FGFR1OP2 - FGFR1OP2
Фибробласттың рецепторлы онкогенді серіктес 2 (FGFR1OP2) миелопролиферативті синдромға (ЭМС) жүргізілген зерттеуде анықталды. Зерттеу серіктес гендерді анықтауға бағытталған өсу факторы рецепторы 1 (FGFR1) синдромға қатысады. Пайдалану 5'-RACE PCR әдістемесі, FGFR1OP2 функциясы жоқ жаңа ген ретінде анықталды.[1]
Функция
FGFR1OP2, өсу факторы рецепторы 1 (FGFR1), миелопролиферативті синдромды тудыратыны көрсетілген.[1] FGFR1 генімен кодталған ақуыз фибробласт өсу факторының рецепторы отбасы.[2] Әдетте FGFR құрамында жасушадан тыс лиганд байланыстырушы домен, бір трансмембраналық домен және жасушаішілік тирозинкиназа домені бар. Жасушадан тыс домен рецептордың қай лигандпен байланысатындығын анықтайды және лиганд индуцирленген рецепторлардың димеризациясын жүргізеді.[3] FGFR1OP2 FGFR1-мен біріктірілген кезде, ол конститутивті киназа белсенділігін көрсете алады.[4] Сонымен қатар, FGFR1OP2 жараларды емдеу жолының кейбір сатыларына қатысуы мүмкін.[5]
Эволюциялық биология
Келесі кестелер салыстырады Homo sapiens Ортологтарға FGFR1OP2 гені мен ақуызы. Келесі кестелердің екеуінде де-ден алшақтық Homo sapiens Ортологқа FGFR1OP2 гені немесе ақуыз TimeTree көмегімен табылды.[6] Ортологиялық мРНҚ мен ақуыздар тізбегі NCBI's BLAST көмегімен табылды [7] және UCSC-тің BLAT құралы.[8] Қосылу сандары, сондай-ақ реттік ұзындығы мен реттік ұқсастығы BLAST көмегімен құрастырылды.[7]
| Тұқымдас түрлер | Жалпы аты | Дивергенция (MYA) | Қосылу нөмірі | Тізбектің ұзындығы (негізгі жұптар) | Тізбектік ұқсастық |
| Homo sapiens | Адам | 0 | NP_056448.1 | 3030 | 100% |
| Номаск лейкогенезі | Гиббон | 20.4 | XM_003265627.1 | 3020 | 96% |
| Бос таурус | Сиыр | 94.2 | BC148973.1 | 2616 | 94% |
| Canis lupus таныс | Ит | 94.2 | NM_001197313.1 | 694 | 94% |
| Loxodonta africana | Піл | 98.7 | XM_003405700.1 | 762 | 93% |
| Sciurus vulgaris | Тиін | 92.3 | NA | 1859 | 92% |
| Бұлшықет бұлшықеті | Тышқан | 92.3 | NM_026218.2 | 2828 | 89% |
| Rattus norvegicus | Егеуқұйрық | 92.3 | NM_201421.1 | 2860 | 88% |
| Monodelphis domestica | Opossum | 162.6 | XM_001362357.1 | 765 | 88% |
| Taeniopygia guttata | Зебр финч | 296 | XM_002194575.2 | 1071 | 85% |
| Gallus gallus | Тауық | 296 | NM_001007855.1 | 3142 | 83% |
| Meleagris gallopavo | түйетауық | 296 | XM_003202514.1 | 1275 | 82% |
| Анолис каролиненсисі | Аноле | 296 | XM_003221530.1 | 1964 | 82% |
| Трихехус | Манати | 98.7 | NA | 2752 | 81% |
| Oreochromis niloticus | Тилапия | 400.1 | XM_003455706.1 | 937 | 79% |
| Xenopus laevis | Бақа | 371.2 | NM_001085932.1 | 1279 | 79% |
| Данио рерио | Зебрбиш | 400.1 | NM_199955 | 1501 | 78% |
MRNA ортологтарының бірізділігі Homo sapiens FGFR1OP2 гені уақыт өте келе қалай өзгергендігін көрсету үшін уақыт функциясы ретінде графикке түсірілді. График оң жақта бейнеленген.
Төмендегі кестеде ақуыз ортологтары көрсетілген Homo sapiens FGFR1OP2 ақуызы. FGFR1OP2 төмендегі кестеде көрсетілгендей жануарлар әлемінің барлық қабаттарында сақталады.
| Тұқымдас түрлер | Жалпы аты | Дивергенция (MYA) | Қосылу нөмірі | Рет ұзындығы (аминқышқылдары) | Тізбектік ұқсастық |
| Homo sapiens | Адам | 0 | NP_056448.1 | 253 | 100% |
| Saimiri boliviensis boliviensis | Тиін маймылы | 42.6 | XP_003926645.1 | 253 | 99% |
| Loxodonta africana | Піл | 98.7 | XP_003405748.1 | 253 | 99% |
| Бұлшықет бұлшықеті | Тышқан | 92.3 | NP_080494.1 | 253 | 99% |
| Monodelphis domestica | Opossum | 162.6 | XP_001362394.1 | 254 | 96% |
| Meleagris gallopavo | түйетауық | 296 | XP_003202562.1 | 215 | 83% |
| Анолис каролиненсисі | Аноле | 296 | XP_003221578.1 | 214 | 82% |
| Oreochromis niloticus | Тилапия | 400.1 | XP_003455754.1 | 224 | 78% |
| Xenopus laevis | Бақа | 371.2 | NP_001079401.1 | 215 | 77% |
| Данио рерио | Зебрбиш | 400.1 | NP_956249.1 | 215 | 77% |
| Strongylocentrotus purpuratus | Теңіз кірпісі | 742.9 | XP_786805.2 | 250 | 66% |
| Crassostrea gigas | устрица | 782.7 | EKC25301.1 | 233 | 64% |
| Capitella teleta | Аннелид | 782.7 | ELU02494.1 | 287 | 63% |
| Nematostella vectensis | Теңіз анемоны | 855.3 | XP_001639733.1 | 174 | 62% |
| Ciona intestinalis | Теңіз шприці | 722.5 | XP_002130340.1 | 236 | 61% |
| Tribolium castaneum | Қоңыз | 782.7 | XP_974301.1 | 201 | 57% |
| Лоа | Нематода | 937.5 | EFO20048.2 | 266 | 51% |
| Schistosoma mansoni | Қанның бұзылуы | 792.4 | CCD58880.1 | 342 | 51% |
| Amphimedon queenslandica | Губка | 716.5 | XP_003387498.1 | 221 | 48% |
Джин
FGFR1OP2 генінің үш транскрипциялық нұсқасы бар, олардың біріншісі ең ұзын.[9] FGFR1OP2 HSPC123 тәрізді ақуыз (HSPC123L) және индукцияланған транскрипт 3.0 (wit3.0) ретінде де белгілі.[9]
Локус
Homo sapiens FGFR1OP2 гені 12 хромосомада орналасқан, оның нақты локусы 12p11.23.[9] The Homo sapiens asunder сперматогенез реттегіші (ASUN) гені (NCBI Reference Sequence NM_018164.2) тікелей FGFR1OP2 ағысында орналасқан.[11] ASUN гені - дамудың және митоздық жасуша циклінің реттеушісі.[12] The Homo sapiens трансмембраналық 7 суперотбасы 3 (TM7SF3 ) ген FGFR1OP2-ден сәл төмен орналасқан.[13]
Промоутер
| Транскрипция коэффициенті (Т.Ф.) | Толық аты | Функция | Матрицалық ұқсастық | Strand T.F. байланыстырады | Бірізділік Т.Ф. байланыстырады |
| AP1 | Белсендіргіш 1 | Дифференциация, пролиферация, апоптоз | 0.874 | + | gggaGAGTcagcg |
| Smad3 | Аналар декапентаплегиялық гомологқа қарсы 3 | TGF-бета сигнал беру коэффициенті | 0.983 | + | agtGTCTggtg |
| DRE | Диоксин реакциясы элементі | AHR / AHRNT гетеродимерімен байланысқан | 0.971 | + | gcgcgcgtgcGCGTgcacacacaca |
| БАР | HIF-1 қосалқы реттілігі | Қан тамырларының эндотелий өсуін индукциялау | 0.923 | + | acaCACGcact |
| RBP2 | Ретинобластоманы байланыстыратын ақуыз 2 | Деметилаза | 1.000 | + | GCACagcgc |
| PLAG1 | Плеоморфты аденома гені 1 | Жасушалардың көбеюі | 1.000 | - | gaGGGGgaagggaggcttggccg |
| KLF7 | Круппелге ұқсас фактор 7 | Жасушалардың көбеюін, дифференциациясын және тіршілік етуін реттеңіз | 0.972 | + | ggaagagGGCGgggcca |
| NFAT | Белсендірілген Т-жасушаларының ядролық факторы | Иммундық жауап | 0.994 | + | aaggaGGAAaaaaaaagcc |
| NFAT | Белсендірілген Т-жасушалардың ядролық факторы | Иммундық жауап | 0.955 | - | cgggtGGAAaatctcgagg |
| Икарос2 | Икарос мырыш саусағы | Лимфоциттердің потенциалды реттеушісі | 0.986 | + | cattGGGAagcag |
| Икарос2 | Икарос мырыш саусағы | Лимфоциттердің потенциалды реттеушісі | 0.980 | - | gactGGGAaaatt |
| PLAG1 | Плеоморфты аденома гені 1 | Жасушалардың көбеюі | 1.000 | - | taGGGGgccgtggttggtacttc |
| WT | Вилмс ісігін басатын құрал | EGR / жүйке өсу факторы | 0.948 | - | gaccgggTGGGtgggtc |
| AREB6 | Atp1a1 реттеуші элементтің байланыстырушы факторы 6 | ИЛ-2 теріс реттегіші | 0.982 | + | ggccgGTTTcccc |
| NMP4 | Ядролық матрицалық ақуыз 4 | Саусақпен әрекеттесетін мырыш протеині | 0.994 | + | ggAAAAactcg |
| SPI1 | SPI-1 прото-онкоген | Қан түзетін транскрипция коэффициенті | 0.918 | + | ggaagggaGGAAtagg |
| KLF7 | Круппелге ұқсас фактор 7 | Жасушалардың көбеюін, дифференциациясын және тіршілік етуін реттеңіз | 0.962 | - | aaggcagGGCGgggccc |
| NFAT | Белсендірілген Т-жасушаларының ядролық факторы | Иммундық жауап | 0.989 | + | cgcgaGGAAagaaatctcg |
| TBX20 | Брахюр гені | Мезодерманың даму факторы | 1.000 | + | ggtcggcggAGGTgtctaccccg |
| STAT3 | Сигнал түрлендіргіші және транскрипцияның активаторы 3 | Транскрипцияны іске қосыңыз | 0.940 | + | tggcTTCCcggccttccgt |
Ақуыз
FGFR1OP2 ақуызының үш изоформасы бар. Transcript 1 нұсқасы 253 амин қышқылынан тұрады және салмағы 29,4 килодалтон.[9] FGFR1OP2 изоэлектрлік нүктесі 5,61 құрайды.[14] FGFR1OP2 ақуызында сигнал тізбегі болмайды, сондықтан да бөлінбейді.[15]
Домендер
FGFR1OP2 белгісіз функциясы бар, DUF837 тағайындалған доменге ие.[9]
Ақуыздың құрылымы
PELE Biology WorkBench бағдарламасын қолдану арқылы FGFR1OP2 ақуыздар тізбегі талданды, ал FGFR1OP2 альфа-спиральдардан толық құралған сияқты.[14] Үшін құрылымдық модельдер жоқ Homo sapiens FGFR1OP2 ақуызын табуға болады, бірақ Бұлшықет бұлшықеті FGFR1OP2 ақуызының құрылымын төменде көруге болады.
Өрнек
FGFR1OP2 өрнегі NCBI-де Gene Expression Omnibus арқылы талданды.[16] Төменде Genm Expression Onmibus мәліметтер қорынан алынған мәліметтер келтірілген:
- FGFR1OP2 экспрессия деңгейі сәл жоғарылаған өкпе саркоидозы, FGFR1OP2 жараны емдеу жолының бір бөлігінде жұмыс істейді.
- FGFR1OP2 VAF347 лигандының әсерінен туындаған иммундық жауаптың жоғарылауын бақылауға қарағанда қатты реттеледі. FGFR1OP2 монофиттерден туындайтын дендриттік жасушаның VAF347 лигандына реакциясында реттеледі. VAF347 қосқышын іске қосады арил көмірсутегі рецепторы және моноциттерге және аңғал CD4 + Th жасушаларына әсер етіп, IL-22 бөлетін Th жасушаларының дамуына ықпал етеді.[17]
- Лангерганс жасушалары FGFR1OP2 экспрессиясының нөлмен төмендеуін көрсету арил көмірсутегі рецепторы (лиганд - VAF347) Бұлшықет бұлшықеті.
- Ген сонымен қатар бақылау үлгілерімен салыстырғанда жоғары дәрежеде көрсетілген моноцитопения.
- Ол жағдайларда көрсетіледі лейкемия; оның аурумен байланысы болуы мүмкін.
- FGFR1OP2 септикада төмен экспрессия деңгейлерін көрсетеді спленоциттер жылы Бұлшықет бұлшықеті.
- FGFR1OP2 ұрықта көрінеді ретикулоциттер бірақ ересек ретикулоциттер емес, бұл оның дамуында рөл атқаруы мүмкін деп болжайды қызыл қан жасушалары.
| FGFR1OP2 GEO профильдері[16] | |||
|---|---|---|---|
| Шарт немесе ұяшық | GEO профилі | Шарт немесе ұяшық | GEO профилі |
| Өкпенің саркоидозы |  Өкпенің саркоидозында FGFR1OP2 экспрессия деңгейі сәл жоғарылаған. | Моноциттерден алынған дендриттік жасушалардың VAF347 лигандына реакциясы | |
| Лангерхан жасушалары |  FGFR1OP2 Mus Musulus-тағы Langerhan жасушаларында экспрессияның төмендеуін көрсетеді. | Автосомды-доминантты моноцитопения |  Автосомалық доминантты моноцитопениядағы FGFR1OP2 экспрессиясы. |
| Септикалық спленоциттер |  FGFR1OP2 септикалық спленоциттерде төмен экспрессияны көрсетеді | Фетальды және ересек ретикулоциттер |  FGFR1OP2 экспрессиясы ұрық пен ересек ретикулоциттер арасында ерекшеленеді. |
Өзара әрекеттесу
STRING мәліметтер базасы мен гендік карталар көмегімен FGFR1OP2-мен әрекеттесетін ақуыздар анықталды және олар төмендегі кестеде көрсетілген.[5][18]
| Интерактивті | Толық аты | Функция | Ақпарат көзі |
| STK24 | Серин / треонинкиназа 24 | Ақуыз киназасы | Ген-карталар |
| TRAF3IP3 | TRAF3 өзара әрекеттесетін ақуыз | Адаптер молекуласы | Гендік карталар, STRING |
| ZRANB1 | Мырыш саусағы, құрамында 1 бар RAN байланыстыратын домен | Wnt сигнализациясының оң реттеушісі, цитоскелеттік ұйым | Ген-карталар |
| PPP2R1A | Ақуыз фосфатаза 2 | Жасушалардың өсуі мен бөлінуін теріс бақылау | Ген-карталар |
| STRN | Стриатин, кальмодулинмен байланысатын ақуыз | Құрылыс ақуызы | Гендік карталар, STRING |
| FAM40A | Тізбектей ұқсастығы бар отбасы 40, мүше А | Цитоскелеттік ұйым | STRING |
| PDCD10 | Бағдарламаланған жасуша өлімі 10 | Апоптотикалық жолдарды реттеңіз | STRING |
| MST4 | Серин / треонинкиназа 3 | Жасушалардың өсуінің медиаторы | STRING |
| SIKE1 | IKBKE1 супрессоры | IKK-эпсилон мен TBK1 ингибиторының супрессоры | STRING |
| MOBKL3 | Mps бір байланыстырушы киназа активаторына ұқсас 3 | Шпиндель полюстері корпусының қосарлануы және митотикалық бақылау нүктесінің реттелуі | STRING |
Клиникалық маңыздылығы
Бір нуклеотидті полиморфизмдер (SNPs) FGFR1OP2 генінде әкелетіні анықталды edentulism шағын корей тұрғындарының төменгі жағында (60-80 жас аралығындағы 134 субъект).[19] Сондай-ақ, FGFR1OP2 FGFR1-мен біріктірілгенде, 8p11 миелопролиферативті синдром пайда болуы мүмкін.[1]
Әдебиеттер тізімі
- ^ а б в Grand, E. K. (2006). «8p11 миелопролиферативті синдромда fgfr1-ге біріктірілген fgfr1op2 жаңа генін анықтау». Гендер, хромосомалар және қатерлі ісік аурулары. 40 (1): 78–83. дои:10.1002 / gcc.20023. PMID 15034873. S2CID 511788.
- ^ Орниц, ДМ; Сю (1996). «Фибробласт өсу факторы отбасының рецепторлық ерекшелігі». Биологиялық химия журналы. 271 (25): 15292–15297. дои:10.1074 / jbc.271.25.15292. PMID 8663044.
- ^ Дж. Шлессингер, А. Ульрих (қыркүйек 1992). «Рецепторлық тирозинкиназалар арқылы сигнал берудің өсу факторы». Нейрон. 9 (3): 383–391. дои:10.1016 / 0896-6273 (92) 90177-ф. PMID 1326293. S2CID 5515795.
- ^ "FGFR1OP2". PhosphoSitePlus®. Алынған 2013-01-27.
- ^ а б "FGFR1OP2". Ген-карталар. Алынған 2013-01-27.
- ^ Хеджерлер SB, Дадли Дж & Кумар С. «TimeTree: ағзалар арасындағы алшақтық уақытының көпшілікке арналған базасы». Алынған 12 ақпан 2013.
- ^ а б «BLAST (туралауды іздеудің негізгі құралы)». NCBI. Алынған 3 мамыр 2013.
- ^ Кент, Джим. «BLAT». UCSC геномдық биоинформатика. Алынған 27 наурыз 2013.
- ^ а б в г. e «Homo sapiens FGFR1 онкогенді серіктес 2 (FGFR1OP2), транскрипт нұсқасы 1, mRNA».
- ^ «ElDorado». Геноматикс. Алынған 2 наурыз 2013.
- ^ «Адам геномының шолушысы». Санта-Круз UC геномдық биоинформатика тобы.
- ^ «Homo sapiens asunder сперматогенез реттегіші (ASUN), mRNA». NCBI.
- ^ «Homo sapiens трансмембранасы 7 суперотбасы мүшесі 3 (TM7SF3), mRNA». NCBI.
- ^ а б «SDSC Biology WorkBench». Сан-Диего суперкомпьютер орталығы.
- ^ Питерсен, Томас Нордал; Сорен Брунак; Гуннар фон Хейне; Хенрик Нильсен (2011). «SignalP 4.0: трансмембраналық аймақтардан бөлінетін сигнал пептидтері». Табиғат әдістері. 8 (10): 785–786. дои:10.1038 / nmeth.1701. PMID 21959131. S2CID 16509924.
- ^ а б Эдгар, Р; Домрачев М; Lash AE (қаңтар 2002). «Genn Expression Omnibus: NCBI генінің экспрессиясы және гибридизация массивінің деректер қоймасы». Нуклеин қышқылдары. 30 (1): 207–10. дои:10.1093 / нар / 30.1.207 ж. PMC 99122. PMID 11752295.
- ^ Баба, Н (2012). «Арил көмірсутегі рецепторы (ahr) ligand vaf347 моноциттер мен аңғал cd4 + клеткаларына селективті әсер етіп, il-22 бөлетін клеткалардың дамуына ықпал етеді». Адам иммунологиясы. 73 (8): 795–800. дои:10.1016 / j.humimm.2012.05.002. PMID 22609446.
- ^ а б «STRING дерекқоры».
- ^ Ким; т.б. (2012). «Fgfr1op2 / wit3.0 полиморфизмі мен корея популяциясындағы төменгі жақ сүйегінің қалдық жотасының резорбциясы арасындағы байланыс». PLOS ONE. 7 (8): e42734. дои:10.1371 / journal.pone.0042734. PMC 3412816. PMID 22880093.
Сыртқы сілтемелер
- Homo sapiens FGFR1 онкогенді серіктес 2 (FGFR1OP2), транскрипт-нұсқа 1, mRNA (NCBI)
- Homo sapiens FGFR1 онкогенді серіктес 2 изоформ 1 (NCBI)
- FGFR1OP2 адам генінің орналасуы UCSC Genome Browser.
- FGFR1OP2 адам генінің бөлшектері UCSC Genome Browser.