BioBIKE - BioBIKE

BioBIKE
Бастапқы шығарылым2002 (2002)
ЖазылғанЛисп
Операциялық жүйеUnix тәрізді
Қол жетімдіАғылшын
ТүріҒылыми жұмыс процесі, Символдық есептеу, Биоинформатика, Жасанды интеллект
ЛицензияMIT ашық көзі
Веб-сайтGitHub репо

BioBike[1][2](не. BioLingua.) [3]) Бұл бұлтқа негізделген, веб арқылы бағдарламаланатын (Паас ) символдық биокомпьютер және биоинформатика жасауға бағытталған платформа есептеу биологиясы, және әсіресе интеллектуалды биокомпьютер (яғни қолдану Жасанды интеллект дейін есептеу биологиясы ) сарапшы бағдарламашы болып табылмайтын зерттеуші ғалымдарға қол жетімді.[4]

Бірегей мүмкіндіктер

BioBIKE - бұл интеграцияланған символдық биокомпьютерлік және биоинформатикалық платформа, басынан бастап толығымен салынған (қазір ол қалай аталады) бұлтқа негізделген сәулет мұнда барлық есептеу қашықтағы серверлерде жүзеге асырылады, ал барлық қолданушыларға қол жеткізу веб-шолғыштар арқылы жүзеге асырылады.

BioBIKE-де кіріктірілген қондырғы бар кадр жүйесі онда барлық объектілер, мәліметтер мен білім ұсынылған. Бұл ана тілінде жазылған кодты қосады Лисп, визуалды бағдарламалау тілінде немесе ережелер жүйесінде SNARK биологиялық білімге интеграцияланған түрде қол жеткізуге болатын теорема.

Өз уақытында (2002 жылы шығарылған) пайдаланушыларға интерфейс серверлерінде UI веб-шолушысы арқылы толықтай жұмыс жасайтын, толық жұмыс істейтін биокомпьютерлік бағдарламалар құруға мүмкіндік беру ерекше болды. (Қазіргі тілмен айтқанда бұл алғашқылардың бірі болды PaaS (платформа қызмет ретінде) жүйелер, біркелкі Salesforce Бастапқыда бұл бағдарламалау шикі Лиспте жүзеге асырылды, бірақ Джефф Элхайдың VCU-дағы командасы NSF қаржыландыруымен Boxer стиліндегі бағдарламалау орталарына негізделген BioBIKE-дің графикалық бағдарламалау ортасын құрды.[1]

BioBIKE визуалды бағдарламалау тілінің құрамы, функцияны анықтауды, сонымен қатар күрделі ағынды басқаруды бейнелейтін өзара әрекеттесу.

BioBIKE қолданушылары көп басты, көп ағынды, көп қолданушы, көп пәтерлі бұлтқа негізделген жүйе бола отырып, өздерінің веб-шолғыштары арқылы тікелей жұмыс істей алды, бір тыңдаушы мен жад кеңістігін қашықтықтан қолдана алды. Бұл Шрагерде (2007) талқыланған бірегей ынтымақтастық түріне мүмкіндік берді.[5]

BioBIKE-дің «BioDeducta» деп аталатын мамандандырылған бұтағына ҒЗИ кіреді SNARK бірегей «дедуктивті биокомпьютерлеу» мүмкіндіктерін ұсына отырып, теорема-провер.[2]

Іске асыру

BioBIKE бұл ашық бастапқы бағдарламалық жасақтама көмегімен жүзеге асырылады Lisp бағдарламалау тілі. Үздіксіз дамуды BioBIKE командасы жүзеге асырады[6] ортасында Вирджиния достастығы университеті .

Тарих

BioBIKE бастапқыда «BioLingua» деп аталды және оны әзірледі Джефф Шрагер кезінде Карнеги инст. Вашингтон өсімдіктер биологиясы бөлімі, және JP Massar қаржыландырумен NASA астробиология бөлімі. Шрагер мен Массар вебке негізделген, көп қолданушы құрғысы келді Лисп машинасы, мамандандырылған биоинформатика. Жобаға Майк Траверс және Джефф Элхай сияқты басқа да алғашқы салымшылар кірді VCU. Эльхай үздіксіз қаржыландыруды Ұлттық ғылыми қор BioBIKE деп өзгертілген жоба үшін. Элхай және оның әріптестері BioBIKE-дің бірегейін қосты визуалды бағдарламалау тілі. Сонымен бірге Шрагер ҒЗИ құру үшін Ричард Уолдингермен ынтымақтастық жасады (SNARK ) BioDIKA деп аталатын дедуктивті биокомпьютерлік жүйені құра отырып, BioBIKE-ге теорема.[2]

Ерте BioBIKE Lisp-Listener Style өзара әрекеттесуінің композициясы, білім базасының фреймдерін, графикалық енгізу-шығару және Интернетте Lisp бағдарламалануын бейнелейді.

Даналар

Бұрын әр түрлі биологиялық домендерде BioBIKE вертикалдары, соның ішінде вирустық қоздырғыштар, цианобактериялар және басқа бактериялар, Arabidopsis thaliana және тағы басқалары анықтамалықта сипатталған.

Сондай-ақ қараңыз

Сыртқы сілтемелер

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Эльхай, Дж .; Татон, А .; Массар Дж .; Майерс, Дж. К .; Траверс, М .; Кейси Дж .; Слупеский, М .; Шрагер, Дж. (2009). «BioBIKE: Интернетке негізделген, бағдарламаланатын, интеграцияланған биологиялық білім қоры». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 37 (Веб-сервер мәселесі): W28 – W32. дои:10.1093 / nar / gkp354. PMC  2703918. PMID  19433511.
  2. ^ а б в Шрагер, Дж .; Уолдингер, Р .; Стикел, М .; Massar, J. P. (2007). Футрелл, Роберт (ред.) «Дедуктивті биокомпьютер». PLOS ONE. 2 (4): e339. Бибкод:2007PLoSO ... 2..339S. дои:10.1371 / journal.pone.0000339. PMC  1838522. PMID  17415407.
  3. ^ Массар, Дж. П .; Траверс, М .; Эльхай, Дж .; Шрагер, Дж. (2004). «BioLingua: биологтар үшін бағдарламаланатын білім ортасы». Биоинформатика. 21 (2): 199–207. дои:10.1093 / биоинформатика / bth465. PMID  15308539.
  4. ^ Джефф Элхай: Адамдар, компьютерлер және биологиялық түсініктерге жету жолы: таңқаларлық қабілетімізді қалпына келтіру. Есептеу биология журналы 18 (7): 867–878 (2011)
  5. ^ J Shrager (2007) BioBike эволюциясы: Биокомпьютерлік платформаның қауымдастыққа бейімделуі. Тарих және ғылым философиясы саласындағы зерттеулер, 38, 642–656.
  6. ^ «交通事故 に つ い て 弁 護士 相 談 で き る - る 談 す る だ け で い 入 い 場合 と を 視野 に 入 れ て 相 場合 に つ い て て».