Барназа - Barnase

Барназа
Barnase-barstar-1brs.png
Барназа мен оның ингибиторы арасындағы тығыз байланысқан кешен barstar. Барназа боялған екінші құрылым ал barstar көкке боялған.[1]
Идентификаторлар
ТаңбаБарназа
PDB1BRS Басқа құрылымдар
UniProtP00648
Басқа деректер
EC нөмірі3.1.27.-

Барназа (а портманто «BActerial» «RiboNucleASE») бактериалды болып табылады ақуыз 110-дан тұрады аминқышқылдары және бар рибонуклеаза белсенділік. Оны синтездейді және бактерия бөледі Bacillus amyloliquefaciens, бірақ оның тежегішісіз көрсетілгенде жасушаға өлімге әкеледі barstar. Ингибитор рибонуклеазаның белсенді жерімен байланысады және окклюзияланады, бұл барназаның жасушаға зиян тигізуіне жол бермейді. РНҚ ол синтезделгеннен кейін, бірақ құпия болғанға дейін. Barnase / barstar кешені ерекше тығыздығымен ерекшеленеді ақуыз-ақуыздармен байланысуы, бірге тариф бойынша 10-дан8с−1М−1.

Ақуыздарды бүктеуге арналған зерттеулер

Барназада жоқ дисульфидті байланыстар және бұл қажет емес екі валентті катиондар немесе пептидті емес компоненттер. Бұл қарапайымдылық қайтымды жиналмалы ауысумен ұштастыра отырып, ақуыздардың қалай бүктелетінін түсіну үшін барназаның кең зерттелгендігін білдіреді.[2][3][4] Барназды бүктеу зертханасында кеңінен зерттелген Алан Фершт, кім оны сипаттау әдісін жасауда сынақ ісі ретінде қолданды ақуызды бүктеу өтпелі мемлекеттер ретінде белгілі phi құндылықты талдау.

Белсенді учаске және каталитикалық механизм

Барназа катализдейді гидролиз дирибонуклеотидті GpN сайттарында. Ажырату екі қадамда а жалпы қышқыл-негіздік механизм: циклдық аралық біріншісінде пайда болады трансестерификация қадам, содан кейін ол бөлінгенді босату үшін гидролизденеді РНҚ. Катализге қатысатын екі маңызды қалдық - бұл Glu73 және His102, олар екеуі де ферменттік белсенділік үшін өте маңызды. Glu73 - жалпы негіз, ал His102 - жалпы қышқыл. Ол қышқыл-негіздік катализге тікелей қатыспаса да, Lys27 белсенділігі үшін де маңызды; ол субстраттың өтпелі күйінде байланысуына байланысты болды.[5]

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ PDB: 1BRS​; Buckle AM, Schreiber G, Fersht AR (тамыз 1994). «Ақуызды-ақуызды тану: 2,0-А ажыратымдылықтағы барназа-барстар кешенінің кристалды құрылымдық талдауы». Биохимия. 33 (30): 8878–89. дои:10.1021 / bi00196a004. PMID  8043575.
  2. ^ Serrano L, Kellis JT, Cann P, Matouschek A, Fersht AR (сәуір 1992). «Ферменттің бүктелуі. II. Барназаның құрылымы және ақуыздың тұрақтылығына әр түрлі әсерлесудің үлесі». Дж.Мол. Биол. 224 (3): 783–804. дои:10.1016 / 0022-2836 (92) 90562-X. PMID  1569557.
  3. ^ Serrano L, Matouschek A, Fersht AR (сәуір 1992). «Ферменттің бүктелуі. III. Ақуыздың инженерлік процедурасы бойынша талданатын барназаны ашуға арналған өтпелі күйінің құрылымы». Дж.Мол. Биол. 224 (3): 805–18. дои:10.1016 / 0022-2836 (92) 90563-Y. PMID  1569558.
  4. ^ Матущек А, Серрано Л, Фершт А.Р. (сәуір 1992). «Ферменттің бүктелуі. IV. Ақуыздың инженерлік процедурасы бойынша талданатын барназаны қайырудағы аралық заттың құрылымы». Дж.Мол. Биол. 224 (3): 819–35. дои:10.1016 / 0022-2836 (92) 90564-Z. PMID  1569559.
  5. ^ Mossakowska DE, Nyberg K, Fersht AR (мамыр 1989). «Bacillus amyliliquefaciens (барназа) құрамындағы рекомбинантты рибонуклеазаның кинетикалық сипаттамасы және катализдегі негізгі қалдықтарды сайтқа бағытталған мутагенез арқылы зерттеу». Биохимия. 28 (9): 3843–50. дои:10.1021 / bi00435a033. PMID  2665810.

Әрі қарай оқу

Сыртқы сілтемелер


  1. ^ Киппен, А.Д .; Аркус, В.Л .; Фершт, А.Р (1994). «Барназаның негізгі альфа-спиральының мутанттарына сәйкес келетін пептидтерге құрылымдық зерттеулер». Биохимия. 33 (33): 10013–10021. дои:10.1021 / bi00199a027. PMID  8060969.
  2. ^ Аркус, В.Л .; Вильямье, С .; Фрейнд, С.М .; Бикрофт, М .; Фершт, А.Р (1994). «Барназаның бүктелетін жолын шешуге: оның рН-денатуратталған күйіндегі магистральды 13C, 15N және 1H NMR толық тағайындаулары». Америка Құрама Штаттарының Ұлттық Ғылым Академиясының еңбектері. 91 (20): 9412–9416. дои:10.1073 / pnas.91.20.9412. PMC  44822. PMID  7937780.
  3. ^ Аркус, V .; Вильямье, С .; Фрейнд, С.М .; Бикрофт, М .; Фершт, А.Р (1995). «Гетеронуклеарлы ЯМР-мен рН, мочевина және температура денатуратталған барназалық күйлерді салыстыру: протеинді бүктеуге бастама». Молекулалық биология журналы. 254 (2): 305–321. дои:10.1006 / jmbi.1995.0618. PMID  7490750.
  4. ^ Оливберг, М .; Аркус, В.Л .; Фершт, А.Р (1995). «Барназаның табиғи және денатуратталған күйлеріндегі карбоксил топтарының ПКА мәндері: денатуратталған күйдің рКА мәні орта типтегі қосылыстардан 0,4 бірлікке төмен». Биохимия. 34 (29): 9424–9433. дои:10.1021 / bi00029a018. PMID  7626612.