III топ пиридоксал-тәуелді декарбоксилазалар - Group III pyridoxal-dependent decarboxylases - Wikipedia
| Orn / Lys / Arg декарбоксилаза, N-терминал домені | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 лактобацилладан 30а - 3,1 ангстремге дейінгі плпке тәуелді орнитин декарбоксилазасының кристаллографиялық құрылымы | |||||||||
| Идентификаторлар | |||||||||
| Таңба | OKR_DC_1_N | ||||||||
| Pfam | PF03709 | ||||||||
| Pfam ру | CL0304 | ||||||||
| InterPro | IPR005308 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1орд / Ауқымы / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| Orn / Lys / Arg декарбоксилаза, негізгі домен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
лактобацилладан 30а - 3,1 ангстремге дейінгі плпке тәуелді орнитин декарбоксилазасының кристаллографиялық құрылымы | |||||||||
| Идентификаторлар | |||||||||
| Таңба | OKR_DC_1 | ||||||||
| Pfam | PF01276 | ||||||||
| Pfam ру | CL0061 | ||||||||
| InterPro | IPR000310 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1орд / Ауқымы / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| Orn / Lys / Arg декарбоксилаза, C-терминал домені | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
лактобацилладан 30а - 3,1 ангстремге дейінгі плпке тәуелді орнитин декарбоксилазасының кристаллографиялық құрылымы | |||||||||
| Идентификаторлар | |||||||||
| Таңба | OKR_DC_1_C | ||||||||
| Pfam | PF03711 | ||||||||
| InterPro | IPR008286 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1орд / Ауқымы / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
Молекулалық биологияда, III топ пиридоксал-тәуелді декарбоксилазалар болып табылады отбасы туралы бактериалды ферменттер қамтиды орнитин декарбоксилазы EC 4.1.1.17, лизин декарбоксилазы EC 4.1.1.18 және аргинин декарбоксилазы EC 4.1.1.19.[1]
Пиридоксал-5'-фосфат -тәуелді амин қышқылы декарбоксилазалар төртке бөлуге болады топтар негізделген аминқышқылдарының бірізділігі. III топқа кіреді прокариоттық орнитин және лизин декарбоксилаза және прокариоттық биоыдырау түрі аргинин декарбоксилаза.[1]
Құрылым
Бұл ферменттер бірнеше құрамнан тұрады сақталған домендер. The N-терминал доменде флаводоксин - бүктеме тәрізді және жалпы қанаттағы позициясына байланысты «қанат» домені деп аталады құрылым. Орнитин декарбоксилазы бастап Лактобакиллус 30a (L30a OrnDC) - лизинге әсер ететін ірі пиридоксаль-5'-фосфатқа тәуелді декарбоксилазалардың өкілі, аргинин немесе орнитин. The кристалдық құрылым L30a OrnDC 3.0-ге дейін шешілді A рұқсат. Алты димерлер С6 байланысты симметрия құрастыру ферментативті белсенді декодер (шамамен 106 Да ). Әрқайсысы мономер L30a OrnDC-ті бес ретпен сипаттауға болады бүктеу домендер. Аминоминалды домен, қалдықтар 1-ден 107-ге дейін, бес бұрымдыдан тұрады бета-парақ «қанат» домені деп атады. Екі қанат домендер әрқайсысы күңгірт ішкі камера орталығына қарай бағыттаңыз және декамераның тұрақтануына үлес қосыңыз.[2]Негізгі доменде консервіленген болады лизин қалдықтары, ол бекіну орны болып табылады пиридоксаль-фосфат топ.[2]
Сондай-ақ қараңыз
- І топ пиридоксалга тәуелді декарбоксилазалар
- II топ пиридоксал-тәуелді декарбоксилазалар
- IV топ пиридоксальға тәуелді декарбоксилазалар
Әдебиеттер тізімі
- ^ а б Sandmeier E, Hale TI, Christen P (мамыр 1994). «Пиридоксал-5'-фосфатқа тәуелді аминқышқыл декарбоксилазаларының бірнеше эволюциялық шығу тегі». Еуро. Дж. Биохим. 221 (3): 997–1002. дои:10.1111 / j.1432-1033.1994.tb18816.x. PMID 8181483.
- ^ а б Momany C, Ernst S, Ghosh R, Chang NL, Hackert ML (қазан 1995). «Lactobacillus 30a-дан 3.0 A ажыратымдылыққа дейінгі PLP-ге тәуелді орнитин декарбоксилазасының кристаллографиялық құрылымы». Дж.Мол. Биол. 252 (5): 643–55. дои:10.1006 / jmbi.1995.0526. PMID 7563080.