Дискіні жабу әдісі - Disk-covering method

A дискіні жабу әдісі бұл ауқымды филогенетикалық анализге арналған мета-әдіс, бұл NP-ге қатысты оңтайландыру проблемалары үшін эвристиканың және полиномдық-уақыттық қашықтыққа негізделген әдістердің көрсеткіштерін жақсартты. Дискіні жабу әдістері - бұл мета-әдіс, олар базалық әдіс үшін оңтайландырылатын өнімділік көрсеткіштеріне байланысты бірнеше бағытта икемділікке ие. Мұндай көрсеткіштер статистикалық көрсеткіштерге қойылатын тиімділік, дәлдік немесе дәйектілік ұзақтығы талаптары болуы мүмкін. Дискіні жабудың бірнеше әдістері жасалды, олар әртүрлі «негізгі әдістерге» қолданылды. Дискіні жабу әдістері қашықтыққа негізделген әдістермен қолданылды (мысалы) көрші қосылу ) «жылдам конвергенциялау әдістерін» шығару,[1][2][3] бұл шын мәніндегі ағашты реконструкциялайтын әдістер, олар көп дегенде сайттардың полиномдық санына ие.

Дискіні жабу әдісі төрт кезеңнен тұрады:

  1. Декомпозиция: мәліметтер жиынтығының қабаттасуын ішкі қабаттарға есептеңіз.
  2. Шешім: Базалық әдіс арқылы ішкі жиындарда ағаштар тұрғызыңыз.
  3. Біріктіру: ішкі жиынтықтағы ағаштарды толық деректер жиынтығындағы ағашқа біріктіру үшін супер ағаш әдісін қолданыңыз.
  4. Нақтылау: Егер біріктіру кезінде алынған ағаш толығымен шешілмеген болса, онда оны кез-келген қажетті объективті критерийді оңтайландыратын етіп, екілік ағашқа айналдырыңыз.

Дискіні жабудың кез-келген әдісінің негізгі қолданылуы - «Rec-I-DCM3» дискіні жабу әдісі,[4] жеделдету үшін қолданылған максималды ықтималдығы және максималды парсимония NSF қаржыландыратын CIPRES жобасы арқылы қол жетімді (www.phylo.org). Сонымен қатар, гендерді реттейтін мәліметтер бойынша эволюциялық ағаштарды бағалау үшін дискіні жабу әдістері қолданылды [5]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Д. Хусон, С. Қалақай және Т.Уарнов. (1999). Филогенетикалық ағашты қалпына келтіруге арналған жылдам конвергенция әдісі - дискілерді жабу. Есептік биология журналы, 6:369-386.
  2. ^ Л.Нахлех, У.Рошан, К.Сент Джон, Дж.Сун және Т.Уарнов. (2001). Жылдам конвергенцияланатын филогенетикалық әдістерді жобалау. Жылы Proc. 9-шы халықаралық конф. Молекулалық биологияға арналған интеллектуалды жүйелер туралы (ISMB '01), 17-том Биоинформатика, S190-S198 б. Оксфорд Ю. Пресс.
  3. ^ Т.Уарнов, B. Морет және К.Сент Джон. (2001). Абсолютті конвергенция: қысқа тізбектегі шынайы ағаштар. Жылы Proc. 12 анн. ACM-SIAM симптомы. Дискретті алгоритмдер (SODA '01), 186-195 бб. SIAM Press, 2001 ж.
  4. ^ У.Рошан, Б.М.Е. Морет, Т.Уарнов және Т.Л. Уильямс. (2004). Rec-I-DCM3: ірі филогенетикалық ағаштарды қалпына келтірудің жылдам алгоритмдік техникасы. Жылы IEEE Computational Systems Bioinformatics конференциясының материалдары (CSB), Стэнфорд, Калифорния, АҚШ.
  5. ^ * Дж. Танг және Б.Морет. (2003). Гендік ретті мәліметтер бойынша нақты филогенетикалық реконструкцияны кеңейту. Жылы Proc. 11-ші халықаралық конф. ISMB '03 молекулалық биологияға арналған интеллектуалды жүйелер туралы, 19-том (1-қосымша) Биоинформатика, pp i305 - i312.

Әрі қарай оқу

  • Т.Уарнов. 2005. Филогенетикалық қайта құру. Кітап тарауы, С. Алуру (редактор), Есептеу биологиясының анықтамалығы, Чэпмен және Холл, CRC компьютерлік және ақпараттық ғылымдар сериясы, 2005 ж.