Dcu отбасы - Dcu family

Анаэробты с4-дикарбоксилатты мембрана тасымалдаушысы
Идентификаторлар
ТаңбаDcuA_DcuB
PfamPF03605
Pfam руCL0182
InterProIPR004668
TCDB2.A.13

The С4-дикарбоксилатты сіңіру отбасы немесе Dcu отбасы (ТК № 2. А.13 ) Бұл отбасы трансмембрана ион тасымалдағыштар бактерияларда кездеседі. Олардың қызметі - айырбастау дикарбоксилаттар сияқты аспартат, малат, фумарат және сукцинат.

Құрылым

Бұл отбасының көптеген мүшелерінде 11 немесе 12 болады деп болжануда трансмембраналық аймақтар (TMS); дегенмен, осы отбасының бір мүшесі (сипатталмаған ақуыз Энкарсия перганделла симбионт, Cardinium hertigii, штамм cЭпер1; ТК № 2. А.13.2.1 ) 10 трансмембраналық аймаққа ие, олардың N- және C-терминийлері де локализацияланған периплазма.[1] DcuA үшін «оң ішкі» ережеге бағынады және екі болжамды ТМС TMSs 5 пен 6 арасындағы және C-терминалының периплазмалық аймағындағы цитоплазмалық циклге локализацияланған.[2] Толық тізбектелген ақуыздардың мөлшері біркелкі, олардың ұзындығы 434-446 аминоацил қалдықтарынан тұрады.

Dcu отбасы мүшелері үшін кристалды құрылымдар жоқ.

Функция

Екі E. coli ақуыздар, DcuA (ТК № 2. А.13.1.1 ) және DcuB (ТК № 2. А.13.1.2 ), Dcu отбасының қатысады көлік туралы аспартат, малат, фумарат және сукцинат ретінде жұмыс істейді антипортерлер осылардың кез-келген екеуімен субстраттар.[3][4][5] Олар 63% ұқсастығымен 36% сәйкестікті көрсетеді және екеуі де фумаратты ұқсастықпен сукцинаттың орнына тасымалдайды (30 мкМ). DcuA ан кодталғандықтан оперон бірге ген аспартаза үшін, ал DcuB үшін генмен оперонда кодталған фумараза, олардың физиологиялық функциялары келесіге байланысты болуы мүмкін катализдейді аспартат: фумарат және фумарат: кезінде малат алмасу анаэробты пайдалану аспартат және фумарат сәйкесінше.[6] Екі тасымалдаушы белгілі бір физиологиялық жағдайларда бірін-бірі алмастыра алады.[7]

Dcu тұқымдасының ақуыздары катализдейтін жалпыланған тасымалдау реакциясы:

Дикарбоксилат1 (сыртқа) + дикарбоксилат2 in дикарбоксилат1 (жылы) + дикарбоксилат2 (шықты).

Өрнек

The Ішек таяқшасы DcuA және DcuB ақуыздарының айырмашылығы бар өрнек өрнектер.[8] DcuA конститутивті түрде көрсетілген; DcuB FNR және C4-дикарбоксилаттармен анаэробты түрде индукцияланады, ал ол нитратпен репрессияланып, CRP-дің көмегімен катаболиттік репрессияға ұшырайды.[8][9][10][11]

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Zientz E, Six S, Unden G (желтоқсан 1996). «Эшерихия таяқшасында анаэробты С4-дикарбоксилатты тасымалдауға арналған үшінші реттік тасымалдаушыны (DcuC) анықтау: үш Dcu тасымалдағыштың сіңіру мен алмасудағы рөлі». Бактериол. 178 (24): 7241–7. дои:10.1128 / jb.178.24.7241-7247.1996. PMC  178639. PMID  8955408.
  2. ^ Golby P, Kelly DJ, JR қонағы, Andrews SC (қыркүйек 1998). «DcuA топологиялық анализі, ішек таяқшасының анаэробты С4-дикарбоксилат тасымалдаушысы». Бактериол. 180 (18): 4821–7. дои:10.1128 / JB.180.18.4821-4827.1998. PMC  107505. PMID  9733683.
  3. ^ Six S, Andrews SC, Roberts RE, Unden G, Қонақ JR (қараша 1993). «Генерологиялық мембрана ақуыздарын кодтайтын екі генде ақаулы ішек таяқшасы мутанттарының құрылысы және қасиеттері анаэробты С4-дикарбон қышқылын тасымалдаудағы рөлдері». Биохимия. Soc. Транс. 21 (4): 342S. дои:10.1042 / bst021342s. PMID  8131924.
  4. ^ Nogrady N, Imre A, Rychlik I, Barrow PA, Nagy B (желтоқсан 2003). «Анаэробты фумарат пен аргинин метаболизміне жауап беретін гендер in vivo тауық ішіндегі колонизация ингибирленуіне әсер етпей, Salmonella enterica serovar Typhimurium өсуін басуға қатысады». Вет. Микробиол. 97 (3–4): 191–9. дои:10.1016 / j.vetmic.2003.08.011. PMID  14654290.
  5. ^ Ullmann R, Gross R, Simon J, Unden G, Kroger A (қазан 2000). «Волинелла сукциногендеріндегі С (4) -дикарбоксилаттардың тасымалдануы». Бактериол. 182 (20): 5757–64. дои:10.1128 / jb.182.20.5757-5764.2000. PMC  94697. PMID  11004174.
  6. ^ Six S, Andrews SC, Unden G, Қонақ JR (қараша 1994). «Escherichia coli аэробты дикарбоксилатты тасымалдау жүйесінен (Dct) ерекшеленетін екі гомологты анаэробты С4-дикарбоксилат мембраналық тасымалдағышқа (DcuA және DcuB) ие». Бактериол. 176 (21): 6470–8. дои:10.1128 / jb.176.21.6470-6478.1994. PMC  197000. PMID  7961398.
  7. ^ Энгель, П .; Кремер, Р .; Унден, Г. (1994-06-01). «С4-дикарбоксилаттарды анаэробты түрде өсірілген ішек таяқшасымен тасымалдау. Энергетика және алмасу, сіңіру және ағу механизмі». Еуропалық биохимия журналы / FEBS. 222 (2): 605–614. дои:10.1111 / j.1432-1033.1994.tb18903.x. ISSN  0014-2956. PMID  8020497.
  8. ^ а б Голби П, Келли DJ, Қонақ JR, Эндрюс СК (желтоқсан 1998). «Escherichia coli ішіндегі гомологты анаэробты С4-дикарбоксилат тасымалдаушыларын кодтайтын dcuA және dcuB гендерінің транскрипциялық реттелуі және ұйымдастырылуы». Бактериол. 180 (24): 6586–96. дои:10.1128 / JB.180.24.6586-6596.1998. PMC  107762. PMID  9852003.
  9. ^ Энгель П, Крамер Р, Унден Г (қыркүйек 1992). «Escherichia coli ішіндегі анаэробты фумараттың аэробты дикарбоксилатты сіңіру жүйесінен өзгеше фррға тәуелді дикарбоксилатты сіңіру жүйесімен тасымалдауы». Бактериол. 174 (17): 5533–9. дои:10.1128 / jb.174.17.5533-5539.1992. PMC  206496. PMID  1512189.
  10. ^ Голби П, Дэвис С, Келли DJ, Қонақ JR, Эндрюс СК (ақпан 1999). «Эшерихия таяқшасындағы С4-дикарбоксилаттарға жауап ретінде гендердің экспрессиясын басқаратын екі компонентті сенсор-киназа және реакцияны-реттеуші жүйені (DcuS-DcuR) анықтау және сипаттау». Бактериол. 181 (4): 1238–48. дои:10.1128 / JB.181.4.1238-1248.1999 ж. PMC  93502. PMID  9973351.
  11. ^ Zientz E, Bongaerts J, Unden G (қазан 1998). «DcuSR (dcuSR гендері) екі компонентті реттеу жүйесінің ішек таяқшасында ген экспрессиясының фумаратты реттелуі». Бактериол. 180 (20): 5421–5. дои:10.1128 / JB.180.20.5421-5425.1998. PMC  107591. PMID  9765574.