Бәсекелес эндогендік РНҚ (ceRNA) мәліметтер базасы мен ресурстары - Competing endogenous RNA (ceRNA) databases and resources - Wikipedia

Бәсекелес эндогенді РНҚ (цеРНҚ, сондай-ақ miRNA губкалары) гипотеза деп аталады: цеРНҚ басқаларын реттейді РНҚ транскрипттері (мысалы, PTEN) бөлісу үшін бәсекелесу арқылы микроРНҚ.[1] Олар дамуда маңызды рөл атқарады, физиологиялық және патологиялық сияқты процестер қатерлі ісік. NcRNAs (lncRNAs, circRNAs, pseudogenes) және ақуыз mRNA кодтау кілт ретінде жұмыс істейді цеРНҚ (губкалар) және мРНҚ-ның экспрессиясын реттеу үшін өсімдіктер және сүтқоректілер жасушалар.[2]

Бұл бәсекелес эндогендік РНҚ (ceRNA) дерекқорлары мен қорлары ceRNA болжау және ceRNA желілері үшін пайдаланылатын мәліметтер базалары мен веб-порталдар мен серверлердің жиынтығы болып табылады.

Аты-жөніСипаттаматүріСілтемеӘдебиеттер тізімі
ceRNABaseceRNABase декодтауға арналған Pan-Cancer ceRNA желілері тарту lncRNAs және мРНҚ 5599 талдау арқылы ісік және қалыпты сынамалар және 108 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) деректер жиынтығы.мәліметтер базасы және сервервеб-сайт[3]
цефирБәсекелес эндогендік РНҚ мәліметтер базасы: геномнан алынған ceRNA кандидаттары.дерекқорвеб-сайт[4]
ceRNAФункциясыceRNAFunction - 13 функционалды терминдерді (соның ішінде: GO, KEGG, BIOCARTA және т.б.) қолдана отырып, қатерлі ісік ceRNA желілерінен lncRNA және ақуыз функцияларын болжауға арналған веб-сервер.веб-сервервеб-сервер[3][5]
CupidCupid - бұл әдіс бір мезгілде миРНҚ-мақсатты өзара әрекеттесуін және олардың бәсекелес эндогенді РНҚ (ceRNA) өзара әрекеттесуін болжау. Бұл интегративті әдіс миРНҚ-мақсатты болжау дәлдігін мРНҚ-мен және сүт безі қатерлі ісігі жасушаларының сызықтарындағы ақуыз деңгейімен өлшеу арқылы айтарлықтай жақсартады. Cupid 3 сатыда жүзеге асырылады: 1-қадам: үміткерлердің miRNA байланыстыратын жерлерін 3 'UTR-де қайта бағалау. 2-қадам: өзара әрекеттесу таңдалған сайттар туралы ақпаратты интеграциялау және миРНҚ экспрессиялық профильдері мен болжамды мақсаттар арасындағы статистикалық тәуелділік арқылы болжанады. 3-қадам: Cupid тұжырымдалған мақсаттар miRNA реттегіштері үшін бәсекеге түсетіндігін бағалайды.бағдарламалық жасақтама (MATLAB)веб-сайт[6]
ГермесГермес шартты өзара ақпаратты қолдана отырып, үміткер РНҚ экспрессиялық профильдерінен және олардың жалпы миРНҚ реттегіштерінен ceRNA (бәсекелес эндогендік РНҚ) өзара әрекеттесуін болжайды.бағдарламалық жасақтама (MATLAB)веб-сайт[7]
Linc2GOceRNA веб-серверіне негізделген адамның LincRNA функциясының аннотация қоры.дерекқорвеб-сайт[8]
.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Сальмена, Л; Полисено, Л; Тэй, У; Кэтс, Л; Пандолфи, ПП (5 тамыз 2011). «CеRNA гипотезасы: жасырын РНҚ тілінің Розетта тасы?». Ұяшық. 146 (3): 353–8. дои:10.1016 / j.cell.2011.07.014. PMC  3235919. PMID  21802130.
  2. ^ Тэй, У; Ринн, Дж; Пандолфи, ПП (16 қаңтар, 2014). «СеРНҚ айқасуы мен бәсекелестіктің көп қабатты күрделілігі». Табиғат. 505 (7483): 344–52. дои:10.1038 / табиғат12986. PMC  4113481. PMID  24429633.
  3. ^ а б Li, JH; Лю, С; Чжоу, Н; Qu, LH; Янг, Дж. (1 қаңтар, 2014). «starBase v2.0: CLIP-Seq ауқымды деректерінен miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA және белок-РНҚ өзара әрекеттесу желілерін декодтау». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 42 (1): D92-7. дои:10.1093 / nar / gkt1248. PMC  3964941. PMID  24297251.
  4. ^ Сарвер, АЛ; Subramanian, S (2012). «РНҚ-ның эндогенді мәліметтер базасы». Биоақпарат. 8 (15): 731–3. дои:10.6026/97320630008731. PMC  3449376. PMID  23055620.
  5. ^ Янг, Дж. -Х .; Ли, Дж. -Х .; Шао, П .; Чжоу, Х .; Чен, Ю.-Қ .; Qu, L. -H. (2010). «StarBase: Argonaute CLIP-Seq және Degradome-Seq мәліметтерінен microRNA-mRNA өзара әрекеттесу карталарын зерттеуге арналған мәліметтер базасы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 39 (Деректер базасы мәселесі): D202 – D209. дои:10.1093 / nar / gkq1056. PMC  3013664. PMID  21037263.
  6. ^ Чиу, Хуа-Шенг; Ллобет-Навас, Дэвид; Ян, Сюеруй; Чун, Вэй-Джен; Амбеси-Импиомбато, Альберто; Айер, Арчана; Ким, Хёнджа «Райан»; Севиор, Елена Г.; Луо, Цзицзюнь; Сеггал, Васудха; Мосс, Тайлер; Лу, Йилинг; Рам, Прахлад; Сильва, Хосе; Миллс, Гордон Б .; Калифано, Андреа; Сумазин, Павел (ақпан 2015). «Cupid: microRNA-мақсатты және ceRNA желілерін бір уақытта қайта құру». Геномды зерттеу. 25 (2): 257–67. дои:10.1101 / гр.178194.114. PMC  4315299. PMID  25378249.
  7. ^ Сумазин, П; Янг, Х; Чиу, HS; Чун, Веджей; Айер, А; Ллобет-Навас, Д; Раджбхандари, П; Бансал, М; Гуарниери, П; Силва, Дж; Калифано, А (14 қазан 2011). «РНҚ-РНҚ өзара әрекеттесуінің кең микроРНҚ-делдалды желісі глиобластомадағы белгіленген онкогенді жолдарды реттейді». Ұяшық. 147 (2): 370–81. дои:10.1016 / j.cell.2011.09.041. PMC  3214599. PMID  22000015.
  8. ^ Лю, К; Ян, З; Ли, У; Sun, Z (1 қыркүйек, 2013). «Linc2GO: ceRNA гипотезасына негізделген адамның LincRNA функциясының аннотация қоры». Биоинформатика. 29 (17): 2221–2. дои:10.1093 / биоинформатика / btt361. PMID  23793747.

Сыртқы сілтемелер