Бактериоцин II класы - Class II bacteriocin
| Бактериоцин II класы | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Лейкоциннің үш өлшемді құрылымы, IIa типті бактериоцин.[1] | |||||||||
| Идентификаторлар | |||||||||
| Таңба | Бактериоцин_II | ||||||||
| Pfam | PF01721 | ||||||||
| InterPro | IPR002633 | ||||||||
| PROSITE | PDOC60030 | ||||||||
| SCOP2 | 3leu / Ауқымы / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 1. С.24 | ||||||||
| OPM суперотбасы | 141 | ||||||||
| OPM ақуызы | 1мм | ||||||||
| |||||||||
II класты бактериоциндер кішкентайлар сыныбы пептидтер әр түрлі бактериялардың көбеюін тежейді.
Көптеген Грам позитивті бактериялар синтезделген рибосомалық өнім микробқа қарсы пептидтер, деп аталады бактериоциндер.
Бактериоциндер дисульфидті байланыстар пептидтің жалғыз модификациясы II класты бактериоциндер болып табылады.
IIa класы
Бір маңызды және жақсы зерттелген сынып бактериоциндер IIa немесе класы болып табылады педиоцин сияқты өндірілген бактериоциндер сияқты сүт қышқылы бактериялары. IIa класындағы барлық бактериоциндер тағамдық ассоциацияланған штаммдармен өндіріледі, өндірістік және табиғи шыққан түрлі тамақ өнімдерінен, соның ішінде ет өнімдерінен, сүт өнімдерінен және көкөністерден бөлінеді. IIa класындағы бактериоциндер барлығы катионды, қарсы көрсетілімЛистерия өткізгіштігі арқылы мақсатты жасушаларды өлтіреді жасуша қабығы.[2][3][4]
IIa класындағы бактериоциндердің құрамында 37 мен 48 аралығында қалдықтар бар.[5] Бастапқы құрылымдарына сүйене отырып, IIа класындағы бактериоциндердің пептидтік тізбектерін шамамен екі аймаққа бөлуге болады: гидрофильді, катионды және жоғары консервіленген N-терминал аймағы және аз сақталған гидрофобты / амфифильді С-терминалды аймақ. N-терминал аймағында консервацияланған Y-G-N-G-V / L 'педиоцин қорабы' мотиві және екі сақталған цистеин қосылған қалдықтар дисульфидті көпір. Ол консервіленген дисульфидті көпірдің көмегімен үш параллельді антипараллельді бета-парақты құрайды. Бұл катионды N-терминалдың бета-парағы домен IIa класындағы бактериоцинді мақсатты жасуша мембранасымен байланыстырады. C-терминал аймағы мақсатты жасуша мембранасының гидрофобты бөлігіне енетін шаш қыстырғыш тәрізді доменді құрайды, осылайша мембрана арқылы ағып кетуге делдал болады. Екі доменді топсалар біріктіреді, бұл домендердің бір-біріне қатысты қозғалысын қамтамасыз етеді.[3][4]
Бактериоциндер тобына жататын белгілі ақуыздардың кейбірі төменде келтірілген:
- Pediococcus acidilactici педиоцин ПА-1.
- Лейконосток мезентероидтары мезентерицин Y105.
- Carnobacterium piscicola каробактериоцин B2.
- Lactobacillus saqi сакацин П.
- Enterococcus faecium энтероцин А.
- Enterococcus faecium энтероцин П.
- Leuconostoc gelidum лейкоцин А.
- Lactobacillus curvatus curvacin A.
- Listeria innocua листериоцин 743A.
IIб класы
| Бактериоцин IIb класы | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторлар | |||||||||
| Таңба | 17. Микробқа қарсы | ||||||||
| Pfam | PF08129 | ||||||||
| Pfam ру | CL0400 | ||||||||
| InterPro | IPR012950 | ||||||||
| TCDB | 1. С.25 | ||||||||
| OPM суперотбасы | 219 | ||||||||
| OPM ақуызы | 2jpj | ||||||||
| |||||||||
IIb класындағы бактериоциндер (екі пептидті бактериоциндер) белсенділік үшін екі түрлі пептидтерді қажет етеді. Оған альфа энтероциндер мен лактококсин G кіреді пептидтер. Мыналар пептидтер кейбір микробқа қарсы қасиеттері бар; олар тежеу The өсу Enterococcus spp. және тағы басқалары Грам позитивті бактериялар. Бұл пептидтер тесік түзуші рөлін атқарады токсиндер жасайды жасуша қабығы бөшке стелалы арқылы арналар механизм иондық дисбаланс тудырады ұяшық[6]
IIc класы
| Бактериоцин_ІІІ | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 бактериоциннің рентгендік құрылымы as-48 ph 4,5. сульфатпен байланысқан форма | |||||||||
| Идентификаторлар | |||||||||
| Таңба | Бактериоцин_ІІІ | ||||||||
| Pfam | PF09221 | ||||||||
| InterPro | IPR009086 | ||||||||
| SCOP2 | 1o82 / Ауқымы / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 1. С.28 | ||||||||
| OPM суперотбасы | 77 | ||||||||
| OPM ақуызы | 1o82 | ||||||||
| |||||||||
Басқа II класты бактериоциндерді IIc класы (шеңберлі бактериоциндер) деп топтастыруға болады. Бұлар мембрананың өткізгіштігіне, жасуша қабырғасының түзілуіне және мақсатты жасушалардың феромондық әсеріне кең әсер етеді. Соның ішінде, Бактериоцин AS-48 циклдік болып табылады пептид антибиотик өндірген эубактериялар Enterococcus faecalis (Streptococcus faecalis), бұл екеуіне де қарсы микробқа қарсы спектрді көрсетеді Грам позитивті және грамтеріс бактериялар. Бактериоцин AS-48 феромонтезіммен кодталған плазмида pMB2 және әрекет етеді плазмалық мембрана онда ол кеуектерді ашады ион ағып кету және жасуша өлімі.[7] Глобулярлы құрылым бактериоцин АС-48 бестен тұрады альфа спиралдары қоршау а гидрофобты ядро. The сүтқоректілер NK-лизин эффектор ақуыз табиғи және табиғи өлтіруші жасушалар ол жетіспесе де, ұқсас құрылымға ие гомология бірге бактериоциндер AS-48.
Әдебиеттер тізімі
- ^ Fregeau Gallagher NL, Sailer M, Niemczura WP, Nakashima TT, Stiles ME, Vederas JC (желтоқсан 1997). «Трифторэтанол мен додецилфосфохолин мицеллаларындағы лейкоцин А-ның үш өлшемді құрылымы: сүт қышқылды бактериялардан алынған бактериоциндердің IIа типіндегі биологиялық белсенділік үшін қалдықтардың кеңістіктегі орналасуы». Биохимия. 36 (49): 15062–72. дои:10.1021 / bi971263h. PMID 9398233.
- ^ Эннахар С, Сономото К, Исизаки А (1999). «Сүт қышқылы бактерияларының IIа класындағы бактериоциндер: бактерияға қарсы белсенділік және тағамды сақтау». J. Biosci. Биоэнг. 87 (6): 705–16. дои:10.1016 / S1389-1723 (99) 80142-X. PMID 16232543.
- ^ а б Фимланд Г, Ниссен-Мейер Дж, Джонсен Л (2005). «Педиоцинге ұқсас микробқа қарсы пептидтердің C-терминалды домені (бактериоциндердің IIа класы) туыстық иммунитет ақуыздарының C-терминалды бөлігін ерекше тануға және микробқа қарсы спектрді анықтауға қатысады». Дж.Биол. Хим. 280 (10): 9243–50. дои:10.1074 / jbc.M412712200. PMID 15611086.
- ^ а б Dalhus B, Fimland G, Nissen-Meyer J, Johnsen L (2005). «Педиоцинге ұқсас микробқа қарсы пептидтер (бактериоциндердің IIа класы) және олардың иммунитет ақуыздары: биосинтез, құрылымы және әсер ету тәсілі». Дж. Пепт. Ғылыми. 11 (11): 688–96. дои:10.1002 / 699 б. PMID 16059970.
- ^ Simon L, Fremaux C, Cenatiempo Y, Berjeaud JM (2002). «Сакацин г, антистериальды бактериоциннің жаңа түрі». Қолдану. Environ. Микробиол. 68 (12): 6416–20. дои:10.1128 / AEM.68.12.6416-6420.2002 ж. PMC 134399. PMID 12450870.
- ^ Balla E, Dicks LM, Du Toit M, Van Der Merwe MJ, Holzapfel WH (сәуір 2000). «Enterococcus faecalis BFE 1071 шығарған екі микробқа қарсы пептидтер, энтероцин 1071А және энтероцин 1071В кодтайтын гендердің сипаттамасы және клондануы». Қолдану. Environ. Микробиол. 66 (4): 1298–304. дои:10.1128 / aem.66.4.1298-1304.2000. PMC 91984. PMID 10742203.
- ^ Гонзалес С, Лангдон Г.М., Бруикс М, Галвез А, Вальдивия Е, Макуэда М, Рико М (қазан 2000). «Бактериоцин AS-48, құрылымдық және функционалды жағынан сүтқоректілерге байланысты NK-лизинге байланысты микробтық циклдік полипептид». Proc. Натл. Акад. Ғылыми. АҚШ. 97 (21): 11221–6. Бибкод:2000PNAS ... 9711221G. дои:10.1073 / pnas.210301097. PMC 17181. PMID 11005847.
Әрі қарай оқу
- Папатханасопулос, М.А .; Дайкс, Г.А .; Револь-Джунеллес, А.М .; Дельфур, А .; Фон Хол, А .; Хастингс, Дж. В. (1998). «Лейконосток мезентероидтері TA33a-дан A-, B- және C-TA33a лейкоциндерінің реттілігі мен құрылымдық байланыстары». Микробиология. 144 (5): 1343–1348. дои:10.1099/00221287-144-5-1343. PMID 9611809.
- Фрего Галлахер, Н.Л .; Матрос М .; Ниемчура, В.П .; Накашима, Т .; Стайлз, М. Е .; Vederas, J. C. (1997). «Трифторэтанол және додецилфосфолин мицеллаларындағы лейкоцин а-ның үш өлшемді құрылымы: сүт қышқылы бактерияларынан IIа типті бактериоциндер биологиялық белсенділігі үшін маңызды қалдықтардың кеңістіктегі орналасуы, ‡». Биохимия. 36 (49): 15062–15072. дои:10.1021 / bi971263h. PMID 9398233.
Сыртқы сілтемелер
Бактериоциннің II класы және туыстас отбасылар Pfam және InterPro-да әр түрлі жазылады:
| Pfam | Pfam белгісі | InterPro | InterPro белгісі |
|---|---|---|---|
| PF08129 | 17. Микробқа қарсы | InterPro: IPR012950 | Альфа_энтероцин / лактококкин |
| PF01721 | Бактериоцин_II | InterPro: IPR002633 | Бактериоцин_IIa |
| PF10439 | Бактериоцин_ІІІ | InterPro: IPR019493 | Bacteriocin_IIb_lactacin-rel |
| PF12173 | Бактериоз IIc_cy | InterPro: IPR020970 | Бактериоцин_ІІІ |
| PF04369 | Лактококкин | InterPro: IPR007464 | Бактериоцин_ІІІ |
| PF04604 | L_biotic_typeA | InterPro: IPR007682 | Lantibiotic_typ-A_Lactobact |
Атау кейде сәйкес келмейді.