Bridget Carragher - Bridget Carragher

Bridget Carragher
Bridget Carragher.jpg
Туған17 маусым 1957 ж
АзаматтықАҚШ
Алма матерВитватерсранд Университеті, Йоханнесбург, Африка (физика магистрі және магистрі)

Солтүстік-Батыс университеті, Эванстон, Иллинойс (физика магистрі)

Чикаго университеті, Чикаго, Иллинойс (Ph.D.)
Ғылыми мансап
ӨрістерЭлектрондық микроскопия, құрылымдық биология

Бриджет Оливия Каррагер (1957 жылы 17 маусымда туған, Оңтүстік Африка) - мамандандырылған американдық физик электронды микроскопия. Ол Колумбия университетінің адъюнкт-профессоры (Нью-Йорк, Нью-Йорк), сонымен қатар Клинт Поттермен бірге Автоматтандырылған Молекулалық Микроскопия Ұлттық Ресурсының (NRAMM) директоры, Нью-Йорк Структуралық Биология Орталығындағы Симонс Электронды Микроскопия Орталығының директоры. (Нью-Йорк, Нью-Йорк) және CryoEM қол жетімділік және оқыту ұлттық орталығындағы PI. Ол сондай-ақ NanoImaging Services, Inc компаниясының негізін қалаушы және операциялар жөніндегі бас директор.

Жеке өмір

Каррагер туып өсті Оңтүстік Африка. Ол Ганада балалық шағында және Англияда бір жылдық өмір сүрген қысқа уақытты қоспағанда, магистратурадан кейін АҚШ-қа көшіп келді және содан бері осында тұрады. Каррагер - Америка азаматы, үйленген және екі баласы бар.

Білім

Каррагер алғашқы білімін сол кезде алды Витватерсранд университеті, Оңтүстік Африка, физика саласында (B.Sc.: 1975-1977; B.Sc. Hons: 1978-1978; M.Sc .: 1979-1981). 1982 ж. Бітірді Солтүстік-Батыс университеті, Эванстон, Иллинойс (физика магистрі). Сол жылы ол PhD докторантурасын бастады Чикаго университеті, Чикаго, Иллинойс 1987 ж. Қорғады.

Мансап

Каррагер өзінің мансабының көп бөлігі үшін оңтайландырылған және автоматтандырылған әдістерді жасауға қатысқан электронды микроскопия (ЭМ), ЭМ деректерінің сапасын жақсартуға, сондай-ақ осы әдістердің биологиялық қоғамдастыққа қол жетімділігіне бағытталған.

PhD докторантурасынан кейін Каррагер 2001 жылы Скриппс ғылыми-зерттеу институтына ауысқанға дейін өндірісте де, академияда да әртүрлі қызметтерде жұмыс істеді. 2002 жылдан бастап Клинт Поттермен бірге Автоматтандырылған молекулалық микроскопия ұлттық ресурсының директоры болып қызмет етті ( NIH қаржыландыратын ұлттық биотехнология ғылыми-зерттеу ресурсы. NRAMM EM үшін автоматтандырылған технологияларды әзірлеуге және қолдануға және барлық деңгейлерде оқытуды қамтамасыз етуге мамандандырылған.

2007 жылы Carragher бірлесіп NanoImaging Services, Inc компаниясының негізін қалады, онда ол операциялар жөніндегі бас директор болып қызмет етеді. Компанияның мақсаты - биофармацевтикалық және биотехнологиялық индустрияға криоЭМ және басқа микроскопиялық қызметтерді ұсыну.

2015 жылы Каррагер мен Клинт академиялық зертханасын Скриппс ғылыми-зерттеу институтынан Нью-Йорк құрылымдық биология орталығына ауыстырды, олар Симонс электронды микроскопия орталығының тең директорлары болып қызмет етеді. 2018 жылдың мамыр айында оларға CryoEM қол жеткізу және оқыту ұлттық орталығын (NCCAT) бастау үшін U24 гранты берілді.

Лауазымдар және жұмыспен қамту
ЖылЛауазымы
1987 - 1988Ғылыми қызметкер, У.Чикаго
1988 - 1990Аға ғалым, CEMAX Incorporated, Санта-Клара, Калифорния
1990 - 1991Неврология ғылымдарының көмекшісі, неврология бөлімі, UCSD
1992 - 1998ДКО Бекман Институты, Оптикалық Көрнекіліктің Директоры
1994 - 2001Адъюнкт-профессор, жасуша және құрылымдық биология кафедрасы, UIUC
1996 - 1999Аға ғылыми қызметкер, суперкомпьютерлік қосымшалар ұлттық орталығы, ДБОЖ
1998 - 2001Бейнелеу технологиялары тобының директоры, ДЗМБ Бекман институты
2001 - 2012Доцент, Скриппс ғылыми-зерттеу институтының жасуша биология кафедрасы. Ла-Джолла, Калифорния
2003 - қазіргі уақытқа дейінАвтоматтандырылған молекулалық микрокопия ұлттық ресурсының директоры (NRAMM)
2007 - қазіргі уақытқа дейінNanoImaging Services, Inc. негізін қалаушы және бас ғылыми қызметкер.
2012 - 2014Профессор, Скриппс ғылыми-зерттеу институтының интегративті құрылымдық және есептеу биологиясы кафедрасы. Ла-Джолла, Калифорния
2015 - қазіргі уақытСимонс электронды микроскопия орталығы, Нью-Йорк құрылымдық биология орталығы, Нью-Йорк, Нью-Йорк
2015 - қазіргі уақытАдъюнкт-профессор, Колумбия университеті, Нью-Йорк, Нью-Йорк
2018 - қазіргі уақытCo-PI, CryoEM қол жетімділігі және оқыту ұлттық орталығы
Басқа тәжірибе және кәсіби мүшелік
ЖылҚызмет
1993 - қазіргі уақытқа дейінРедакциялық кеңес, құрылымдық биология журналы
1993 - қазіргі уақытқа дейінNIH / NSF оқу секцияларының мүшесі
1993 - 2000Ғылыми кеңес беру комитеті, Ұлттық макромолекулярлық бейнелеу орталығы, Бэйлор медицина колледжі
1993, 1995Бірлескен ұйымдастырушы, Биологиялық бейнелеу үшін кеңейтілген есептеу бойынша семинар, UIUC / NCSA
1995Бірлескен ұйымдастырушы, практикалық стереологиялық әдістер бойынша практикалық семинар, UIUC
1995 - қазіргі уақытқа дейінКонсультативтік комитеттің мүшесі, HVEM Resource, Boulder, Co.
1996Қосымша редактор, құрылымдық биология журналы «Құрылымдық биологиядағы кескіндерді өңдеу және бейнелеу үшін бағдарламалық ресурстар» арнайы шығарылымы
1998 - қазіргі уақытқа дейінКонсультативтік комитеттің мүшесі, BMIRR, Wadsworth Center, Олбани, Нью-Йорк
1997, 1999Макромолекулалардың 3DEM бойынша Гордон конференциясының төрайымының орынбасары, төрайымы
2003Автоматты бөлшектерді таңдау бойынша көпсалалы семинардың бірлескен ұйымдастырушысы
2003 - 2014Молекулалық микроскопиядағы екіжылдық семинарды ұйымдастырушы
2003Қосымша редактор, құрылымдық биология журналы, бөлшектерді автоматтандырылған таңдау және талдау әдістері бойынша арнайы шығарылымдар
2003 - 2005NIH BBCB зерттеу бөлімі
2005 - 2007NIH MI зерттеу бөлімі
2005 - қазіргі уақытқа дейінҚауымдастырылған редактор, құрылымдық биология журналы
2011 - 2015Ғылыми кеңес беру комитеті, мембраналық протеин құрылымына арналған трансконтинентальды ЭМ бастамасы
2012 - 2014Консультативтік кеңес, Ұлттық канадалық CryoEM мекемесі
2013 - 2015Сыртқы консультативтік комитет, теориялық және есептеу биофизикасы тобы
2014 - қазіргі уақытқа дейінКриоЭм картасына шақыру бойынша EMDB комитетінің төрағасы
2015 - қазіргі уақытWwPDB интегративті / гибридті әдіс (IHM) жұмыс тобы: Федерацияның кіші тобы
2015 - қазіргі уақытАлмаз ғылыми кеңес беру комитетінің мүшесі
2015 - қазіргі уақытRCSB Protein Data Bank консультативтік комитетінің мүшесі
2015 - қазіргі уақытҰлттық рентгенографиялық орталықтың сыртқы консультативтік кеңесінің мүшесі
2016 - қазіргі уақытРедакциялық кеңес, жасушалық химиялық биология
2017 - қазіргі уақытNCXT консультативтік комитетінің мүшесі
2017 - қазіргі уақытХалықаралық ғылыми консультативтік кеңестің мүшесі, Макс Планк Институты, Франкфурт қ
2017 - қазіргі уақытСыртқы консультативтік кеңес, UTSW көп қолданушы криоЭм қондырғысы
2017Корольдік микроскопия қоғамының құрметті қызметкері
2017 - қазіргі уақытРедакциялық кеңес, Биофизикалық журнал
2018 - қазіргі уақытСыртқы консультативтік кеңес, Гарвард көп қолданушы криоЭм қондырғысы

Ғылымға қосқан үлесі

Каррагер өзінің бүкіл мансабында 165 мақала жариялады, бірнеше ғылыми қаржыландыруға ие болды гранттар және бесеуі бар патенттер.

Патенттер

  • Смит П., Каллахан МП, Даниэль I, Поттер CS, Каррагер Б, Сувоуэй Дж., Өнертапқыштар; Ұстайтын науа мен микроскоптың арасында бірнеше үлгілерді ретке келтіруге арналған робот жүйесі. 2005, АҚШ 2005/0107917 A1.
  • Mulder A, Carragher B, Potter CS, өнертапқыштар; Электронды микроскопия және кескінді өңдеу әдістерін қолдана отырып, бөлшектердің сипаттамасы. 2011, уақытша. 17.08.2011 ж.
  • Carragher B, Potter CS, Jain T, өнертапқыштар; ЭМ торында үлгі массивтерін дайындау. 2012, уақытша. 17.01.2012 ж.
  • Carragher B, Potter CS, Jain T, өнертапқыштар; Электронды микроскопияға арналған супергидрофильді үлгі торлары. 2012, уақытша. 17.01.2012 ж.
  • Carragher B, Potter CS, Jain T, Kah P, Wiktor P, өнертапқыштар; Электронды микроскопияға арналған үлгілерді алудың құралдары мен әдісі. 2012, уақытша. 17.01.2012 ж.

EM өрісіне қосқан үлестер

  1. Сулувей, С; Пулокас, Дж; Феллманн, Д; Ченг, А; Герра, Ф; Куиспе, Дж; Стэгг, С; Поттер, КС; Carragher, B (2005). «Автоматтандырылған молекулалық микроскопия: жаңа Легинон жүйесі». J Struct Biol. 151 (1): 41–60. дои:10.1016 / j.jsb.2005.03.010. PMID  15890530.
  2. Ландер, ГК; Stagg, SM; Восс, NR; Ченг, А; Феллманн, Д; Пулокас, Дж; Йошиока, С; Ирвинг, С; Мульдер, А; Лау, PW; Люмкис, Д; Поттер, КС; Carragher, B (2009). «Appion: интеллектуалды кескінді өңдеуді жеңілдетуге арналған дерекқорға негізделген интеграцияланған құбыр желісі». J Struct Biol. 166 (1): 95–102. дои:10.1016 / j.jsb.2009.01.002. PMC  2775544. PMID  19263523.
  3. Люмкис, Д; Джулиен, Дж.П.; де Вал, Н; Купо, А; Поттер, КС; Клазсе, Пиджей; Бертон, DR; Сандерс, RW; Мур, JP; Carragher, B; Уилсон, IA; Ward, AB (2013). «Толық гликозилденген еритін жіктелген АИТВ-1 конверт тримерінің крио-ЭМ құрылымы». Ғылым. 342 (6165): 1484–90. дои:10.1126 / ғылым.1245627. PMC  3954647. PMID  24179160.
  4. Noble, AJ; Вей, Н; Дэнди, VP; Чжан, З; Тан, YZ; Поттер, КС; Carragher, B (2018). «Крио-ЭМ-де ауа-су интерфейсіне бөлшектер адсорбциясының әсерін төмендету». Nat әдістері.
  5. Скапин, Г; Дэнди, VP; Чжан, З; Prosise, W; Хруза, А; Келли, Т; Мүмкіндік, T; Стрикленд, С; Поттер, КС; Carragher, B (2018). «Инсулин рецепторы-инсулин кешенінің бір бөлшекті крио-ЭМ анализі арқылы құрылымы». Табиғат. 556 (7699): 122–5. дои:10.1038 / табиғат 26153. PMC  5886813. PMID  29512653.

ЭМ өрісіне қосымша таңдалған үлестер

CryoEM автоматикасы

Каррагер электронды микроскопияның автоматтандырылған әдістерінің алғашқы қорғаушысы болды. Ол нашар оралған жасушалы гемоглобин талшықтарын талдауға арналған бағдарламалық жасақтама жасады[1] және Рон Миллиган тобымен спиральмен өңдеуге арналған құбырды (Феликс) дамыту бойынша ынтымақтастықты жалғастырды.[2] Клинт Поттермен бірге Каррагер дамуды басқарды Легинон,[3] автоматтандырылған басқару жүйесі және электронды микроскоптан мәлімет алу жүйесі және Appion,[4] бір бөлшекті деректерді өңдеуге арналған құбыр. Жақында олар 2,8 resolution ажыратымдылықтағы карталарды алу үшін осы автоматтандырылған құбырды қолдана алатынын көрсетті.

TEM үшін жаңа технологиялар

Каррагер және оның командасы электронды микроскопия (TEM) берудің бірқатар жаңа технологияларын жасады. Оларға крио-ТЭМ-ге арналған сиялы диспенсирлеу және витрификация жүйесі болып табылатын Spotiton,[5][6] микроскопқа TEM үлгілерін жүктейтін роботтандырылған құрылғылар,[7] сынаманы витрификациялауды басқаруға арналған сұйық өңдеу роботтары[8][9] және жағымсыз бояулар, және жаңа субстраттар, соның ішінде торлар пайда болды, қазір сауда атауы бойынша коммерциялық қол жетімді Cflats.[10]

Құрылымдық биологияға қосқан үлестері

Технологияны дамытудың негізгі мақсаттары биологиялық зерттеу жобаларының қажеттіліктеріне байланысты болды. Әдетте оларды ЕМ тобы мен биологиялық зерттеу зертханасы арасында тығыз байланыс орнататын аспирант немесе докторантура басқарады. Олардың негізгі рөлі техникалық күштерді басқару болса да, олар биологиялық сұрақтарға басшылық жасаумен және қағаздар жазумен жиі айналысады. Осы жұмыстардың авторлары[11][12][13][14] аспиранттар немесе Каррагер зертханаларында пост-доктар болды.

Өріске қосқан үлестері:

Carragher бүкіл өріске арналған әдістерді жетілдіру және жетілдіру бойынша бірқатар жұмыстарға қатысты. Оларға бөлшектер жинайтын шеберхана,[15] жуырдағы CTF сынағы[16] стандарттар мен валидацияны талқылау үшін ОӘДБ ұйымдастырған бірқатар семинарлар.[17][18] Ол сонымен қатар көптеген семинарлар ұйымдастырды, соның ішінде NRAMM екіжылдық жетілдірілген әдістер бойынша семинар.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Каррагер, Б .; Блюемке, Д. А .; Габриэль, Б .; Потель, М. Дж .; Джозефс, Р. (1988-01-20). «Орақ жасушаларының гемоглобинінің полимерлерін құрылымдық талдау. I. Орақ гемоглобинінің талшықтары». Молекулалық биология журналы. 199 (2): 315–331. дои:10.1016/0022-2836(88)90316-6. ISSN  0022-2836. PMID  3351926.
  2. ^ Каррагер, Б .; Уиттейкер, М .; Миллиган, Р.А (қаңтар 1996). «PHOELIX көмегімен спиральмен өңдеу». Құрылымдық биология журналы. 116 (1): 107–112. дои:10.1006 / jsbi.1996.0018. ISSN  1047-8477. PMID  8742731.
  3. ^ Суловей, христиан; Пулокас, Джеймс; Феллманн, Денис; Ченг, Анчи; Герра, Франциско; Куисп, Джоэл; Стэгг, Скотт; Поттер, Клинтон С .; Carragher, Bridget (шілде 2005). «Автоматтандырылған молекулалық микроскопия: жаңа Легинон жүйесі». Құрылымдық биология журналы. 151 (1): 41–60. дои:10.1016 / j.jsb.2005.03.010. ISSN  1047-8477. PMID  15890530.
  4. ^ Ландер, Габриэль С .; Стэгг, Скотт М .; Восс, Нил Р .; Ченг, Анчи; Феллманн, Денис; Пулокас, Джеймс; Йошиока, Крейг; Ирвинг, Кристофер; Мульдер, Анке (сәуір, 2009). «Appion: интеллектуалды кескінді өңдеуді жеңілдетуге арналған дерекқорға негізделген интеграцияланған құбыр желісі». Құрылымдық биология журналы. 166 (1): 95–102. дои:10.1016 / j.jsb.2009.01.002. ISSN  1047-8477. PMC  2775544. PMID  19263523.
  5. ^ Джейн, Тилак; Шихан, Патрик; Крам, Джон; Каррагер, Бриджит; Поттер, Клинтон С. (шілде 2012). «Spotiton: крио-TEM үшін интегралды сиялы диспенсирлеу және витрификациялау жүйесінің прототипі». Құрылымдық биология журналы. 179 (1): 68–75. дои:10.1016 / j.jsb.2012.04.020. PMC  3378829. PMID  22569522.
  6. ^ Дэнди, Венката П.; Вэй, Хуй; Чжан, Чжен; Тан, Ён Цзи; Ачария, Приямвада; Энг, Эдвард Т .; Райс, Уильям Дж.; Кан, Питер А .; Поттер, Клинтон С .; Carragher, Bridget (мамыр 2018). «Spotiton: жаңа мүмкіндіктер мен қосымшалар». Құрылымдық биология журналы. 202 (2): 161–169. дои:10.1016 / j.jsb.2018.01.002. PMC  6317895. PMID  29366716.
  7. ^ Поттер, Клинтон С .; Пулокас, Джеймс; Смит, Пол; Суловей, христиан; Carragher, Bridget (маусым 2004). «Трансмиссиялық электронды микроскопқа арналған роботты тор жүктеу жүйесі». Құрылымдық биология журналы. 146 (3): 431–440. дои:10.1016 / j.jsb.2004.02.002. ISSN  1047-8477. PMID  15099584.
  8. ^ Куисп, Джоэл; Дамиано, Джон; Мик, Стивен Э .; Накаши, Дэвид П .; Феллманн, Денис; Ажеро, Тедди Г .; Каррагер, Бриджит; Поттер, Клинтон С. (қазан 2007). «Крио-электронды микроскопияға арналған жақсартылған холли көміртекті пленка». Микроскопия және микроанализ. 13 (5): 365–371. Бибкод:2007MiMic..13..365Q. дои:10.1017 / S1431927607070791. ISSN  1431-9276. PMID  17900388.
  9. ^ Маллиган, Шон К .; Спир, Джеффри А .; Разинков, Иван; Ченг, Анчи; Крам, Джон; Джейн, Тилак; Дугган, Эрика; Лю, Эр; Нолан, Джон П. (тамыз 2015). «Плазмониялық нанобөлшектердің мультиплекстелген TEM үлгісін дайындау және талдау». Микроскопия және микроанализ. 21 (4): 1017–1025. Бибкод:2015MicMic..21.1017M. дои:10.1017 / S1431927615014324. ISSN  1435-8115. PMC  4701052. PMID  26223550.
  10. ^ Разинков, Иван; Дэнди, Венкат; Вэй, Хуй; Чжан, Чжен; Мелнекофф, Дэвид; Райс, Уильям Дж.; Крик, Кристоф; Поттер, Клинтон С .; Carragher, Bridget (тамыз 2016). «КриоЭМ үшін сынамаларды витрификациялаудың жаңа әдісі». Құрылымдық биология журналы. 195 (2): 190–198. дои:10.1016 / j.jsb.2016.06.001. ISSN  1095-8657. PMC  5464370. PMID  27288865.
  11. ^ Стэгг, Скотт М .; Гүркан, Джемал; Фаулер, Дуглас М .; ЛаПойнте, Пол; Фосс, Тед Р .; Поттер, Клинтон С .; Каррагер, Бриджит; Балч, Уильям Э. (2006-01-12). «Sec13 / 31 COPII қаптамасының құрылымы». Табиғат. 439 (7073): 234–238. Бибкод:2006 ж. 439..234S. дои:10.1038 / табиғат04339. ISSN  1476-4687. PMID  16407955.
  12. ^ Мульдер, Анке М .; Йошиока, Крейг; Бек, Андреа Х .; Баннер, Энн Е .; Миллиган, Рональд А .; Поттер, Клинтон С .; Каррагер, Бриджит; Уильямсон, Джеймс Р. (2010-10-29). «Рибосома биогенезін визуалдау: 30S суббірлікке параллель құрастыру жолдары». Ғылым. 330 (6004): 673–677. Бибкод:2010Sci ... 330..673M. дои:10.1126 / ғылым.1193220. ISSN  0036-8075. PMC  2990404. PMID  21030658.
  13. ^ Меллер, Арне; Кирхдорфер, Роберт Н. Поттер, Клинтон С .; Каррагер, Бриджит; Уилсон, Ян А. (2012-12-21). «Тұмау вирусын көбейтуге арналған қондырғыларды ұйымдастыру». Ғылым. 338 (6114): 1631–1634. Бибкод:2012Sci ... 338.1631M. дои:10.1126 / ғылым.1227270. ISSN  0036-8075. PMC  3578580. PMID  23180774.
  14. ^ Люмкис, Дмитрий; Джулиен, Жан-Филипп; де Вал, Наталья; Купо, Альберт; Поттер, Клинтон С .; Классе, Пер-Йохан; Бертон, Деннис Р .; Сандерс, Роджер В. Мур, Джон П. (2013-12-20). «Толық гликозилденген еритін жіктелген АИТВ-1 конверт тримерінің крио-ЭМ құрылымы». Ғылым. 342 (6165): 1484–1490. Бибкод:2013Sci ... 342.1484L. дои:10.1126 / ғылым.1245627. ISSN  1095-9203. PMC  3954647. PMID  24179160.
  15. ^ Чжу, Юансин; Каррагер, Бриджит; Глезер, Роберт М .; Феллманн, Денис; Баджадж, Чандраджит; Берн, Маршалл; Муше, Фабрис; де Хаас, Феликс; Холл, Ричард Дж. (Қаңтар 2004). «Бөлшектерді автоматты түрде таңдау: салыстырмалы зерттеу нәтижелері». Құрылымдық биология журналы. 145 (1–2): 3–14. CiteSeerX  10.1.1.5.9218. дои:10.1016 / j.jsb.2003.09.033. ISSN  1047-8477. PMID  15065668.
  16. ^ Марабини, Роберто; Каррагер, Бриджит; Чен, Шаоссия; Чен, Джеймс; Ченг, Анчи; Даунинг, Кеннет Х .; Фрэнк, Йоахим; Грасуччи, Роберт А .; Хейманн, Дж.Бернард (маусым 2015). «CTF Challenge: Нәтиженің қысқаша мазмұны». Құрылымдық биология журналы. 190 (3): 348–359. дои:10.1016 / j.jsb.2015.04.003. ISSN  1047-8477. PMC  4672951. PMID  25913484.
  17. ^ Хендерсон, Ричард; Сали, Андрей; Бейкер, Мэттью Л .; Каррагер, Бриджит; Девкота, Батсал; Даунинг, Кеннет Х .; Эгельман, Эдуард Х .; Фэн, Цуканг; Фрэнк, Йоахим (2012-02-08). «Электрондық микроскопияны растау жөніндегі бірінші жұмыс тобының отырысының нәтижесі». Құрылым. 20-330 (2): 205–214. дои:10.1016 / j.str.2011.12.014. ISSN  0969-2126. PMC  3328769. PMID  22325770.
  18. ^ Патвархан, Ардан; Каразо, Хосе-Мария; Каррагер, Бриджит; Хендерсон, Ричард; Хейманн, Дж. Бернард; Хилл, Эмма; Дженсен, Грант Дж; Лагерштедт, Ингвар; Лоусон, Кэтрин Л (желтоқсан 2012). «Үш өлшемді ЭМ-де деректерді басқарудың қиындықтары». Табиғат құрылымы және молекулалық биология. 19 (12): 1203–1207. дои:10.1038 / nsmb.2426. ISSN  1545-9993. PMC  4048199. PMID  23211764.