Нуклеосоманың қайталанатын ұзындығы - Nucleosome repeat length

The нуклеосоманың қайталану ұзындығы, (NRL) - бұл көршілес орталықтар арасындағы орташа қашықтық нуклеосомалар. NRL маңызды физикалық болып табылады хроматин оның биологиялық функциясын анықтайтын қасиет. NRL геном бойынша анықталуы мүмкін хроматин берілген жасуша типінде және күйінде немесе бірнеше құрамында геномдық аймақ жеткілікті мөлшерде болса нуклеосомалар.[1]

Жылы хроматин көрші нуклеосомалар арқылы бөлінеді байланыстырушы ДНҚ және көптеген жағдайларда сілтеме арқылы да болады гистон H1 [2] сонымен қатар гистон емес ақуыздар. Нуклеосоманың мөлшері әдетте тұрақты болатындықтан (146-147 базалық жұп), NRL көбінесе нуклеосомалар арасындағы байланыстырушы аймақтың өлшемімен анықталады. Сонымен қатар, ішінен ДНҚ-ны шешіп алу гистон октамері немесе ішінара бөлшектеу гистон октамері тиімді нуклеосома мөлшерін азайта алады және осылайша NRL-ге әсер етеді.

Өткен ғасырдың 70-жылдарына дейінгі зерттеулер көрсеткендей, жалпы алғанда, NRL әр түрге, тіпті бір организмнің әр түрлі жасушалық типтеріне әр түрлі. Сонымен қатар, соңғы жарияланымдар бірдей жасуша түріндегі әртүрлі геномдық аймақтар үшін NRL вариациялары туралы хабарлады.[3][4] Соңғы жұмыстар ашытқы транскрипциясы басталатын учаскелердің (TSS) айналасындағы NRL-ді in vivo-да және қалпына келтірілген хроматин үшін салыстырды ДНҚ in vitro реттіліктер. Реттелген нуклеосома позициясы тек қатысқан жағдайда пайда болатыны көрсетілген ATP -тәуелді хроматинді қайта құру.[5] Сонымен қатар, ашытқы TSSs айналасында анықталған NRL берілген жабайы типтегі ашытқылар штаммы үшін инвариантты мән болып табылады, дегенмен ол өзгеруі мүмкін екендігі туралы айтылды. хроматинді қайта құрушылар жоқ.[6] Жалпы, NRL ДНҚ тізбегіне, концентрациясына байланысты гистондар және гистонсыз белоктар, сондай-ақ нуклеосомалар арасындағы ұзақ мерзімді өзара әрекеттесу.[1] NRL нуклеосома массивінің геометриялық қасиеттерін, сондықтан ДНҚ-ның жоғары деңгейлі орамасын анықтайды хроматин талшығы,[7] әсер етуі мүмкін ген экспрессиясы.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Бешнова Д.А., Cherstvy AG, Vainshtein Y, Teif VB (шілде 2014). «Нуклеосоманың қайталану ұзақтығын in vivo режимінде ДНҚ тізбегімен, ақуыз концентрациясымен және ұзақ мерзімді өзара әрекеттесуімен реттеу». PLOS Comput. Биол. 10 (2): e1003698. Бибкод:2014PLSCB..10E3698B. дои:10.1371 / journal.pcbi.1003698. PMC  4081033. PMID  24992723.
  2. ^ Тома Ф, Коллер Т, Клуг А (қараша 1979). «Нуклеосома мен хроматиннің тұзға тәуелді қондырмаларын ұйымдастыруға гистон Н1 қатысуы». Дж. Жасуша Биол. 83 (2 Pt 1): 403-27. дои:10.1083 / jcb.83.2.403. PMC  2111545. PMID  387806.
  3. ^ Валуев А, Джонсон С.М., Бойд С.Д., Смит CL, Fire A, Sidow A (2011). «Адамның алғашқы жасушаларында нуклеосома ұйымының анықтаушылары». Табиғат. 474 (7352): 516–520. дои:10.1038 / табиғат10002. PMC  3212987. PMID  21602827.
  4. ^ Teif VB; Вайнштейн Y; Каудрон-Хергер М; Mallm JP; Март С; Хёфер Т; Риппе К. (21 қазан 2012). «Эмбриональды бағаналы жасушаның дамуы кезінде жалпы геномды нуклеосоманың орналасуы». Nat Struct Mol Biol. 19 (11): 1185–92. дои:10.1038 / nsmb.2419. PMID  23085715.
  5. ^ Zhang Z, Wippo CJ, Wal M, Ward E, Korber P, Pugh BF (2011). «Эукариоттық геном бойынша қалпына келтірілген нуклеосомаларды ұйымдастыруға арналған орау механизмі». Ғылым. 332 (6032): 977–80. Бибкод:2011Sci ... 332..977Z. дои:10.1126 / ғылым.1200508. PMC  4852979. PMID  21596991.
  6. ^ Хенниг Б.П., Бендрин К, Чжоу Ю, Фишер Т (2012). «Chd1 хроматинді қайта құрушылар нуклеосома ұйымын қолдайды және криптикалық транскрипцияны басады». EMBO Rep. 13 (11): 997–1003. дои:10.1038 / embor.2012.146. PMC  3492713. PMID  23032292.
  7. ^ Routh A, Sandin S, Rhodes D (2008). «Нуклеосоманың қайталану ұзақтығы және сілтілік гистон стехиометриясы хроматин талшығының құрылымын анықтайды». Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (26): 8872–7. Бибкод:2008PNAS..105.8872R. дои:10.1073 / pnas.0802336105. PMC  2440727. PMID  18583476.