенариос, мен; Кан, Д; Гайото, Д; Борк, П; Летуник, мен; Хью, Дж; Оейтс, М; Haft, D; Хуанг, Н; Натале, Д.А. (2015). «InterPro ақуыз отбасыларының мәліметтер базасы: 15 жылдан кейінгі жіктеу ресурсы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 43 (Деректер базасы мәселесі): D213–21. дои:10.1093 / nar / gku1243. PMC  4383996. PMID  25428371. ашық қол жетімділік
  20. ^ Хантер, С .; Джонс, П .; Митчелл, А .; Апвейлер, Р .; Аттвуд, Т.К .; Бэтмен, А .; Бернард, Т .; Биннс, Д .; Борк, П .; Бердж, С .; Де Кастро, Э .; Коггилл, П .; Корбетт, М .; Дас, У .; Дагерти, Л .; Дукенн, Л .; Фин, Р.Д .; Фрейзер, М .; Хью Дж .; Хафт, Д .; Хуло, Н .; Кан, Д .; Келли, Э .; Летуник, I .; Лонсдэйл, Д .; Лопес, Р .; Мадера, М .; Маслен, Дж .; МакАнулла, С .; McDowall, J. (2011). «InterPro 2011 жылы: отбасылық және доменді болжау базасындағы жаңа оқиғалар». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 40 (Деректер базасы мәселесі): D306 – D312. дои:10.1093 / nar / gkr948. PMC  3245097. PMID  22096229.
  21. ^ Хантер, С .; Апвейлер, Р.; Эттвуд, Т.; Байроч, А.; Бэтмен, А.; Биннс, Д .; Борк, П.; Дас, У .; Дагерти, Л .; Дукенн, Л .; Фин, Р.Д .; Гоф, Дж.; Хафт, Д .; Хуло, Н .; Кан, Д .; Келли, Э .; Лаугра, А .; Летуник, I .; Лонсдэйл, Д .; Лопес, Р .; Мадера, М .; Маслен, Дж .; МакАнулла, С .; МакДауолл, Дж .; Мистер Дж .; Митчелл, А .; Мульдер, Н .; Натале, Д .; Оренго, С .; Куинн, Ф.Ф. (қаңтар 2009). «InterPro: интегративті ақуыз қолтаңбасының дерекқоры». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 37 (Деректер базасы мәселесі): D211 – D215. дои:10.1093 / nar / gkn785. ISSN  0305-1048. PMC  2686546. PMID  18940856. ашық қол жетімділік
  22. ^ Мулдер, Н. Дж .; Апвейлер, Р; Аттвуд, Т.; Байроч, А; Бэтмен, А; Бинс, Д; Брэдли, П; Борк, П; Бухер, П; Церутти, Л; Копли, Р; Курсель, Е; Das, U; Дурбин, Р; Флейшман, В; Хью, Дж; Haft, D; Харт, Н; Хуло, N; Кан, Д; Канапин, А; Крестянинова, М; Lonsdale, D; Лопес, Р; Летуник, мен; Мадера, М; Маслен, Дж; МакДауолл, Дж; Митчелл, А; т.б. (2005). «InterPro, 2005 ж. Барысы мен мәртебесі». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 33 (Деректер базасы мәселесі): D201–5. дои:10.1093 / nar / gki106. PMC  540060. PMID  15608177. ашық қол жетімділік
  23. ^ Виноградов, С.Н .; Hoogewijs, D; Bailly, X; Арредондо-Питер, Р; Гертин, М; Хью, Дж; Дэвилд, С; Moens, L; Vanfleteren, J. R. (2005). «Өмірдің үш патшалығының геномындағы екі құрылымдық класқа жататын үш глобиндік тегі». Ұлттық ғылым академиясының материалдары. 102 (32): 11385–9. дои:10.1073 / pnas.0502103102. PMC  1183549. PMID  16061809.
  24. ^ Джерарди, Е; Йоулс, М. Е .; Мигель, Р.Н .; Блунделл, Т.Л .; Иамеле, Л; Хью, Дж; Bandyopadhyay, A; Хартманн, Дж; Батлер, П.Ж. (2003). «MET-тің функционалдық картасы және домендік құрылымы, гепатоциттердің өсу факторы / шашырау факторы үшін c-met протоонкоген мен рецептор өнімі». Ұлттық ғылым академиясының материалдары. 100 (21): 12039–44. дои:10.1073 / pnas.2034936100. PMC  218709. PMID  14528000.
  25. ^ Чотия, С; Gough, J (2009). «Ақуыз эволюциясының геномдық және құрылымдық аспектілері». Биохимиялық журнал. 419 (1): 15–28. дои:10.1042 / BJ20090122. PMID  19272021.
  26. ^ Apic, G; Хью, Дж; Тейхманн, С.А. (2001). «Археальды, эубактериалды және эукариотты протеомдардағы домендік комбинациялар». Молекулалық биология журналы. 310 (2): 311–25. дои:10.1006 / jmbi.2001.4776. PMID  11428892.
  27. ^ Хью Дж .; Карплус, К .; Хьюхи, Р .; Чотия, С. (2001). «Белгілі құрылымдағы барлық ақуыздарды ұсынатын жасырын Марков модельдерінің кітапханасын пайдаланып геном тізбегіне гомологияны тағайындау1». Молекулалық биология журналы. 313 (4): 903–919. CiteSeerX  10.1.1.144.6577. дои:10.1006 / jmbi.2001.5080. PMID  11697912.
  28. ^ Тейхманн, С.А.; Рисон, С. С .; Торнтон, Дж. М.; Райли, М; Хью, Дж; Чотия, С (2001). «Эшерихия таяқшасындағы метаболизм жолдарының шағын молекулаларының эволюциясы және құрылымдық анатомиясы». Молекулалық биология журналы. 311 (4): 693–708. CiteSeerX  10.1.1.121.1628. дои:10.1006 / jmbi.2001.4912. PMID  11518524.
  29. ^ Касукава, Т; Фуруно, М; Никайдо, мен; Боно, Н; Хьюм, Д. А .; Булт, С; Хилл, Д. П .; Балдарелли, Р; Хью, Дж; Канапин, А; Матсуда, Н; Шримл, Л.М .; Хаяшизаки, Y; Оказаки, Ю; Квакенбуш, Дж (2003). «Автоматтандырылған аннотациялық құбырды және cDNA аннотация жүйесін әзірлеу және бағалау». Геномды зерттеу. 13 (6B): 1542-51. дои:10.1101 / гр.992803. PMC  403710. PMID  12819153. ашық қол жетімділік
  30. ^ Шихаб, Х. А .; Хью, Дж; Купер, Д.Н .; Күн, I. N .; Gaunt, T. R. (2013). «Қатерлі ісікпен байланысты аминқышқылдарының алмастыруларының функционалдық салдарын болжау». Биоинформатика. 29 (12): 1504–10. дои:10.1093 / биоинформатика / btt182. PMC  3673218. PMID  23620363.
  31. ^ Лю Дж .; Гоф, Дж.; Рост, Б. (2006). «Қолдау векторлық машиналар арқылы ақуызды кодтауды кодталмаған РНҚ-дан ажырату». PLoS генетикасы. 2 (4): e29. дои:10.1371 / journal.pgen.0020029. PMC  1449884. PMID  16683024.
  32. ^ Fantom, консорциум; Сузуки, Н; Форрест, А.Р .; Ван Нимвеген, Е; Дауб, С .; Balwierz, P. J .; Ирвин, К.М .; Лассман, Т; Раваси, Т; Хасегава, Ю; Де Хун, Дж .; Катаяма, С; Шродер, К; Карнинчи, П; Томару, Ю; Канамори-Катаяма, М; Кубосаки, А; Акалин, А; Андо, У; Арнер, Е; Асада, М; Асахара, Н; Бейли, Т; Бажич, В.Б .; Бауэр, Д; Бекхаус, А.Г .; Бертин, Н; Бьоркегрен, Дж; Бромбахер, Ф; т.б. (2009). «Адамның миелоидты лейкемия жасушаларының желісіндегі өсудің тоқтауы мен дифференциациясын басқаратын транскрипциялық желі». Табиғат генетикасы. 41 (5): 553–62. дои:10.1038 / нг.375. PMC  6711855. PMID  19377474.
  33. ^ Бабу, М .; Прия, М.Л .; Селван, А. Т .; Мадера, М; Хью, Дж; Аравинд, L; Санкаран, К (2006). «Болжалды липопротеидтерге функционалды тағайындаумен бактериялық липопротеидтер (DOLOP) туралы мәліметтер базасы». Бактериология журналы. 188 (8): 2761–73. дои:10.1128 / JB.188.8.2761-2773.2006. PMC  1446993. PMID  16585737.
  34. ^ «Ұлыбритания үкіметінің гранттары Джулиан Гоуға берілді». Ғылыми кеңестер Ұлыбритания. Архивтелген түпнұсқа 15 наурыз 2015 ж.
  35. ^ Pethica, Ральф Брайан (2011). Молекулалық эволюцияның реттілігі, құрылымы және биологиялық қызметі (PhD диссертация). Бристоль университеті. OCLC  784569999.
  36. ^ Петиха, Р.Б .; Левитт, М.; Гоф, Дж. (2012). «SCOP-тағы эволюциялық үйлесімді отбасылар: реттілігі, құрылымы және қызметі». BMC құрылымдық биология. 12: 27. дои:10.1186/1472-6807-12-27. PMC  3495643. PMID  23078280. ашық қол жетімділік
  37. ^ Рэкхем, Оуэн Джон Ллевеллин (2012). Жасушаның көп масштабты күрделілігін түсіну және басқару (PhD диссертация). Бристоль университеті. Архивтелген түпнұсқа 16 наурыз 2015 ж.
  38. ^ Али Шихаб, Хашем (2013). Генетикалық вариацияның функционалды әсерін болжау (PhD диссертация). Бристоль университеті. Архивтелген түпнұсқа 19 наурыз 2015 ж.
  39. ^ Шихаб, Х. А .; Хью, Дж; Mort, M; Купер, Д.Н .; Күн, I. N .; Gaunt, T. R. (2014). «Ауру туралы түсініктерге негізделген синонимдік емес бір нуклеотидті полиморфизмдердің рейтингі». Адам геномикасы. 8: 11. дои:10.1186/1479-7364-8-11. PMC  4083756. PMID  24980617.
  40. ^ Шихаб, Х. А .; Хью, Дж; Купер, Д.Н .; Күн, I. N .; Gaunt, T. R. (2013). «Қатерлі ісікпен байланысты аминқышқылдарының алмастыруларының функционалдық салдарын болжау». Биоинформатика. 29 (12): 1504–10. дои:10.1093 / биоинформатика / btt182. PMC  3673218. PMID  23620363.
  41. ^ а б «Бристольдегі есептеу геномикасы тобындағы адамдар». Бристоль университеті. Архивтелген түпнұсқа 19 наурыз 2015 ж.
  42. ^ а б Оейтс, М. Е .; Стахлэк, Дж; Вавулис, Д.В .; Smithers, B; Рэкхем, О. Дж .; Сардар, А. Дж .; Зауча, Дж; Турлби, Н; Азу, Н; Gough, J (2015). «2014 жылы SUPERFAMILY 1.75 мәліметтер базасы: деректердің екі еселенуі». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 43 (Деректер базасы мәселесі): D227–33. дои:10.1093 / nar / gku1041. PMC  4383889. PMID  25414345.
  43. ^ Оейтс, М. Е .; Ромеро, П; Ишида, Т; Галхаш, М; Мизианти, Дж .; Xue, B; Дозтаний, Z; Уверский, В.Н .; Обрадович, З; Курган, Л; Дюнкер, А. К .; Gough, J (2013). «D²P²: ақуыздар туралы болжамдардың мәліметтер базасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 41 (Деректер базасы мәселесі): D508–16. дои:10.1093 / nar / gks1226. PMC  3531159. PMID  23203878.