FAM63B - FAM63B
FAM63B Бұл ақуыз адамдарда кодталған ген FAM63B. Бұл ген адамда жоғары дәрежеде көрінеді. FAM63B гені бүкіл эволюциялық тарихта жоғары деңгейде сақталған. FAM63B-нің ашылған функциясы - кинезин-1 жарық тізбегімен өзара әрекеттесу және вакциния вирусы ядродан бастап жасуша перифериясына дейін.
Джин
Локус
FAM63B 15q21.3-q22.1 орналасқан,[1] 90 707 базалық жұпты қамтиды 15-хромосома.[2]
Балама атаулар
FAM63B-тің толық аты-жөні 63-ке ұқсастығы бар отбасы, B мүшесі.[3] FAM63B сонымен қатар кейбір басылымдарда KIAA1164 бүркеншік атымен тізімделген.[4]
мРНҚ
Isoforms
FAM63B гені балама түрде 9 ақуызды нұсқаға қосуға болатын бастапқы транскрипцияны кодтайды. FAM63B нұсқасы - адамдарда кездесетін ең көп таралған изоформ.[2]
| Нұсқа | Ұзындығы (аминқышқылдары ) | Экзон Санақ | Молекулалық салмағы (кдал ) | Изоэлектрлік нүкте |
|---|---|---|---|---|
| а | 621 | 9 | 67.1 | 4.24 |
| б | 620 | 9 | 67.0 | 4.24 |
| x1 | 639 | 10 | 69.2 | 4.40 |
| x2 | 638 | 10 | 69.1 | 4.40 |
| x3 | 605 | 10 | 65.2 | 4.41 |
| x4 | 587 | 9 | 63.1 | 4.25 |
| x5 | 364 | 6 | 38.0 | 4.50 |
| x6 | 351 | 8 | 40.2 | 4.72 |
| x7 | 342 | 8 | 39.1 | 4.45 |
Ақуыз
Құрылым
Бастапқы құрылым
FAM63B мүшесі болып табылады Pfam ақуыз тұқымдасының құрамында гомологиялық болатын, белгісіз функцияның (DUF544) доменін қамтиды.[2] Ақуыздың FAM63B нұсқасында а бар екі жақты триптофанды байланыстыру мотиві W476-дан W533-ке дейін.[6] Ақуыздың а варианты құрамында аланиннің 567-ден 574-ке дейінгі гидрофобты созылуы және 598-ден 617-ге дейінгі қалдық зарядтар тізбегі бар.[5] FAM63B ақуызында а варианты бойынша 607-621 қалдықтарынан эндоплазмалық ретикулумға (KDEL) оралуды көрсететін сигнал тізбегі болуы мүмкін.
Екінші құрылым
FAM63B екінші құрылымы - катушкалардың тіркесімі, кейбіреулері α-спиралдар, және аз парақ.[5][7][8] Phyre 2 бағдарламасы ақуыздың 23% -ында α-спираль, 9% белокта β-жіпшелер, ал қалған 59% белокта тәртіпсіздік болады деп болжайды.[7] Реттелмеген аймақтар басқа бағдарламалармен болжанған ширатылған аймақтармен сәйкес келеді және бұл N-терминалдан басталатын ширатылған ақуыздың ұзаққа созылуына әкеледі. SOUSI бағдарламасына сәйкес FAM63B қалдықтарынан 265-тен 280-ге дейін 16 аминоқышқылдың ұзындығы бар, олар трансмембраналық реттілік болуы мүмкін.[9] Алайда, мембранада тұрақты болу үшін трансмембраналық реттіліктер, әдетте, кем дегенде 20 аминқышқылының ұзындығын қажет етеді, сондықтан трансмембраналық реттіліктің болуы екіталай. Сондықтан FAM63B кез-келген органоидтың мембранасында бекітілмеген және жасуша арқылы және органеллалар арасында еркін қозғалады.
Үшінші құрылым
FAM63B-дің үшінші құрылымы туралы көп нәрсе білмейді. Болжамдалған бүктеме көрсетілген.
Аудармадан кейінгі модификация
FAM63B ақуызының трансляциядан кейінгі модификациялары.[9]
| Аудармадан кейінгі модификация | Сайт (-тар) | Ақуызға әсері |
|---|---|---|
| Ацетилдеу | Сер3 | Синтез үшін тұрақтылық, локализация, метаболизм, апоптоз, рибосоманы тану |
| Лизин гликациясы | Lys88, Lys251, Lys280, Lys282, Lys332, Lys393, Lys398, Lys454, Lys547 | Функцияның бұзылуы, сипаттамалардың өзгеруі |
| Фосфорлану | Ser7, Ser21, Ser25, Ser26, Ser62, Ser66, Ser68, Ser72, Ser90, Ser94, Ser111, Ser148, Ser153, Ser158, Ser160, Ser165, Ser170, Ser175, Ser188, Ser193, Ser233, Ser396, Ser440, Ser499, Ser541, Ser558, Ser587, Ser589, Ser590, Ser594, Ser597, Thr48, Thr255, Thr344, Thr453, Tyr505 | Конформацияның өзгеруі, ферменттік белсенділікті қосу / өшіру |
| Пикорнавиральды кесу | Glu195, Gln535 | Полипротеинді бөлшектеу, деградация |
| O-GlcNAc | Ser3, Ser21, Ser49, Ser62, Ser66, Ser68, Ser80, Ser152, Ser153, Ser158, Ser170, Ser499, Ser575, Ser587, Ser589, Ser590, Thr144, Thr576 | Нуклеоцитоплазмалық орналасуы |
Subcellular Location
FAM63B NES болжайды (ядролық экспорт сигналдары ) Val274 және Leu277 кезінде.[10] Сондай-ақ, NLS (ядролық локализация сигналы ) FAM63B үшін ҚР-да 599 қалдық бойынша болжам жасалады.[9] Келісім бойынша Рейнхардттің цитоплазмалық / ядролық дискриминация әдісі FAM63B ядроларында 76,7% сенімділікпен орналасады деп болжайды. NLS және NES сигналдарының болуы және O-GlcNAc пост-трансляциялық модификациясы ақуыздың ядрода да, цитоплазмада да орналасуын қолдайды және ақуыздың ядро мен жасуша перифериясы арасындағы вакциния вирусына арналған шаттл қызметін атқарады.
Өрнек
Өрнек деңгейі
FAM63B орташа және жоғары өрнектерге ие және конститутивті түрде көрсетілген. FAM63B мүмкін барлық жерде адамдарда көрсетілген.[11]
Дифференциалды өрнек
FAM63B экспрессиясы эмбриональды дің жасушаларында және дифференциалданған тіндерде жоғары, бірақ аз немесе аз эмбриоидты денелер және басқа да ата-баба сияқты ұяшықтар мультипотенциалды мезенхималық дің жасушалары. Мүмкін, FAM63B кезінде көрсетілген плурипотенция және икемсіздік бірақ эмбриоидты денелерде, мезенхималық дің жасушаларында және басқа да жасушаларда болатын сияқты, дифференциация үшін маңызды емес.
Көрнекілікті реттеу
Транскрипциялық реттеу
FAM63B промоутері (58770692, 58771462) 15 хромосоманың оң тізбегінде орналасқан және ұзындығы 711 базалық жұп болатын GXP_5885 болып табылады.[12]
Өзара әрекеттесетін ақуыздар
FAM63B бір протеинмен әрекеттесетіні көрсетілген, KLC-1.[13] KLC-1, кинезин жарық тізбегі 1, кинезин-1-ді жүк байланыстыратын жарық тізбегі арқылы қабылдайтын және құрамында екі жақты триптофан байланыстырушы мотиві бар ақуыз.[13] Бұл мотив вирустың перинуклеарлық кеңістіктен жасуша перифериясына тасымалдануы үшін қажет вакциния вирусының A36 интегралды мембраналық ақуызында бар.[13] A36 болмаған кезде, екі жақты триптофанды байланыстыратын мотиві бар ақуыздар кинезиннің жарық тізбегімен әрекеттесе алады, KLC-1 қабылдайды және вирустың ядродан цитоплазмаға өтуіне ықпал етеді.[13]
Функция
FAM63B ақуызының ашылған қызметі - бұл адам геномындағы вакциния вирусын тасымалдаушы. FAM63B құрамында W476 мен W533 арасындағы екі жақты триптофанды байланыстыратын мотив бар.[13] Мотивте а Q қалдықтары +2 жағдайында, бұл KLC-1 немесе KLC-2 байланыстыратын ақуыздарда жиі кездесетіні анықталды.[13] FAM63B зерттелген ақуыздардың қатарына кіреді, олар вакцинаның A36 цитоплазмалық доменін сәтті ауыстыра отырып, A36 жетіспейтін жасушаларда экспрессияланған кезде вирустың жасуша перифериясына тасымалдануын құтқара алады.[13]
Клиникалық маңыздылығы
Патология
FAM63B нақты патологиясы белгісіз.
Аурулар қауымдастығы
FAM63B - бұл миРНҚ-мен реттелетін төрт желінің бөлігі, олардың үшеуі нейрондық дифференциациямен байланысты допаминергиялық ген экспрессиясы.[14] Бұл тұжырымдар FAM63B-ді анықтау және емдеу үшін биомаркер ретінде пайдалануға болатындығын көрсетеді шизофрения.[14] Сонымен қатар, FAM63B-нің аберрантты метилденуі шизофренияның дамуында маңызды рөл атқаруы мүмкін.[14] FAM63B сонымен бірге байланысты гендер тізімінде 25-тен 13-орынға ие болды артрит.[15]
Гомология
Паралогтар
FAM63B бір параллелі бар, FAM63A, бұл белгісіз функцияның гені. FAM63A гені 469 аминқышқылына және 76% FAM63B-ге ұқсас ақуызды кодтайды.[16]
Ортологтар
FAM63B барлық көпжасушалы және біржасушалы эукариоттарда, соның ішінде өсімдіктерде кездеседі, бірақ простистер мен саңырауқұлақтарды қоспағанда. Ген сонымен қатар архейлерде табылған, бірақ бактерияларда жоқ.[17]
| Түр және түрлер | Жалпы аты | Адамдардан бөліну күні (MYA) | Қосылу нөмірі | Рет ұзындығы (аминқышқылдары) | Адам ақуызына ұқсастық (%) | Клайд |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Пантроглодиттер | Шимпанзе | 6.2 | XP_510443.2 | 621 | 100 | Сүтқоректілер |
| Microtus ochrogaster | Прерия шоқысы | 90.1 | XP_005347720.1 | 597 | 84 | Сүтқоректілер |
| Ursus maritimus | Ақ аю | 95 | XP_008704293.1 | 591 | 97 | Сүтқоректілер |
| Acinonyx jubatus | Гепард | 95 | XP_014926357.1 | 488 | 96 | Сүтқоректілер |
| Pelodiscus sinensis | Жасыл теңіз тасбақасы | 320.5 | XP_014434471.1 | 408 | 95 | Рептилия |
| Zonotrichia albicollis | Ақ торғай | 320.5 | XP_014123064.1 | 326 | 91 | Aves |
| Колумба ливиясы | Тас көгершін | 320.5 | XP_005511195.1 | 340 | 91 | Aves |
| Chrysemys picta bellii | Батыс боялған тасбақа | 320.5 | XP_008162326.1 | 566 | 86 | Рептилия |
| Melopsittacus undulatus | Бургеригар | 320.5 | XP_005145999.1 | 472 | 86 | Aves |
| Xenopus tropicalis | Батыс тырнақ бақа | 354.4 | XP_002937714.1 | 354 | 87 | Амфибия |
| Latimeria chalumnae | Батыс Үнді мұхитының селаканты | 413.69 | XP_005998789.1 | 652 | 83 | Sarcopterygii |
| Lepisosteus oculatus | Нақты гар | 436.8 | XP_015198676.1 | 642 | 82 | Actinopterygii |
| Hydra vulgaris | Гидра | 902 | XP_012556960.1 | 507 | 65 | Гидрозоа |
| Сегізаяқ бимакулоидтар | Калифорниядағы екі дақты сегізаяқ | 903 | XP_014779548.1 | 981 | 58 | Цефалопода |
| Crassostrea gigas | Тынық мұхиты | 903 | XP_011440367.1 | 569 | 71 | Бивалвия |
| Haemonchus contortus | Шаштараздың тіреу құрты | 903 | CDJ97151.1 | 437 | 55 | Secernentea |
| Trichoplax adhaerens | Трихоплакс | 936 | XP_002108532.1 | 308 | 75 | Плакозоа |
| Solanum pennellii | Қызанақ | 1570.5 | XP_015085752.1 | 686 | 65 | Ангиоспермдер |
| Сезамум индукциясы | Күнжіт | 1570.5 | XP_011071984.1 | 738 | 65 | Ангиоспермдер |
| Thermoplasmatales археоны | BRNA1 | 4250 | WP_048164282.1 | 1063 | 39 | Архей |
Қашықтық гомологтар
FAM63B ең алыс гомологы табылған Thermoplasmatales археоны, an архей 4,25 миллиард жыл бұрын адам генінен бөлінген.[17][18]
Гомологиялық домендер
FAM63B - Pfam супер жанұясының мүшесі, және құрамында ақуыздар тобында гомологты функциясы бар (DUF544) домен бар.[17] Ақуыздың бұл аймағы FAM63B гомологтары арқылы өте жақсы сақталады, сонымен қатар FAM63B екі жақты триптофанмен байланысу мотиві және C-терминалды сигналдар тізбегі.
Филогения
Төмендегі филогенетикалық ағаш FAM63B эволюциясының уақыттық калибрлеуін көрсетеді.
Әдебиеттер тізімі
- ^ «UCSC Genome Browser».
- ^ а б в «FAM63B отбасы 63 қатарлы ұқсастыққа ие [B мүшесі [Homo sapiens (адам)] - Gene - NCBI». nih.gov.
- ^ «FAM63B геніне арналған бүркеншік аттар». Ген-карталар.
- ^ https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63B&keywords=FAM63B
- ^ а б в http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi#[тұрақты өлі сілтеме ]!
- ^ Dodding, M. P., Mitter, R., Humphries, A.C, & Way, M. (2011). A кинесин-1 міндетті мотив вакциния адам геномына кең таралған вирус. EMBO журналы, 30 (22), 4523–4538. http://doi.org/10.1038/emboj.2011.326
- ^ а б «Phyre 2 нәтижелері анықталмаған». ic.ac.uk.[тұрақты өлі сілтеме ]
- ^ «Ақуыздың құрылымы мен функциясын болжауға арналған I-TASSER сервері». umich.edu.
- ^ а б в «ExPASy: SIB Биоинформатиканың ресурстық порталы - Санаттар». expasy.org.
- ^ «5716AACA000019874EC1B1F0 мерзімі өткен». dtu.dk.
- ^ «Тізбектес ұқсастықтары бар отбасы 63, B мүшесі (FAM63B)». nih.gov.
- ^ «Genomatix: Аннотация және талдау». genomatix.de.
- ^ а б в г. e f ж Dodding, M. P., Mitter, R., Humphries, A.C, & Way, M. (2011). Адам геномында кең таралған вакциния вирусындағы кинезин-1 байланыстырушы мотиві. EMBO журналы, 30 (22), 4523–4538. http://doi.org/10.1038/emboj.2011.326
- ^ а б в Aberg, K. A. және т.б. (2014). Methylome-Wide қауымдастығы шизофренияны зерттеу. JAMA психиатриясы, 71 (3), 255-264. http://doi.org/10.1001/jamapsychiatry.2013.3730
- ^ Li, C. және т.б. (2008). Бірнеше локустарды бейнелеудің жүйелік әдісі: Ревматоидты артриттің генетикалық желісін құруға арналған қосымша. Ген, 408 (1-2), 104–111. http://doi.org/10.1016/j.gene.2007.10.028
- ^ «FAM63A отбасы 63 қатарға ұқсастығы [A мүшесі [Homo sapiens (адам)] - Gene - NCBI». nih.gov.
- ^ а б в «BLAST: Негізгі туралау іздеу құралы». nih.gov.
- ^ «TimeTree». timetree.org.