Авида - Avida

Авида
Avida 2.6 арналған карта қойындысы
Avida 2.6 арналған карта қойындысы
Түпнұсқа автор (лар)Чарльз Офриа, Крис Адами
ӘзірлеушілерЧарльз Офриа
Тұрақты шығарылым
3.0 бета
ЖазылғанC ++, Мақсат-С
Түрібағдарламалық тренажер
ЛицензияLGPL

Авида болып табылады жасанды өмір зерттеуге арналған бағдарламалық платформа эволюциялық биология туралы өзін-өзі қайталау және дамушы компьютерлік бағдарламалар (сандық организмдер ). Авида белсенді дамуда Чарльз Офриа Сандық эволюция зертханасы Мичиган мемлекеттік университеті; Авиданың алғашқы нұсқасын 1993 жылы Офрия жасаған, Крис Адами және C. Титус Браун Калтех, содан бері Офрия бірнеше рет толықтай реинжинирингте болды. Бағдарламалық жасақтама бастапқыда Тьерра жүйе.

Дизайн принциптері

Тьерра компьютерлік ресурстармен бәсекелес компьютерлік бағдарламаларды енгізу арқылы эволюциялық жүйені имитациялады, атап айтқанда процессордың (CPU) уақыты мен жедел жадыға қол жеткізу. Бұл жағынан ол ұқсас болды Негізгі соғыстар, бірақ модельдеуде іске қосылатын бағдарламалардың өздерін өзгерте алатындығымен және сол арқылы дамитындығымен ерекшеленді. Tierra бағдарламалары жасанды тірі организмдер болды.[дәйексөз қажет ]

Tierra-дан айырмашылығы, Avida әрбір сандық организмге өзінің қорғалатын жады аймағын тағайындайды және оны бөлек виртуалды түрде орындайды. Орталық Есептеуіш Бөлім. Әдепкі бойынша, басқа сандық организмдер бұл жад кеңістігіне оқуға да, жазуға да кіре алмайды және өздерінің жад кеңістігінде жоқ кодты орындай алмайды.

Екінші үлкен айырмашылық - әр түрлі организмдердің виртуалды орталық процессорлары әртүрлі жылдамдықта жұмыс істей алады, мысалы бір организм, мысалы, басқа организмге қарағанда бір уақыт аралығында екі есе көп нұсқаулар орындайды. Виртуалды CPU жұмысының жылдамдығы бірқатар факторлармен анықталады, бірақ ең бастысы тапсырмалар Организм орындайтын: қосымша процессорлық жылдамдықты бонус ретінде алу үшін организмдер жүргізе алатын логикалық есептеулер.

Зерттеулерде қолданыңыз

Адами мен Офриа, басқалармен бірлесе отырып, Avida-ны цифрлық эволюцияда зерттеу жүргізу үшін және ғылыми журналдарды қолданды Табиғат және Ғылым төрт мақаласын жариялады.

2003 жылғы «Кешенді ерекшеліктердің эволюциялық шығу тегі» мақаласында математиканың эволюциясы сипатталған тең жұмыс қарапайым биттік операциялардан.[1]

Білім беруде қолдану

Авиданың графикалық интерфейсі бар жеңілдетілген нұсқасы (Авида-ЭД ) білім беруде пайдалануға қол жетімді. Әр түрлі сабақ жоспарлары және басқа курстық материалдар Avida-ED айналасында жасалған. Бұл тәсіл оқушылардың эволюция туралы түсінігін жақсартуда тиімді екендігі дәлелденді.[2] Avida-ED жобасы 2017 Халықаралық жасанды өмірге білім беру және қоғаммен байланыс сыйлығының лауреаты болды.

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Ленский, Р.; Офрия, С.; Пеннок, Р.; Адами, С. (2003). «Күрделі ерекшеліктердің эволюциялық шығу тегі» (PDF). Табиғат. 423 (6936): 139–144. Бибкод:2003 ж. 423..139L. дои:10.1038 / табиғат01568. PMID  12736677.
  2. ^ Пеннок, Роберт Т .; Визер, Майкл Дж .; Мид, Луиза С .; Ларк, Эми М .; Джонсон, Венди Р .; Смит, Джеймс Дж. (2016-12-01). «Avida-ED бакалавриат биологиясының цифрлық эволюциясы бойынша оқу бағдарламасы». Эволюция: білім беру және ақпараттандыру. 9 (1): 9. дои:10.1186 / s12052-016-0060-0. ISSN  1936-6434.

Сыртқы сілтемелер

Авиданың қатысуымен жасалған ғылыми басылымдар

  • C. Adami және C.T. Браун (1994), 2D жасанды өмір жүйесіндегі эволюциялық оқыту Авида, Р.Брукс, П. Мэйс (Ред.), Proc. Жасанды өмір IV, MIT Press, Кембридж, MA, б. 377-381. arXiv:adap-org / 9405003
  • R. E. Lenski, C. Ofria, T. C. Collier, C. Adami (1999). Сандық ағзалардағы геномдардың күрделілігі, беріктігі және генетикалық өзара әрекеттесуі. Табиғат 400:661-664.
  • C.O. Вилке, Дж.Л. Ванг, Ч. Офриа, Р.Е. Ленский және C. Адами (2001). Жоғары мутация жылдамдығындағы цифрлық организмдердің эволюциясы ең жазықтықта тіршілік етуге әкеледі. Табиғат 412:331-333.
  • Р.Е. Ленски, Офриа, Р.Т. Пеннок және C. Адами (2003). Кешенді ерекшеліктердің эволюциялық шығу тегі. Табиғат 423:139-145.
  • С.С.Чоу, C.O. Уилке, Офриа, Р.Е. Ленский және C. Адами (2004). Цифрлық организмдердегі ресурстар бәсекелестігінің адаптивті сәулеленуі. Ғылым 305:84-86.
  • Дж.Клун, Д.Мизевич, Ч.Офрия, Р.Е. Ленский, С.Ф. Елена және Р.Санжуан. Табиғи сұрыптау фитнес ландшафттарына ұзақ уақыт бейімделу үшін мутация жылдамдығын оңтайландырмайды. PLoS есептеу биологиясы 4 (9): 2008 ж. дои:10.1371 / journal.pcbi.1000187
  • Clune J, Goldsby HJ, Ofria C және Pennock RT (2011) Альтруизмнің дәл бағытталуы үшін таңдамалы қысым: инклюзивті фитнес теориясының сыналуы қиын аспектілері үшін цифрлық эволюцияның дәлелі. Корольдік қоғамның еңбектері. pdf (мұрағат )
  • Бенджамин Э.Бекманн, Филипп К. Маккинли, Чарльз Офриа (2007). Сандық организмдердегі ұйқы реакциясының адаптивті реакциясы. ECAL 2007 pdf