Отбасылық QTL картасы - Family-based QTL mapping - Wikipedia

Сандық белгілер картаға түсіру немесе QTL картаға түсіру мүмкін болатын геномдық аймақтарды анықтау процесі гендер маңызды экономикалық, денсаулық немесе экологиялық сипаттамаларға жауапты. QTL картаға түсіру - бұл өсімдік селекционерлері мен генетиктері ықтимал себеп-салдарлық гендерді қызығушылықтың фенотиптерімен байланыстыру үшін үнемі қолданатын маңызды қызмет. Отбасылық QTL картасы бұл бірнеше отбасылар қолданылатын QTL картографиясының нұсқасы.

Адамдардағы тұқым және бидай

Асыл тұқымды ақпарат ата-баба туралы ақпаратты қамтиды. Асыл тұқымды жазбаларды жүргізу - ғасырлар бойы қалыптасқан дәстүр. Тұқымдарды гендік маркер деректері арқылы да тексеруге болады.

Pedimap-мен сызылған күрделі бес ұрпақ зауытының асыл тұқымы

Өсімдіктерде

Әдіс контексте талқыланды өсімдіктерді өсіру популяциялар.[1] Асыл тұқымдарды есепке алуды өсімдік селекционерлері жүргізеді және асыл тұқымды селекция бірнеше өсімдік түрлерінде кең таралған. Өсімдік тұқымдары адамдардан ерекшеленеді, әсіресе өсімдік гермафродитті болғандықтан - еркек немесе әйел болуы мүмкін, ал жұптасу инбридинг ілмектерімен кездейсоқ тіркесімдерде жасалуы мүмкін. Өсімдік тұқымында «мен» болуы мүмкін, яғни өсімдіктің өздігінен тозаңдануы нәтижесінде пайда болатын ұрпақ.

Асыл тұқымды денотат

           Қарапайым кросс символы мысал / бірінші ретті крест SON 64 / KLRE //, екінші ретті кросс IR 64 / KLRE // CIAN0 / 3 /, үшінші ретті крест TOBS / 3 / SON 64 / KLRE // CIAN0 / 4 /, төртінші реттік крест TOBS / 3 / SON 64 / KLRE // CIAN0 / 4 / SEE / n /, n-ші реттік крест BACK CROSS SYMBOL * nn артқы көлденең ата-ананың сол жақ қарапайым крест белгісін қолданған саны, артқы крест-ата-аналық, оң жағы - еркек, Мысал: SEE / 3 * ANE, TOBS * 6 / CIAN0
Sonalika-дің үлгі тегі (SONALIKA = = I53.388 / AN // YT54 / N10B / 3 / Lerma Rojo / 4 / B4946.A.4.18.2.IY / Y53 // 3 * Y50 Pedimap көмегімен сызылған

Отбасылық QTL картасын құру идеясы маркер аллельдерінің тұқым қуалауынан және оның қызығушылық белгілерімен байланысынан туындайды.[1] отбасылық бірлестікті өсімдіктерді өсіретін отбасыларда қалай қолдануға болатындығын көрсетті.

Кәдімгі әдістерді шектеу

Картаға түсірудің дәстүрлі популяцияларына екі ата-ананың немесе үш ата-ананың қиылысуынан тұратын жалғыз отбасы жатады. Дәстүрлі картографиялық әдістермен байланысты бірнеше маңызды шектеулер бар. Олардың кейбіреулері шектеулі полиморфизм жылдамдығын қамтиды және көптеген генетикалық фондарда маркердің тиімділігі белгісі жоқ. Көбінесе QTL картасын құру және картаға түсіру кезінде селекционерлер дәстүрлі өсіру және сұрыптау әдістерін қолдана отырып жаңа QTL-ге кірді. Бұл MAS ең пайдалы болуы мүмкін уақытта (яғни жаңа QTL анықталғаннан кейін) асыл тұқымды бағдарламалардағы MAS (маркер көмегімен іріктеу) пайдалылығын төмендетуі мүмкін.[2] Отбасылық QTL картографиясы бұл шектеулерді қолданыстағы өсімдіктерді өсіру отбасыларын қолдану арқылы жояды.

Шағын отбасылық тұқымдағы бір хромосома картасының сегрегациясынан алынған маркердің мысалы, $ нөлдік аллельді білдіреді

Популяцияны жалпы зерттеу

Жалпы алғанда, 3 оқу дизайны бар: кеңейтілген немесе ядролық отбасылардан шыққан туыстарының үлкен жиынтықтары іріктелетін оқу жобалары, туыстарының жұптары алынған оқу үлгілері (мысалы, бауырластар жұбы) немесе бір-бірімен байланыссыз адамдар сыналатын оқу үлгілері. .

Байланысты емес адамдар

Белгісіз тұқымға ие адамдардың (бір-бірімен байланысы жоқ деп саналатын) табиғи жиынтығы популяция картасын құрайды. Халық ассоциация картасын құру техника популяциялардың осы түріне негізделген. Өсімдік тұрғысынан мұндай популяцияны табу қиын, өйткені олардың көпшілігі бір-біріне туыс. Мұндай әдістің тағы бір кемшілігі мынада, егер біз осындай популяцияны таба алсақ та, мұндай жағдайда қызығушылық аллелі үшін (әдетте мутант) жоғары аллель жиілігін табу қиын. Аллель жиілігінде тепе-теңдік құру мақсатында, әдетте жағдайды бақылауға арналған зерттеулер.

Істің бақылау дизайны

Орындықтар

Мұндай дизайнға бірнеше тәуелсіз отбасылардан шыққан жұп сибалар кіреді. Әрбір жұптағы мүшелер кездейсоқ таңдалмайды - көбінесе екі бауыр да QT таралудың бір құйрығынан (жоғарғы немесе төменгі) таңдалады (үйлесімді бауырлар) немесе бір бауырлас жоғарғы құйрықтан, ал басқа бауырлас таңдалады төменгі құйрық (келіспеушілік туыстар). Іріктеудің тағы бір дизайны біреуі үлестірілімнің жоғарғы немесе төменгі құйрығынан таңдалған, ал екіншісі қалған бауырлар арасынан кездейсоқ таңдалған жұпты қамтуы мүмкін.

Sib жұп мысалы

Трио

Триоға ата-аналар мен бір ұрпақ (ең көп әсер ететін) жатады. Трио көбінесе ассоциациялық зерттеулерде қолданылады. Әрбір трио бір-бірімен байланысты емес деген ассоциация картасын құру тұжырымдамасы, дегенмен трио өзара байланысты.

Тиос

Ядролық отбасы

Ядролық отбасы қарапайым екі ұрпақтан тұрады.

Ядролық отбасы

Ұзартылған тұқым

Ұзартылған асыл тұқымға бірнеше буынды асыл тұқымдылар жатады. Бұл асыл тұқымды ақпарат бар терең немесе кең болуы мүмкін. Ұзартылған тұқым тартымды байланыстырылған талдау.

Кеңейтілген асыл тұқымды мысал

Байланыс пен қауымдастық талдау

Байланыс пен ассоциациялық талдау гендерді ашудың, оқшаулаудың және функционалды талдаудың негізгі құралдары болып табылады.[3][4] Бұл тәсілдердің тұжырымдамалық негіздері бұрыннан белгілі болғанымен, соңғы онжылдықтардағы жетістіктер молекулалық генетика, тиімді алгоритмдерді және есептеу қуатын дамыту осы әдістерді кең көлемде қолдануға мүмкіндік берді. Байланыс зерттеулері локустарды отбасылардағы белгілермен анықтауға тырысса, ассоциациялық зерттеулер популяция деңгейінде фенотиппен байланысты белгілі бір нұсқаларды анықтауға тырысады. Бұл геномды зерттеп, этиологиясын сипаттайтын құралдарды ұсынатын қосымша әдістер күрделі қасиеттер. Байланысты зерттеу кезінде біз полиморфты белгілермен белгіленетін белгілі бір геномдық аймақты біріктіретін локустарды отбасылар ішінде анықтауға тырысамыз. Керісінше, ассоциациялық зерттеулерде біз варианттың себеп-салдарлық рөлін көрсететін белгілі бір генетикалық вариация мен белгілердің өзгеруі арасындағы корреляцияны іздейміз.

Отбасылық байланыстарды талдау

Генетикалық байланыс - бұл аллельдер арқылы отбасылардағы әр түрлі локальды косегрегатта болатын құбылыс. Косегрегацияның беріктігі рекомбинациялық фракция θ, тақ рекомбинацияның ықтималдылығымен өлшенеді. Неғұрлым күрделі тұқым қуаттылықты қамтамасыз етеді. Тегі бойынша сәйкестілік (IBD) матрицалық бағалау дисперсиялық компоненттер модельдерін қолдана отырып, сандық белгілер коэффициентін (QTL) бейнелеудегі орталық компонент болып табылады. Аллельдерде бар тип бойынша сәйкестілік (IBT) олар бірдей фенотиптік әсерге ие болған кезде. Түрлері бойынша бірдей аллельдер екі топқа бөлінеді; олардың шығу тегі бойынша бірдей (IBD), өйткені олар алдыңғы буында бір аллельден пайда болды; және шығу тегі бойынша бірдей емес (NIBD) немесе күйі бойынша бірдей (IBS), өйткені олар бөлек мутациялардан пайда болды. Ата-аналар жұптары IBD гендерінің 50%, ал монозиготалы егіздер 100% IBD бөліседі. Байланысты талдауда маңызы бар нәрсе - бұл аллельдердің іргелес локустардағы мұрагері (немесе когеренциясы); сондықтан; аллельдердің шығу тегі бойынша бірдей екендігін (яғни ата-аналық аллельдердің көшірмелері) немесе күйі бойынша бірдей екендігін (яғни бірдей болып көрінетін, бірақ аллельдердің екі түрлі көшірмелерінен алынған) анықтау өте маңызды. Демек, отбасылық байланыстарды талдаудың үш категориясы бар - қатты модельденген (дәстүрлі лодтық балл моделі), әлсіз модельге негізделген (дисперсиялық компоненттер әдістері) немесе еркін модель. Дисперсиялық компоненттер әдістері будандар ретінде қарастырылуы мүмкін.

IBD тұжырымдамасы

Отбасылық бірлестіктерді талдау

Байланыстың тепе-теңдігі (LD) және ассоциация картографиясы зауытта үлкен назар аударуда генетика қауымдастықтың сандық белгілер картасын анықтау (QTL), кандидаттардың гендерін растау және қызығушылық аллельдерін анықтау үшін қолданыстағы генетикалық ресурстар топтамаларын пайдалану мүмкіндігі (Ю және Баклер, 2006). Қауымдастық картасын жүргізу немесе нәтижелерді түсіндіру үшін ерекше маңызды үш элементке мыналар кіреді:

  1. кіші топтарға халықтың құрылымын талдау,
  2. оны кіші топтар арасындағы дифференциалды сұрыптаудың нақты жағдайындағы жалған ассоциациялар мен салдарды бақылау үшін пайдалану және
  3. LD жергілікті құрылымын талдау гаплотиптер және оның LD картографиясын қолдану мен шешуге салдары (Флинт-Гарсия және басқалар 2003).

Популяциялық қауымдастықтан айырмашылығы, отбасылық негіздегі ассоциация тестілері танымал бола бастады.

Отбасылық тран-тепе-теңдіксіз тест (TDT) соңғы жылдары кең танымал болды,[дәйексөз қажет ] бұл әдіс аллельдерге назар аударады, олар оффспрингке әсер етеді, бірақ бұл байланыстыруды және ассоциацияның негізінде жатқан тепе-теңдікті ескеру үшін тұжырымдалған. Тест үш адамның, яғни зардап шеккен баланың және биологиялық ата-аналардың генотипі туралы ақпаратты қажет етеді; және тестінің ақпараттылығы үшін кем дегенде бір ата-ана гетерозиготалы болуы керек. Ұсынылған сынақ статистикасы шын мәнінде МакНемардың хи-квадраттық статистикасы және аллельмен байланысты аллергиялық ауру 50% уақытында гетерогиготалы ата-анадан беріледі, деген оң аллельге тәуелді аллель белгілері жиі беріледі деген альтернативті гипотезаға қарсы беріледі деген нөлдік гипотезаны тексереді. TDT-ге популяцияның стратификациясы мен қоспасы әсер етпейді. Ассоциацияның отбасылық сынағы тұжырымдамасы сандық белгілерге дейін кеңейтілген.

Трио кезінде таралу тепе-теңдігін тексерудің негізгі принципі

Сандық трансмиссиялық тепе-теңдік сынағы (QTDT)

TDT сандық белгілері және ядролық немесе кеңейтілген асыл тұқымды отбасылар аясында кеңейтілді. Жалпыланған тест кез-келген отбасылық типті тестілеуге қолдануға мүмкіндік береді. QTDT сонымен қатар гаплотипке негізделген қауымдастық картасын құруға кеңейтілген. Гаплотиптер бір хромосомада бір-бірімен тығыз орналасқан және бірге тұқым қуалауға бейім маркер аллельдерінің тіркесімдерін атаңыз. SNP өндірушілерінің тығыздығы жоғары болған кезде гаплотиптер қауымдастық зерттеулерінде маңызды рөл атқарады. Біріншіден, гаплотиптер геном бойынша LD үлгісін түсіну үшін өте маңызды, бұл ассоциацияларды зерттеу үшін өте маңызды. Іс жүзінде LD үлгісін түсінудің гаплотиптердің өзін білуден гөрі жақсы әдісі жоқ. Гаплотиптер бізге аллельдердің хромосома бойында қалай ұйымдастырылатынын және бағалау кезінде мұрагерліктің көрінісін көрсетеді. Екіншіден, гаплотиптерге негізделген әдістер бірыңғай маркерлерге негізделген күрделі белгілердің гендерін картаға түсірудің ассоциациялық зерттеулеріндегіден гөрі күшті болуы мүмкін.

Отбасылық тектік суреттер салу

COPE (COllaborative асыл тұқымды сурет салу ортасы), CYRILLIC, FTM (Family Tree Maker), FTREE, KINDRED, PED (PEdigree Drawing бағдарламалық жасақтамасы), PEDHUNTER, PEDIGRAPH, PEDIGREE / DRAW, PEDIGREE сияқты бірнеше тұқымдық суреттердің бағдарламалық жасақтамасы бар. -VISUALIZER, PEDPLOT, PEDRAW / WPEDRAW (асыл тұқымды сурет / терезедегі асыл тұқымды сурет (PEDRAW-тің MS-Window және X-Window нұсқасы)), PROGENY (Progeny Software, LLC) т.с.с. Алайда өсімдіктердегі асыл тұқымды сурет кейбір қосымша мүмкіндіктерді қажет етеді қолдауға ие инбридинг, селфинг, мутация, полиплоидия және т.б. Pedimap. Педимапаны тұқымдық бейнелеу үшін, сонымен қатар диплоидтар мен тетраплоидтардағы өсімдік тұқымдарының әр түріндегі фенотиптік, генотиптік және ibd ықтималдықтары туралы мәліметтермен бірге пайдалануға болады.

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Розияра, У. Р .; Гонсалес-Эрнандес, Дж. Л .; Гловер, К.Д .; Гедие, К.Р .; Stein, J. M. (2009). «Сурет ретінде бидайдағы фузариум бас ауруына төзімді өсімдіктер популяциясындағы сандық белгілердің локустарын отбасылық картографиялау». Теориялық және қолданбалы генетика. 118 (8): 1617–1631. дои:10.1007 / s00122-009-1010-9. PMID  19322557.
  2. ^ Beavis W.D. (1998) «QTL талдауы: қуат, дәлдік және дәлдік». Патерсон AH (ред) Күрделі белгілерді молекулалық талдау. CRC Press, Boca Raton, 145-161 бб
  3. ^ Ландер, Е.С .; Жасыл, П. (1987). «Адамдарда көпфокустық генетикалық байланыс карталарын құру». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 84 (8): 2363–2367. дои:10.1073 / pnas.84.8.2363. PMC  304651. PMID  3470801.
  4. ^ Glazier AM, Nadeau JH, Aitman TJ (2002) «Күрделі белгілердің негізінде жатқан гендерді табу». Ғылым 298:2345–2349
  • Ю Дж, Баклер Э.С. (2006) «Жүгерінің генетикалық ассоциациясы мен геномдық ұйымы». Curr Opin Biotechnol 17:155–160
  • Флинт-Гарсия С, Торнберри Дж.М., Баклер ESIV (2003) «Өсімдіктердегі байланыс тепе-теңдігінің құрылымы». Annu Rev Plant Biol 54:357–374