C7orf61 - C7orf61

C7orf61
Идентификаторлар
Бүркеншік аттарC7orf61, хромосома 7 ашық оқудың кадры 61
Сыртқы жеке куәліктерHomoloGene: 52845 Ген-карталар: C7orf61
Геннің орналасуы (адам)
7-хромосома (адам)
Хр.7-хромосома (адам)[1]
7-хромосома (адам)
C7orf61 үшін геномдық орналасу
C7orf61 үшін геномдық орналасу
Топ7q22.1Бастау100,456,620 bp[1]
Соңы100,464,260 bp[1]
Ортологтар
ТүрлерАдамТышқан
Энтрез
Ансамбль
UniProt
RefSeq (mRNA)

NM_001004323

жоқ

RefSeq (ақуыз)

NP_001004323

жоқ

Орналасқан жері (UCSC)Chr 7: 100.46 - 100.46 Mbжоқ
PubMed іздеу[2]жоқ
Уикидеректер
Адамды қарау / өңдеу

Сипатталмаған ақуыз хромосомасы 7 ашық оқудың жақтауы 61 c7orf61 генімен кодталған адамдардағы аспарагинге бай белок. Ақуыздың қызметі салыстырмалы түрде белгісіз және сүтқоректілерде өте жақсы сақталады.

Джин

Локус

C7orf61 кері (немесе теріс) ДНҚ тізбегінде орналасқан және 100,456,615-100,464,271 базалық жұптардан 7 (7q22.1) хромосомада орналасқан - шамамен 7656 б.с.[3] Онда барлығы 3 экзон бар және изоформалар жоқ.

мРНҚ

MRNA шамамен 1019 а.к. және 4703 (PFAM15775) функциясы белгісіз доменге жатады.[4]

Ақуыз

Адамдарда белокта барлығы 206 болады аминқышқылдары.[3] Ақуыздың молекулалық салмағы 23,71 кДа, ал изоэлектрлік нүктесі 10,41 құрайды.[5] DUF4703 22-206aa белокта орналасқан.[3] Геннің де, оның ақуызының да басқа белгілі бүркеншік аттары жоқ, бірақ оларды бірнеше приматтар түрлерінде жоғары туыстықпен кездестіруге болады.[6]

Композиция

C7orf61 аминқышқылдарының құрамы жоғары жиіліктерден тұрады лейцин, серин және зарядталған валин.[7] Ақуыздың ерекше жиілігі төмен аспарагин оны аспарагин жетіспейтін ақуызға айналдырып,[7] арасында тұзды көпір түзілімдерінің жиілігі жоғары глутамин қышқылы, аспарагин қышқылы, лизин және аргинин.[7]

Сипаттамалары және құрылымы

CFSSP екінші құрылымды болжау құралдарының келісімі,[8] SSPRED,[9] және GOR4 [10] ақуыздың екінші реттік құрылымы негізінен α-спиральдардан тұрады (51,2%), олардың орамдарының едәуір мөлшері (38,2%) және бета жіптерінің кіші бөліктері (10,3%).

PHYRE2 арқылы C7orf61 ақуызының болжанған 3D құрылымы.[11]

Аудармадан кейінгі модификация

C7orf61-де аудармадан кейінгі бірнеше модификация алаңдары бар, олардың көпшілігінде серин / треонинкиназдар бар - ақуыз С, Казеинкиназа II, ДНҚ-ға тәуелді протеинкиназа, және Циклинге тәуелді киназа 1. Оның құрамында Biparte ядролық оқшаулау сигналы (NLS_BP), лейцинге бай вариантты домен (LRV) және бактериялық Ig-тәрізді домен (BIG-1) болады деп болжануда.[12]

Ішкі жасушалық локализация

C7orf61 құрамында транс мембраналық домендер немесе сигнал пептидтері жоқ.[13][14] Ақуыз Митохондрияда локализацияланады, бұл жасушадан тыс белсенділікті аз көрсетеді.[15][16] Аминқышқылдарының реттілігін кеңейту KFFRWVRRAWQRIISWVF N-терминалының жанында митохондриялық бағытталған сигналдың болуын болжайды.[17]

Гендердің реттелуі

C7orf61-де аталық безде экспрессияның жоғары деңгейі және ми мен дәнекер тіндердің төменгі деңгейлері бар.[18] NCBI Geo-да қол жетімді микроаррайлық эксперименттерді бағалау арқылы c7orf61 теріс реттелетіні туралы қорытынды шығарылды.[19]

Гомология

C7orf61-де ешқандай теңдеулер жоқ. BLASTt NCBI құралы арқылы талдау[20] генді сүтқоректілерде өте жақсы сақталған деп тапты және оны 160 MYA-дан кейін іздеу мүмкін емес. Келесі кестеде бірнеше сүтқоректілердің кіші кластарында кездесетін ортологтардың тізімі берілген - бұл ақуыздар ортологиясының толық тізімі емес.

ТүрлерЖалпы атыДивергенция (MYA)Қосылу нөмірі (NCBI-ден) [21])Тізбектің ұзындығыЖеке куәлікҰқсастық
Homo sapiensАдам0NP_001004323.1206100%100%
Ceratotherium simumАқ мүйізтұмсық96XP_014652622.120464%81%
Canis lupusҚасқыр96XP_008963687.120364%78%
Бос таурусСиыр96XP_005225278.120464%78%
Физетер катодоныСперма кит96XP_007110691.120463%76%
Condylura cristataМоль96XP_004691685.120462%75%
Eptesicus fuscusҚоңыр жарғанат96XP_008139625.121361%75%
Elephantulus edwardiiПіл тартты105XP_006896643.114758%78%
Phascolarctos cinereusКоала159XP_020834746.116041%58%
Sarcophilus harrisiiТасманиялық Ібіліс160XP_012404266.116237%61%

Пайдаланылған әдебиеттер

  1. ^ а б c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000185955 - Ансамбль, Мамыр 2017
  2. ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
  3. ^ а б c «NCBI h. Sapiens ақуыз C7orf61». Алынған 4 қаңтар 2018.
  4. ^ «NCBI h. Sapiens C7orf61 mRNA». Алынған 20 ақпан 2018.
  5. ^ «ExPASy Compute pl / Mw құралы». Алынған 4 қаңтар 2018.
  6. ^ «NCBI с. Троглодиттер C7orf61 ақуызы». Алынған 4 қаңтар 2018.
  7. ^ а б c «EMBL-EBI SAP». Алынған 24 сәуір 2018.
  8. ^ «CFSSP». Алынған 23 сәуір 2018.
  9. ^ «SoftBerry SSPRED». Алынған 23 сәуір 2018.
  10. ^ «GOR4». Алынған 23 сәуір 2018.
  11. ^ «PHYRE2». Алынған 23 сәуір 2018.
  12. ^ «SIB Motif Scan». Алынған 23 сәуір 2018.
  13. ^ «SignalP 4.1 Серверді болжау құралы». Алынған 20 сәуір 2018.
  14. ^ «TMpred құралы». Алынған 21 сәуір 2018.
  15. ^ «DeepLoc-1.0». Алынған 24 сәуір 2018.
  16. ^ «ProtComp 9.0». Алынған 24 сәуір 2018.
  17. ^ «Спираль дөңгелегі». Алынған 25 сәуір 2018.
  18. ^ «NCBI EST профилі - C7orf61». Алынған 1 сәуір 2018.
  19. ^ «NCBI Geo». Алынған 2 сәуір 2018.
  20. ^ «NCBI BLAST». Алынған 4 ақпан 2018.
  21. ^ «NCBI C7orf61». Алынған 4 қаңтар 2018.